세금계산서의 매입세액을 불공제한 처분이 정당한지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 청구외 OO주택건설 OOO와 공사도급계약을 체결하고 경기도 OO군 OO읍 OO리 OOOOO에 공장을 신축하면서 청구외 OOO로 부터 94.12.22.자 공급가액 530,000,000원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 95.1.25. 처분청에 94년 2기 부가가치세 확정신고시 위 쟁점세금계산서를 제출하여 매입세액 53,000,000원을 환급받았다. 처분청은 95.3.31. 매입세액 부당환급 여부에 대하여 조사하여, 청구인이 환급받은 매입세액 53,000,000원 중 45,000,000원이 부당하게 환급받았다고 보아, 95.5.17. 청구인에게 94년 2기분 부가가치세 49,500,000원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 95.7.18. 심사청구를 하였으며 국세청장은 청구기간이 도과되었다는 이유로 95.9.6. 각하결정을 하였으나, 95.7.16.(일요일)과 95.7.17.(제헌절)이 공휴일인 점을 간과한 데 기인한 것으로 이는 잘못이며, 95.9.21.의 이 건 심판청구는 적법한 청구다.

2. 청구인 주장 및 국세청장의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 공장건물 건축허가시 건축사 사무소 대표인 청구외 OOO으로부터 OO주택건설 OOO를 소개받아 도급계약을 체결한 후 계약금 지불을 독촉받고 건설업면허 여부를 확인하여 보니 위 OO주택건설 OOO는 세무서에 사업자등록만 되어있을 뿐 건설면허 무면허업자라서 해약할 것을 종용하였으나 위 OOO는 1차 변경계약서와 건설업면허를 제시하므로 공사를 진행하였다. 처분청의 경정조사시(94.7.12.) 청구인의 경리무지로 인하여 변경계약서를 제시하지 않고 당초 계약서만 제시하였던 것이며, 변경계약내용은 완공 후 공사대금을 지급하기로 되어 있으며, 94.12.20. 현재 공사비 583,000,000원 중 1억원을 계약금으로 지불하고 잔액은 지급하지 않았으므로 94.12.22. 교부받은 쟁점세금계산서 매입세액은 전액을 공제함이 타당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구인이 납세고지서를 95.5.17. 수령하였음이 확인되는 바, 불복청구기한인 95.7.16.까지 심사청구를 하지 아니하고 94.7.18. 심사청구를 하였으므로 부적법한 청구다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건은 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제한 처분이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제9조 제2항, 같은법시행령 제22조 제2호 및 같은법시행규칙 제9조 제1호에 의하면, 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우란 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우라고 규정하고, 이 경우 용역의 공급시기는 대가의 각 부분을 받기로 한 때라고 규정하고 있다. 부가가치세법 제5조 제1항에서는 『신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일로부터 20일 이내에 정부에 등록하여야 한다』고 규정하고 있고, 같은법 제17조 제2항 제1호 단서 및 제5호, 같은법시행령 제60조 제1항 제3호에 의하면, 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우와 사업자등록을 신청하기 전에 세금계산서를 교부받은 경우 그 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 94.12.12. 사업자등록을 신청하여 94.12.16. 사업자등록증 (등록번호: OOOOOOOOOOOO)을 교부받았으며, 이 건 청구인의 신축공장은 95.5.2. 준공된 것으로 확인된다.

(2) 청구인이 94년 2기분 부가가치세 확정신고를 한 후 부가가치세 환급분에 대하여 처분청의 환급조사시 청구인이 제시한 청구외 OO주택건설 OOO와 94.9.22. 체결한 OO금고 공장신축 공사계약서에 의하면, 총 공사금액은 530,000,000원이며, 94.9.22.에 선급금액 200,000,000원, 94.11초 기초 완료시에 1차기성금 150,000,000원, 94.12.10. 골조완료시에 2차기성금 100,000,000원, 3차기성금 80,000,000원을 건축 완료시에 지급하기로 약정하였다. 청구외 OOO가 청구인에게 교부한 입금표상에는 94.9.27. 계약금으로 200,000,000원, 94.11.4. 1차 기성금으로 200,000,000원과 94.12.29. 공사대금으로 100,000,000원을 지급한 것으로 되어 있으며, 세금계산서는 94.12.22.에 530,000,000원을 교부한 것으로 되어있다.

(3) 청구인은 처분청 조사시 청구외 OOO에게 위 입금표와 같이 대금을 지급한 사실을 인정하는 확인서를 작성 제출한 바 있으나, 이 건 심판청구시에는 처분청의 환급조사시 확인한 대금지급내용을 번복하고 총 공사비 583,000,000원중 1억원만을 계약금으로 지불하고 잔액은 현재까지도 지급하지 못하였다고 주장하고 있는 바, 대금지급 규모나 일자등 그 사실내용이 전혀 밝혀지고 있지 아니하다.

(4) 위에서 살펴본 바와 같이 청구인이 이 건 청구인 신축공장의 건축자인 청구외 OO주택건설 OOO와 체결한 공사도급계약서상 공사대금 지급약정일자와 입금표상의 공사대금지급시기 및 이 건 심판청구에서의 청구인 주장의 대금지급금액에 상이하다. 이와 같이 청구인의 일관성 없는 주장등으로 미루어 볼 때, 대금지급 및 계약조건등 공급시기에 관한 사실을 판단할 증빙이 미비하므로 이 건 세금계산서의 내용이 사실과 다른 경우로서 처분청이 매입세액공제를 배제하여 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.

(5) 따라서, 이 건 심판청구는 청구인 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.