가액이 부가가치세 과세대상인 재화의 자가공급에 해당하는지 여부(취소)

[주 문] 북인천 세무서장이 96.4.16 청구법인에게 결정고지한 95년 2기분 부가가치세 62,041,180원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 96.1.25 관할 세무서인 북인천세무서에 95년 2기분 부가가치세를 확정신고함에 있어서 133,216,712원의 환급신고를 하고, 96년 2월 북인천세무서장으로부터 동 금액을 환급받았다. 처분청은 96년 3월 환급자에 대한 현지확인 조사를 실시하여 청구법인이 자기의 사업과 관련하여 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 자기의 다른 사업장에 반출한 477,239,909원 상당의 자가공급(이하 “쟁점가액”이라 한다)을 적출한 후, 96.4.16 청구법인에게 95년 2기분 부가가치세 62,041,180원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 96.6.14 심사청구를 거쳐 96.9.11 심판청구 하였다.

2. 청구법인주장 및 국세청장의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 본사(이하 “본사”라 한다)에서는 94.11.26 그 관할인 동부산 세무서장에게 총괄납부승인신청을 하여 95.1.24자로 승인 받은 바 있으며 95.9.18 본사를 잠실세무서 관할로 옮기고 95.9.19 본사이전으로 인한 총괄납부 변경승인신청하여 95년 2기부터 총괄납부할 것을 내용으로 한 총괄납부변경승인통보를 받았고 청구법인의 지점 신설로 인하여 95.10.20 총괄납부변경승인신청을 하였는데, 잠실세무서장은 95.12.14 총괄납부 변경승인을 함에 있어 총괄납부적용시기를 96년 1기부터로 하였는 바, 이는 부가가치세법 기본통칙 1-3-4 ---4에 반하므로 무효이고 따라서 본사가 총괄납부변경승인신청한 날이 속하는 과세기간인 95년 2기부터 총괄납부대상이므로 쟁점가액은 부가가치세법 제6조 제2항의 규정에 의한 과세대상인 자가공급에 해당하지 아니한다.
• 나. 국세청장 의견 본사가 95.10.20 신청한 주사업장총괄납부승인신청에 대하여 주사업장(본사) 관할 세무서인 잠실세무서장은 주사업장총괄납부승인을 함에 있어, 그 적용시기를 “96.1기부터” 적용하도록 명시되어 있고, 또한 본사도 이를 수용하여 청구법인이 95.2기 부가가치세 확정 신고시 발생한 환급세액을 가감하여 신고하지 않았으며, 청구법인도 처분청으로부터 위 환급세액을 환급받은 사실등으로 보아, 청구법인이 총괄납부적용시기가 95년 2기분부터라고 주장하는 것은 납세자로서 주의의무를 다 하였다고 볼 수 없으므로 이 건 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점가액이 부가가치세 과세대상인 재화의 자가공급에 해당하는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제6조 제2항, 같은 법 시행령 제15조 제2항의 규정을 종합하면, 2 이상의 사업장이 있는 사업자가 자기사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 보되 부가가치세법 시행령 제5조 제3항의 규정에 의하여 총괄납부승인을 얻은 사업자가 총괄납부를 하는 과세기간에 반출하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니하도록 규정하고 있다. 한편, 부가가치세법 기본통칙 1-3-4---4(종된 사업장이 신설된 경우의 총괄 납부로서 이하 “기본통칙”이라 한다)에서는 주사업장 총괄납부승인을 받은 사업자가 종된 사업장을 신설한 경우 당해 신설사업장으로 인한 총괄납부승인변경사항에 대하여는 그 사업장의 사업자등록과 함께 지체없이 신고하여야 하는 것이며, 신고한 날이 속하는 예정 또는 확정신고(조기환급신고 포함)분부터 그 신설 사업장분을 포함하여 총괄납부 하여야 한다고 규정하고 있다.
• 다. 사실 및 적용판단

