토지 양도에 대하여 감면한도액 3억원만 감면하여 과세한 처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인이 94.3.15 대한주택공사에 수용된 경기도 구리시 OO동 OOOOO 1,094㎡, 같은곳 OOO 전 1,812㎡ 같은곳 OOOOOO 전 1,564㎡, 같은곳 OOOOOO 전 1,455㎡ 같은곳 OOOOOO 전 283㎡ 합계 6,208㎡(이하 쟁점토지“라 한다)에 대하여 94.4.30 자산양도차익 예정신고하고 94.4.30과 94.6.14 두 차례에 걸쳐 339,975,320원을 자진납부한후 94.6.3 및 95.3.18 두번의 수정신고를 거쳐 산출세액 전액을 감면요청하고 기 납부세액전액을 환급 신청한 바 있으나 처분청은 조세감면규제법 제88조의2 규정에 의거 양도소득세 종합한도액 3억원을 감면하고 95.4.19 청구인에게 180,160,360원만을 환급통보한 바 있다. 청구인은 이에 불복하여 95.6.26 심사청구를 거쳐 95.9.30 심판청구를 하였다.

2. 청구인주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인주장 구조세감면규제법 제63조 제1항 규정은 공공용지로 토지수용법 및 기타 법률에 의한 수용으로 인한 양도소득세는 부분적으로 감면한다는 규정이고 같은법 제119조는 양도소득세 감면의 종합한도에 관한 것으로 같은법 부칙 제16조 제1항, 제3항 제8항의 규정은 본칙규정에 대한 특별조항으로 보통법과 특별법관계에서 특별법이 우선 적용되듯이 본칙에 대한 특별조항의 위치에서 본칙의 예외사항을 규정하는 보칙이 당연히 우선 적용된다. 따라서 청구인이 소유했던 토지는 92.12.31 건설부고시 제782호로 택지지구로 사업인정 고시되었고 94.3.15 토지수용법상 수용의 절차로 대한주택공사에 소유권이 이전되었기 때문에 양도소득세는 전액 감면되고 착오에 의한 잘못 자진신고 납부된 양도소득세는 전액 환급되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 조세감면규제법 등 규정은 정책 목적상 조세를 감면해주는 경우라도 막대한 토지양도소득을 얻는 경우까지 모두 감면해주는 것은 고소득자에게 지나친 혜택을 주어 과세형평상 문제가 있으므로 1년간 세액기준으로 3억원을 한도로 감면받도록 1인당 종합한도를 설정한 것으로서 부칙 제16조 제3항 및 8항의 규정은 종전의 88조의2 규정등에 의하여 1년간 세액기준으로 3억원한도(현행 1억원한도)로 전액 면제되는 것으로 규정한 것인바 청구인이 쟁점토지가 택지개발 사업용으로 수용되었다 하더라도 감면세액으로 연간 3억원까지만 감면되고 그 초과하는 부분에 대하여는 감면되지 아니하므로 처분청이 산출세액 477,572,173원중 3억원만 감면하고 예정신고 납부세액 공제액 17,757,217원을 차감한 나머지 159,814,956원을 결정세액으로 하여 자산양도차익 예정신고하고 납부한 339,975,320원에서 180,160,360원만 환급통보한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점토지 양도에 대하여 감면한도액 3억원만 감면하여 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 조세감면규제법 (91.12.27 법률 제4451호) 제57조 제1항 제2호에 “토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 발생하는 소득에 대하여는 100분의 50에 상당하는 양도소득세를 감면한다”라고 규정하고 있고, 동법 제88조의 2에 “개인이 법 제57조의 규정에 의하여 감면 받는 양도소득세의 합계액이 과세기간별로 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다”라고 규정하고 있으며, 조세감면규제법 부칙(93.12.31 법률 제4666호) 제16조 제3항에서는 “이 법 시행전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역 안에 있는 토지 등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대한 양도소득세 등의 감면 및 추징등에 관하여는 제63조 및 제78조의 개정규정에 불구하고 다음 각호에 의한다

1. 1992년 12월31일 이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지 등을 양도한 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.

2. 제1호외의 경우로서 1993년 12월31일 이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지 등을 양도한 경우에는 종전의 제57조 규정에 의한다” 고 규정하고 있으며 제8항에서는 “이 법 시행당시 내국인이 15년 이전에 취득한 토지등으로서 종전의 제57조 제1항 각호의 1에 해당하는 토지 등을 1995년 12월31일 이내에 양도하는 경우 양도소득세 등의 감면 및 추징 등에 관하여는 종전의 제57조, 제88조의2 및 제88조의 3의 규정에 의한다”고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지는 건설부고시 제782호(92.12.31)호 택지개발사업용으로 사업인가되어 94.3.15 대한주택공사에 수용(공탁)된 바 있고 등기부상 원인은 수용재결로 나타나고 있으며 쟁점토지 취득시기에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구인은 쟁점토지가 92.12.31 택지지구로 사업인정고시 후 94.3.15 토지수용되었으므로 양도소득세는 전액 감면되고 기 납부한 세액도 전액 환급하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대해 살펴보면, 조세감면규제법 (91.12.27 법률 제4451호) 제57조와 부칙의 감면조항은 양도소득세의 감면비율에 관한 규정이고 법 제88조의 2는 양도소득세 감면의 종합한도액을 설정한 것으로 각기 입법목적과 규율하는 사항을 달리 하므로 양자는 일반법과 특별법의 관계 또는 우선 적용 관계에 있는 것이 아니라 각기 별도로 적용되는 것이라 할 것이므로 감면될 양도소득세액의 합계가 연간 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과부분은 감면되지 아니하는 것이라 할 것이므로 [대법원판례 93누 18761 (94.4.15) 국심 93중 1977 (93.10.22) 같은 뜻임] 처분청이 종합한도 3억원을 적용하여 양도소득세 180,160,360원만 환급 통보한 것은 적법하다고 보여진다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 이를 심리한 바 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.