농공단지 입주기업에 대한 세액감면을 배제한 처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 1993.7.1 전라남도 나주시 OO동 OOOOO 소재 농공단지에 입주하여 제조업을 영위하다가 1994.8.1 법인으로 전환하였으며 1994년 귀속 종합소득세 신고시 1994.1.1～1994.7.31까지의 제조업 소득에 대하여 농공단지 입주기업에 대한 세액감면의 규정에 따라 세액 30,336,682원을 감면하여 종합소득세를 신고납부하였다. 처분청은 청구인이 감면받은 세액을 구 조세감면규제법 제123조 제4항의 규정에 의하여 사용하지 않았다 하여 1996.3.16 청구인에게 1994년 귀속 종합소득세 33,682,840원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1996.4.17 심사청구를 거쳐 1996.7.19 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구인이 법인전환 당시는 조세감면규제법 제124조 제3호 단서의 규정이 신설되지 아니하여 동호 본문의 규정을 따라야 하는데 본문의 규정을 문리해석하면 농공단지입주 개인기업이 법인으로 전환하는 경우 당해년도에는 감면세액을 사업용자산에 투자하거나 장기차입금의 상환에 사용할 길이 없게 되어 감면이 불가능하게 되는 바, 조세감면규제법 제31조 제7항에서는 농공단지 입주기업이 법인전환하는 경우 잔존 감면기간에 대하여 법인전환 이전과 동일한 감면을 받을 수 있다고 규정하여 감면을 승계할 수 있도록 규정하고 있으므로 이 건의 경우도 법인전환으로 인하여 설립된 법인을 개인기업과 동일한 실체로 보아 개인기업의 감면세액을 법인이 5년이내에 사업용 고정자산에 투자하거나 2년이내에 장기차입금의 상환에 사용한 경우에는 그 의무를 다한 것으로 보아 감면을 인정해 주어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 조세감면규제법 제50조에 의한 감면세액 상당액을 같은법 제123조 제4항의 규정에 따라 고정자산에 투자하거나 장기차입금의 상환에 사용하지 아니하고 법인으로 전환하는 경우에는 같은법 제124조 제3호의 규정에 의거 동 감면세액은 추징하는 것이며, 1994.12.22 개정된 같은법 제124조 제3호의 규정은 1995.1.1 이후 법인전환하는 것부터 적용하는 것이므로 1994.8.31 법인으로 전환하므로써 같은법 제123조 제4항에 규정하는 용도에 사용하지 아니한 1994년 귀속분에 대하여는 농공단지 입주기업등에 대한 세액을 감면할 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 심판청구는 농공단지 입주기업에 대한 세액감면을 배제한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 조세감면규제법 제50조 제1항(1994.12.22 개정전의 것)에서 농공단지안에서 농어촌소득원개발사업을 영위하는 내국인에 대하여는 당해 공장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 제6조 제1항의 규정을 준용하여 감면한다고 규정하고 있고, 같은법 제123조 제4항에서 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 받은 거주자는 공제받은 세액에 상당하는 금액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 소득세 상당액)을 대통령령이 정하는 바에 따라 고정자산에 대한 투자나 장기차입금의 상환에 사용하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은법 제124조에서 제123조 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 받은 거주자가 공제받은 세액에 상당하는 금액을 제123조 제4항의 규정에 의하여 사용하지 아니한 때에는 그 공제 또는 감면받은 세액에 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세에 가산하여 지체없이 징수한다고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1993.7.1 전라남도 나주시 OO동 OOOOO 소재 농공당지에 입주하여 OOOOOOO라는 상호로 제조업을 영위하다가 1994.8.1 법인으로 전환하면서 개인사업을 폐업하였으며 1994년 귀속 종합소득세 신고시 조세감면규제법 제50조 제1항의 규정에 의거 세액 30,336,682원을 감면하여 종합소득세를 신고·납부하였고, 처분청은 감면받은 세액을 같은법 제123조 제4항의 규정에 의하여 사용하지 않았다 하여 감면을 배제하였다.

(2) 조세감면규제법이 조세감면의 내용을 개인과 법인의 경우로 각각 달리 구분하여 규정하고 있고, 개인과 법인은 인격이 서로 다른 실체이기 때문에 개인기업체를 현물출자 또는 사업양수도 방식에 의하여 법인으로 전환하는 경우에도 동일한 인격이 승계유지되는 것은 아니므로 개인사업자가 조세감면규제법상의 조세특례규정에 의하여 세액감면을 받은 경우 그 조세특례규정이 법인에게 그대로 승계되기 위해서는 법률에 특별한 규정이 있는 경우에만 가능하다 할 것이다.

(3) 이 건에 대한 조세감면규제법의 관련규정을 종합해 보면 농공단지입주기업에 대한 소득세 감면을 받은 거주자가 그 감면받은 세액에 상당하는 금액을 고정자산에 투자하거나 장기차입금의 상환에 사용하지 아니한 때에는 감면받은 세액을 추징하는 것이며, 청구인이 주장하는 조세감면규제법 제31조 제7항의 규정은 농공단지입주기업을 영위하는 내국인이 감면기간이 경과되기 전에 국가의 산업정책상 또는 경영규모의 적정화를 유도할 필요가 있는 업종으로서 정부가 합병장려업종으로 정한 업종을 영위하는 중소기업간에 통합하는 경우 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합후 존속하는 법인은 잔존감면기간에 대하여 감면을 받을 수 있다는 것이므로 개인기업에서 법인으로 전환한 청구인에 대하여는 이 규정을 적용할 수 없다 할 것이고 1994.12.22 개정된 같은법 제124조 제3호의 규정은 1995.1.1부터 적용하는 것일 뿐만 아니라 법인전환으로 인하여 설립된 법인인 OOOO(주)의 최초 사업년도인 1994.8.1～1994.12.31 사업년도의 이익잉여금처분계산서에 의하면 미처분 이익잉여금이 60,581,143원이 있었음에도 감면세액 미사용분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 않았음이 확인되고 있다.

(4) 위 사실을 미루어 볼 때 청구주장은 받아들일 수 없는 반면 농공단지 입주기업에 대한 소득세 감면을 배제하여 감면받은 세액을 추징한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.