[요지] 쟁점대지는 도시계획법에 의하여 건축 및 사용이 제한된 경우에 해당하므로, 토지의 양도는 관계법령에서 규정하고 있는 장기보유특별공제 대상에 해당된다 할 것이다((구)소득세법 시행령 제46조의 3 및 동법 시행규칙 제18조의 3 제1항).
[요지] 쟁점대지는 도시계획법에 의하여 건축 및 사용이 제한된 경우에 해당하므로, 토지의 양도는 관계법령에서 규정하고 있는 장기보유특별공제 대상에 해당된다 할 것이다((구)소득세법 시행령 제46조의 3 및 동법 시행규칙 제18조의 3 제1항).
[주 문] 성남세무서장이 96.4.16. 청구인에게 결정고지한 90년도분 양도소득세에 대한 방위세 60,190,890원은 성남시 OO동OOOOOOO 대지 1,481㎡와 같은동 OOOOOOO 대지 403㎡ 합계 1,884㎡중 945㎡는 1세대 1주택 부속토지로서 비과세하고 나머지 939㎡는 장기보유특별공제를 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요 청구인은 77.1.1. 이전에 취득하여 소유해 오던 성남시 OO동 OOOOOOO 대지 1,481㎡ 및 같은동 OOOOOOO 대지 403㎡(이하 “쟁점대지”라 한다), 같은동 OOOOOOO 도로 43㎡, 같은시 OO동 OOOOOOO 도로 43㎡ 및 같은동 OOOOOOO 도로 169㎡ ; 합계 2,139㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 90.4.24. 한국토지개발공사에 수용당하였다. 처분청은 쟁점토지에 대하여 양도소득세를 감면하고 양도소득세분 방위세 60,190,890원을 96.4.16. 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.4.30. 심사청구를 거쳐 96.7.26. 이 건 심판청구를 하였다.
2. 청구인 주장 및 국세청장 의견
1. 쟁점토지의 양도에 대하여 특수배율(1.0배)을 적용하여야 한다. 국세청장이 지정한 특정지역내의 토지라 하더라도 쟁점토지에 대하여 국세청장이 정한 특정지역의 배율(11.89배)을 적용할 것이 아니라, 쟁점토지는 90.4.24. 양도 당시 군용전기통신 특별보호구역에 해당하므로 특수배율(1.0배)를 적용하여야 한다.
2. 헌법재판소의 헌법불합치 결정으로 이 건 양도소득세 부과는 그 근거가 없으므로 취소되어야 한다. 95.11.30. 헌법재판소에서 『양도소득세 부과처분중 확정되지 아니한 모든 사건과 앞으로 행할 양도소득세 부과처분 모두에 대하여 개정소득세법(법률 제4803호, 94.12.22 개정된 것)을 적용할 것』을 내용으로 하는 헌법불합치 결정을 함으로써, 양도당시 (구)소득세법 제60조 및 이에 근거한 같은법 시행령 제115조의 규정은 그 효력을 상실하였으며, 개정소득세법에서는 쟁점토지의 양도시점인 90.4.24.에 적용할 개별공시지가가 마련되어 있지 아니하여 과세근거가 없으므로 이 건 양도소득세 결정은 전액 취소되어야 한다.
3. 1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제를 추가하여 세액을 계산하여야 한다. 쟁점대지위에, 청구인이 20년 이상 거주한 1세대 1주택 189㎡이 있었으므로 주택바닥면적의 5배인 945㎡를 비과세하여야 하고, 나머지 대지부분 939㎡은 나대지로 간주하여 장기보유특별공제를 하지 아니 하였으나, 쟁점대지 위에 주택 등이 있고 76.5.4. 개발제한구역에 관한 행위제한 규정을 준용받는 지역이므로 장기보유특별공제를 하여야 한다.
1. ‘특수배율(1.0배)’ 적용문제에 대하여 89.5.2. 건설부장관과 국방부장관 사이에 쟁점토지를 포함한 부근 일대의 토지에 대하여 택지개발 예정지구의 지정에 관한 협의를 한 후에는 쟁점토지에 건축허가를 신청하여 군 부대장의 동의를 구할 수 있다고 할 것이므로, 쟁점토지의 양도에 대하여 특수배율(1.0배)의 적용을 배제하고, 그 지역의 특정지역배율을 적용하여 과세한 당초처분은 정당하다.
