수익사업과 비영리사업을 겸영하는 청구법인에 대한 소득금액을 구분계산함에 있어, 공통손금을 수익사업에서 발생한 개별손금과 비영리사업에서 실제 발생한 개별손금에 비례하여 안분계산한 처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 지방공기업법 제76조 및 OOOOO OOOO공단설치 조례에 의하여 설립되어 서울특별시의 재산인 지하철 2호선 OOO구간의 지하상가 임대사업(이하 “수익사업”이라 한다)과 서울특별시의 재산인 공영주차장, 유료도로, OOO대로, OO호수, OOO대공원, 장묘사업장등 시설물관리를 서울특별시로부터 위탁받아 관리하는 대행사업(이하 “비영리사업”이라 한다)을 겸영하고 있는 비영리법인으로서, ’91.1.1～’93.12.31(3개) 사업년도의 법인세과세표준 및 세액을 신고함에 있어, 청구법인의 본부관리비를 수익사업과 비영리사업에 공통되는 손금으로 보아 위 공통손금을 수익사업과 비영리사업의 개별손금으로 안분계산하여 수익사업의 손금에 산입할 금액을 산출한 다음, 이를 손금에 산입하여 위 3개 사업년도의 법인세과세표준 및 세액을 신고 납부하였다. 처분청은 청구법인이 ’91.1.1～’93.12.31(3개) 사업년도의 법인세과세표준 및 세액신고시 수익사업과 비영리사업의 공통손금을 수익사업과 비영리사업의 개별손금에 비례하여 안분계산함에 있어, 수익사업의 개별손금은 수익사업에서 발생한 모든 비용으로 하고 비영리사업의 개별손금은 비영리사업에서 발생한 비용중 청구법인의 손익계산서에 계상하고 있는 비용(퇴직급여충당금전입액, 감가상각비등)만을 기준으로 하여 계산함으로써 위 3개 사업년도의 공통손금중 2,604,308,747원이 수익사업의 손금으로 과다 계상되었다는 국세청의 감사결과를 통보받고, 94.8.22 청구법인에게 다음과 같이 법인세 1,183,894,020원을 경정고지하였다. 다 음 (단위: 원) 사업년도 공통손금부인액 고지세액 ’91.1.1～’91.12.31 ’92.1.1～’92.12.31 ’93.1.1～’93.12.31 1,164,614,714 696,945,361 742,748,672 429,565,860 461,450,930 292,877,230 합 계 2,604,308,747 1,183,894,020 청구법인은 이에 불복하여 ’94.10.18 심사청구를 거쳐 ’95.2.9 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인주장 및 국세청장의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 수익사업인 지하철 2호선 OOO구간 지하상가 임대·관리사업과 비영리사업인 서울특별시의 공영주차장, 유료도로, OOO도로, OO호수, OOO대공원 불법주차견인, 장묘사업장 관리를 대행하고 있고, 이들 대행사업에서 얻어지는 수익금은 서울특별시 금고로 직접 납입되고 필요한 제경비는 서울특별시 예산으로 배정받아 집행한 다음 그 잔액은 서울특별시에 반납하고 있는 바, 비영리사업에 해당하는 대행사업에 소요되는 자금은 세출예산의 일부인 서울특별시 자금으로서 청구법인이 임시로 보관하며 서울특별시를 대신하여 집행하고 있을 뿐 청구법인의 자산, 부채, 손익과는 무관하고, 청구법인의 손익과 무관한 대행사업의 비용은 비영리사업의 개별손금으로 볼 수 없으므로, 이 건 공통손금을 수익사업과 비영리사업의 개별손금에 비례하여 안분계산함에 있어 청구법인의 손익과 무관한 대행사업의 관리비를 비영리사업의 개별손금에 포함하여 안분계산하는 것은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 한국표준사업분류표에 의하면, 청구법인이 경영하는 수익사업은 부동산임대업(8301)에 해당되고 비영리사업중 유료주차장, 유료도로, OOO대로, OO호수주변도로 관리업무는 육상운수보조서비스업(7117)에 해당되며, OOO대공원, OO호수공원, OOO공원관리업무는 공원 및 해수욕장운영업(9494)에 해당되며, 장묘사업소 관리업무는 달리 분류되지 않은 개인서비스업(9599)에 해당되어 수익사업과 비영리사업의 업종이 동일하지 아니하고, 수익사업과 비영리사업의 업종이 다른 경우 공통손금은 법인세법 시행규칙 제25조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 비영리사업의 개별손금에 비례하여 안분계산해야 함으로 이 건 과세처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 수익사업과 비영리사업을 겸영하는 청구법인에 대한 소득금액을 구분계산함에 있어, 공통손금을 수익사업에서 발생한 개별손금과 비영리사업에서 실제 발생한 개별손금에 비례하여 안분계산한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법 제1조 제1항의 규정에 의하면, 『비영리 내국법인에 대하여는 그 법인의 장관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 법인세법에서 정한 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과하도록 규정하고 있다. 또한, 같은법시행령 제2조 제4항에서 『비영리 내국법인이 수익사업을 영위하거나 수입이 있을 때에는 자산·부채 및 손익을 당해수익사업 또는 수입의 원천(이하 “수익사업”이라 한다)에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업(이하 “비영리사업”이라 한다)에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. 이 경우에 수익사업과 비영리사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다』라고 규정하고, 같은법시행규칙 제25조 제1항에서 『령 제2조 제4항의 규정에 의하여 수익사업과 기타 사업의 손익을 구분경리 하는 경우에 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다(단서생략)

