청구법인이 토지 출연일로부터 3년이내에 동 토지를 출연목적에 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부(취소)

[주 문] OO세무서장이 95.12.25 청구법인에게 결정고지한 95년도분 증여세 2건442,703,690원(OOO 출연재산분 427,833,190원, OOO 출연재산분 14,870,500원)의 부과 처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분개요 청구법인은 의료기관 설치운영 및 보건의료에 관한 연구개발을 통하여 국민보건향상을 도모할 목적으로 경상북도 OO시 OO동 OOOOOO 답 1,236㎡ 및 같은 시 OO동 OOOOO 답 942㎡는 청구외 OOO로부터 출연받고, 같은 시 OO동 OOO 답 1,746㎡ 및 같은 동 OOO 답 1,597㎡는 청구외 OOO으로부터 출연받아 위 토지들(이하 “쟁점토지”라 한다)을 기본재산으로 하여 92.3.18 설립된 의료법인으로서, 동 법인의 이사장인 OOO의 자금으로 위 같은 시 하양읍 OO리 OOOOO 소재 OOOO병원을 인수하여 OOOO병원으로 개칭한 후 94.12.29 청구법인의 소유로 이전등기한 다음 95.2.25 경상북도지사로부터 청구법인의 기본재산을 쟁점토지에서 OOOO병원으로 변경하는 정관변경허가 및 쟁점 토지를 처분하여 위 OOOO병원 인수자금과 대체하는 조건의 기본재산처분허가를 받은 후 95.12.29 같은 도지사로부터 위 처분허가일로부터 3년이내 기본재산을 처분하도록 처분기간을 지정받은 바 있다. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 출연받은 날로부터 3년이내에 출연목적에 사용하지 아니한 것으로 보아 95.12.25 청구법인에게 95년도분 증여세 2건 442,703,690원(OOO 출연재산분 427,833,190원, OOO 출연재산분 14,870,500원)을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 96.1.12 심사청구를 거쳐 96.4.25 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구법인은 설립당시 출연재산인 쟁점토지를 처분하여 그 매각자금으로 의료 기관을 설립하고자 하였으나 동 토지 처분전에 OO시 하양읍 OO리 OOOOO 소재 OOOO병원을 인수할 기회가 발생하여 동 병원 인수에 필요한 자금은 우선 이사장인 OOO의 개인 자금으로 충당하되 추후 쟁점토지를 매각하여 위 인수자금을 상환하기로 하고 동 병원의 토지, 건물 및 의료장비 일체를 인수하여 OO의료재단 OOOO병원을 개설하였으며, 그 후 청구법인은 쟁점토지를 매각하고자 하였으나 부동산 경기침체 및 농지 취득제한규정 등의 사유로 매각이 곤란하여 경상북도지사에게 청구법인의 기본재산을 쟁점토지에서 위 OOOO병원의 토지 및 건물로 변경하고, 쟁점토지는 추후 처분되는 대로 위 인수자금과 대체(교환)하기로 하는 정관변경 및 기본재산처분허가신청을 하여 95.2.25 그 허가를 받은 바 있고, 이어서 95.12.29 쟁점토지를 위 허가일로부터 3년이내에 처분하여 위 인수자금을 상환하도록 같은 도지사로부터 처분기간을 지정받은 바 있으므로 쟁점 토지는 당초 출연목적인 의료기관설립에 사용된 것으로 보아야 하고, 설사 쟁점토지 출연일로부터 3년이내에 출연목적에 사용하지 않은 것으로 본다 하더라도 상속세법 소정의 “그 사용에 장기간을 요하는 부득이한 경우로서 주무부장관이 인정하는 경우”에 해당하므로 쟁점토지에 대한 증여세 부과는 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 상속세법 관련규정에서 출연재산을 출연목적에 사용하는 경우라 함은 출연받은 재산을 출연받은 날로부터 3년 이내에 직접 의료사업에 사용하거나 동 재산을 매각한 자금을 의료사업에 사용하는 경우 또는 동 재산을 다른 재산과 교환한 후 교환으로 취득한 재산을 출연목적에 부합되게 사용하여야 할 것으로 해석됨에도 청구법인은 92.3.18 설립과 동시에 출연받은 쟁점토지를 이 건 심사청구 심리일 현재까지 청구법인 소유재산으로 보유만 하고 있을 뿐 이를 의료사업에 사용하지 아니하였으므로 동 토지를 출연목적에 사용한 것으로 보아야 한다는 청구주장은 이유 없다. 한편, 청구법인은 95.12.29 경상북도지사로부터 기본재산 처분기간을 95.2.25 부터 3년 이내에 처분하도록 허가를 받았으므로 이를 상속세법 제8조의 2 제4항 제1호 및 같은법시행령 제3조의 2 제17항 제1호에 규정한 “그 사용에 장기간을 요하는 부득이한 사유로서 주무부장관이 인정하는 경우”로 보아야 한다고 주장하나, 위 기본재산 처분기간지정 공문은 도지사가 청구법인의 감독관청의 지위에서 쟁점토지를 위 지정된 기한까지 매각하도록 한 사실행위에 불과한 것이므로 이를 위 규정에 의한 부득이한 사유로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점토지 출연일로부터 3년이내에 동 토지를 출연목적에 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부를 가린다.
• 나. 관련법령 상속세법 제8조의 2 제1항 제1호 및 같은법시행령 제3조의 2 제2항 제11호에 의하면 의료법에 의한 의료법인이 운영하는 사업에 출연한 재산의 가액은 상속세과세가액에 산입하지 아니한다고 규정하고 있고, 위 법 같은 조 제4항에서 제1항 제1호의 규정에 의하여 상속세과세가액에 산입하지 아니한 재산을 출연받은 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 그 출연받은 자가 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다고 규정하면서 그 제1호에서 “출연받은 재산을 출연목적외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년(94.12.22 법률 제4805호에서 개정, 개정전에는 2년)내에 출연목적에 전부 사용하지 아니한 경우. 다만, 그 사용에 장기간을 요하는 등 부득이한 사유가 있는 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다. 이 경우 제3항의 규정에 의한 보고서의 제출과 함께 세무서장에게 그 사실을 보고하여야 한다”고 규정하고 있으며, 위 개정법률 부칙 제3항에서 동 개정규정은 이 법 시행 (95.1.1)후 최초로 증여세를 결정하는 것부터 적용한다고 규정하는 한편, 위 시행령 같은 조 제6항에서 “상속세법 제8조의 2 제4항 제1호의 규정에 의하여 출연목적에 사용하는 경우라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 출연받은 재산을 당해 공익사업의 정관상 고유목적사업(이하 “직접공익목적사업”이라 한다)에 사용하거나 당해 재산을 수익사업용 또는 수익용으로 운용하여 얻은 소득(이하 “출연재산운용소득”이라 한다)을 직접공익목적사업에 사용하는 것

