양도가액이 토지①의 양도가액인지 토지①, ②의 양도가액인지의 여부 및 토지②의 양도에 대하여 기준시가로 계산한 양도차익이 실지양도가액을 초과하는 경우에 해당하는지의 여부③ 토지①의 양도소득세 결정시 (주)○○건설 및 ○○건설(주)에 대하여 국민주택건설용지의 세액감면을 부인한 처분의 당부(경정)

[주 문] 처분청이 쟁점토지①(인천광역시 남동구 OO동OOOOOO, OOO, OOO, OOO, OOO 대지 1,456.6㎡)과 쟁점토지②(인천광역시 남구 OO동 OOOOOOO, OOO 대지 578㎡)의 양도에 대하여 청구인에게 96.1.31 고지한 양도소득세 216,155,320원과 96.2.15 고지한 양도소득세 297,187,910원은

1. 쟁점토지 ①과 ②의 양도가액을 1,076,633,920원으로하고

2. (주)OO건설 및 OO건설(주)가 신청한 국민주택건설 용지의 세액감면을 하여 경정결정한다.

[이 유]

1. 처분내용 청구인은 인천광역시 남동구 OO동 OOOOOO, OO, OO, OO, OOO 대지 2032.6㎡(이하 “관련토지”라 한다)를 92.9.24 OOOOOO로 합병하였다가 건축상 편의를 위하여 92.10.1 같은동 OOOOOO, OOO, OOO, OOO, OOO 대지 1454.6㎡(이하 “쟁점토지①”이라 한다)와 같은동 OOOOOOO, OOO 대지 578㎡(이하 “쟁점토지②”라 한다)로 분할하여, 92.10.9 쟁점토지 ①을 양도하고 93.5.24 양도가액을 654,570,000원으로하여 양도소득세를 신고하였고, 쟁점토지 ②에 대하여는 청구인의 명의로 다세대주택 30동을 신축 분양한 것으로 하여 종합소득세를 신고하였다. 처분청은 쟁점토지①의 양도가액을 1,076,633,920원으로 확인하여 96.1.16 청구인에게 양도소득세 216,155,320원을 결정고지하고, 쟁점토지②도 별도의 양도로 보아, 신고한 종합소득을 부인하고 기준시가에 의한 양도가액(416,160,000원)으로 양도차익을 계산하여 96.2.1 청구인에게 양도소득세 297,187,910원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.2.27 심사청구를 거쳐 96.6.19 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지①과 ②를 청구외 OO건설(주)에 양도소득세를 포함하여 1,076,633,920원에 양도하였는데 이를 쟁점토지①의 양도가액으로 결정한 당초 처분은 부당하다.

(2) 예비적 청구로서 쟁점토지①, ②의 양도가액을 1,076,633,920원으로 인정할 경우 쟁점토지②의 양도시 실지거래가액은 306,156,837원에 해당되어 기준시가에 의한 양도차익(414,691,919원)이 실지거래가액을 초과하므로 실지거래가액(306,156,837원)을 양도차익으로 결정하여야 한다.

(3) 쟁점토지①에 대하여는 법정신고기한내에 청구외 OO건설(주), (주)OO건설, OO건설(주)가 적법하게 세액감면신청을 하고 국민주택을 신축하였으므로 (주)OO건설 및 OO건설(주)의 세액감면을 부인한 처분은 부당하다.

• 나. 국세청장 의견

(1) 쟁점토지①을 청구외 OO건설(주)에게 900,000,000원에 양도하고, 매수자가 쟁점토지①에 대한 양도소득세 176,633,920원을 부담하였음이 경인지방국세청에서 조사확인한 금융자료 및 확인서에 의하여 확인되므로 양도가액 1,076,633,920원에는 쟁점토지②의 양도가액은 포함되지 않았다고 보아야 하며, 이 경우 쟁점토지②는 신고하지 않은 경우에 해당되고 실지거래가액이 불분명하므로 기준시가에 의하여 과세한 처분은 정당하다.

(2) 쟁점토지①은 청구인이 청구외 OO건설(주)에 양도하였음이 경인지방국세청의 관련자료에 의하여 확인되고, 청구인도 이를 시인하고 있는 바, 청구외 (주)OO건설·OO건설(주)의 감면신청은 적법한 감면신청이 아니므로 감면배제한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

① 양도가액 1,076,633,920원이 쟁점토지①의 양도가액인지 쟁점토지①, ②의 양도가액인지의 여부

② 쟁점토지②의 양도에 대하여 기준시가로 계산한 양도차익이 실지양도가액을 초과하는 경우에 해당하는지의 여부

③ 쟁점토지①의 양도소득세 결정시 (주)OO건설 및 OO건설(주)에 대하여 국민주택건설용지의 세액감면을 부인한 처분의 당부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 소득세법 제23조의 2 제4항 제1호 및 제45조 제1항 제1호 가목에서 『양도가액 및 취득가액은 당해 자산의 양도 및 취득당시의 기준시가에 의한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 양도 및 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다』라고 규정하고 소득세법시행령 제170조 제4항 제3호에서 『양도자가 법 제95조 또는 제100조의 규정에 의한 신고시 제출한 증빙서류에 의하여 취득 및 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우는 실지거래가액에 의한다』고 규정하고 있으며 조세감면규제법 제62조 제1항 제1호에서 『내국인이 토지를 대통령령이 정하는 규모 이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다)의 건설용지로 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자에게 양도하는 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다』라고 규정하고 있고 같은조 제4항에서 『제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 주택건설등록업자 또는 사원용주택건설자가 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다』라고 규정하고 있으며 같은법 시행령 제50조 제8항에서 『법 제62조 제4항의 규정에 의하여 감면신청을 하고자 하는 주택건설등록업자 또는 사원주택용건설자는 당해 토지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한내에 재무부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 양도자의 주소지 소관세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 주택건설업등록증 사본 또는 사업자등록증사본

