부동산의 거래대금총액에 건물의 가액이 포함되어 있는지 여부(취소)

[주 문] 북대구세무서장이 96.6.15 청구인에게 94년 2기분 부가가치세26,403,890원을 부과한 처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 87.10.21 대구광역시 북구 OO동 OO OOOOO 공장용지 8,943.1㎡ 건물 4,542.61㎡(공장 4,072.87㎡, 창고 230.08㎡, 사무실 216.85㎡, 수위실 22.81㎡)를 취득하여 부동산임대업을 영위하다가, 위 공장용지중 4,297.5㎡ 건물 834.66㎡(이하 “쟁점부동산” 이라 한다)를 양도하였다. 청구인은 쟁점부동산의 공장용지중 3,636.4㎡는 청구외 주식회사 OO종합폐차장에게 1,127,284,000원에 양도하는 계약을 체결하고, 쟁점부동산의 공장용지중 나머지 공장용지 661.1㎡는 청구외 OOO에게 204,941,000원에 양도하는 계약을 체결하여 94.10.13 공유지분으로 각각 소유권 이전등기를 하였다가 95.2.9 공유물 분할등기를 경료하였으며, 건물 834.66㎡중 사무실 216.85㎡, 수위실 22.81㎡ 계 239.66㎡를 95.1.19 멸실하고 나머지 595㎡는 95.8.29 청구외 주식회사 OO종합폐차장명의로 소유권이전등기를 경료한 후, 양도한 공장용지상의 건물분에 대한 부가가치세신고를 하지 아니하였다. 이에 대하여 처분청은 토지와 건물의 가액구분이 불분명한 것으로 보아 지방세 과세시가표준액에 따라 토지와 건물의 가액을 안분계산한 후 건물분에 대한 부가가치세 과세표준을 200,831,137원으로 계산하여 96.6.15 청구인에게 94년 2기분 부가가치세 26,403,890원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.7.15 심사청구를 거쳐 96.10.23 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산의 매매금액 1,332,225,000원은 토지의 거래대가이며 건물의 대가는 포함되지 아니한 것이다. 첫째, 토지와 건물을 함께 공급하였다고 확인한 것은 토지대가에 건물의 대가를 포함하여 매매계약을 하였다는 것이 아니며, 오히려 토지매매계약 당시 건물은 대가없이 양도하였기 때문에 확인에 응하였던 것이다. 둘째, 94.10.15 작성한 쟁점부동산의 매매계약서에 의하면 부동산의 표시란에 공장용지라고만 기재되어 있을 뿐 건물에 대하여는 기재되어 있지 아니하며, 94.9.30 북구청에 신고한 토지거래계약신고필증에 의하더라도 토지에 대한 매매금액으로 위 금액만 기재되어 있으며 건물의 대가에 대하여는 언급이 없다. 셋째, 건물은 78.10.20 건축되어 노후되고 가치가 없으며, 토지거래계약신고필증에 의하면 건물면적이 2,756.73㎡로 되어 있으나 소유권이전 등기된 면적은 595㎡임에도 양도한 토지의 지상 건물의 면적과 상관없이 부동산의 매매금액은 1,332,225,000원으로 일정한 이유는 토지의 ㎡당 가액을 310,000원으로 하여 토지에 대해서만 대가를 받았기 때문이다. 넷째, 청구인은 쟁점부동산을 양도할 당시에 양도토지의 지상건물을 철거하기로 약속하였고, 청구외 (주)OO종합폐차장의 대차대조표 및 부속명세를 보더라도 건물계정은 없고 매매대금총액이 토지계정에 기표되어 있다. 위 사실과 같이 쟁점부동산의 매매대금은 토지의 거래에 대한 것이 분명함에도, 토지와 건물의 거래금액이 불분명하다고 하여 지방세 과세시가표준액에 따라 토지와 건물의 가액을 안분계산하여 건물분에 대한 부가가치세를 부과한 과세처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 첫째, 청구인이 처분청에 확인한 바에 의하면 쟁점부동산의 양도시에 토지와 건물을 합하여 1,332,225,000원에 양도한 사실을 확인하였고, 양도한 토지는 94.10.13 소유권 이전등기를 하였으며 동 지상건물 595㎡는 95.8.29 청구외 (주)OO종합폐차장 명의로 소유권 이전등기를 하였다. 또한 청구외 OOO에게 양도한 창고 115.5㎡, 사무실 216.85㎡, 수위실 22.81㎡ 계 355.16㎡는 95.1.19 또는 그 이후에 멸실된 사실이 건축물관리대장에 의하여 확인된다. 위 사실을 종합하면 청구인이 청구외 (주)OO종합폐차장과 OOO에게 토지와 건물을 같이 양도한 것을 알 수 있으며, 청구외 OOO에게 양도한 건물 355.16㎡도 매매계약일(94.10.5)현재 존재할 뿐만 아니라 매매대금 청산약정일(94.10.30)로부터 2개월이 지난 95.1.19 또는 그 이후에야 철거된 점등 제반상황으로 보아 토지와 건물이 함께 양도되었음을 알 수 있다. 둘째, 청구인은 건물을 취득자가 자산가액으로 계상하고 있지 않은 점 및 건물을 멸실한 점 등을 들어 양도당시부터 가치가 없는 것으로 주장하나, 취득자가 각각의 용도 및 목적에 따라 멸실 또는 사용할 수 있을 것이므로 실존하는 건물의 양도가액을 취득자의 가치판단에 따라 양도가액이 없는 것으로는 할 수 없는 것이다. 따라서 매매가액 1,332,225,000원에 토지와 건물의 가액이 포함된 것으로 인정한 다음, 토지와 건물가액의 구분이 불분명하므로 부가가치세법 시행령 제48조의 2 제3항의 규정에 의하여 건물의 양도에 대하여 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 심판청구는 쟁점부동산의 거래대금총액에 건물의 가액이 포함되어 있는지 여부를 가리는데 그 다툼이 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제6조 제3항에서 『사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기나 그 사용인의 개인적인 목적 또는 기타의 목적으로 사용·소비하거나 자기의 고객이나 불특정다수인에게 증여하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다』고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제16조에서 『① 법 제6조 제3항의 규정에 의하여 재화의 공급으로 보는 것은 사업과 직접 관계없이 개인적인 목적 또는 기타의 목적을 위하여 사업자가 재화를 사용·소비하거나 사용인 또는 기타의 자가 재화를 사용·소비하는 것으로서 사업자가 그 대가를 받지 아니하거나 현저히 낮은 대가를 받는 것으로 한다.』고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제49조 제1항에서 『과세사업에 공한 재화가 소득세법 시행령 제81조 또는 법인세법 시행령 제54조에 규정하는 감가상각재산에 해당하는 경우에 당해 재화를 법 제6조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 공급으로 보는 때에는 다음 각 호에 게기하는 금액을 당해 재화의 시가로 본다.

