[요지] 처분청이 구공장을 2년이상 계속하여 가동한 공장이 아니라고 하여 조세감면규제법 제67조의12에 의한 양도소득세 감면을 배제한 처분은 부당함
[요지] 처분청이 구공장을 2년이상 계속하여 가동한 공장이 아니라고 하여 조세감면규제법 제67조의12에 의한 양도소득세 감면을 배제한 처분은 부당함
[참조결정] 국심1995구2395
[주 문]
1. 김포세무서장이 96.2.16 청구인에게 결정고지한 90년도분 양도소득세 32,706,830원 및 동 방위세 6,541,370원의 부과 처분은 청구인이 양도한 대구광역시 달서구 OO동 OOO 소재 공장용지 1,080㎡중 699.3㎡ 및 건물 279.72 ㎡(이하 “구공장”이라 한다)에 대한 양도소득을 면제대상소 득으로 하여 동 면제대상소득에 대한 산출세액에 경기도 김포군 대곳면 OOO리 OOOOO 소재 대지 417㎡ 및 건물 227.36㎡(이하 “신공장”이라 한다)의 대지면적(417㎡)이 구공장의 대지면적(699.3㎡)에서 차지하는 비율과 신공장의 가액이 구공장의 가액에서 차지하는 비율중 적은 것을 곱 하여 계산한 금액을 양도소득세 감면세액으로 하여 그 과세 표준 및 세액을 경정한다.
2. 나머지 청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요 청구인은 대구광역시 달서구 OO동 OOO 공장용지 1,080㎡ 및 건물 279.72㎡(OOO제조공장으로 이하 “구공장”라 한다)를 82.9.27부터 89.9.27까지 가동하다가 89.9.28 서울특별시 구로구 OO동 OOOO 소재 공장(이하 “임차공장①”이라 한다)을 임차하여 90.6.27까지 가동하고 90.6.28 다시 경기도 시흥시 OO동 OOO 소재 공장(이하 “임차공장②”라 한다)을 임차하여 가동하던 중인 90.8.20 구공장을 양도하고, 90.5.22 취득한 경기도 김포군 대곳면 OOO리 OOOOO 대지 417㎡ 및 건물 227.36㎡(이하 “신공장”이라 한다)에서 91.5.30 사업을 개시하여 가동하다가 94.8.25 신공장을 양도하였는바, 청구인은 91.5월 구공장양도에 따른 양도소득세과세표준 확정신고시 조세감면규제법(89.12.30 신설된 것) 제67조의12(2년 이상 계속하여 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 면제) 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 감면신청을 하였다. 처분청은 구공장이 2년이상 계속하여 가동한 공장이 아니라고 보아 양도소득세 감면을 배제하고 96.2.16 청구인에게 90년도분 양도소득세 32,706,830원 및 동 방위세 6,541,370원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.4.15 심사청구를 거쳐 96.7.26 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
(1) 청구인은 구공장을 2년이상 계속하여 가동하다가 신공장으로 이전하는 과정에서 임차공장①은 자금사정이 여의치 않아, 임차공장②는 신공장을 보수하기 위하여 일시적으로 구공장의 기계장치등을 그대로 이전하여 구공장에서 생산하던 제품을 생산하였으며, 구공장 양도일인 90.8.20부터 1년이내인 91.5.30 신공장으로 이전하였는바, 구공장이 2년이상 계속하여 가동한 공장이 아니라고 보아 조세감면규제법 제67조의12의 규정에 의한 양도소득세 감면을 배제한 처분은 부당하다.
(2) 구공장이 2년이상 계속하여 가동한 공장이라고 할 경우 90.5.22 청구인 앞으로 소유권이전등기된 경기도 김포군 대곳면 OOO리 OOOOO 대지 417㎡이외에 90.5.22 가등기되었다가 93.5.25 소유권이전등기(93.5.24 매매를 등기원인으로 함)된 동소 OOOOO 전 3,706㎡, 동소 OOOOO 전 608㎡, 동소 OOOOO 전 284㎡등 3필지도 신공장 대지에 포함되는 것으로 감면세액을 계산하는 것이 타당하다.
