부동산이 비업무용부동산에 해당되는지 여부(경정)

[주 문] 안산세무서장이 95.12.16 청구법인에게 당초 결정고지하였다 가 96.3.16 경정결정고지한 90.1.1-94.12.31사업년도 법인세 731,216,820원 및 90.1.1-90.12.31사업년도 법인세에 대한 방위 세 35,782,750원(명세별첨)의 부과처분은 경상북도 포항시 북 구 청하면 OO리 OOOOOOO 소재 임야 56,132㎡를 비업무용부동산에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정하 고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분개요 청구법인은 경기도 안산시 OO동 OOOOO에 본점을 두고 산업용냉장 및 냉동장비 제조업을 영위하는 업체로서 77.6.30 서울특별시 도봉구 OO동 OOOOOOO 소재 대지 1,182.4㎡ 및 위 지상 건물 284.1㎡(이하 “쟁점1부동산”이라 한다)와 81.1.15 서울특별시 도봉구 OO동 OOOOOOOO 소재 대지 779.4㎡ 및 위 지상 건물 422.44㎡(이하 “쟁점2부동산”이라 한다)를 각각 취득하여 청구법인의 본점 및 공장으로 사용하다가 관할구청의 이전명령에 의하여 85.2.29 경기도 안산시 OO동 OOOOO로 본점과 공장을 이전하였고, 85.12.24 충청북도 청주시 흥덕구 OO동 OOOOO외 1필지 대지 16,383㎡ 및 위 지상 건물 3,833㎡(이하 “쟁점3부동산”이라 한다)를 취득하여 현재까지 보유하고 있으며, 청구법인외 5인(이하 “OO리창업단지조합”이라 하고 위 조합의 대표자는 OO산업주식회사 대표이사 OOO으로 함)은 경상북도 포항시 북구 청하면 OO리 OOOOOOO 임야 149,256㎡(이하 “조합토지”라 하고 조합토지중 청구법인 지분인 56,132㎡에 대하여는 이하 “쟁점4부동산”이라 한다)를 공장용지로 사용하기 위하여 91.6.5 OO리산림계의 대표자 청구외 OOO등과 조합토지 매매계약을 체결하고 매매대금중 675,000,000원을 지급하였으나 나머지 금액은 위 조합원들의 부도로 지급하지 못하여 현재까지 청구법인 명의로 쟁점4부동산에 대한 소유권이전등기를 마치지 못하고 있다. 처분청은 95.12.16 청구법인에 대한 당초 처분시 쟁점1, 2, 3, 4부동산이 법인세법시행규칙 제18조 제3항에서 규정한 비업무용 부동산에 해당되는 것으로 보아 관련 차입금지급이자를 손금불산입하여 90.1.1-94.12.31사업년도까지의 법인세등을 결정고지하였다가, 이 건 국세심사청구 중인 96.3.16 쟁점1부동산 대지중 561㎡(92.1.1-94.12.31사업년도)와 쟁점2부동산 전체(91.1.1-94.12.31사업년도)에 대하여는 법인세법시행규칙 제18조 제21항 제8호의 규정을 적용하여 차입금과다법인의 임대전용부동산으로 보아 쟁점1, 2, 3, 4부동산에 대한 90.1.1-94.12.31사업년도의 법인세 731,216,820원(각 사업년도 고지세액 별지참조) 및 90.1.1-90.12.31사업년도분 법인세에 대한 방위세 35,782,750원 합계 766,999,570원을 경정결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 96.2.14 심사청구를 거쳐 96.6.14 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 90.1.1-91.12.31까지 쟁점1부동산 전체를 청구법인의 물류창고와 A/S센타로 사용하였고, 92.1.1-94.12.31까지는 쟁점1부동산의 건물전체와 대지중 621.4㎡를 물류창고 등으로 사용하였고 이를 제외한 나머지 대지 561㎡는 임대용부동산으로서 그 임대수입금액이 기준임대수입금액비율을 초과하며, 쟁점2부동산도 임대용부동산으로서 이에 대한 90.1.1-94.12.31사업년도별 기준임대수입금액비율이 90.1.1-90.12.31사업년도를 제외하고는 부동산가액의 3/100을 초과하므로 이는 업무용 부동산에 해당되며,

