청구인이 청구외 법인으로부터 교부받은 세금계산서가 건설용역 공급시기 이후에 교부된 사실과 다른 세금계산서에 해당되고 또한 청구인의 사업자등록전에 교부받은 세금계산서에 해당되는지 여부(취소)

[주 문] 서인천세무서장이 95.12.16 청구인에게 한 95년도 제2기분 부 가가치세 25,289,000원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 인천광역시 서구 OO동 OOOO 대지 1,773.2㎡의 지상에 임대사업용 건물 7,793.61㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하기 위하여 95.8.31 청구외 OO건설주식회사 및 주식회사 OO(이하 “청구외 법인”이라 한다)과 공사도급계약(도급금액 2,299,000,000원, 공사기간 95.9.30～97.5.30)을 체결하고 95.9.16 부동산임대사업자등록을 한 후 청구외 법인으로부터 교부받은 95.9.30 발행의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)상의 매입세액 80,000,000원을 95년 제2기분 부가가치세신고를 하여 동 매입세액 전액을 환급받았다. 처분청은 쟁점건물의 건설공사를 중간지급 조건부 용역의 공급에 해당하는 것으로 보고 청구인에게 환급한 매입세액 80,000,000원 중 공사계약금(229,900,000원)에 해당하는 매입세액 22,990,000원의 경우 공사계약일인 95.8.31이 공급시기인데도 95.9.30 세금계산서를 교부받았다 하여 이를 사실과 다른 세금계산서 및 등록전 세금계산서에 해당한다고 보아 부가가치세법 제17조 제2항 제1호, 제5호의 규정에 의거 매입세액 22,990,000원을 불공제하여 95.12.16 청구인에게 95년 제2기분 부가가치세 25,289,000원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.2.10 심사청구를 거쳐 96.5.8 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 처분청은 쟁점건물의 건설공사를 중간지급조건부 용역의 공급으로 보고 용역의 공급시기를 계약일인 95.8.31로 보았으나, 공사도급계약에 있어서 계약금은 재화나 용역을 제공한 공급대가로 받게되는 것이 아니라 계약의 이행에 대한 증거금 내지는 약정금적 성격인 바, 이를 일률적인 재화, 용역의 공급대가로 보아 대가의 각 부분을 받기로 한 때인 계약일을 공급시기로 보는 것은 부당하며, 이건의 경우 설사 계약금을 공급대가로 보더라도 공급시기를 명목상의 계약일로 볼 것이 아니라 공사축소로 인한 계약내용이 확정되고 실질적으로 계약금을 지급한 시점인 95.9.30을 공급시기로 보아야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구인과 청구외 OO건설 주식회사 및 주식회사 OO과의 95.8.31 쟁점건물에 대한 공사계약 체결내용을 보면, 계약금 10%, 중도금 80%, 잔금 10%를 지급하는 것으로 되어 있어 이는 중간지급조건부 용역공급의 경우로서 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 보아야 할 것이고, 이 건의 경우 95.9.16 사업자등록을 한 후 95.9.30 발행된 세금계산서를 교부받았는 바, 계약금 해당부분(229,900,000원)의 공급시기는 95.8.31로 보아야 하므로 처분청이 매입세액 22,990,000원을 등록전 매입세액으로 보아 과세한 것은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구인이 청구외 법인으로부터 교부받은 쟁점세금계산서가 건설용역 공급시기 이후에 교부된 사실과 다른 세금계산서에 해당되고 또한 청구인의 사업자등록전에 교부받은 세금계산서에 해당되는지 여부
• 나. 관련 법령 부가가치세법 제17조 제1항에서 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 같은조 제2항 제1호 및 본문 및 제5호에서 교부받은 세금계산서에 필요적 기재사항(공급자의 성명, 작성년월일등)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액과 사업자등록을 하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정되어 있다. 한편 부가가치세법 제9조 제2항 및 제16조 제1항에서 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다고 규정되어있고, 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정한 시기(공급시기)에 세금계산서를 교부하여야 한다고 규정되어 있으며, 같은법시행령 제22조 제2호의 규정에 의하면 완성도기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 한다고 되어있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 쟁점세금계산서를 쟁점건물의 건설용역 공급시기이후에 교부된 사실과 다른 세금계산서이고 사업자등록전 세금계산서로 본 이유를 보면, 당초 청구인은 임대사업용 건물인 쟁점건물을 신축하기 위해 95.8.31 청구외 법인과 공사도급계약을 체결하면서 공사기간은 95.9.30～97.5.30로 하고 도급금액은 2,299,000,000원으로 하며 대금지급은 계약금 10%, 중도금 80%, 잔금 10%를 각각 지급하기로 약정한 사실이 있고 95.9.16 부동산임대 사업자등록신청을 한 후 청구외 법인으로부터 95.9.30 작성된 쟁점세금계산서(공급가액 800,000,000원, 매입세액 80,000,000원)를 교부받았는데 처분청은 위 거래를 중간지급조건부 용역의 공급에 해당하는 것으로 보고 위 공급가액 800,000,000원 중 계약금 해당부분 229,900,000원은 그 공급시기가 계약일인 95.8.31인데도 95.9.30 작성된 세금계산서를 교부받았다하여 이를 사실과 다른 세금계산서 및 사업자등록전 세금계산서로 본 것임이 이건 과세자료에 의해 알 수 있다.

