미사용기술개발준비금을 환입함에 있어서 이를 과세표준에 익금산입하지 아니하고 따로 추가납부세액계산서에 기재하여 법인세 과세표준신고서와 함께 제출한 경우에 과소신고소득가산세를 부과할 수 있는지 여 부(경정)

[주 문] 94.8.31 사업연도분 법인세 환급세액 57,955,440원의 부과처분 은 기술개발준비금 환입액999,413,592원에 대한 과소신고소 득 가산세를 적용하지 아니하여 이를 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 93.9.1～94.8.31 사업연도 법인세를 94.11.29에 신고하면서 미사용 기술개발준비금 999,413,592원(89.9.1～90.8.31 사업연도에 손금산입한 금액임. 이하 “쟁점환입액”이라 한다)을 각 사업연도 소득계산시익금에 산입하지 아니하고 별도로 추가납부세액을 계산하여 신고하였다. 이에 대하여 처분청은 위 쟁점환입액과 기술개발준비금중 사용한 금액 16,899,411원중의 3분의 1 환입액 5,633,137원, 합계 1,005,046,729원을 과소신고소득으로 보아 과소신고가산세 33,873,018원을 산정하여 추가납부세액계산시 착오로 과오납된 세액에서 이를 공제한 세액을 결정하여 95.12.11 청구법인에게 환급하였다. 청구법인은 이에 불복하여 96.2.6 심사청구를 거쳐 96.5.20 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 쟁점환입액을 세무조정신고서 제2호 서식인 법인세 과세표준 및 세액조정계산서에 포함하지 않았다는 이유로 쟁점환입액과 당기 환입액 5,633,137원을 과소신고소득으로 보아 이 건 과소신고소득 가산세를 부과하였으나, 청구법인은 위 금액을 추가납부계산서에 기재하여 법인세 신고시 법인세와 기술개발준비금 사용불이행분의 법인세까지도 납부한 것이므로 과소신고소득은 당초 신고누락된 당기환입액인 5,633,137원으로서 쟁점환입액을 과소신고소득으로 본 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 당초 쟁점환입액에 대하여 세무조정시 조세감면규제법 제16조 제1항 제1호에 의하여 쟁점환입액을 익금에 산입하여야 하고, 익금에 산입하면 당연히 소득금액에 가산되어 쟁점환입액만큼 과세표준이 증가되는 것이다. 이와 같이 청구법인은 당초 신고시 쟁점환입액을 익금에 산입하여 과세표준을 4,712,681,642원으로 하여야 함에도 효력이 없는 경정청구시(처분청에서는 신고기한 지난 수정신고로 처리하였음) 과세표준을 조정하였으므로 처분청에서 이를 법인세법 제41조 제1항 제2호의 규정에 의한 과소신고소득으로 보아 가산세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 심판청구는 미사용기술개발준비금을 환입함에 있어서 이를 과세표준에 익금산입하지 아니하고 따로 추가납부세액계산서에 기재하여 법인세 과세표준신고서와 함께 제출한 경우에 과소신고소득가산세를 부과할 수 있는지 여 부를 가리는 데 쟁점이 있다.
• 나. 관련법령

(1) 조세감면규제법 제16조에서 『① 제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 기술의 개발 또는 혁신에 소요되는 비용에 충당하기 위하여 기술개발준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도의 수입금액의 100분의 3(대통령령이 정하는 기술집약적인 산업에 있어서는 100분의 4)에 상당하는 금액의 범위 안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

② 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 기술개발준비금은 다음 각호에 따라 익금에 산입한다.

1. 당해 준비금을 손금에 산입한 과세연도의 종료일 이후 4년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지 기술개발비등 대통령령이 정하는 비용에 지출한 금액에 상당하는 준비금은 그 4년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 당해 과세연도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 준비금이 제1호의 규정에 의하여 손금에 산입할 금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도의 종료일 이후 4년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다.』고 규정하고 있다.

(2) 법인세법 제26조 제2항에서 『제1항의 신고에 있어서는 다음 각호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표 및 손익계산서

2. 기타 대통령령이 정하는 서류』라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제82조 제3항에서 『제1항의 신고서에는 다음 각호의 서류를 첨부하여야 한다.

5. 기타 재무부령이 정하는 서류』라고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제45조 제3항에서 『영 제82조 제3항 제5호에 규정하는 재무부령이 정하는 서류는 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.

1. 별지 제3(1)호 서식의 공제감면세액 및 추가납부세액합계표(甲)(乙)』라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제41조 제1항에서 『정부는 제38조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 다음 각호에 게기하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다.

2. 제26조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준금액에 미달하게 신고한 경우에는 그 미달하는 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10에 상당하는 금액.』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인간의 과소신고소득 가산세에 대한 다툼내역은 다음과 같다. (단위: 원) 구 분 처분청계산 청구법인계산 차 액

① 정기신고 과세표준 3,707,634,913 4,707,048,505 (과세표준신고금액: 3,707,634,913) 999,413,592

② 결정된 과세표준 4,712,681,642 4,712,681,642

• ③ 과세신고소득 (②-①) 1,005,046,729 5,633,137 999,413,592

④ 산출세액 1,588,311,758 1,588,311,758 (과세표준신고서상금액: 1,246,595,870)

⑤ 가산세

④ ×③÷②×10% = 33,873,018

④ ×③÷②×10% =189,853 33,683,165

(2) 청구법인의 기술개발준비금 환입처리내역을 보면 92.9.1～93.8.31 사업연도의 기술개발준비금 미사용액은 쟁점환입액인 999,413,592원이 있고, 92.9.1～93.8.31 사업연도중 기술개발준비금 사용액 16,899,411원중 93.9.1～94.8.31 사업연도에 환입하여 과세표준에 익금산입하여야 할 금액은 5,633,137원(16,899,411원 × ⅓)이 된다. 익금에 산입하여야 할 기술개발준비금 사용액중 당해 사업연도 환입대상금액 5,633,137원(16,899,411원 × ⅓)은 청구법인이 익금에 환입하지 아니하였음은 물론 해당세액을 납부한 사실도 없다.

(3) 청구법인이 쟁점환입액에 대하여 법인세를 납부한 내역을 보면, 첫째, 청구법인은 93.9.1～94.8.31 사업연도의 법인세과세표준신고를 하면서 쟁점환입액을 과세표준계산시 익금에 산입하지 아니하고 법인세과세표준신고서의 첨부서류인 『추가납부세액합계표』에 별도로 쟁점환입액에 대한 추가납부세액을 계산하여 법인세를 납부하였으며, 둘째, 『법인세과세표준 및 세액조정계산서』상의 『감면분추가납부세액』란에 쟁점환입액에 대한 법인세납부액을 기재하였고, 법인세과세표준신고시 첨부서류인 『추가납부세액계산서』를 함께 제출한 사실이 청구법인의93.9.1～94.8.31 사업연도의 법인세과세표준신고서 및 첨부서류에 의하여 확인된다.

(4) 위의 사실관계를 종합하여 관계법령을 적용하면, 가산세란 납세의무의 성실한 이행을 담보하기 위한 제도로서 이 건의 경우와 같이 청구법인이 쟁점환입액을 과세표준계산시 익금에 산입하지 아니하였으나 추가납부세액으로 납부함으로써 그 실질적인 면에서는 과세표준에 계상한 것과 같은 결과가 되는 바, 단순히 과세표준계산시 익금에 가산하지 아니하였다는 경미한 이유만으로 과소신고소득가산세를 부과하는 것은 타당성이 없어 보인다.

• 라. 결론 따라서 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 이유있다고 인정되므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.