(2) 서울특별시 도봉구 OO동 소재 공장을 85.2.29 안산으로 이전하기전에는 쟁점1, 2부동산은 하나의 울타리 안에 있는 한 공장이므로 임대전용부동산 해당 여부에 대한 임대건물 등의 연면적중 그 사용비율을 계산함에 있어서도 쟁점1, 2부동산을 합한 총연면적으로 하여야 하는 바, 청구법인이 쟁점1, 2부동산의 총연면적 1961.8㎡중 621.4㎡(31/100)를 사용하였으므로 쟁점1, 2부동산은 임대전용부동산이 아니며

(3) 청구법인은 쟁점3부동산을 85.12.24 취득하여 현재까지 물류창고로 사용하고 있으며

(4) 청구법인은 쟁점4부동산을 공장용지로 사용하기 위하여 청구외 OO산업(주)외 5개 법인으로 구성된 OO리창업단지조합의 조합원으로 참여하였으나 OO산업(주)외 3개 조합원의 부도로 인하여 그 부도 조합원들이 그들지분에 대한 토지대금을 토지소유자들에게 지급하지 못하여 지분에 따른 조합원 각자의 명의로 소유권이전등기가 경료되지 못하였으므로 쟁점4부동산은 청구법인의 소유로 볼 수 없고 따라서 비업무용부동산에 해당될 여지가 없다.

• 나. 국세청장 의견

(1) 청구법인이 쟁점1부동산을 업무에 직접 사용한 사실을 입증할 수 있는 증빙제시가 없고,

(2) 쟁점1, 2부동산은 출입구가 완전분리되어 있으므로 별도의 부동산으로 보아야 하며 청구법인은 차입금과다법인에 해당되므로 쟁점1부동산중 대지 561㎡과 쟁점2부동산 전체는 각각 임대전용부동산에 해당되는 것으로 보아 이에 대한 관련 차입금지급이자를 손금불산입한 당초 처분은 정당하고

(3) 쟁점3부동산은 청구법인이 취득 당시 매도인이 버섯재배용 건물로 사용하였고, 청구법인이 이를 직접 업무에 사용한 사실을 입증할 수 있는 객관적 증빙을 제시하지 못하고 있으며

(4) 청구법인이 쟁점4부동산의 매매대금을 지급하고 이를 청구법인의 장부상 자산으로 계상하였으므로 이를 업무무관 비업무용부동산으로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은

(1) 90.1.1-91.12.31사업년도에는 쟁점1부동산 전체가, 92.1.1-94.12.31사업년도에는 쟁점1부동산의 대지중 621.4㎡가 비업무용부동산에 해당되는지 여부와 92.1.1-94.12.31사업년도에는 쟁점1부동산의 대지중 561㎡가 임대전용부동산에 해당되는지 여부

(2) 쟁점2부동산이 임대전용부동산에 해당되는지에 대한 판단기준으로서 청구법인이 임대건물 등의 연면적중 직접 사용한 비율(10/100)을 계산함에 있어서 쟁점1부동산과 쟁점2부동산을 별도의 임대용부동산으로 보아 각각 구분계산하여 과세한 처분의 당부

