매출누락으로 보아 익금에 가산하고 대표자의 상여로 본 처분의 당부(취소)

[주 문] 년도 법인세 66,188,400원 및 93년 1기 부가가치세 12,039,710 원, 93년 2기 부가가치세 23,273,780원과 선급금 40,900,000원 및 매출누락 128,842,228원을 대표자에게 상여 처분한 것 중,

• 가. 매출누락 128,842,228원은 매출누락으로 볼 수 없으므로 익금에서 제외하여 93사업년도 법인세 66,188,400원은 취소하 고,
• 나. 93년 1기 부가가치세 12,039,710원 및 93년도 2기 부가가 치세 23,273,780원은 취소하고,
• 다. 선급금 40,900,000원을 대표자에게 상여처분 한 것과 매 출누락 128,842,228원을 익금에 가산하여 이를 대표자에게 상여 처분한 것은 취소하며,

2. 나머지 청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분내용 청구법인은 경기도 화성군 태안읍 OO리 OOOOO에 본점을 두고 전자부품을 제조·판매하는 회사로서 93사업년도에 대한 법인세 과세표준과 세액을 각각 212,034,665원과 42,473,420원으로 하여 94.3.31 자진 신고하였다. 처분청은 96.1.3 위 사업년도에 대한 과세표준을 450,108,443원으로 증액 경정하여 법인세 91,692,210원과 93년 1기 부가가치세 23,273,780원, 93년 2기 부가가치세 16,749,480원을 결정 고지하였다가 96.4.12 법인세 66,188,400원 93년 1기 부가가치세 12,039,710원, 93년 2기 부가가치세 23,273,780원으로 경정 결정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 96.2.1 심사청구를 거쳐 96.6.11 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장

(1) 운용리스계약에 따른 창고설비구입과 관련하여 청구법인에서 대신 지급한 창고설비대금 40,900,000원을 리스회사로부터 회수하면서 이를 선급금과 상계 처리하여야 할 것을 착오로 가수금으로 회계 처리한 후 가지급금과 대체 상계함으로써 동 액에 상당한 가지급금이 과소하게 계상되어 결국은 인정이자 계산이 누락되었을 뿐인데 이를 대표자 상여로 처분한 것은 부당하다.

(2) 장부상(전산리스트 상) 원재료재고 2,321,561,930원(관세환급금 미포함, 이하 같다)과 결산서상 재고 2,214,727,578원과의 차액 106,834,352원에 대해 매출이익율 20.6%를 적용하여 환산한 금액 128,842,228원을 매출누락으로 보아 익금에 산입하고 대표자상여로 처분하였으나, 재고차액의 원인은 제조공정과정에서 발생한 파손 및 노후 등에 의한 불량품인데 정상품으로 사외 유출한 것으로 보아 이를 익금산입하고 대표자 상여로 처분한 것은 부당하다.

(3) 93사업년도 중 생산성 향상을 위해 1,138,347,516원의 설비투자를 하고 이에 대한 세액공제(111,702,375원) 신고서를 법인세과세표준 및 세액 신고 시 제출하였는 바, 설사 당초 공제할 세액이 없어 기업합리화 적립금을 적립치 아니하였다 하더라도 경정결정으로 법인세가 발생하였다면 기업합리화 적립금의 이월적립에 의한 감면이 허용되는 것이므로 이 건 경정 결정 시에는 세액공제를 적용함이 타당하다.

• 나. 국세청장 의견

(1) 운용리스시설을 자산으로 계상하고 이에 대한 선급금 40,900,000원을 대체 상계한 후 리스회사로부터 동 대금이 회수되자 이를 가수금으로 처리하고, 이어 가지급금과 대체하였으므로 대표자 상여로 처분한 것은 타당하다.

