공유수면매립법에 의하여 매립‧취득한 토지의 양도에 따른 양도소득세 감면율 적용의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분개요 청구인은 인천광역시 중구 OO동 OOOOOO 잡종지 6,080㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1987.12.23 공유수면매립법에 의하여 매립·취득하여 1994.12.22 양도한 후 1995.1.28 자산양도차익예정신고를 하고 양도소득세 311,295,300원 및 농어촌 특별세 20,000,000원을 자진납부하였으나, 구 소득세법 제5조 제6호 카목(1988.12.26 법률 제4019호로 개정되기 전의 것)의 양도소득세 비과세규정을 들어 1995.9.7 납부세액 환급을 신청하였다. 처분청은 쟁점토지는 1994년 양도분으로서 구 조세감면규제법 부칙(1993.12.31 법률 제4666호로 개정된 것) 제16조 제4항의 규정에 의하여 당초 청구인이 납부한 세액이 타당하다고 보아 환급을 하지 아니하고 장기보유특별공제를 배제하여 1995.12.16 청구인에게 양도소득세 65,395,800원을 추가로 결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1995.12.20 심사청구를 거쳐 1996.3.22 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 구 소득세법 제5조 제6호 카목(양도소득세 비과세규정)이 삭제되고 대신 구 소득세법 제6조 제2항 제4호가 신설(1988.12.26 법률 제4019호)되어 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 금액을 면제하도록 하였으나, 동 개정규정은 개정법률시행(1989.1.1)후 최초로 공유수면매립법에 의하여 매립허가를 받은 자가 취득한 토지를 양도하는 분부터 적용하도록 되어 있어 1988.12.31 이전에 공유수면매립허가를 받은 청구인의 경우는 구 소득세법 제5조 제6호 카목의 규정에 의해 전액 비과세할 수 있음에도 처분청이 조세감면규제법 경과부칙(1993.12.31 법률 제4666호) 제16조 제4항에 의해 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 금액만을 공제하여 청구인이 기납부한 세액을 환급하지 아니하고 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 소득세법에 의한 공유수면매립지의 양도소득세의 감면은 1990.1.1 이후 양도분부터 조세감면규제법으로 이관되었으므로 1994.12.22 양도한 쟁점토지의 경우 조세감면규제법을 적용하여 양도소득세액 전액을 비과세하지 아니하고 100분의 50을 감면하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 공유수면매립법에 의하여 매립·취득한 쟁점토지의 양도에 따른 양도소득세 감면율 적용의 당부에 그 다툼이 있다.
• 나. 관련법령

(1) 소득세법 제5조(비과세소득) 제6호 (카)목에서 『공유수면매립법 제14조의 규정에 의하여 소유권을 취득한 자가 그 취득한 매립지를 양도함으로써 발생하는 소득(신설 1982.12.21)』은 비과세하도록 규정하였다가 1988.12.26자로 같은호 (카)목이 삭제되면서 같은법 제6조(세액의 감면) 제2항 본문에서 『양도소득금액에 다음 각호의 소득이 있는 때에는 제1항의 규정을 준용하여 계산한 소득세를 면제한다. 다만, 제4호의 소득에 대하여는 그 세액의 100분의 50에 상당하는 금액을 면제한다(단서 신설 1988.12.26)』고 규정하면서 그 제4호에서 『공유수면매립법의 규정에 의하여 소유권을 취득한 자가 그 취득한 매립지를 양도함으로 인하여 발생하는 소득(신설 1988.12.26)』을 열거하였다가 같은조 제2항은 1989.12.30 조세감면규제법 부칙에 의거 삭제되었는 바, 소득세법 부칙(1988.12.26 법률 제4019호) 제4조 제2항에서 『제5조 제6호 (카)목 및 제6조 제2항의 개정규정은 이법 시행후 최초로 공유수면매립법에 의하여 매립의 면허를 받은 자가 취득하여 토지를 양도하는 분부터 적용한다』고 규정하고 있고,

