특별부가세의 면제신청 없이도 면제가 가능한지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 OO중학교, OO상업고등학교를 운영하는 학교법인으로 교육사업용 기본재산인 경상북도 경주시 OO동 OOOOO 학교용지 17,382㎡, 건물 1,523.85㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 ’65.9.16 취득하여 이를 학교이전목적으로 ’90.11.23 청구외 OO주택주식회사에 양도하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 양도하고 조세감면규제법 제67조의 3 제4항 및 같은법 시행령 제55조의 3 제4항의 규정에 의한 특별부가세 면제신청을 한 사실이 없다 하여 ’96.2.21 청구법인에 ’90.1.1～’90.12.31 사업년도분 법인세(특별부가세) 1,202,016,350원 및 동 방위세 159,172,320원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 ’96.4.22 이의신청, ’96.7.6 심사청구를 거쳐 ’96.10.18 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구법인은 조세감면규제법에 특별부가세 면제규정이 있는지 몰라서 면제신청은 하지 못하였으나 쟁점부동산 양도후 동 양도자금으로 조세감면규제법 시행령 제55조의 3에서 규정한대로 교육사업용 기본재산을 취득하였고, 조세감면규제법의 입법취지도 사립학교가 교육사업에 사용할 목적으로 기본재산을 양도하는 경우 세액을 면제하여 준다는 것이므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인이 쟁점부동산을 양도한데 대하여 특별부가세를 면제받기 위해서는 쟁점부동산의 양도일이 속하는 사업년도의 법인세 과세표준신고와 함께 세액면제신청서를 제출하여야 하나 이를 제출하지 아니하였으므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 학교법인이 소유하던 기본재산인 부동산(토지, 건물)을 교육사업에 사용할 목적으로 양도한 경우 특별부가세의 면제신청 없이도 면제가 가능한지 여부
• 나. 관련법령 조세감면규제법 제67조의 3(’93.12.31 개정이전의 것) 제1항 및 제4항과 같은법 시행령 제55조의 3(’93.12.31 개정이전의 것) 제4항의 규정에 의하면, 학교법인이 소유하는 기본재산인 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득은 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 세액면제신청서를 제출하는 경우에 한하여 특별부가세를 면제한다고 되어 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 쟁점부동산을 ’90.11.23 양도하고 조세감면규제법 제67조의 3 제4항 및 같은법 시행령 제55조의 3 제4항의 규정에 의한 특별부가세 면제신청서를 처분청에 제출한 사실이 없다는 점에 대해서는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 학교법인이 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대해 특별부가세를 면제받기 위해서는 앞에서 본 조세감면규제법령의 규정내용과 같이 면제신청서 제출을 필수요건으로 하고 있음을 알 수 있다. 위와 같이 이 건의 경우 청구법인이 쟁점부동산을 양도하고 특별부가세의 면제신청을 한 사실이 없으므로 처분청이 쟁점부동산 양도에 대하여 특별부가세를 과세한 것은 정당하다고 판단된다.(대법원 89누 7351, ’90.4.27, 국심 94구 298, ’94.4.6 같은 뜻임)

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.