3. 심리 및 판단
1. 면제대상소득에 대한 산출세액에 신공장의 대지면적이 구공장의 대지면적에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100으로 한다)을 곱하여 계산한 금액
2. 면제대상소득에 대한 산출세액에 신공장의 가액이 구공장의 가액에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100으로 한다)을 곱하여 계산한 금액』이라고 규정하고 있으며, 동조 제3항은 『법 제67조의12 제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 면제받고자 하는 자는 구공장의 양도일이 속하는 연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다.
1. 공장의 이전을 완료하여 사업을 개시하고 구공장을 양도하는 경우에는 재무부령이 정하는 이전완료보고서와 사업자등록증사본
2. 구공장을 먼저 양도하고 공장을 이전하는 경우에는 재무부령이 정하는 이전계획서』라고 규정하고 있으며, 동조 제4항은 『구공장을 양도하기 전에 공장을 이전하는 경우에는 공장을 이전하여 사업을 개시한 날로부터 2년이내에 구공장을 양도한 때에 한하여 제1항의 규정을 적용한다』고 규정하고 있고, 동조 제5항은 『제3항 제2호의 경우에 있어서 공장을 신설하는 때에는 구공장의 양도일부터 1년이내에 시공하고, 시공일부터 2년이내에 준공하여 사업을 개시하여야 하며, 기존공장을 취득하는 때에는 구공장의 양도일부터 1년이내에 공장을 취득하여 사업을 개시하여야 한다』고 규정하고 있고, 동조 제6항은 『구공장의 대지중 공업배치법 제11조의 규정에 의한 기준초과용지가 있는 경우 그 기준초과용지에 대하여는 법 제67조의12 제1항의 규정을 적용하지 아니한다』고 규정하고 있다.
(1) 우선 구공장의 양도가 조세감면규제법 제67조의12 규정에 의한 양도소득세 감면요건을 충족하는지에 대하여 살펴본다.
1. 전시 관련법령에 의하면 2년이상 계속하여 가동한 공장의 이전에 대하여 양도소득세를 감면받기 위하여는 ①구공장을 2년이상 계속하여 가동할 것 ②구공장의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서에 공장이전 완료후에 구공장을 양도하는 경우에는 이전완료보고서와 사업자등록증사본, 구공장 양도후에 공장을 이전하는 경우에는 이전계획서를 제출할 것 ③구공장 양도후에 공장을 이전하는 경우 기존공장을 취득하는 때에는 구공장 양도일부터 1년이내에 신공장을 취득하여 사업을 개시하고, 공장이전 완료후에 구공장을 양도하는 경우에는 공장을 이전하여 사업을 개시한 날로부터 2년이내에 구공장을 양도할 것등의 요건을 갖추어야 한다.
2. 청구인은 82.9.27～89.9.27 동안 계속하여 구공장을 가동하다가 89.9.28～90.6.27 동안 임차공장①, 90.6.28～91.5.29 동안 임차공장②를 가동하였고 임차공장② 가동중인 90.8.20 구공장을 양도하였으며 90.5.22 신공장을 취득하여 91.5.30 신공장에서 사업을 개시하였음이 사업자등록증사본 및 등기부등본등에 의하여 확인된다. 한편, 청구인은 91.5월 구공장 양도에 따른 양도소득세 과세표준 확정신고시 세액면제신청서에 공장이전계획서와 이전완료보고서등을 첨부하여 양도소득세 감면신청을 하였음이 동 신고서 및 세액면제신청서등에 의하여 확인된다.
3. 위와같은 사실관계에 비추어 볼때, 전시 감면요건중 ②③의 요건을 충족하고 있음은 명백하고, 다만 ①의 요건과 관련하여 처분청은 구공장이 양도시까지 계속하여 가동한 공장이 아니라고 하는 반면, 청구인은 공장을 이전하는 과정에서 일시적으로 구 공장을 가동하지 못하였으나 사업자체는 계속되었으므로 구 공장은 계속하여 가동한 공장이라고 주장하고 있다.