(2) 청구인이 쟁점건물 신축과 관련하여 인천광역시 서구청장으로부터 건축허가를 받은 내용을 보면 당초 95.6.21 건축연면적을 7,793.61㎡로 하여 허가를 받았으나 쟁점건물과 인접한 아파트 주민들이 쟁점건물의 지하실 시공과 관련하여 지반약화가 우려된다는 이의제기로 공사규모를 축소하기로 시공회사인 청구외 법인과 합의를 하여 95.9.23 건축연면적을 4,817.06㎡로 하여 변경허가를 받았음이 쟁점건물의 건축허가서등에 의해 확인되고 있어 쟁점건물 신축공사와 관련하여 당초계획(계약)대로 공사수행을 하기 어려웠던 것으로 보인다.

(3) 청구인과 청구외 법인이 95.8.31 공사계약을 체결하면서 공사대금지급에 관하여 약정한 내용을 보면 총 공사금액을 2,299,000,000원으로 하고 계약금은 총공사금액의 10%로 하되 그 지급일을 명시하지 아니하였고, 중도금은 80%로서 자금사정에 따라 지급하는 것으로 하며, 잔금은 10%로 하여 공사완료후에 지급하는 것으로 되어 있으며, 한편 청구인이 쟁점건물 시공회사(청구외법인)에 최초로 공사대금을 지급한 사실관계를 보면 95.9.26 OO건설주식회사에 400,000,000원, 95.9.30 주식회사 OO에 400,000,000원을 각각 지급하였음이 위 시공회사의 장부 및 예금통장등에 의해 확인되고 있는 점으로 보면 쟁점건물 공사대금 중 계약금의 경우 95.8.31 계약당일에 받기로 약정한 것으로 보기 어렵다. 위 사실을 종합하여 보면, 이건의 경우 중간지급조건부 용역의 공급에 해당하는 것으로 본다하더라도 쟁점건물 신축공사에 따른 민원발생으로 건축규모를 축소하는 등의 사정변경이 있었고 공사도급계약서에 계약금의 지급일에 관한 명시적인 약정이 없는 점등으로 미루어 볼 때 계약금 부분에 대한 용역의 공급시기는 계약체결일인 95.8.31로 보기보다는 실제로 계약금등을 지급한 날인 95.9.26(쟁점세금계산서 작성일과 동일과세기간내의 시기임) 또는 95.9.30로 보는 것이 보다 타당하다 할 것이므로 95.9.30 교부받은 쟁점세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없을 뿐만아니라 청구인의 사업자 등록일인 95.9.6 이후의 행위이어서 처분청이 이건 매입세액 22,990,000원을 불공제하여 과세한 것은 부당하다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.