(2) 청구법인의 원재료 재고조사표에 의하면 양품·불량·총재고 등으로 구분하여 실지재고조사를 하였다. 그런데 동 원재료는 자연 증발되는 품목이 아니므로 불량 처리하여 폐기하지 않는 한 사내에 유보되어 있어야 할 것인 바, 동 재고조사표에 의하면 재고로 남아 있지 아니하므로 당해 부족액을 매출이익율로 환산하여 매출누락으로 보아 익금에 가산하고 대표자상여로 처분한 것은 타당하다.

(3) 조세감면규제법상 적법하게 공제 신청을 하여 결격사유는 없으나 당해 사업년도 중 산출세액이 없거나 또는 최저한세에 해당되어 부득이 이월공제 된 것이 아니고 당초 신고 시 이를 공제 받을 수 있음에도 공제치 아니하고 이월공제액으로 신청한 이상 경정결정으로 인한 세액의 증가액에 대하여는 그 공제를 배제하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

① 청구법인이 운용리스 비용을 자산으로 계상하고 그 상대계정으로 대표자 가지급금을 회수한 것으로 기장처리 한 것에 대하여 가지급금을 익금가산하고 대표자의 상여로 본 처분의 당부

② 청구법인의 원재료 재고조사표상 부족액으로 표시되어 있는 금액을 매출이익율로 환산하여 이를 매출누락으로 보아 익금에 가산하고 대표자의 상여로 본 처분의 당부

③ 특정설비 투자세액을 불공제하여 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 법인세법 제32조 제5항에서 『제26조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액의 처분은 대통령령이 정하는 바에 의한다』라고 규정하고, 같은 법 시행령 제94조의 2 제1항 제1호에서 『익금에 산입한 금액이 사외에 유출한 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 같이 이익처분에 의한 상여·배당·기타소득·기타 사외유출로 한다. 다만 귀속이 불분명할 때는 대표자에게 귀속된 것으로 본다』고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제85조 제8항에서 『법인은 재고자산 중에서 파손·부패 기타사유로 인하여 정상가격으로 판매할 수 없는 자산이 있을 때에는 기타 재고자산과 구분하여 처분가능한 시가로 이를 평가할 수 있다』고 규정하고 있다. 또한 조세감면규제법 제89조 제1항에서 『법 71조의 규정에 의하여 공제할 세액이 제88조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제 받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세년도의 다음 과세년도의 개시일로부터 4년 이내에 종료하는 각 과세년도에 이월하여 그 이월된 각 과세년도의 소득세 또는 법인세에서 이를 공제한다』고 규정하고, 같은 법 제91조 제2항에서 『기업합리화 적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 세액의 공제·감면·소득의 공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령이 정하는 경우에는 그러하지 아니한다』고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제65조 제1항에서는 『법 제91조 제2항에서 대통령령이 정하는 경우라 함은 다음의 경우를 말한다.

1. 기업회계상 처분가능이익이 당해 년도에 적립하여야 할 기업합리화 적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화 적립금으로 적립하지 못한 때

2. 내국법인이 당해 사업년도 결산확정일 이후 세무조정으로 인하여 당해 과세년도에 적립하여야 할 기업합리화 적립금이 증액된 경우』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 청구법인은 경리착오로 잘못 대체처리하여 가지급금이 상계 처리되었을 뿐 사실상 당해 금액이 유출된 것은 아니므로 가지급금 40,900,000원을 익금가산하여 대표자의 상여로 본 처분은 부당하다는 주장이나, 청구법인의 회계처리 중 착오로 잘못 처리하였다는 사실이 확인되지 아니하고 가지급금 40,900,000원이 현재까지도 계속하여 수정되지 아니한 사실과 처분청에서 익금가산한 가지급금 40,900,000원 및 미지급금 7,950,000원에 대하여 창고설비 48,850,000원을 상계 처리하여 소득금액에는 변동이 없도록 처리되었으므로 이에 대한 청구인의 주장은 타당성이 없으며, 다만 구 법인세법 제32조 제5항을 근거로 하여 익금 가산한 가지급금 40,900,000원을 대표자에게 상여 처분한 것은 헌법재판소의 위헌결정(94헌바 14, 95.11.30)으로 인하여 근거법률의 효력이 상실된 위법한 처분이라 할 것이다.