2. 95.11.30. 헌법재판소의 헌법불합치 결정으로 이 건 양도소득세 부과는 그 근거가 없으므로 취소하여야 한다는 주장에 대하여 (구)소득세법 시행령 제115조에 의거 기준시가로 결정한 당초처분은 정당하다.
3. ‘1세대 1주택 비과세’ 및 ‘장기보유특별공제’ 문제에 대하여 국세청장은 청구인의 주장에 대하여 언급이 없다.
3. 심리 및 판단
1. 쟁점토지의 양도에 대하여 ‘특수지역 배율(1.0배)’을 적용하여야 하는지 여부
2. 95.11.30. 헌법재판소의 헌법불합치 결정으로 이 건 양도소득세 부과는 그 근거가 없으므로 취소하여야 하는지 여부
3. 쟁점대지 1,884㎡에 대하여 ‘1세대 1주택 비과세’ 및 ‘장기보유특별공제’를 하여야 하는지 여부
1. 관계법령 (구)소득세법 시행령(90.5.1. 대통령령 제2994호로 개정되기 전의 것) 제115조 제1항 제1호 (가)목에서 『국세청장이 정하는 특정지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액』을 기준시가로 결정하도록 규정하고 있고, 그에 의거한 국세청장 기준시가액표에서 군사시설물 보호구역 등에 대한 기준시가 적용특례를 정하여 『특정지역내에서도 도시계획법·군사시설보호법 또는 기타 군사관계법령 등에 의한 보안지역·군사시설물 보호지역 내에 있는 토지의 양도에 대하여는 특정지역에 대하여 적용되는 배율을 적용하지 아니하고 그 당시의 토지 과세시가표준액에 1.0배를 곱한 가액으로 하도록 하고, 다만 군사시설보호법 제7조 등 군사관계법령등에 의하여 당해 토지의 양도일 이전에 국방부장관 또는 군부대장과 관계 행정청의 건축허가사항에 관한 사전협의가 성립된 경우에는 특수배율을 적용하지 아니한다.』고 규정하고 있다.
2. 사실관계 및 판단 쟁점토지는 90.4.24. 한국토지개발공사에 수용되기 이전에 89.5.2 건설부장관은 국방부장관과 쟁점토지를 포함한 부근일대의 토지에 대하여 ‘택지개발예정지구 지정협의’가 있었고, 89.10.26. 한국토지개발공사는 국방부 제7928부대장과 ‘통신시설이전에 관한 협약’을 체결한 사실이 있으며, 이에 대하여 다툼이 없다. 군사시설물 보호지역내의 토지는 국세청장이 지정한 특정지역내의 다른 토지에 비해 재산권의 행사에 공법상 많은 제한이 있어, 이러한 제한이 당해 토지의 양도 및 취득가액에 영향을 미치는 점을 감안하여 동 토지에 대하여는 국세청장이 고시하는 특정배율을 적용하지 않고 특수배율(1.0배)을 적용토록 한 것으로 보인다. 쟁점토지와 관련, 89.5.2. 건설부장관과 국방부장관 사이에 ‘택지개발예정지구의 지정협의’와 89.10.26. 한국토지개발공사와 국방부 제7928부대장 사이에 ‘통신시설이전에 관한 협약’에 의하여, 한국토지개발공사는 토지를 택지개발사업계획에 따른 용도의 택지로 개발하여 수요자(건설업자)에게 공급하게 되며, 이를 공급받은 수요자는 건축허가시 건축허가권자에게 별도의 허가절차는 거치지만 건설부장관이 군사관계법령에 의하여 국방부장관 또는 군부대장과 관계행정청의 건축허가사항에 관한 사전협의를 다시 하지 아니하고 당초 협의로 종결되는 바, 위 협의가 성립된 경우에는 쟁점토지는 사실상 공법상 제한에서 벗어난 것으로 볼 수 있다 할 것이므로 국세청 기준시가액표에 규정하고 있는 『건축허가사항에 관한 사전협의가 성립된 경우에 해당』한다고 보아야 할 것이다.(국심 46830-840, 96.3.5외 다수, 같은 뜻) 따라서 90.4.24. 한국토지개발공사에 협의수용된 쟁점토지에 대하여, 처분청이 특수배율(1.0배)를 적용하지 아니하고 그 지역의 특정배율을 적용하여 양도소득세를 산출하고 이에 따라 방위세를 과세한 당초 처분은 잘못이 없다할 것이다.