1. 수익사업과 기타 사업의 공통익금은 수익사업과 기타사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산한다.

2. 수익사업과 기타 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산한다.

3. 수익사업과 기타사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타 사업의 개별손금에 비례하여 안분계산한다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 지방공기업법 제76조 및 서울특별시 조례에 의하여 설립된 공기업으로서, 수익사업으로 서울특별시 재산인 지하철 2호선 OOO구간 지하상가 임대관리업과 비영리사업으로 서울특별시의 공영주차장, 유료도로, OOO대로, OO호수, OOO대공원, 장묘사업장 관리를 대행하고 있으며, 수익사업에서 발생하는 임대수입과 관련경비는 청구법인의 수익과 비용으로 경리하지만 비영리사업에서 발생하는 수익금은 서울특별시에 직접 납입되고 인건비등 관련경비는 서울특별시 예산으로 지출한 후 대행사업 수탁관리비 수지계산서를 작성하여 정산하고 있는 바, 청구법인의 손익계산서에는 수익사업에서 발생되는 모든 수입금액과 비용, 수익사업과 비영리사업의 공통손금인 본부관리비, 비영리사업에서 발생되는 비용중 당해사업년도에 지출되지 아니하는 퇴직급여충당금전입액, 감가상가비등만이 계상되고, 청구법인의 대행사업 수탁관리비 수지계산서에는 대행사업에서 발생된 모든 비용이 계상되고 있음이 관련자료에 의하여 확인된다.

(2) 한편, 청구법인이 영위하는 수익사업과 비영리사업의 업종이 상이하므로 공통손금인 본부관리비를 수익사업과 비영리사업의 개별손금에 비례하여 안분계산하여야 한다는 사실에 대하여는 청구법인과 처분청사이에 다툼이 없으나, 위 공통손금을 수익사업과 비영리사업의 개별손금에 비례하여 안분계산함에 있어 비영리사업의 개별손금을, 청구법인은 비영리사업에서 발생된 비용중 손익계산서에 계상된 금액에 의하여 계산하고 처분청은 대행사업 수탁관리비 수지계산서에 의하여 비영리사업에서 실제 발생된 금액을 기준으로 계산하였음이 확인된다.

(3) 그런데, 법인세법시행규칙 제25조 제1항 제3호에서 수익사업과 비영리사업의 업종이 다른 경우 공통손금은 수익사업과 비영리사업의 개별손금에 비례하여 안분계산한다고 한 취지는 공통손금을 수익사업과 비영리사업에서 실제 발생한 비용에 비례하여 배분해야 한다는 뜻으로 보아야 할 것이므로, 이때 수익사업과 비영리사업의 개별손금이라 함은 당해법인의 회계처리방법에 불구하고 수익사업과 비영리사업에서 발생하는 비용의 총액을 의미한다고 보아야 할 것이다. 만일, 청구법인과 같이 비영리사업에서 발생하는 대부분의 비용이 청구법인의 회계처리방법상 손익계산서에 계상되지않는다는 이유로 비영리사업에서 발생하는 비용의 일부를 개별손금에서 제외하여 공통손금을 안분계산한다면 공통손금이 상대적으로 수익사업에 과다 배분될 것이므로 회계처리방법에 따라 과세소득에 달라지는 결과를 초래하게 될 것이다. 그러므로 처분청이 청구법인의 공통손금을 수익사업과 비영리사업에서 실제 발생된 개별손금에 의하여 안분계산한 이 건 과세처분은 타당하다고 판단되다.

(4) 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.