1. 당해 재화를 취득한 날로부터 6월내에는 그 재화의 취득가액

2. 당해 재화를 취득한 날로부터 6월이 경과한 후 그 취득일로부터 1년내에는 그 재화의 취득가액의 100분의 75에 상당하는 금액

3. 당해 재화를 취득한 날로부터 1년이 경과한 후 그 취득일로부터 1년6월내에는 그 재화의 취득가액의 100분의 50에 상당하는 금액

4. 당해 재화를 취득한 날로부터 1년6월이 경과한 후 그 취득일로부터 2년내에는 그 재화의 취득가액의 100분의 25에 상당하는 금액

5. 당해 재화를 취득한 날로부터 2년이 경과한 후에는 0의 금액』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산의 거래대금총액이 1,332,225,000원이라는 데에는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 쟁점부동산의 거래대금총액에 건물가액이 포함되어 있는지에 대하여 첫째, 쟁점부동산매매계약서를 보면, 94.10.5자로 주식회사 OO종합폐차장과 공장용지 3,634.4㎡를 1,127,284,000원에 공급하기로 계약하였으며 건물가액이 없다고 볼 경우 대지 1㎡당 가액은 310,000원이 되며, 94.10.5자로 OOO과 공장용지 661.1㎡를 204,941,000원에 공급하기로 계약하였으며 건물가액이 없다고 볼 경우 대지 1㎡당 가액은 310,000원이 된다. 둘째, 청구인은 쟁점부동산을 지분양도에 의한 공유물분할(95.2.9)에 의하여 공급하였음이 매매계약서 및 등기부등본에 의하여 확인되며, 청구인이 95.1.11 대구광역시 북구청장에게 말소면적을 239.66㎡(사무실, 지하실, 수위실)으로 하여 건물대장 말소신청을 하여, 95.1.19(사무실·지하실) 및 95.1.21(수위실)에 건물대장이 말소되었음이 건축물관리대장과 건물대장말소신청서에 의하여 확인되고 그 현황은 다음과 같다. 공유물 분할전 공유물 분할(95.2.9)후 공부상 멸실일 소유지분 이전일 대지 건물 대지 건물 건물명 잔존면적 대구시 북구 OO동 OO OOO 대지 8,943.1㎡ 공장A동 2,349.23㎡ OOOOO 3,636.4㎡ 공장 A동 중 595㎡

• 94.10.13 (주)OO종합폐차장 사무실 216.85㎡ OOOOOOO 661.1㎡ 사무실

• 95.1.19 (216.85㎡) 94.10.13 OOO 수위실 22.81㎡ 수위실

• 95.1.19 (22.81㎡) 대구시 북구 OO동 OO OOO 대지 8,943.1㎡ 공장B동 1,723.64㎡ OOOOOOO 4,645.6㎡ 공장 A동 중 726.43㎡ 94.12.19 (499.8㎡) 95.5.22 (528㎡) 청구인 소유중 창고 230.08㎡ 공장 B동 중 1,723.64㎡

