부동산 양도로 인하여 발생한 소득이 농어촌특별세법상의 비과세 요건에 해당될 경우, 농어촌특별세법 제5조 제1항 제3호에서 규정하는 법인세 과세표준은 비과세되는 양도차익을 제외한 금액만을 의미하는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 댐 및 수문용 밸브 제조업을 업종으로 하는 청구법인이 94.7.18 서울특별시 구로구 OOO동 OOOOO 소재 본사 및 공장(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 양도(양도차익 3,790,845,885원)하고, 경기도 OO군 미양면 OO리 OOOOO OO공단 내로 공장을 이전하였으며, 95.3.31 법인소득에 부과되는 농어촌특별세 계산시 법인세 과세표준금액(5,623,750,363원) 중 500,000,000원을 초과하는 금액에서 위 양도차익을 차감한 잔액을 과세표준으로 하여 산출한 농어촌특별세 26,658,080원을 신고납부하였다. 이에 대하여 처분청은 96.1.22 법인세 과세표준 중 500,000,000원 초과금액에 대하여 100분의 2의 세율을 적용하여 청구법인의 94사업년도분 농어촌특별세를 110,056,690원으로 경정하여 이중 청구법인이 기납부한 세액을 차감한 83,398,600원을 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.3.15 심사청구를 거쳐 96.7.5 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산의 양도는 농어촌특별세법 제4조 제1항 제1호 소정의 농어촌특별세 비과세 요건을 충족하였고 따라서 쟁점부동산 양도차익은 농어촌특별세 과세표준 계산시에도 제외되어야 하는 것이므로 청구법인의 94사업년도 농어촌특별세 과세표준은 청구법인의 94사업년도 법인세 과세표준에서 비과세되는 쟁점부동산 양도차익을 차감한 금액에서 500,000,000원을 제외한 금액으로 하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 쟁점부동산의 양도에 대하여, 법인세 및 특별부가세액 감면으로 농어촌특별세법 제5조 제1항 제1호에 의하여 조세감면에 부과되는 농어촌 특별세는 비과세되지만, 법인소득에 대하여 부과되는 농어촌 특별세는 비과세되지 아니하는 것이므로 처분청이 위 법인세 과세표준금액(5,623,750,363원)중 500,000,000원을 초과하는 금액을 농어촌특별세의 과세표준으로 하여 이 건 농어촌특별세를 경정결정한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점부동산 양도로 인하여 발생한 소득이 농어촌특별세법상의 비과세 요건에 해당될 경우, 농어촌특별세법 제5조 제1항 제3호에서 규정하는 법인세 과세표준은 비과세되는 양도차익을 제외한 금액만을 의미하는지를 가리는데 그 쟁점이 있다.
• 나. 관계법령 농어촌특별세법 제3조를 보면, “다음 각호의 1에 해당하는 자는 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

1. 제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자

2. 법인세법 제22조 제1항 또는 제57조의 규정에 의한 세율을 적용받는 법인세의 납세의무자 중 과세표준금액이 5억원을 초과하는 법인”라고 하고 있고, 같은 법 제5조 제1항에서는, “농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 해당세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 호별 과세표준 세율 1 조세감면규제법·국세법 및 지방세법에의하여 감면을 받는 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면세액(제2호의 경우를 제외한다) 100분의 20 3 법인세법의 의한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준금액 중 5억원을 초과하는 금액 100분의 2 ”로 규정하고 있고, 같은 법 제4조를 보면, “다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 것”이라고 하고 있고, 같은 법 시행령 제4조 제6항에서는, “법 제4조 제12호에서 ‘대통령령이 정하는 것’이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 감면을 말한다.

1. 조세감면규제법 제9조 내지 제13호, 제15조, 제43조 내지 제46조, 제50조, 제51조, 제64조 제1항 제9호, 제73조, 제74조, 제112조 제1항 제1호 및 제5호의 규정에 의한 감면”이라고 규정하고 있으며, 그 제7항에서는 “법 또는 이 영에서 농어촌특별세 비과세 대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률의 해당규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.”라고 하고 있다. 한편 조세감면규제법 부칙 제16조【양도소득세 등에 관한 경과조치】(93.12.31 법률 제4666호) 제7항에서는 “이 법 시행당시 대도시안에 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 이 법 시행일로부터 95.12.31까지 종전의 규정에 적합하게 그 공장을 지방으로 이전하여 사업을 개시하는 경우 양도소득세 등의 감면 및 추징 등에 관하여는 종전의 제42조의 규정에 의한다”라고 하고 있으며, 93.12.31 개정되기 이전의 조세감면규제법 제42조 제1항 규정을 보면, “대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득과 국가·지방자치단체로부터 지급받는 이전보상금에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 법인세를 면제한다”라고 하고 있다.

• 다. 심리 농어촌 특별세의 납세의무자에 관한 규정인 농어촌 특별세법 제3조 규정을 살펴보면, “다음 각호의 1에 해당하는 자는 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다”라고 규정하고 있으므로 농어촌특별세법 제3조 제1호와 제2호에 해당하는 자는 각각 농어촌특별세의 납세의무가 있는 것으로 보아야 함이 위 법의 명문규정상 자명하며 농어촌 특별세법 제3조 제2호에 규정하는 과세표준금액이란 내국법인의 경우에는 법인세법 제8조의 규정에 의한 과세표준을 의미하는 것으로 보아야 할 것인 바(같은 뜻 법인 46012-3596, 95.12.30), 법인세법 제8조에서 내국법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 동 조 각호에서 게기하는 소득과 금액을 순차로 공제한 금액으로 하도록 규정하고 있으며, 같은 법 제9조 제1항에서는 내국법인의 각 사업년도 소득은 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 하도록 하고 있고 그 제2항에서는 ‘익금’이란 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다고 하고 있다. 쟁점부동산 양도차익의 경우 특별이익으로서 익금에 포함되는 것이며 따라서 동 양도차익도 법인세 과세표준금액에 포함되어야 하는 것으로 보아야 하는 바, 한편 이에 대하여 농어촌특별세법 제5조 제1항 제3호에서의 법인세 과세표준 산정시 농어촌특별세법 제4조에 의해 비과세되는 자산양도차익은 제외한다는 명문규정이 있는 바도 없으므로, 청구법인의 농어촌특별세는 동 법 제5조 제1항 제3호의 규정에 의하여 쟁점부동산 양도차익이 포함된 법인세 과세표준금액에 대하여 100분의 2의 세율을 적용하여 산출하여야 할 것이다. 따라서, 처분청이 이러한 방법으로 이 건 농어촌특별세를 경정결정한 처분은 달리 그 잘못이 없다 하겠다.
• 라. 결론 이 건 심판청구는 이를 심리한 바, 청구인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.