4. 살피건대, 법령 또는 행정명령등에 의한 부득이한 사유가 있는 경우를 제외하고는 폐업 또는 휴업한 상태에서 공장용 건물과 토지를 양도하고 이전하는 경우에는 계속하여 가동한 공장의 이전이라 볼 수 없으므로 조세감면규제법 제67조의12에서 『개인이 2년이상 계속하여 가동한 공장』이라 함은 원칙적으로 공장의 양도일부터 소급하여 2년이상의 기간동안 계속하여 당해 공장을 소유하면서 가동하는 공장을 의미하는 것이나(국심95구2395, 95.12.9, 같은 뜻임), 조세감면규제법 제67조의12가 공장이전에 대하여 양도소득세가 부과됨으로써 공장 규모가 축소되는 것을 방지하여 제조업을 보호해 주는데 그 입법취지가 있음을 감안할 때, 구공장사업을 폐업 또는 휴업하지 아니하고 신공장 주변의 다른 공장을 임차하여 신공장으로 이전하기까지 일시적으로 임차공장에서 구 공장의 기계장치등을 그대로 이전하여 구 공장의 사업을 계속하였다면 이는 구공장을 신공장으로 이전하는 과정이라고 봄이 상당하므로 구공장의 양도당시에는 다른 임차공장에서 제품을 생산함으로 인하여 구공장을 직접 가동하지 아니하였다 하더라도 전시 법에서 규정하는 2년이상 계속하여 가동한 공장이라고 보는 것이 타당하다고 판단된다.
5. 그렇다면, 처분청이 구공장을 2년이상 계속하여 가동한 공장이 아니라고 하여 조세감면규제법 제67조의12에 의한 양도소득세 감면을 배제한 처분은 부당하다고 하겠다.
(2) 다음으로 구공장 양도에 따른 양도소득세 감면비율에 대하여 살펴본다.
1. 전시 관련법령에 의하면 공장이전에 대한 양도소득세 감면요건을 갖춘 경우 면제대상소득에 대한 산출세액에 신공장의 대지면적이 구공장의 대지면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액과 신공장의 가액이 구공장의 가액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액중 적은 금액을 감면하고, 구공장의 대지중 공업배치법 제11조의 규정에 의한 기준초과용지가 있는 경우 그 기준초과용지는 감면대상에서 배제하고 있다.
2. 청구인은 90.5.22 청구인 명의로 소유권이전등기된 경기도 김포군 대곳면 OOO리 OOOOO 대지 417㎡ 및 건물 227.36㎡이외에 93.5.25 청구인명의로 소유권이전등기된 동소 OOOOO 전 3,706㎡, 동소 OOOOO 전 608㎡, 동소 OOOOO 전 284㎡등 3필지도 실제로는 90.5.22 취득하여 공장용지로 사용하고 있는 것이나, 농지인 관계로 이들 토지 소재지에 주민등록이 되어 있지 않은 청구인 명의로 소유권이전등기하는 것이 불가능하여 부득이하게 90.5.22 가등기만 하여 두었다가 93.5.25 소유권이전등기한 것으로 90사업년도 토지원장 및 현금출납장등에 의하여 이러한 사실이 확인되므로 이들 토지도 신공장의 범위에 포함시켜야 한다고 주장하고 있다.
3. 살피건대, 전시 동소 OOOOO, OOOOO, OOOOO등 3필지의 토지는 90년 청구인이 취득 당시 지목이 전이므로 용도변경되기 이전에는 공장용지로 이용될 수 없는 농지인 점, 90년 청구인이 취득 당시 이들 토지상에 공장건물이 없었고 94.12.29에 이르러서야 공장용지로 용도변경되어 공장건물이 신축된 점등에 비추어 보건대, 청구인이 이들 토지를 90.5.22 취득한 사실을 인정한다 하더라도 구공장 양도에 따른 양도소득세 감면비율을 계산함에 있어 신공장의 범위에 포함시키기는 어려운 것으로 판단된다.
4. 한편, 구공장의 대지 1,080㎡중 공업배치법 제11조의 규정에 의한 기준용지는 699.3㎡(기준용지 = 공장건축물연면적/품목별 기준공장면적율 = 279.72/0.4= 699.3) 이므로 이를 초과하는 380.7㎡에 대하여는 감면을 배제하는 것이 타당하다.
5. 그렇다면, 신공장의 대지면적(417㎡)이 구공장의 대지면적(699.3㎡)에서 차지하는 비율은 0.5963으로 산정되지만, 처분청이 신공장의 가액이 구공장의 가액에서 차지하는 비율에 대하여는 조사한 바 없으므로 처분청은 이 내용을 조사하여 그 가액비율이 0.5963보다 작으면 그 가액비율을, 0.5963보다 크면 0.5963을 면제대상소득에 대한 산출세액에 곱하여 계산한 금액을 감면세액으로 하여 이 건 양도소득세액 및 동 방위세액을 경정하여야 할 것이다.