2. 양수한 토지의 등기부등본

3. 매매계약서 사본』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구인은 쟁점토지①의 양도가액 1,076,633,920원에는 쟁점토지②의 양도가액도 포함되어 있으므로 쟁점토지②를 별개의 양도로 보아 과세한 처분은 부당하다는 주장이며, 처분청은 청구인이 이에 대한 구체적인 증빙제시가 없으므로 이 건 처분은 정당하다는 의견으로서 다툼이 있는 바 이에 대하여 살펴보면, 쟁점토지①과 ②의 등기부등본 및 토지대장등본에 의하면 92.10.1 관련토지를 합병 및 분할하여 8일후인 92.10.9 쟁점토지①은 (주)OO건설, OO건설(주), OO건설(주)에 매매를 원인으로 소유권이 이전되었으며, 쟁점토지②는 청구인 명의로 다세대주택 30동을 신축분양한 것으로 되어 있으나, 사실상 OO건설(주)에 양도하였음이 처분청의 조사에서 확인되었으므로 쟁점토지① 및 ② 모두가 3개법인에게 동시에 양도되었음이 확인된다. 청구인이 쟁점토지①의 양도가액이 654,570,000원이라고 신고한데 대하여 처분청이 청구인의 은행계좌(OO은행 인천광역시 OOO지점 계좌번호: OOOOOOOOOOOOO 및 OOOOOOOOOOOOO)를 조사한 결과 OO건설(주)로부터 계약금, 중도금 및 잔금조로 4회에 걸쳐 900,000,000원이 입금되었고, 청구인과 OO건설(주)간의 부동산 매매계약 조건에 따라 매수자인 OO건설(주)가 양도소득세 176,633,920원을 부담하였으므로 실제 양도가액이 1,076,633,920원으로 밝혀져 청구인의 신고가액과 현격한 차이가 있음에도 불구하고 이것이 쟁점토지①만의 양도가액인지 또는 쟁점토지① 및 ②의 양도가액인지를 신중하게 검토하지 않고 단순히 쟁점토지①의 양도가액으로 보아 실지거래가액에 의하여 과세하고 쟁점토지②는 별개의 양도로 보아 기준시가에 의하여 양도소득세를 과세하였는데, 쟁점토지①의 양도가액은 금융조사에 의하여 용이하게 밝혀내면서 쟁점토지①과 동일한 매수인에게 동시에 양도되었고 기준시가로 416,160,000원인 쟁점토지②의 양도가액과 관련한 금융자료는 같은 조사에 의해서 전혀 밝혀내지 못하는 것은 납득하기 어렵다 하겠다. 또한 부동산 매매계약서에 의하면 청구인은 관련토지전체에 대하여 OO건설(주)와 단독으로 양도계약(92.9.21)을 체결한 것처럼 보이나, 계약조건에서 (주)OO건설 및 OO건설(주) 지분의 양도가액은 OO건설(주) 대표이사 OOO이 책임지고 받아주도록 되어 있는 것으로 보아 실제로는 3사를 대표하여 OO건설(주)와 계약한 것으로 보아야 할 것이며, 양도계약 이후 관련토지의 필지(OOOOOO, OO, OO, OO, OOO)를 OOOOOO로 합병하였다가 건축상 편의를 위하여 쟁점토지①(OOOOOO, OOO, OOO, OOO, OOO)과 쟁점토지②(OOOOOOO, OOO)로 분할하여, 쟁점토지①의 지번 중 OOOOOO(262.6㎡) 및 OOO(301.1㎡)는 (주)OO건설을, OOOOOOO(301.1㎡)는 OO건설(주)를, OOOOOOO(300.9㎡) 및 OOO(288.9㎡)는 OO건설(주)를 소유자로 하고, 쟁점토지②(OOOOOOO(289㎡) 및 OOO(289㎡))는 OO건설(주)를 소유자로 각각 소유권이전되었음이 등기부등본, 토지대장등본 및 처분청의 조사서에 의해서 확인되므로 양도가액 1,076,633,920원은 쟁점토지① 및 쟁점토지②의 양도가액으로 보는 것이 타당할 것임에도 쟁점토지②를 별도의 양도로 보아 이중과세하는 것은 부당한 처분으로 판단된다.

(2) 쟁점②는 심리의 실익이 없으므로 생략한다.

(3) 쟁점③에 대하여 살펴본다. 처분청에서는 쟁점토지① 전부를 OO건설(주)에 양도하였다고 보아 (주)OO건설 및 OO건설(주)의 세액감면신청은 적법한 감면신청으로 보지 아니하였으나 쟁점①에서 검토한 바와 같이 쟁점토지①의 필지중 OOOOOOO, OOO의589.8㎡는 OO건설(주)에, OOOOOO,OOO의 563.7㎡는 (주)OO건설에, OOOOOOO의 301.1㎡는 (주)OO건설에 국민주택 규모이하의 주택건설용지로 양도하였음이 확인되며, 또한 조세감면규제법 제62조 제4항 및 동법 시행령 제50조 제8항의 규정에 의하여 93.5.24 세액감면신청을 하였음에도 (주)OO건설과 OO건설(주)의 세액감면을 공제부인한 처분청의 당초 처분은 부당한 것으로 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.