1. 관계법령 95.11.30. 헌법재판소에서 『구소득세법 제60조(이하“위임조항”이라 한다)는 조세법률주의 및 위임입법의 한계를 규정한 헌법의 취지에 반하므로 원칙적으로 위헌결정을 하여야 할 것이나, 이에 대하여 단순위헌결정을 선고하여 당장 그 효력을 상실시킬 경우에는 기준시가에 의한 양도소득세를 부과할 수 없게 되는 등 법적 공백상태를 야기하게 되고, 이에 따라 조세수입을 감소시키고 국가재정에 상당한 영향을 줌과 아울러 이미 이 조항에 따라 양도소득세를 납부한 납세의무자들과 사이에 형평에 어긋나는 결과를 초래하는 데다가, 이 사건 위임조항의 위헌성은 국회에서 법률로 제정하지 아니한 단지 입법형식의 잘못에 기인하는 것으로서 이를 한시적으로 계속 적용한다고 하더라도 그것이 반드시 구체적 타당성을 크게 해쳐 정의와 형평 등 헌법적 이념에 심히 배치되는 것이라고는 생각되지 아니하고, 더욱이 이 사건의 경우에는 94.12.22. 법률 제4803호로 헌법에 합치되는 내용의 소득세법이 이미 행하여져 위헌조항이 합헌적으로 개정되어 시행되고 있으므로, 당 재판소는 단순 위헌결정을 하지 아니하고, “위임조항”을 적용하여 행한 양도소득세 부과처분 중 확정되지 아니한 모든 사건과 앞으로 행할 양도소득세 부과처분 모두에 대하여 위 개정법률을 적용할 것』을 내용으로 하는 헌법불합치 결정을 하였다. 개정소득세법에 의거한 전면개정된 개정소득세법 시행령(대통령령 제14467호, 94.12.31개정) 제164조 제9항의 규정에서 『새로운 기준시가가 고시되기전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가』에 의하도록 규정하고 있다.
2. 사실관계 및 판단. 위 헌법재판소의 헌법불합치 결정취지는 위임조항에 대하여 당장 그 효력을 상실시킬 경우에는 기준시가에 의한 양도소득세를 부과할 수 없게 되는 법적 공백상태를 야기하고 이미 납부한 납세의무자들과의 형평성을 상실하는 등 법적·사회적 혼란이 예상되어 이를 방지하려는 데에 있다 할 것이다. 개정소득세법에서 토지의 기준시가를 종래 과세시가표준액에서 ‘지가공시및토지등의평가에관한법률’의 규정에 의한 개별공시지가로 변경하여 90.9.1. 양도분부터 적용하도록 하였으며, 동법 시행령 제164조 제9항의 규정에서 『새로운 기준시가가 고시되기전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가』에 의하도록 규정하고 있으므로, ‘지가공시및토지등의평가에관한법률’의 규정에 의한 개별공시지가는 90.8.30. 최초로 고시되었기 때문에 90.8.30. 개별공시지가가 고시되기 전에 양도한 쟁점토지는 직전 개별공시지가가 있을 수 없으므로 그 취득 또는 양도가액을 산정할 기준시가가 없게 된다. 이와 같이 헌법재판소의 헙법불합치 결정에 따라 개정소득세법을 적용할 경우, 쟁점토지에 대하여 과세할 법적근거가 없게 되므로, 결과적으로 헌법재판소가 우려한 법적공백 상태가 야기되고 이미 납부한 납세의무자들과의 형평성을 상실하는 등 법적·사회적 혼란이 예상된다. 또한 헌법재판소에서는 위임조항의 위헌성은 법률로 규정되어야 할 기준시가의 결정을 시행령에 포괄위임한 단지 입법형식의 잘못에 있다고 지적하면서 헌법에 합치되는 내용의 개정소득세법이 이미 행하여져 위헌조항이 합헌적으로 개정되어 시행되고 있음을 이유로 개정소득세법을 따르도록 하였는 바, 이런 지적을 고려해 볼 때, 구소득세법에 의한 토지의 취득 또는 양도가액의 산정방식 그 자체가 위헌성을 가진다는 것을 의미하는 것이 아님은 분명한 것으로 보인다. 이와 같이 헌법재판소에서 단순 위헌결정을 하지 아니하고 헌법불합치 결정을 내린 이유를 감안해 볼 때, 헌법재판소의 헌법불합치 결정에 따라, 『위임조항을 적용하여 행한 양도소득세 부과처분 중 확정되지 아니한 모든 사건과 앞으로 행할 양도소득세 부과처분 모두에 대하여 개정소득세법을 적용』할 경우에는 헌법재판소가 우려한 불가피한 현실적 사정 등이 전혀 반영되지 못하는 결과를 초래할 것이다. 그렇다면 헌법재판소에서 위임조항에 대하여 단순 위헌결정을 할 것이지 굳이 헌법불합치 결정을 내릴 이유가 있었겠느냐는 의문이 남는다 할 것이다. 위의 사항을 종합적으로 검토해 볼 때, 『위임조항을 적용하여 행한 양도소득세 부과처분 중 확정되지 아니한 모든 사건과 앞으로 행할 양도소득세 부과처분 모두에 대하여 개정소득세법을 적용할 것을 내용으로 하는 헌법불합치 결정을 하기로 한다』는 헌법재판소의 결정은, 위헌결정으로 인한 법적·사회적 혼란을 방지하기 위한 헌법불합치 결정취지에 어긋나지 아니한 범위내에서 형식적으로 합헌성을 갖춘 개정소득세법을 적용하라는 것으로 한정적으로 해석하여, 양도 당시의 구소득세법을 적용할 수 있도록 하는 것이 오히려 헌법재판소의 헌법불합치 결정취지에 부합한다 할 것이다. 따라서 처분청에서 구소득세법 시행령 제115조에 의거 기준시가를 적용하여 과세한 당초 처분은 잘못이 없다 할 것이다.