(2) 쟁점②에 대하여 처분청은 청구법인의 재고조사표상의 과부족액(258,308,507원)에서 재공품(151,474,155원)을 차감한 금액(106,834,352원)을 재고차액으로 보고, 동 재고차액이 원가투입 여부 및 Loss등 불량으로 구분되지 아니하므로 매출누락된 것으로 보아 청구법인의 매출이익율(20.6%)을 적용하여 128,842,228원을 매출누락으로 익금가산하고 대표자 상여 처분하였으나, 청구법인은 재고조사표상의 과부족액은 공정과정에서 발생한 사용 불가능한 불량품이라는 주장인바 이를 살펴보면, 청구법인의 납품처인 OO전자(주)의 소명서에 의하면 청구법인은 하청업체로서 OO전자(주)의 주문에 의해 OOOOO 회로기판을 생산하고 있으며 청구법인이 생산하는 OOOOO 회로기판은 OO전자(주)의 제품에만 맞도록 설계되었기 때문에 OO전자(주)이외에는 사용할 수 없고, 또한 제조과정에서 발생하는 불량품은 OO전자(주)도 사용할 수 없을 뿐만 아니라 다른 업체에서도 전혀 사용할 수 없다고 진술하고 있으며, OOOOO 회로기판의 93년도 생산수율(국세청 기술연구소)은 99%로서, 이는 OOOOO 회로기판의 제조과정에서는 평균 1% 정도의 불량품이 발생된다는 뜻인데 청구법인의 재고차액을 불량품으로 간주할 경우 93년 불량율은 0.55%정도로서 평균불량률(1%)의 ½ 수준임을 감안할 때, 단지 『사내에 유보되어 있지 않다』는 사유만으로 재고조사표상의 재고차액을 매출누락으로 보기보다는 청구인의 주장대로 불량품으로 보는 것이 타당하다 하겠다. 또한 처분청은 재고조사표상의 부족액에 대하여 실지재고액과 장부상재고액을 비교한 후 그 원시장부가 되는 판매일지, 매입매출장 및 매입세금계산서, 매출세금계산서 등을 함께 검토하여 위 장부수량 차이가 매출누락인지 여부를 조사하여 확인하였어야 함에도 불구하고 매출처 및 매출액에 대한 확인절차도 없이 단지 재고조사표상의 재고수량이 맞지 않는다는 사유만으로는 이를 매출누락으로 간주할 수 없다고 판단된다.(같은 뜻: 국심 93중 1226, 93.11.8) 또한 구 법인세법 제32조 제5항을 근거로 하여 매출누락으로 익금산입한 128,842,228원을 대표자에게 상여 처분한 것은 헌법재판소의 위헌결정(94헌바 14, 95.11.30)으로 인하여 근거법률의 효력이 상실된 위법한 처분이라 할 것이다.

(3) 쟁점③에 대하여 청구법인은 특정설비 투자세액 공제 신고서를 법인세 신고시 제출하였으므로 이에 대한 세액공제를 하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 신고한 법인세 과세표준신고서 및 최저한세 조정계산서에 의하면 청구법인은 조세감면규제법 제71조의 규정에 의한 특정설비 투자세액 공제대상액을 111,702,375원으로 계산만 해 놓고 산출세액이 최저한세 이상이므로 특정설비투자세액을 17,029,270원만큼 더 세액공제를 받을 수 있음에도 불구하고 청구법인의 자의로 이를 공제하지 아니하고 신고하였음이 확인되는 바, 공제 가능한 특정설비투자세액을 법인세 과세표준신고시 법인 스스로 공제하지 아니하였고 이에 대하여 수정신고를 한 바가 없다면 청구법인이 세액공제를 포기한 것으로 간주되므로 수정신고기한 경과 후 법인세를 경정함에 있어 특정설비투자세액 공제는 받을 수 없다 할 것이다.(같은 뜻: 국심 95서 3914, 96.9.3) 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.