2. 출연받은 재산(출연받은 재산중 수익사업용 또는 수익용으로 운용하는 것을 제외하되, 사립학교법에 의한 학교법인이 다른 학교법인의 교육용 기본재산으로 출연하는 토지·건물을 포함한다)을 당해 공익사업의 효율적 수행을 위하여 당해 공익사업의 직접공익목적사업과 동일한 목적의 다른 공익사업의 직접공익목적사업에 출연하는 것” 을 규정하고 있고, 동 제17항에서 상속세법 제8조의 2 제4항 제1호 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사유를 주무부장관이 인정하는 경우를 말한다고 하면서 그 제1호에서 출연받은 재산을 전부 사용함에 있어서 출연받은 날부터 3년을 초과함을 요하는 사유를 규정하고 있으며, 위 같은법 제34조의 7에서 위 규정들을 증여세에 준용하도록 하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구법인은 91.9.6 보건사회부장관에게 쟁점토지의 매각대금 등으로 병원부지를 확보하는 등의 사업계획을 수립하여 의료법인 설립허가 신청을 하고 91.11.30 같은 장관으로부터 의료법인 OO의료재단 설립허가(보건사회부 제162호)를 받아 92.3.18 법인설립등기를 하고 92.3.26 쟁점토지를 청구법인의 기본재산으로 출연등기한 후 쟁점토지를 처분하지 못하고 있다가 94.11.22 청구법인의 이사회에서 OO시 하양읍 OO리 OOOOO 소재 OOOO병원을 인수하여 우선 청구법인의 의료기관(OOOO병원)으로 개설하되 인수자금은 쟁점토지 처분대금으로 하고 그 매각이 용이치 못할 때는 이사장 OOO에게 등기이전하는 것으로 의결하여 94.12.29 위 병원의 토지 및 건물을 청구법인 소유로 등기이전한 사실이 법인설립허가증, 등기부등본, 이사회회의록 등 관련서류에 의하여 확인되고 있고, 위 병원의 인수자금 조성 경위 및 지급사실이 OO은행 OO지점의 대출금 거래장(계좌번호 OOOOOOOOOOOOOOOOO, 차주 OOO), 같은 지점의 보통예금통장(계좌번호 OOOOOOOOOOOOOOOOO, 예금주 OOO), OOOO상호신용금고의 부금통장(계좌번호 OOOOOOOOOOOO, 부금주 청구법인) 및 처분청의 조사서 등에 의하여 다음과 같이 확인되고 있으며, <의료기관(OOOO병원) 인수 자금조성 및 지급현황> (단위:백만원) 구 분 계약서상 실제 지급 자 금 조 성 일자 금액 일자 금액 계약금 94.11.15 200 94.11.21 550 OOO 개인의 OO은행 OO지점 대출금 (94.11.19) 10억원 1차중도금 94.11.22 550 94.11.22 200 2차중도금 94.11.30 330 94.11.25 250 잔 금 (쌍방협의) 350 95.4.21 350 청구법인의 OOOO상호신용금고 대출금(95.4.12) 350백만원 합 계 1,430 1,350