(2) 구 조세감면규제법 제59조(개발사업 시행자에 대한 양도소득세등 감면) 본문에서 『다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다(개정 1989.12.30)』면서, 제10호에서 『공유수면매립법의 규정에 의하여 공유수면을 매립한 자가 그 취득한 매립지를 양도함으로써 발생하는 소득(신설 1989.12.30)』을 규정하고 있고, 같은법 부칙(1989.12.30 법률 제4165호) 제1조(시행일)에서 『이 법은 1990.1.1부터 시행한다』면서, 제5조(양도소득세등 면제에 관한 적용례) 제1항에서 『제59조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 것부터 적용한다』고 규정하고, 제3항에서 『이 법 시행당시 종전의 소득세법·법인세법 또는 이 법의 규정에 의하여 부과(환급·추징 또는 징수를 포함한다)하였거나 부과할 양도소득세 또는 특별부가세에 관하여는 종전의 규정에 의한다』고 규정하고 있으며,

(3) 구 조세감면규제법 부칙(1991.12.27 법률 제4451호) 제19조 제3항에서 『1991년 12월 31일 이전에 공유수면매립법의 규정에 의하여 공유수면을 매립한 자가 취득한 매립지로서 그 매립지를 1994년 12월 31일 이전에 양도하는 경우에는 종전의 제59조 제10호의 규정에 의한다』고 규정하고 있고, 같은법 부칙(1993.12.31 법률 제4666호) 제16조 제4항에서 『1991년 12월 31일 이전에 공유수면 매립법의 규정에 의하여 공유수면을 매립한 자가 취득한 매립지로서 그 매립지를 1994년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득세 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다』라고 규정하고 있다.

• 다. 쟁점토지 양도에 따른 양도소득세 감면율 적용의 당부 앞에 열거한 관련 법규정을 검토하면, 1988.12.26 개정된 소득세법 부칙(1988.12.26 법률 제4019호) 규정은 개정규정의 적용관계를 규정하는 형식을 취하고 있으나, 이들 개정법률 시행전에 이미 매립면허를 받아 공유수면을 매립한 자가 취득한 매립지를 양도하는 경우에는 종전과 같이 비과세대상으로 한다는 취지의 규정이라 할 수 있는 바, 이는 소득세법의 개정으로 조세감면을 축소하면서 개정내용을 일률적으로 시행하는 경우 비과세대상으로 예상하고 매립을 행하던 자(개정전에 매립허가를 받은 자)에 대한 충격을 완화하기 위하여 정책적으로 배려를 한 예외규정이라 할 것이고, 구 조세감면규제법 제59조 제10호(1989.12.30 신설)에서는 같은법 부칙)(1989.12.30 법률 제4165호) 제5조 제1항에서 같은법 시행일 이후에 최초로 양도하는 것부터 적용하도록 하는 외에 나아가 종전의 소득세법등과의 관계에 있어서 같은법 부칙 제5조 제3항에서는 종전의 소득세법등의 규정에 의하도록 규정하였는 바, 이는 구 조세감면규제법 제59조 제10호(1989.12.30 신설) 시행전에 양도가 이루어진 것에 대하여는 종전의 소득세법 등을 적용하고 같은법 시행이후에 양도가 이루어진 것에 대하여는 취득시기 여부에 관계없이 구 조세감면규제법 제59조 제10호(1989.12.30 신설)의 규정을 적용한다는 뜻을 명백히 한 것이라 할 것(재무부 재산22601-889, 1991.7.1 같은 뜻임)으로서, 이러한 내용은 그 후 개정된 같은법 부칙(1991.12.27 법률 제4451호) 제19조 제3항 및 같은법 부칙(1993.12.31 법률 제4666호) 제16조 제4항에서도 규정하고 있으므로 1994.12.22 양도한 쟁점토지에 대하여 종전의 소득세법 규정을 적용하여 양도소득세를 비과세하여야 한다는 청구주장은 이유없다 할 것이고, 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액만을 감면하여 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.
• 라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.