(3) 쟁점3부동산이 비업무용부동산에 해당되는지 여부

(4) 청구법인이 쟁점4부동산의 매매대금을 조합대표자에게 지급하고 이를 장부상 자산으로 계상하였으나 조합이 조합토지에 대한 잔금을 청산하지 못하여 청구법인이 매도인으로부터 쟁점4부동산을 인도받지도 아니하였을 뿐만 아니라 청구법인의 앞으로 소유권이전등기도 경료되지 아니한 경우 청구법인이 쟁점4부동산을 취득하여 보유하고 있는 것으로 보아 관련 차입금지급이자를 손금불산입하여 과세할 수 있는지의 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관계법령 법인세법 제18조의 3(지급이자의 손금불산입) 제1항, 같은법시행령 제43조의 2 제1항 제1호 및 같은법시행규칙 제18조 제3항 제1호의 규정을 모아보면 부동산을 취득한 후 6월(지방세법시행령 제84조의 4 제1항에 규정된 공장용부지의 경우에는 2년, 기타 건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 1년)이 경과된 부동산으로서 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산(이하 “비업무용부동산”이라 한다)에 대하여는 내국법인이 각 사업년도에 지급한 비업무용부동산 관련 차입금의 이자에 비업무용부동산의 자산가액의 합계액(총차입금을 한도로 한다)을 곱한 후 이를 총차입금으로 나눈 금액(차입금중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있고, 법인세법 제18조의 3 제2항 제3호, 같은법시행령 제43조의 2 제5항·제6항 제1호 및 같은법시행규칙 제18조 제21항 제8호의 규정에서는 자기자본의 2배를 초과하는 차입금(법인세법시행령 제43조의 2 제13항의 규정에 의하여 지급이자가 이미 부인된 차입금을 제외한다)을 보유하고 있는 법인이 임대전용부동산(비업무용부동산에 해당되는 임대용부동산을 제외하고, 건물 기타 지상정착물을 임대한 경우로서 임대한 법인의 임대건물등의 연면적의 100분의 10이상을 직접 사용하지 아니하는 경우 당해 건물등과 그 부속토지를 포함한다)을 보유하는 경우에 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자에 법인세법 제18조의 3 제2항 제1호 내지 제3호의 자산 합계액과 자기자본의 2배를 초과하는 차입금 상당액중 적은 금액을 곱한 후 이를 총차입금으로 나눈 금액은 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니하는 것으로 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점1부동산에 대하여 본다 (가) 먼저 사실관계로서 청구법인은 77.6.30 쟁점1부동산을 취득하여 본점 및 공장으로 사용하다가 85.2.29 관할구청의 이전명령에 의하여 청구법인의 본점과 공장이 경기도 안산시 OO동 OOOOO로 이전함에 따라 92.2.28 쟁점1부동산중 대지 561㎡를 청구외 OOO(OO카센타 운영)에게 임대하였고, 93.3.8에는 쟁점1부동산중 건물을 증축하는 건축허가를 받아 96.10.25 준공한 사실이 관련 기록에 의하여 확인된다. (나) 청구법인은 쟁점1부동산을 물류창고 등으로 사용하였다고 주장하면서 그 당시 쟁점1부동산의 관리책임자인 청구외 OOO와 쟁점2부동산의 임차인인 청구외 OOO의 확인서를 제시하고 있으나, 청구법인은 쟁점1부동산에 대하여 관할세무서에 하치장설치신고나 또는 지점으로 사업자등록을 하지 않았을 뿐만 아니라 쟁점1부동산을 임차하여 OO카센타를 운영하던 청구외 OOO은 96.3.7 청구법인이 쟁점1부동산을 물류창고 등으로 사용하지 않은 것으로 처분청에 확인하고 있는 것으로 볼 때, 청구법인이 쟁점1부동산을 물류창고 등으로 사용하였다는 주장은 그 신빙성이 있는 것으로는 보이지 않는다 할 것이므로 쟁점1부동산을 비업무용부동산(90.1.1-91.12.31사업년도에는 쟁점1부동산 전체, 92.1.1-94.12.31사업년도에는 쟁점1부동산의 대지중 621.4㎡) 및 임대전용부동산(92.1.1-94.12.31사업년도에는 쟁점1부동산의 대지중 561㎡)으로 보아 관련 차입금지급이자를 손금불산입하고 과세한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

(2) 쟁점2부동산에 대하여 본다 (가) 청구법인은 66.3.11 사업을 개시한 후 77.6.30 쟁점1부동산을 취득하여 본점 및 공장으로 사용하다가 공장확장 목적으로 쟁점1부동산에 연접하는 쟁점2부동산을 81.1.15 취득하여 쟁점1부동산과 쟁점2부동산을 하나의 공장으로 사용하였고, 85.2.29 관할구청의 이전명령에 의하여 청구법인의 본점과 공장이 경기도 안산시 OO동 OOOOO로 이전된 후인 90.9월에는 쟁점2부동산 전체를 OO실업을 경영하는 청구외 OOO에게 임대한 사실이 임대차계약서등에 의하여 확인된다. (나) 청구법인은 쟁점1부동산과 쟁점2부동산을 당초 하나의 공장으로 사용하다 청구법인의 본점 및 공장이전 후 이를 임대하였으므로 쟁점2부동산이 임대전용부동산에서 제외되는 기준으로서 청구법인이 임대건물(쟁점2부동산)의 연면적중 100분의 10 이상을 직접 사용한 비율을 계산함에 있어서도 쟁점1부동산과 쟁점2부동산을 하나의 임대용부동산으로 보아 쟁점1부동산과 쟁점2부동산의 총연면적을 기준으로 하여야 한다고 주장하고 있는 바, 이에 대하여 살펴보면 쟁점1부동산과 쟁점2부동산은 임차인과 필지가 각각 다르고 청구법인이 90.9월에 쟁점2부동산을 임대에 공한 이후에는 출입구도 각각 따로 있는 것으로 확인되고 있는 것으로 볼 때, 임대건물 등의 연면적의 100분의 10 이상을 직접 사용하였는지에 대한 비율도 각각의 부동산별로 구분계산하여야 할 것이고 이와같이 각각의 부동산별로 구분계산하는 경우 청구법인이 쟁점2부동산 전체를 청구외 OOO에게 임대하였으므로 90.9월 이후 쟁점2부동산 전체는 임대전용부동산에 해당된다 할 것이고 따라서 쟁점2부동산을 비업무용부동산 및 임대전용부동산으로 보아 차입금지급이자를 손금불산입하고 과세한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

