[참조결정] 국심1993중1977
[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 처분개요 청구인은 청구인 소유인 별지내역의 광주광역시 광산구 OO동 OOOOO외 10필지(이하 “쟁점토지”라 한다)가 광주첨단과학산업단지 조성사업용 토지(건설부 고시 782호, 92.12.21)로 한국토지개발공사에 수용되어 그 보상금을 93.2.11 수령한 후, 94.5.9 기준시가에 의한 양도소득세 산출세액 447,556,022원에서 감면세액 3억원을 공제한 잔액 147,556,020원을 납부할 세액으로 하여 확정신고하고 94.5.31 자진납부하였으나, 쟁점토지의 양도로 발생한 소득은 양도소득세가 전액 면제대상인데도 과다 납부하였다 하여 95.2.27 처분청에 자진납부한 양도소득세 147,556,020원의 환급신청을 하였다. 처분청은 공공사업용 토지의 양도로써 92.12.31 이전에 사업인정고시되어 양도소득세가 전액 면제되는 토지라도 조세감면규제법 제88조의 2(90.12.31 신설, 91.12.27 개정)에 의하여 그 감면액은 300,000,000원을 초과할 수 없다는 취지로 95.9.26 청구인의 환급신청을 거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 95.11.20 심사청구를 거쳐 96.3.15 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구인 주장 쟁점토지는 산업입지 및 개발에 관한 법률 제17조의 규정에 의하여 91.12.21 국가공업단지 개발사업으로 사업인정고시(건설부고시 제782호)되고 92.12.31 사업시행자인 한국토지개발공사와 매매계약 수용되어 93.2.11 보상금을 수령하였으므로 쟁점토지는 92.12.31 이전에 사업인정고시된 사업지구안에 있는 토지로서 쟁점토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 구조세감면규제법 제57조 제1항 및 동법 부칙 제19조 제2항에 의하여 양도소득세 전액이 면제되는 것임에도, 청구인이 기납부한 양도소득세 147,556,020원을 환급거부함은 부당하다.
- 나. 국세청장 의견 쟁점토지가 92.12.31 이전에 광주첨단과학 산업단지 조성사업용 토지로 한국토지개발공사에 수용된 토지임은 당사자간에 다툼이 없고, 따라서 구조세감면규제법 제57조에 의하여 양도소득세가 면제되는 것은 분명하나, 같은법 제88조의 2 및 같은법 부칙 제20조의 규정에 의하여 개인의 경우 과세기간별로 감면받는 양도소득세 합계액이 3억원을 초과할 수 없으므로 이 건의 경우와 같이 그 감면세액이 3억원을 초과한 금액에 대하여 환급신청을 거부한 처분청의 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 92.12.31 이전에 공공사업용 토지로 사업인정고시되어 양도되는 토지의 양도소득세 감면범위를 가리는데 있다.
- 나. 관계법령 쟁점토지의 양도 당시 시행된 조세감면규제법(91.12.27 법률 제4451호) 제57조 제1항에서 토지수용법 기타 법률에 의하여 토지 또는 건물(이하 “토지등”이라 한다)이 수용됨으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 50(토지양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 80)에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있으며, 같은법 부칙 제19조 제2항에서 “법 제57조 제1항 각호의 1에 해당하는 소득중 1992년 12월 31일 이전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지등의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여는 제57조 제1항 및 제66조의 3의 개정규정에 불구하고 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다”라고 규정하고 있다. 한편, 조세감면규제법 제88조의 2(91.12.27 법률 제4451호)에서는 개인이 제57조의 규정에 의하여 감면받는 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다고 규정하고 있고 같은법 부칙 제12조 제2항에서 “제88조의 2 및 제88조의 3의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세년도분부터 적용한다”라고 규정하고 있다.
- 다. 판단 전시한 조세감면규제법 제57조 제1항 및 같은법 부칙 제19조 제2항과 같은법 제88조의 2 및 같은법 부칙 제12조 제2항의 관계를 보면, 조세감면규제법 제57조 제1항 및 같은법 부칙 제19조 제2항은 양도소득세 감면비율에 관한 규정이고, 같은법 제88조의 2는 양도소득세 감면의 종합한도액을 설정한 규정으로서 각기 그 입법목적과 규율하는 사항을 달리하므로 같은법 부칙 제19조 제2항에 의하여 92.12.31 이전에 사업인정고시 되어 양도되는 경우에는 양도소득세를 전액면제하되, 그 감면될 양도소득세액의 합계액이 연간 300,000,000원을 초과하는 경우에는 조세감면규제법 제88조의 2의 규정에 따라 그 초과부분은 감면되지 아니한다 할 것이다.(같은 취지: 국심 93중1977, 93.10.22,: 대법원판례 93누18761, 94.4.15외 다수) 따라서 92.12.31 이전에 공공사업용 토지로 사업인정고시되어 수용된 쟁점토지는 조세감면규제법 제88조의 2 및 같은법 부칙 제12조 제2항에 의하여 3억원을 한도로 하여 양도소득세가 면제되는 것이므로 93년도분 양도소득세액중 3억원을 초과하여 청구인이 기납부한 양도소득세 147,556,020원의 환급을 구하는 청구인 주장은 양도소득세 감면의 종합한도에 관한 법리를 오해한 잘못이 있다 하겠다.
- 라. 이 건 심판청구는 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.