양도소득세 100% 감면되고 방위세만 과세되는 토지의 양도에 대하여 청구인이 과세표준확정신고시 방위세를 납부하는 것으로 신고하였으나 세액을 납부하면서 양도소득세로 기재하여 자진납부한데 대하여, 처분청이 양도소득세를 납부한 것으로 간주하여 국세환급충당절차를 거쳤으나 국세환급가산금을 지급하지 아니하고 과세한 처분의 당부(경정)

[주 문] 도봉세무서장이 95.7.15 청구인에게 결정고지한 경기도 용인군 기흥읍 OO리 O OOOO외 1필지 25,971㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)의 양도에 따른 90년도분 방위세 56,402,070원의 부과처분은

1. 방위세를 부과함에 있어서 청구인이 91.7.15 자진납부한 세액 48,895,680원에 대하여 방위세를 납부한 것으로 보아 가산세 및 기납부세액을 재계산하여 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구인의 주장은 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분내용 청구인은 경기도 용인군 기흥읍 OO리 O OOOOOO외 1필지 25,971㎡(이하 “쟁점토지” 라 한다)를 83.4.11 취득하여 90.8.28 OOOO공사에 공공용지로 수용되어 양도하고 91.5.31 양도소득세를 100% 감면하고 방위세를 납부하는 것으로 하여 양도소득과세표준 확정신고를 한 후 91.7.15 세목을 양도소득세로 기재하여 세액 48,895,680원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 납부하였다. 처분청은 쟁점토지 및 서울특별시 도봉구 OO동 OOOOOOO 잡종지외 5필지 684㎡(이하 “쟁점외토지”라 한다)에 대한 90년도 귀속분 양도소득세 및 동 방위세를 과세함에 있어서 청구인이 이미 납부한 쟁점세액을 포함한 90,748,850원을 양도소득세에서 기납부세액으로 공제한 후 초과납부된 양도소득세 40,496,175원을 국세환급금으로 충당하였고, 95.7.15 청구인에게 90년도분 방위세 56,402,070원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 95.7.21 심사청구를 거쳐 95.10.14 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 청구인이 쟁점토지를 양도하고 91.5.31 양도소득과세표준 확정신고를 한 후 91.7.15 쟁점세액을 납부한데 대하여, 처분청은 쟁점세액을 양도소득세의 기납부세액에서 공제하여 초과납부된 세액을 국세환급금으로 충당하면서 국세환급가산금을 지급하지 아니한 것은 부당하므로 소득세 결정일 다음 날인 91.8.1부터 국세환급금충당일까지의 기간동안 국세환급가산금을 환급하는 것이 타당하다.
• 나. 국세청장 의견 처분청이 방위세를 과세하면서 청구인이 세목을 착오기재하여 납부한 쟁점세액을 양도소득세에서 기납부세액으로 공제한 후 초과납부된 양도소득세를 방위세에 충당하고도 부족하여 그 부족액을 현금징수하였으므로 환급세액이나 환급가산금이 발생할 수 없으므로 청구인의 주장은 이유없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 양도소득세 100% 감면되고 방위세만 과세되는 쟁점토지의 양도에 대하여 청구인이 과세표준확정신고시 방위세를 납부하는 것으로 신고하였으나 세액을 납부하면서 양도소득세로 기재하여 자진납부한데 대하여, 처분청이 양도소득세를 납부한 것으로 간주하여 국세환급충당절차를 거쳤으나 국세환급가산금을 지급하지 아니하고 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련 법령 국세기본법 제51조 제1항에서는 『세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있는 때에는 공제한 후의 잔여액을 말함)이 있는 때에는 즉시 그 오납액·초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다』고 규정하고 있고, 동법 동조 제2항 본문에서 『세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 다음 각호의 국세·가산금 또는 체납처분비에 충당하여야 한다』고 규정하면서, 동조 제1호에서는 『납세고지에 의하여 납부하는 국세』라고 규정하고 있으며, 동법 제52조에서는 