(3) 쟁점3부동산에 대하여 본다 먼저 사실관계로서 85.12.24 청구법인은 개발제한구역으로서 자연녹지지역인 쟁점3부동산을 취득하여 현재까지 보유하고 있는 바, 청구법인은 물류창고 등으로 사용하기 위하여 쟁점3부동산을 취득하였다고 주장하나 청구법인이 쟁점3부동산에 건물을 신축하기 위한 건축허가를 신청한 사실이 없을 뿐만 아니라 이 건 과세기간(90.1.1-94.12.31) 당시에 청구법인의 제품등의 물류이동내역에 대한 객관적 증빙을 제시하지 못하고 있는 것으로 볼 때, 청구법인이 쟁점3부동산을 업무용으로 사용하였다는 주장은 그 신빙성이 있는 것으로는 보이지 않는다 할 것이므로 쟁점3부동산을 비업무용부동산으로 보아 관련 차입금지급이자를 손금불산입하고 과세한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

(4) 쟁점4부동산에 대하여 본다 (가) 조합토지를 매입하여 이를 공장용지로 형질변경하고 각 지분에 따라 분할소유하는 것을 목적으로 하여 설립된 OO리창업단지조합(조합원은 청구법인외 5인임)은 91.6.5 조합토지의 소유자인 OO리산림계의 대표자 청구외 OOO등과 토지 대금 785,000,000원, 묘지이장비 등 기타 비용 83,090,000원 합계 868,090,000원에 조합토지를 취득하기로 하는 매매계약을 체결하였으나 청구법인을 제외한 나머지 조합원들의 부도로 인하여 조합토지 매매대금 868,090,000원중 675,000,000원만 지급된 사실이 조합토지 매매계약서, 영수증등에 의하여 확인되고 있고, 청구법인이 91.6.19부터 91.7.25까지 조합토지중 쟁점4부동산에 해당하는 매매대금 238,090,000원을 위 조합의 대표자 청구외 OOO에게 지급하고 쟁점4부동산을 청구법인의 자산으로 계상한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. (나) 처분청은 청구법인이 쟁점4부동산에 대한 매매대금 전액을 위 조합의 대표자 청구외 OOO에게 지급하고 장부상 이를 자산으로 계상한 사실에 대하여 청구법인이 비업무용부동산인 쟁점4부동산을 취득하여 보유하고 있는 것으로 보아 관련 차입금지급이자를 손금불산입하였으나 이에 대하여 살펴보면,

1. 조합토지를 취득하여 형질변경한 후 지분별로 소유권이전등기하는 것이 OO리창업단지조합의 목적이므로 청구법인이 쟁점4부동산에 대한 매매대금중 잔금을 위 조합의 대표자 청구외 OOO에게 지급한 것은 위 조합에 출자금을 출연한 것에 불과하고

2. 또 위 조합이 조합토지의 매도인인 청구외 OOO등에게 조합토지에 대한 잔금을 청산하지 못함으로 인하여 청구법인이 쟁점4부동산을 청구외 OOO등으로부터 인도받아 사용한 사실도 없을 뿐만 아니라 청구법인 앞으로 소유권이전등기도 경료되지 아니하였으므로

3. 청구법인이 조합토지중 쟁점4부동산에 대한 매매대금을 청산하고 이를 장부상 자산으로 계상하였다고 할지라도 쟁점4부동산에 대하여는 청구법인이 이를 취득하여 보유하고 있는 것으로 보거나 또는 소유권을 행사할 수 있는 지위에 있는 것으로 보기는 어렵다고 할 것이다. 따라서 청구법인이 쟁점4부동산을 취득하여 보유하고 있는 것으로 보아 관련 차입금지급이자를 손금불산입하여 과세한 당초 처분은 부당하다고 판단된다.

• 라. 이 건 심판청구는 청구법인 주장이 일부 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 【별 지】 사업년도별 고지세액 사업년도 고 지 세 액 90 174,800,410 (방위세 35,782,750) 91 184,263,690 92 181,319,490 93 190,833,230 94 결 손 합 계 731,216,820 (방위세 35,782,750)