구공장 양도가 『2년이상 계속하여 가동한 공장의 양도』에 해당되어 양도소득세가 감면되는지의 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 서울특별시 송파구 OO동 OOOOO 대지 759㎡, 공장건물 356.2㎡(이하 “구공장”이라 함)을 89.10.23 양도하고, 경기도 양주군 남면 OO리 OOOOOO 잡종지 2,975㎡(이하 “신공장”이라 함)로 89.12.30 공장을 이전하고, 구공장의 양도가 2년이상 계속하여 가동한 공장의 양도에 해당된다하여 양도소득세 감면신청을 하였다. 처분청은 구공장을 청구인이 2년이상 계속하여 가동한 사실이 확인되지 않는다하여 양도소득세 감면을 배제하고 95.5.16 89귀속년도분 양도소득세 60,432,290원 및 동 방위세 10,987,690원을 과세하였다. (방위세는 기납부세액이 14,833,990원으로 3,845,690원을 환급금으로 결정함) 청구인은 이에 불복하여 95.6.21 이의신청, 95.8.24 심사청구를 거쳐 95.11.23 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 구공장에서 77.7.1부터 양도할 때까지 계속하여 사업을 영위하였으며, 양도소득세 감면신청서도 제출하였다. 또한 공장을 계속 가동한 사실은 관할세무서의 변경 등으로 현재 증빙서류를 징취하지 못할 뿐 실제공장을 계속 가동하였는데도 가동을 확인할 수 있는 증빙서류가 없다는 사실만으로 양도소득세 감면을 배제함은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 이 건의 경우는 구공장이 양도일로부터 2년이내인 87년, 88년도에 계속하여 가동되었는지 여부를 가려야 하는 것인 바, 청구인이 감면신청시 및 심사청구시 제출한 서류에 의하면 구공장에서 77.7.1부터 85년도까지 및 88.12.1 이후 사업을 영위한 것은 확인되나, 이 건의 쟁점인 87년, 88년도의 사업에 대한 실적이 확인되지 아니하고 있다. 반면, 송파세무서장이 발행한 사업자등록증 및 부가가치세 세적관리카드 등에 의하면 구공장에서 88.12.1 개업하여 88.12.2 사업자등록을 신청한 것으로 확인되고 있다. 이러한 사실로 보아 청구인은 구공장에서 사업을 영위하다가 폐업한 후 88.12.1 새롭게 개업하여 사업을 영위하다가 89.10.23 양도한 것으로 보여진다. 그러므로 양도일로부터 소급하여 2년이상 계속 가동하지 아니한 구공장의 양도를 감면의 요건을 갖추지 못한 것으로 보아 양도소득세 과세한 당초처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 구공장 양도가 『2년이상 계속하여 가동한 공장의 양도』에 해당되어 양도소득세가 감면되는지의 여부
• 나. 관련법령 구소득세법 제6조 【세액의 감면】제2항 제2호에서 “양도소득금액에 대통령령이 정하는 바에 의하여 2년이상 계속하여 가동한 공장을 이전할 목적으로 대통령령이 정하는 범위안의 토지와 건물을 양도함으로 인하여 발생하는 소득이 있는 때에는 제1항의 규정을 준용하여 계산한 소득세를 면제한다. (단서생략)”라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제18조 【이전의 목적으로 양도하는 공장용 토지 및 건물】제1항에서 “법 제6조 제2항 제2호의 규정은 당해 공장용에 직접 이용되는 토지로서 공업배치법 제11조의 규정에 의한 기준초과용지를 제외한 토지와 건물에 대하여 다음 각호의 요건을 갖춘 경우에 적용한다.

1. 당해 공장을 이전함에 있어서 이전후의 공장의 대지 면적이 이전전의 공장의 대지면적(공업배치법 제11조의 규정에 의한 기준초과용지를 제외한다)이상이거나, 신공장의 가액이 구공장의 가액 이상인 경우

2. 양도한 날이 속하는 년도의 직전년도와 직전전년도에 있어서 당해 공장의 운영에서 발생한 소득에 대하여 소득세가 부과 또는 면제된 경우”라고 규정하고 있다.

• 다. 사실 및 판단

1. 구공장은 양도하고 신공장으로 이전한 경우로 다른 감면요건에 대한 다툼은 없고, 다만 쟁점구공장을 『2년이상 계속하여 가동한 공장』에 해당되는지의 여부에 다툼이 있는 바 이에 대하여 살펴본다.

2. 청구인 구공장 소재지에서 77.7.1 상호 OO전자산업, 사업장등록번호 OOOOOOOOOOOO로 전자부품제조업을 개시한 사실과, 84.7.21 사업자등록증 분실로 재교부한 사업자등록증에 의하면 이때까지 청구인이 개인사업자로 사업을 계속하였던 것으로 인정되나, 그후 폐업사실관계는 불분명하다. (10여년이상 전의 사실이고, 관할세무서 변경으로 사실관계가 확인되지 아니함)

3. 위 공장소재지에 84.12.14 법인명: OOOO전자산업주식회사 대표자 OOO(청구인의 제), 사업자등록번호 OOOOOOOOOOO로 사업을 개시하였고, 위 법인은 88.6월경까진 사업을 계속하여 영위하여 온 사실이 기초원자재 납품 증명 및 법인관할관서의 세적전산조회 내역에 의하여 확인되나, 위 법인이 무단 폐업 행방불명으로 사실상 폐업한 일자는 불분명하다.

4. 청구인은 88.12.1 위 공장소재지에서 개인사업자로 신규사업자등록하였고(사업자등록번호: OOOOOOOOOOOO), 89.7.1 관할세무서가 강동세무서에서 송파세무서로 변경되어 사업자등록번호가 OOOOOOOOOOOO로 변경되었으며, 89.12.30 신공장으로 사업장을 이전하여 의정부세무서장으로부터 사업자등록증을 재발급 받았음이 사업자등록증사본, 부가가치세 세적관리카드 등에 의하여 확인된다.

5. 관련법령 및 위 사실관계를 종합하여 판단한다. 청구인은 77.7.1 이후 계속하여 가동한 공장을 양도한 것이라고 주장하나, 당초 77.7.1부터 개인사업자로 사업을 영위하다가 84.12.15 이후에는 법인으로 변경하여 사업을 영위하였고, 법인사업자가 부도발생으로 폐업한 뒤에 88.12.1 새로이 청구인이 개인사업자로 사업을 개시하다가 89.12.30 신공장으로 이전한 것으로 인정된다. 그렇다면 구공장은 『청구인이 2년이상 계속하여 가동한 공장』에 해당되지 않고, 양도한 날이 속하는 년도의 직전년도(88년도)와 직전전년도(87년도)에 있어서 당해공장의 운영에서 발생한 소득에 대하여 소득세가 부과 또는 면제된 경우에도 해당되지 아니하므로 이에 대한 양도소득세를 감면배제한 당초 처분에 달리 잘못이 없다 할 것이다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제6 5조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.