1. 관계법령 (구)소득세법 제5조(비과세 소득) 다음 각호의 소득에 대하여는 소득세를 부과하지 아니한다.
6. 양도소득 (자) 대통령령이 정하는 1세대 1주택(대통령령이 정하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지양도로 인하여 발생하는 소득 (구)소득세법 시행령 제15조(1세대 1주택의 범위)
① 법 제5조 제6호 (자)에서 “1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 3년이상 거주하는 것으로 한다.
⑨ 법 제5조 제6호 (자)에서 지역별로 대통령령이 정하는 배율이라 함은 다음의 배율을 말한다
1. 도시계획구역 안의 토지: 5배
2. 도시계획구역 밖의 토지: 10배
2. 사실관계 및 판단 청구인 제출한 ‘건축물관리대장’, 한국토지개발공사의 ‘보상가액사정조서’ 및 ‘주민등록표’ 등에서 쟁점대지는 도시계획구역 안의 토지로서 그 위에 주택이 있었고, 또한 청구인은 쟁점토지에서 68.10.20.부터 90.4.24.수용될 때까지 20년 이상 거주한 사실이 확인된다. 다만, 쟁점대지 위의 주택면적이 건축물관리대장상의 면적(133㎡)과 한국토지개발공사에서 손실보상을 위해 현지 측량한 면적(189㎡)과 차이가 있으나, 1세대 1주택 비과세에 있어서 주택에 부수되는 토지면적 계산은 주택일부의 무허가 정착면적도 포함하여 계산하는 것이 타당하다 할 것이다. 이와 같이, 청구인은 관계법령에서 규정하고 있는 비과세 대상인 1세대 1주택의 요건을 갖추고 있으므로, 토지개발공사에서 보상가액 산정을 위하여 실지조사된 면적(189㎡)을 기준으로 5배 범위내에서 양도소득세를 비과세하여야 할 것이다. < 장기보유특별공제>
1. 관계법령 (구)소득세법 제23조 제2항 제2호 (나)목, 동법 시행령 제46조의 3 제1호 및 이에 의거한 동법 시행규칙 제18조의 3 제1항에서 당해 토지의 취득후에 도시계획법 등의 규정에 의하여 건축 및 사용이 금지 또는 제한된 경우 당해 토지로서 보유기간이 10년 이상인 자산에 대하여는 양도차익의 100분의 30에 해당하는 금액을 필요경비(장기보유특별공제)로 공제하여 양도소득금액을 산정하도록 규정하고 있다.
2. 사실관계 및 판단 청구인은 68.5.29. 쟁점대지를 취득하고 76.5.4.에 쟁점대지가 개발제한구역에 관한 행위제한 규정을 준용받는 지역으로 고시되었고, 또한 청구인이 쟁점대지를 10년이상 보유한 사실이 ‘도시계획확인원’ 및 ‘토지대장’에서 확인된다. 따라서 쟁점대지는 도시계획법에 의하여 건축 및 사용이 제한된 경우에 해당하므로, 쟁점토지의 양도는 관계법령에서 규정하고 있는 장기보유특별공제 대상에 해당된다 할 것이다((구)소득세법 시행령 제46조의 3 및 동법 시행규칙 제18조의 3 제1항).