부동산을 청구법인이 『업무용으로 직접 사용한 면적』으로 인정할 수 있는지의 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 서울특별시 강남구 OO동 OOOOO에 본점소재지를 두고 있다가 92.11.23 충청남도 천안시 OO동 OOOO으로 본점소재지를 이전한 법인으로서 서울특별시 강남구 OO동 OOOOO 대지 2,611㎡, 건물 10,408㎡(이하 “관련부동산”이라 함)을 91.7.24 매매원인으로 하여 청구외 OO생명보험주식회사에게 92.11.23 소유권이전등기를 경료하였고, 92.1～12사업년도 법인세과세표준신고납부시 구 조세감면규제법 제42조의2 【수도권안 법인본사 양도차익에 대한 법인세, 특별부가세의 면제】규정에 의하여 직접 사용면적비율을 47.94%로 계산하여 법인세등의 면제신청을 하였다. 처분청은 위 관련부동산 중 별관 1동 2층·3층·4층 1,296㎡(이하 “쟁점부동산”이라 함)을 청구법인과 관련부동산의 임차자들이 공동으로 사용하는 주차장으로 인정하여 안분계산함으로써 청구법인이 업무용으로 직접 사용한 면적비율을 33.38%로 계산하여, 95.5.16 청구법인에게 법인세 2,368,210,480원(법인세 1,096,945,240원, 특별부가세 1,271,265,240원)을 추징하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.7.6 심사청구를 거쳐 95.10.23 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 쟁점부동산은 실질적으로 창고로 청구법인이 독점적·배타적 지위에서 전용적으로 사용한 건물이었으며, 관할구청으로부터 시정지시를 받아 그 시정조치의 경과를 보고하기 위하여, 그 안에 있던 습도, 온도조절기와 씨앗포대등을 치우고 본래의 상태(승강장에는 작은 화물용 엘리베이터가 작동되고 그 옆 주차장은 비어 있는 상태)로 환원시켰을 때에도 그 사용은 전적으로 다른 입주자들도 함께 사용하였던 것이 아니라 청구인만이 오로지 할 수 있었던 것이므로 쟁점부동산이 건축물관리대장상의 용도가 주차장임을 들어 입주자(임차인)들과 공용으로 사용하였으리라는 논리에 터잡아 청구법인이 업무용으로 직접 사용한 면적이 연면적에서 차지하는 비율을 그릇되게 계산하고, 이에 따라 감면비율을 잘못 계산함으로써 이루어진 처분청의 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 쟁점부동산은 본래 주차장법상 주차장으로서 그 본래의 목적이 건축물의 이용자 또는 일반인에게 주차장으로 제공되어야 하는 면적이며, 청구법인이 쟁점부동산을 창고로 사용하였는지 여부는 불분명하고 쟁점부동산은 강남구청에서 주차장으로 사용할 것을 청구법인에게 시정지시한 바 있고 이에 따라 청구법인은 91.8.1 시정 전·후의 사진을 첨부하여 보고하였고 강남구청은 이를 확인한 사실(건축 30420-24835, 91.9.4)이 나타나고 있으며, 쟁점부동산을 주차장으로 사용하지 않을 경우 주차장이 임차인 및 일반 고객이 주차할 장소가 거의 없는 점 및 양도당시에 쟁점부동산을 주차장으로 사용하였던 점, 또한, 전시 조세감면규제법 제36조의2 제2항에서 규정한 바와 같이 양도일로부터 소급하여 2년 이상 당해법인이 직접 사용한 면적중 가장 적은 때의 면적을 『업무에 사용한 기준면적』으로 하도록 규정하고 있으므로, 처분청에서 쟁점부동산을 청구법인 및 일반인의 공용주차장으로 사용한 것으로 보아 이를 안분계산하여 청구법인의 사용면적을 계산하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 이 건 다툼은 쟁점부동산을 청구법인이 『업무용으로 직접 사용한 면적』으로 인정할 수 있는지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

1. 구 조세감면규제법 제42조의2 제1항에서 『수도권 안에 있는 본점 또는 주사무소를 둔 법인이 본점 또는 주사무소를 수도권외의 지역으로 이전하기 위하여 당해 본점 또는 주사무소의 대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 법인세와 특별부가세를 면제한다』고 규정하고,

2. 동법시행령 제36조의2 제1항에서 『법 제42조의2 제1항의 규정에 의한 면제세액의 계산은 다음 산식에 의한다. 면제대상 소득에 대한 산출세액×면제대상 소득에 대한 산출세액× ×』로 규정하고,

3. 제2항에서 『제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해법인이 업무용으로 직접 사용한 면적은 양도일로부터 소급하여 2년동안 당해법인이 직접 사용면적 중 가장 적은 때의 면적으로 한다』고 규정하고 있다.

• 다. 사실 및 판단

1. 이 건 『수도권안에 있는 본점 양도차익에 대한 감면』 요건 중 다른 요건에 대하여서는 다툼이 없고, 양도한 건물의 연면적 중 『당해법인이 업무용으로 직접 사용한 면적』에 대하여서만 다툼이 있는 바, 쟁점부동산의 사용현황 및 사실관계를 보면,

• 가) 82.12.24 쟁점부동산이 있는 별관 1동 건물은 증축 및 용도변경을 거쳐 당초 용도가 실험실이었던 건물이, 1층은 창고로, 쟁점부동산 부분은 주차장으로 용도가 변경되었으며,
• 나) 청구법인의 주장 및 강남구청장의 시정지시 공문 등을 종합하여 보면,

① 청구법인은 89년경부터 쟁점부동산을 창고 등으로 불법사용하다가, 90.11.27(1차) 및 90.11.29(2차)의 위법건축물 시정지시(강남구청장)에 따라 90.12.6 시정결과 보고를 하였고,

② 91.3.28 및 91.7.12 위 시정조치보고에 따라 위법건축물 조치 및 고발·사용기한 등 예고조치(강남구청장)에 따라 청구법인은 91.8.1 시정조치보고를 하였고,

③ 91.9.4 강남구청장은 위법건축물 시정완료통지 및 유지관리철저지시(강남구청 건축 30420-24835, 91.9.4) 공문을 청구법인에게 발송한 사실이 인정된다.

2. 위 사실관계에서와 같이 91.8.1 위법건축물 시정조치보고전까지는 공부상 용도대로 사용하지 않고, 사실상 청구법인이 창고 등 업무용으로 직접(불법)사용하였던 것으로 보이나, 그 이후부터 양도일까지 실제로 어떠한 용도로 사용하였는지의 여부는 불분명하므로 이 기간동안은 공부상 용도인 공동의 주차장으로 사용하고 있었다고 판단할 수 밖에 없다 할 것이고, 주차장으로 사용하지 않았다 하더라도, 어떻든 위 시정조치보고일 이후부터 양도일까지의 기간동안은 청구법인이 업무용으로 직접 사용하지 아니한 사실은 인정된다 할 것이다.

3. 그렇다면 전시 관련법령 3)의 규정에서와 같이 양도일로부터 소급하여 2년이상 당해법인이 직접 사용한 면적중 가장 적은 때의 면적을 기준으로 감면대상인 『업무에 직접 사용한 면적』을 계산하도록 규정하고 있으므로, 처분청의 이 건 과세처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.