『세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음 날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액을 국세환급금에 가산하여야 한다』고 규정하면서, 동조 제2호 본문에서 『세법에 의한 정기결정으로 인한 국세환급금에 있어서는 당해 세법에 의한 정기결정일』이라고 규정하고 있으며, 동법시행령 제30조 제1항에 의하면, 『세무서장은 국세환급금을 법 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 환급하고자 하는 때에는 법 제52조에 규정하는 국세환급가산금을 결정하여야 한다』고 규정하고 있고, 동조 제2항에서는 『제1항의 국세환급가산금의 이율은 국세환급금 100원에 대하여 1일 3전으로 한다』고 규정하고 있으며, 동조 제3항에서 『제1항의 국세환급가산금을 계산함에 있어서 국세에 관한 법률에 의한 자진신고납부액·원천징수에 의한 납부액 또는 중간예납액은 당해 세목의 정기분 법정결정일에 납부한 것으로 본다』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 91.7.15 자진납부한 쟁점세액에 대하여 처분청이 양도소득세를 납부한 것으로 보아 양도소득세의 기납부세액에서 공제한 후 초과납부된 세액을 국세환급금으로 충당하여 방위세를 부과처분하였으나, 청구인은 쟁점세액을 국세환급금으로 보아 충당절차를 거쳤으므로 이에 따른 국세환급가산금도 당연히 지급하여야 한다고 주장함으로써 이 건의 경우 쟁점세액을 국세환급금으로 보아 국세환급가산금을 지급할 수 있는지 여부에 대하여 다툼이 있는 바, 이를 살펴 본다. (가) 먼저 사실관계를 보면, 청구인이 쟁점토지를 OOOO공사에 양도함으로써 청구인에게 양도소득세는 전액 감면되나 방위세를 납부할 의무가 있는 이 건의 경우, 청구인은 쟁점토지를 양도한 후 91.5.31 양도소득과세표준확정신고시 양도소득세는 전액 감면된 반면, 쟁점세액인 방위세 48,895,680원을 납부할 것으로 하여 신고한 사실이 과세자료를 통하여 알 수 있고, 청구인은 91.7.15 쟁점세액을 자진납부하였는 바, 동 납부영수증에 의하면 세목이 양도소득세로 기재되어 있음이 확인된다. 또한, 처분청의 결정결의서 및 국세환급금충당통지서에 의하면, 처분청은 쟁점세액에 대하여 양도소득세를 납부한 것으로 보아 양도소득세의 기납부세액에서 공제한 후 초과납부된 세액을 국세환급금으로 충당한 사실이 확인되고 있다. (나) 이 건의 경우 청구인이 자진납부한 쟁점세액이 국세환급금에 해당되는지에 대하여 살피건대, 청구인이 91.7.15 자진납부한 쟁점세액에 대한 납부영수증에 의하면 세목이 양도소득세로 기재되어 있으나, 청구인은 쟁점토지의 양도와 관련하여 방위세를 납부할 의무가 있고, 양도소득과세표준 확정신고시 양도소득세를 감면하되, 방위세를 납부하는 것으로 신고를 이행한 사실이 있는 점에 비추어 볼 때, 청구인은 사실상 정상적으로 방위세를 납부한 것으로 보여지고, 다만 세액을 납부함에 있어서 영수증의 세목을 양도소득세분 방위세로 기재하여야 할 것을 착오로 양도소득세로 기재한 것으로 추정된다. 그렇다면 쟁점세액은 납부영수증상에 세목을 착오로 기재된 것일 뿐, 청구인이 당연히 납부하여야 할 방위세를 납부한 세액으로서 이는 국세기본법에 의한 국세환급금에 해당되지 않는다 할 것이다. (다) 위 사실관계에서 본 바와 같이 쟁점세액의 경우 국세환급금에 해당되지 않으므로 처분청이 이 건을 과세함에 있어서 환급충당절차를 거쳤다는 사실만으로 국세환급가산금을 지급할 의무가 있다고 볼 수는 없는 바, 국세환급가산금을 지급하여야 한다는 청구인의 주장은 이유없다고 판단된다.

(2) 한편, 처분청의 과세당시 쟁점세액을 양도소득세의 기납부세액에서 공제한 반면, 방위세의 기납부세액에서 공제하지 아니하였고, 쟁점세액을 자진납부하였음에도 납부하지 아니한 것으로 보아 납부불성실가산세를 부과한 사실이 과세자료에 의하여 확인되고 있는 바, 청구주장과는 별도로 이 건 과세처분은 잘못된 것이 명백하므로 방위세를 과세함에 있어서 청구인이 쟁점세액을 이미 납부한 것으로 보아 가산세 및 기납부세액을 재계산하여 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장은 이유없으나, 처분청의 과세처분에 일부 부당한 면이 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.