• 창 고 중 114.58㎡ 95.5.22 (115.5㎡) 셋째, 94.9.30 대구직할시 북구청장에게 접수한 『토지거래계약 신고필증』상의 토지란에는 거래금액이 1,127,284,000원으로 되어 있고 건물란에는 금액의 표시가 없음이 확인된다. 넷째, 쟁점부동산의 일부분을 매수한 청구외 OOO은 『대지 661.1㎡를 청구인으로부터 매수시 사무실 216.85㎡와 수위실 22.81㎡는 청구인이 철거해 줄 것을 약속하고 대지만 매수하였다』고 진술하고 있고, 매수자 주식회사 OO종합폐차장의 대차대조표상(94.12.31 기준) 토지계정에는 1,192,666,460원(취득가액 1,127,284,000원＋취득부대비용 65,382,460원)으로 기재되어 있고 건물계정에는 가액이 없는 것으로 되어 있으며, 청구외 주식회사 OO종합폐차장의 소유가 된 대구광역시 북구 OO동 OO OOOOO상에는 95.10.3 사무실 242.4㎡가 준공되었고, 청구외 OOO의 소유가 된 대구광역시 북구 OOO가 OOOOOOO상에는 95.6.2 주유소 사무실 및 캐노피 239.05㎡가 준공되었음이 건축물관리대장에 의하여 확인된다. 다섯째, 청구인의 주소지 관할인 남대구세무서장의 쟁점부동산중 공장용지 4,297.5㎡의 양도에 따른 양도소득세 결정내용을 보면, 양도가액을 1,332,225,000원(공시지가 310,000원×4,297.5㎡)으로 하여 양도소득을 결정한 사실이 양도소득세 결정결의서에 의하여 확인되는 바, 이는 건물의 양도가액은 없는 것으로 보아 토지에 대하여만 양도소득세를 부과하였음을 알 수 있다. 위의 사실을 종합하여 보면, 매매계약서상 매매목적물란에 토지만 기재되어 있는 점, 쟁점부동산의 건물중 239.66㎡는 청구인이 철거하여 95.1.19 공부상 멸실되었으며 매수자인 청구외 OOO에게 등기부상 소유권이 이전된 사실도 없는 점, 공장건물 595㎡는 청구외 (주)OO종합폐차장의 대차대조표상 자산항목인 건물계정에 계상되어 있지 아니하고 거래가액 전체가 토지계정에 계상되어있는 점, 청구인이 북구청에 제출한 토지거래계약 신고필증상에 거래금액이 토지에 대한 것으로 기재되어 점, 쟁점부동산 양도에 따른 남대구세무서의 양도차익계산도 건물은 양도된 것으로 보지 아니하고 토지만 양도된 것으로 보아 양도소득세를 결정한 점, 매매계약서상 매매금액 총액은 건물의 멸실여부와 관계없이 토지 ㎡당 310,000으로서 일정하고 건물을 멸실할 경우에 거래가액의 변동에 대하여 거래당사자간에 언급이 없었던 점등을 종합하면 쟁점부동산의 거래대금전체에는 건물가액이 포함되어 있지 아니한 것으로 인정된다.

(3) 또한, 토지와 함께 건물(595㎡)을 공급한 것으로 보는 경우 사업상증여로 보아 부가가치세를 과세할 수 있는지에 대하여 보면, 청구외 OOO에게 소유권이 이전된 토지의 지상에 위치하게 된 건물 239.66㎡는 매매대금약정시 건물가액을 정한 사실이 없고, 양도자인 청구인의 책임하에 철거하기로 한 약정에 따라 청구인이 이를 이행함으로써 공유물분할(95.2.9)전인 95.1.19 공부상 멸실되어 매수자인 청구외 OOO에게 등기상 소유권이 이전된 사실이 없으므로 재화의 공급이 있었다고 볼 수 없다. 한편, 청구외 주식회사 OO종합폐차장에게 소유권이 이전된 토지의 지상에 위치하게 된 건물 595㎡는 심리일 현재까지 주식회사 OO종합폐차장의 소유로 되어 있는 바, 이는 위에서 본 바와 같이 별도의 대가 지급없이 소유권만 이전되었다고 보이므로 청구인이 청구외 주식회사 OO종합폐차장에게 사업상 증여한 것으로 볼 수 있다. 이 경우 부가가치세법상 재화의 공급에 해당되나, 90.12.31 이전에 취득한 감가상각 대상자산의 간주공급시의 과세표준계산방법(1과세기간 경과시 마다 25%씩 공제함)을 적용하여 보면, 이 건은 건물의 취득시기가 78.10.20으로서 취득 후 2년이 경과되어 과세표준은 없게 된다.

(4) 판단 위의 사실을 종합하여 관련법령을 적용하여 보면, 거래대금총액에 건물가액이 포함되지 아니한 것으로 인정되고, 건물을 무상으로 증여한 것으로 보는 경우에도 그 취득일로부터 2년이 경과되어 과세표준이 “영”으로 산정되어 없게 되므로, 처분청이 거래대금총액에 건물가액이 포함되어 있고 토지와 건물가액의 구분이 불분명하다고 보아 지방세과세시가표준액으로 토지와 건물가액을 안분계산하여 건물에 대하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 부당하므로 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.