(1) 이건의 경우, 청구법인의 부평지점이 95년 2기 부가가치세 신고기간에 청구법인의 다른 사업장에 반출한 쟁점가액이 부가가치세 과세대상인 재화의 공급에 해당되는지 여부 및 청구법인이 총괄납부 승인을 받아 위 과세기간분의 부가가치세를 총괄납부 할 수 있었는지에 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(2) 청구법인에 대한 총괄납부승인, 청구법인의 사업장이전과 이에 따른 총괄납부변경승인 및 종된 사업장 신설로 인한 총괄납부변경신고 등에 대하여 본다. 청구법인의 본사는 당초 부산광역시 동구 OO동 OOOOOO에 그 소재지를 두고 94.11.26 최초 총괄납부승인신청(종사업장수 대구지점 1개)하여 95.1.24 동 승인을 받았고, 95.9.18 청구법인의 본사 소재지를 서울특별시 송파구 OO동 OOOOO로 옮기고 95.9.19 본사이전으로 인한 총괄납부변경승인신청을 하여 95.9.28 총괄납부변경승인통보(적용시기: 95.9.18)를 받았으며, 지점을 11개로 늘려 95.10.20 종된 사업장의 신설로 인한 총괄납부변경승인신청을 하여 95.12.14 그 적용시기를 96년 1기부터로 한 총괄납부승인서를 받은 사실이 관계서류에 의하여 확인되고 있고, 한편 청구법인은 쟁점가액에 대하여는 부가가치세를 신고 납부하지 아니한 사실이 처분청의 결정결의서 등 관계서류에 의하여 확인되고 있다.

(3) 이건 부평지점을 비롯한 청구법인의 종된 사업장이 95년 2기에 신설됨에 따라 주사업장 총괄납부승인을 받은 청구법인이 95.10.20 주사업장 관할 잠실세무서장에게 총괄납부변경신청서를 제출한 것은 전시 부가가치세법 기본통칙 1-3-4-4 에서 “주사업장 총괄납부승인을 받은 사업자가 종된 사업장을 신설한 경우에는 총괄납부변경신고”를 하도록 규정하고 있기 때문이라고 보인다. 또한 전시 부가가치세법 기본통칙에서 총괄납부변경신고가 있는 경우에는 신고한 날이 속하는 예정 또는 확정신고분부터 총괄납부를 하여야 한다고 규정하고 있으며, 이러한 총괄납부를 하는 과세기간분에 대하여는 사업장간의 반출을 부가가치세 과세대상인 재화의 공급으로 보지 아니하도록 전시 부가가치세법·령이 규정하고 있음에 따라서 청구법인의 종된 사업장인 부평지점이 청구법인의 다른 사업장에 반출한 쟁점가액을 재화의 공급으로 하여 세금계산서를 교부한다던지 관할 처분청에 신고하는 등의 과세거래로서의 부가가치세법상의 제반 절차를 이행하지 아니하였다고 보인다.

(4) 이와같이 청구법인의 종된 사업장인 부평지점이 청구법인의 다른 사업장에 반출한 쟁점가액에 대하여 이를 과세대상인 재화의 공급으로 인식하지 아니한 것은 부가가치세법·령 및 기본통칙에서 이러한 거래를 재화의 공급으로 보지 아니하도록 하였기 때문이라 하겠다. 그러하다면 정부가 제정 공포한 이들 규정과 다르게 청구법인의 주된 사업장인 본사 관할 세무서장이 이건 과세기간종료일(95.12.31)에 임박한 95.12.14에 종된 사업장 신설로 인한 총괄납부변경승인을 하면서 그 적용시기를 총괄납부변경신고가 있은 날이 속하는 과세기간이 아닌 그 후의 과세기간부터 적용하도록 하였다는 이유로 이건 쟁점가액을 과세거래로 보는 것은 신의성실에 반하는 위법한 처분이라 아니할 수 없다.

• 라. 결 론 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.