종교법인이 고유 목적사업에 직접 사용하던 토지를 양도하고 이에 대한 특별부가세 감면신청서를 제출하지 아니한 경우에도 감면할 수 있는 지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 경상북도 영주시 OO동 OOOOO 대지 391.1㎡ 및 같은동 OOOOOO 대지 499.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에서 조립식 판넬 교회를 운영하다가 장소가 협소하여 91.11.14. 이를 양도하고 법인세(특별부가세)를 신고하지 아니하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 양도하고 구 조세감면규제법 제67조의 14의 규정에 의하여 세액면제신청서를 제출하지 아니하였으므로 감면요건에 해당되지 아니하는 것으로 보아 쟁점토지의 양도로 인한 소득에 대하여 96.1.16. 청구법인에게 91.3.1.～92.2.28. 사업년도분 법인세(특별부가세) 92,530,380원을 부과하였다. 청구법인은 이에 불복하여 96.3.4. 심사청구를 거쳐 96.6.14. 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점토지의 지상에 조립식판넬 교회를 운영하다가 협소하여 양도하고 교회를 영주시 OO동 OOOOO 및 OOOO로 이전하여 지하 1층, 지상 1층의 건물을 건축하여 법인의 고유목적 사업인 교회를 운영하고 있는 바, 세무에 대한 지식이 부족하여 쟁점토지의 양도로 인한 세액면제신청을 하지 못하였지만, 쟁점토지를 처분한 금액은 전액 청구법인의 고유목적에 사용한 것이므로 이 건을 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 조세감면규제법에는 종교법인이 소유하던 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 특별부가세의 면제는 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 세액면제신청서를 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다고 규정하고 있으므로 세액면제신청을 그 면제요건으로 하고 있으며, 청구법인은 법 소정기한내에 세액면제신청서를 제출한 사실이 없으므로 처분청이 감면규정의 적용을 배제하고 이 건을 과세한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건은 종교법인이 고유 목적사업에 직접 사용하던 토지를 양도하고 이에 대한 특별부가세 감면신청서를 제출하지 아니한 경우에도 감면할 수 있는 지 여부를 가리는 데 그 다툼이 있다.
• 나. 관계법령 구 조세감면규제법 제67조의 14 제1항 본문 및 제2호에서 『다음 각호의 1에 해당하는 토지등을 당해 법인의 고유목적 사업에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다.

2. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인(법인격 없는 사단·재단·기타 단체를 포한다. 이하 이조에서 같다)이 그 고유목적에 직접 사용하는 토지 등』이라고 규정하고 있고, 같은조 제4항에서 『제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다』고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제55조의 12 제1항에서 『법 제67조의 14 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 그 면제신청서류에 의하여 고유목적사업에 사용할 목적으로 토지 등을 양도하는 것이 확인되는 경우에 한한다』고 규정하고 있고, 같은조 제4항에서 『법 67조의 14의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 한다』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 구 조세감면규제법 제67조의 14 및 같은법 시행령 제55조 12항에는 종교법인이 그 고유의 목적사업에 사용하던 토지 등을 양도한 경우 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 세액면제신청서를 제출한 경우에 한하여 특별부가세를 면제한다고 세액면제의 신청을 그 요건으로 하고 있는 바, 청구법인은 쟁점토지를 양도하고 과세표준신고 및 세액면제신청서를 제출하지 아니한 사실에 대하여는 다툼이 없으므로 처분청이 조세감면규정의 적용을 배제하고 이 건을 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
• 라. 결론 따라서 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.