토지와 건물가액이 구분되지 아니한 경우 실지취득가액을 기준으로 안분계산하여 과세할 수 있는지 여부(경정)

[주 문] 서인천세무서장이 95.12.16 청구인에게 결정고지한 95년 제1 기 부가가치세 20,337,240원의 처분은 이를 실지취득가액(토 지: 255,292,290원, 건물: 111,047,250원)을 기준으로 안분계산 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 금형제조업을 영위하는 사업자로서 94.4.25일 인천광역시 서구 OO동 OOOOOOOOO 소재 잡종지 670.7㎡를 취득하여 94.5.30일 공장건물 396㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축한 후 자금사정으로 95.2.22(등기일) 청구외 OOO에게 355,000,000원에 양도하였으나 95년 1기 부가가치세 신고시 무신고 하였다. 처분청은 이를 조사한 바 매매계약서상 토지와 건물의 공급가액이 구분표시되어 있지 않아 부가가치세법 시행령 제48조의2 제3항의 규정에 의거 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액을 기준으로 안분계산하여 건물가액을 169,477,000원으로 결정한 후 95.12.16 청구인에게 95년 제1기 부가가치세 20,337,240원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.1.13 이의신청, 96.3.12 심사청구를 거쳐 96.5.30 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 쟁점부동산 매매계약서상 토지와 건물가액을 구분표시하지 아니하였으나, 부가가치세법 시행령 제48조의2 제3항의 규정에 의거 실지취득가액이 확인되는 경우에는 취득가액을 근거로 토지 및 건물가액을 안분계산하는 것인 바, 쟁점부동산 취득시 토지가액은 237,381,300원이고, 건물가액은 건축비 105,000,000원, 설계비 2,000,000원, 전기공사비 1,500,000원, 기타 2,547,250원, 합계 111,047,250원으로서 쟁점부동산의 토지가액과 건물가액에 대한 실지취득가액이 명백하게 구분되는 것으로 보아야 하므로 총양도가액 355,000,000원을 위 토지 및 건물가액 비율로 안분계산한 후 동 건물가액상당액을 과세표준으로 하여 과세함이 타당하다.
• 나. 국세청장 의견 쟁점부동산의 경우 청구인이 취득가액을 제시하고 있어 그 가액에 비례하여 건물가액을 안분계산함이 타당하다고 할 것이나, 청구인이 제시한 94년도 장부상 건물계정(건설가계정)을 보면 전기공사비 1,500,000원을 추가로 기재한 사실이 발견되고 설계비의 일부가 누락되는 등 신빙성이 없을 뿐만 아니라 객관적인 증빙에 의해 확인되지 아니하여 실지취득가액중 토지와 건물의 공급가액이 명백하게 구분된 경우로 볼 수 없으므로 처분청이 부가가치세법 시행령 제48조의2 제3항의 규정에 의거 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액을 기준으로 안분계산한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 매매계약서상 토지와 건물가액이 구분되지 아니한 경우 실지취득가액을 기준으로 안분계산하여 과세할 수 있는지 여부에 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법시행령 제48조의2 제3항에 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다”라고 규정하고 있고, 동조 제4항에 “제3항 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다. 이 경우 적용순서는 다음 각호의 순서에 의한다. 제1호: 생략 제2호: 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액. 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다. 제3호: 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액”이라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구인은 공장으로 사용할 목적으로 94.4.25 청구외 (주)OOO코리아로부터 토지를 구입하여 94.5.30 동 토지상에 공장건물을 신축하였으나 자금사정으로 95.5.22(등기일) 청구외 OOO에게 토지 및 쟁점부동산을 일괄하여 355,000,000원에 양도하였음이 등기부등본 및 매매계약서 등에 의하여 확인되며 이에 관하여는 처분청 및 청구인간에 다툼이 없다.

2. 청구인이 취득한 토지의 취득가액을 보면, 청구외 (주) OOO코리아로부터 취득당시 지급한 237,381,300원 이외에 취득세·등록세 등 17,910,990원을 포함한 255,292,290원임이 매매계약서, 영수증등의 증빙에 의하여 확인되고 있어 동 가액이 실지취득가액으로 인정된다. 건물의 실지취득가액에 대하여 보면, 동 건물은 청구외 (주)OO건설이 105,000,000원에 도급받아 시공하였음이 도급계약서, 세금계산서 등에 의하여 확인되며 이는 처분청에서 동 매입분에 대한 부가가치세를 환급결정한 것으로도 입증되고 있다. 처분청이 신빙성이 없다고 판단한 설계비의 경우 당초 3,000,000원으로 계약되었으나 착수금명목의 2,000,000원만 지급되고 추가지급이 없었던 것은 추후 설계비가 경감되었던 것으로 확인되며 또한 전기공사비도 정상적인 사업자로부터 수취한 영수증이 아니라 하여 이를 신빙성이 없는 것으로 보았으나 1,500,000원이 지급된 소규모 공사의 경우 시공자의 자격 등은 크게 문제될 것이 없다고 보여지며 공사금액 및 대금지급영수증 등으로 볼 때 공사 및 비용지출 사실이 인정된다. 이러하다면, 건물의 실지취득가액은 위의 비용이외에 취득세 및 등록세 등 2,547,250원을 포함한 111,047,250원으로 봄이 타당하므로 쟁점건물에 대한 부가가치세 과세표준 산출시 실지취득가액(토지 255,292,290원, 건물 111,047,250원)을 기준으로 안분계산하여 과세하는 것이 타당하다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.