대도시 공장의 지방이전에 따른 공장의 양도차익에 대한 법인세 감면분에 대하여는 농어촌특별세를 비과세하면서 법인세 과세표준금액중 5억원을 초과한 금액에 대하여는 농어촌특별세를 부과한 처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분개요 청구법인은 엔진발전기를 주제품으로 제조·판매하는 법인으로서 94.8.7 인천광역시 북구 OO동 OOOOOO외 9필지 공장용지 40,035.2㎡를 같은시 남동구 OO동 OOOOOOO 소재 OOOO산업 주식회사(대표이사: OOO)에 양도한 사실이 있다. 처분청은 청구법인의 94.1.1～94.12.31 사업년도에 대한 법인세 과세표준 및 세액신고서를 접수·처리함에 있어, 위 공장양도차익에 대하여 구 조세감면규제법(‘93.12.31 법률 제4666호로 개정되기전) 제42조의 규정을 적용하여 감면받은 법인세(특별부가세 포함) 9,045,942,401원에 대하여는 농어촌특별세가 비과세되는 것이나, 법인세법에 의한 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준금액 중 5억원을 초과하는 금액 16,512,840,344원에 대하여는 농어촌특별세를 납부하여야 함에도 이를 납부하지 아니한 회사의 신고O용을 그대로 두었다는 국세청 감사결과 통보에 따라 95.10.16 청구법인에게 94.1.1～94.12.31 사업년도분 농어촌특별세 363,282,480원을 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.12.11 심사청구를 거쳐 96.4.2 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 대도시 공장의 지방이전에 따른 공장양도차익에 대한 법인세 감면분에 대하여 농어촌특별세를 비과세하도록 한 농어촌특별세법 제4조 제12호와 같은법 시행령 제4조 제6항 제1호, 제7항의 규정취지에 비추어 볼때, 법인세법에 의한 각 사업년도의 소득에 대한 법인세과세표준금액중 5억원을 초과하는 금액에 대하여는 농어촌특별세 납세의무가 없음에도 과세한 것은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 농어촌특별세법 제4조 제7항에서 농어촌특별세 비과세로 규정한 조세감면규제법 관련조문은 농어촌특별세법 또는 시행령에서 열거한 해당 조세감면규제법만을 의미하는 것으로서 『공장양도차익에 대한 법인세 등의 감면』을 규정한 조세감면규제법의 해당규정을 당해 농어촌특별세법에서 열거한 바 없으므로 공장양도로 인한 소득은 농어촌특별세 비과세대상이 아니다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 대도시 공장의 지방이전에 따른 공장의 양도차익에 대한 법인세 감면분에 대하여는 농어촌특별세를 비과세하면서 법인세 과세표준금액중 5억원을 초과한 금액에 대하여는 농어촌특별세를 부과한 처분의 당부에 있다.
• 나. 관련법령

1. 농어촌특별세법 제3조에서 “『법인세법 제22조 제1항 또는 제57조의 규정에 의한 세율을 적용받는 법인세의 납세의무자중 과세표준금액이 5억원을 초과하는 법인』은 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다”고 규정하고 있으며, 농어촌특별세법 제4조 제12호에 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 것은 농어촌특별세를 비과세하도록 규정하고 있고,

2. 같은법 시행령 제4조 제6항에는 법 제4조 제12호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 감면을 말한다.

1. 조세감면규제법 제9조 O지 제13조, 제15조, 제15조의2, 제43조 O지 제46조, 제50조, 제51조, 제64조 제1항 제9호, 제73조, 제74조, 제112조 제1항 제1호 및 제5호의 규정에 의한 감면

2. ～ 6. (생략)고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제4조 제7항에서 “법 또는 이 령에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률의 해당규정에 대하여 동법 부칙 제13조 O지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다”고 규정하고 있고

3. 농어촌특별세법 제5조 제1항 제3호에 법인세법에 의한 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준금액중 5억원을 초과하는 금액에 대하여는 2/100의 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 하도록 규정하고 있고, 같은법 부칙 제3조 제1항에서는 제5조 제1항 제3호의 규정에 의한 농어촌특별세는 동 규정의 적용을 받는 법인의 사업년도 중 이 법 시행일 이후 최초로 종료하는 사업년도의 개시일(1994년 7월 1일부터 1994년 12월 30일까지 사업년도가 종료하는 경우에는 당해 사업연도 종료후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일을 말한다)부터 적용하되, 그 적용기간은 2년 이O에 종료하는 사업연도분까지로 한다고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구법인은 공장의 지방이전에 따른 공장양도결과 양도차익이 22,945,716,954원이 발생하였으며, 이에 따른 법인세 감면분에 대하여는 농어촌특별세를 비과세하였고, 법인세 과세표준금액중 5억원을 초과하는 금액 16,512,840,344원(17,012,840,344원-500,000,000원)에 대하여는 이를 농어촌특별세 과세표준으로 하여 이 건 농어촌특별세를 부과하였음이 결정결의서등 관련서류에 의하여 확인된다.

2. 농어촌특별세법 제4조 및 같은법 시행령 제4조에 의하면, 농어촌특별세가 비과세되는 경우를 규정하고 있는 바, 위의 사실O용과 같이 청구법인의 공장양도차익에 대한 법인세 감면분에 대하여는 농어촌특별세법 제4조 제12호 및 같은법 시행령 제4조 제6항 제1호에 비과세 대상으로 열거되어 있으므로 농어촌특별세가 비과세되는 것이 분명하다 하겠으나, 동 공장양도차익의 발생결과 법인세법에 의한 94.1.1～94.12.31 사업년도의 소득에 대한 법인세 과세표준금액이 5억원을 초과하는 경우에는 농어촌특별세법 제4조 및 같은법 시행령 제4조에 비과세로 규정하고 있지 아니하므로 농어촌특별세법 제5조 제1항 제3호 및 같은법 부칙 제3조 제3항의 규정에 따라 청구법인에게 94.1.1～94.12.31 사업년도 법인세 과세표준금액중 5억원을 초과하는 금액(16,512,840,344원)에 대하여 농어촌특별세를 과세한 처분에 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 따라서, 이 건 심판청구는 청구이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.