• 주) 차액 80백만원은 불량의료기자재 차감액 이후 청구법인은 쟁점토지의 매각이 용이치 못하여 동 토지의 감정가액(1,480백만원)을 OOO의 소유로 대체하고 OOO은 동 대금을 위 병원 인수자금과 교환하는 방법으로 지급하여 위 병원을 청구법인의 기본재산으로 변경하고자 하는 정관변경 및 기본재산처분허가를 경상북도지사에게 신청하여 95.2.25 같은 도지사로부터 청구법인의 기본재산을 쟁점토지에서 OOOO병원(토지 및 건물)으로 하는 정관변경허가 및 쟁점토지를 처분하여 의료기관(OOOO병원) 인수자금과 교환(대체)하는 조건으로 기본재산처분허가(보건 65540-348)를 받은 바 있고, 95.4.4 쟁점토지중 OO시 OO동 OOOOOO 답 1,236㎡를 담보로 하여 350백만원을 기채하되 동 자금은 청구법인의 OOOO병원 내부공사 및 개원 운영자금에 사용할 것을 조건으로 하여 위 같은 도지사로부터 기본재산 담보제공 허가(보허 제162-4호)를 득한 후 위 토지를 담보로 95.4.12 OOOO상호신용금고에서 350백만원을 대출받아 OOOO병원 인수대금중 잔금을 지급한 사실이 관련공문 등에 의하여 확인되고 있으며 95.12.29 위 같은 도지사의 기본재산처분기간지정 공문(보건 65542-2344)에서 허가조건은 위 95.2.25자 허가와 동일하되 기본재산처분(매각)기간은 위 허가일로부터 3년이내에 처분하도록 그 처분기간을 구체적으로 지정받고, 96.4.10 쟁점토지중 OO시 OO동 답 942㎡를 1억원에 처분하여 동 처분대금으로 OOO의 OO은행 OO지점의 대출금 10억원중 95.12.18 기 상환한 1억원에 충당한 사실이 대출금거래장, 매매계약서, 등기부등본 등에 의하여 확인되고 있다.

2. 위 사실들에 관련법령을 더하여 살펴보면, 청구법인은 출연재산인 쟁점토지를 그 출연목적 사용 의무기간인 3년이내에 직접 처분하여 그 처분대금으로 청구법인의 설립목적인 의료기관(OOOO병원) 설립에 사용한 것은 아니나, 위 의료기관이 청구법인의 이사장인 OOO의 개인자금으로 인수 설립된 후 청구법인의 기본재산이 쟁점토지에서 위 OOOO병원의 토지 및 건물로 변경되고, 쟁점토지는 추후 처분되는 대로 위 인수자금과 대체(교환)하는 것으로 허가되었으며 위 각 사실이 쟁점토지 출연일로부터 3년이내에 이루어진 것이라면 쟁점토지는 사실상 위 병원인수자금의 조성에 있어서 일종의 담보로서의 기능을 한 후 기본재산에서 제외되었다고 볼 수 있고 따라서 당초 의료기관 설립을 위하여 출연된 기본재산으로서의 소임을 다한 것이라고 할 수 있으며, 추후 쟁점토지의 처분대금이 OOO 개인의 위 병원인수자금에 충당될 것인지 여부는 그것이 쟁점토지 출연일로부터 3년 이내에 이루어지던 아니면 3년 이후에 이루어진던 청구법인과 OOO의 채권채무 관계에 불과하다 할 것이어서 이는 상속세법이 출연재산에 대한 사후관리사항으로서 예정하고 있는 바가 아니라고 할 수 있으므로 처분청에서 청구법인이 쟁점토지를 그 출연일로부터 3년이내에 출연목적에 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 증여세를 과세한 처분은 부당하고, 또한, 쟁점토지를 그 출연일로부터 3년이내에 처분하여 그 처분대금으로 위 OOOO병원 인수자금에 충당하지 못하였다 하여 청구법인이 쟁점토지를 3년이내에 출연목적에 사용하지 않은 것으로 본다 하더라도 의료법 제41조 제3항의 규정에 의한 의료법인의 기본재산처분 허가권자인 경상북도지사가 95.12.29 청구법인의 기본재산인 쟁점토지의 처분기간을 당초 허가일(95.5.25)로부터 3년이내로 지정하고 있는바, 이는 비록 그 지정처분이 쟁점토지 출연일로부터 3년 이후의 것이기는 하나 당초 기본재산처분허가는 쟁점토지 출연일로부터 3년 이내에 이루어졌고 이 당시 처분기간을 함께 지정하였어야 할 것을 사후에 쟁점토지의 처분에 장기간을 요하는 사실을 감안하여 당초 허가일로부터 3년이내로 구체적으로 처분기간을 지정하여 준 것으로 볼 수 있는 점, 쟁점토지의 일부를 담보로 제공하여 위 병원 인수자금의 일부로 사용하고 일부는 처분하여 동 인수자금의 일부와 상계한 사실 등을 감안하여 볼 때, 위 처분기간 지정처분은 출연재산을 전부 사용함에 있어서 출연받은 날부터 3년을 초과함을 요하는 사유가 있는 경우로서 주무부장관이 인정하는 경우에 해당된다 할 것이므로 위 관련규정에 의하여 증여세를 부과할 수 없는 예외 사유에 해당되는 것으로 판단된다.

• 라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.