○○경찰서에 청사이전부지로 소유토지를 양도한 바 그 청사설치가 『공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법』 상 『공공사업』에 해당되는지 여부(경정)

[주 문] OO세무서장이 95.7.3 청구법인에게 한 94.1.1～94.12.31 사업연도 법인세 1,531,350,800원의 처분은 충청북도 OO시 OO동 OOOOOO 대지 9,917.4㎡의 양도에 따라 발생한 소득에 대한 법인세특별부가세의 100분의 70에 상당하는 세액을 감면하여 동 사업년도의 법인세를 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 94.7.19 OO시 OO동 OOOOOO 대지 9,917.4㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OO경찰서에 청사용 부지로 매각(잔금청산일: 94.6.30)하고 94.1.1～94.12.31 사업년도 법인세 신고시 조세감면규제법 제63조 제1항의 규정에 의거 공공사업용 토지등에 대한 특별부가세 감면신고를 하였으나 처분청에서는 쟁점토지는 조세감면규제법 제63조 제1항에 규정하는 공공사업의 시행자에게 양도한 것이 아니고, OO경찰서에 청사이전 신축부지로 양도한 것으로써 조세감면규제법 제63조 제1항의 규정이 적용되지 않는다 하여 95.7.3 94.1.1～12.31 사업연도 법인세(특별부가세) 1,531,350,800원을 결정고지 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구법인이 쟁점토지를 청구외 OO경찰서에 청사이전부지로 양도한 것은 구조세감면규제법 제57조 제1항 제1호의 규정에 의한 『공공용지의 취득 및 손실보상에 대한 특례법』상 공공사업용 토지의 양도에 해당하므로 그 양도로 인한 양도 소득에 대하여 같은조에 의거 특별부가세를 감면함이 정당하다.
• 나. 국세청장의견 쟁점토지의 매매가액결정을 한국감정원의 평가액으로 결정하였고 매매대금결정도 『공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법』의 규정에 의한 “절차와 방법”에 의하여 시행하지 않고 사인간의 거래에 있어 통상적으로 이용되는 방법에 따라 한 것이므로 처분청이 감면배제한 것은 정당배제한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 OO경찰서에 청사이전부지로 소유토지를 양도한 바 그 청사설치가 『공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법』 상 『공공사업』에 해당되는지 여부에 쟁점이 있다.
• 나. 관련법령 조세감면규제법(93.12.31 개정) 제63조 【공공사업용 토지등에 대한 양도소득세 등의 감면】 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(이하 “토지등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정신고시전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의50에 상당하는 세액을 감면한다 라고 규정하고 제1호에서 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득을 규정하고 있다. 구 조세감면규제법(93.12.31 개정전) 제57조에서는 현행 제63조와 비교하면 세액감면이 현행 100분의 30이 100분의 50으로, 현행 100분의 50이 100분의 70으로 다르고 그외는 모든 내용이 동일하다. 조세감면규제법 부칙(제4666호, 93.12.31) 제16조 【양도소득세 등에 관한 경과 조치】 제1항에서 이 법 시행전에 종전에 종전의 제40조의6·제42조·제57조 제1항 제1호(이하 생략)의 규정에 의하여 토지 등을 양도 또는 증여한 경우에 세액의 감면 및 추징 등에 관여하는 종전의 규정에 의한다 라고 규정하고 같은조 제8항에서 이 법 시행 당시 내국인이 15년 이전에 취득한 토지 등으로서 종전의 제57조 제1항 각호의 1에 해당하는 토지 등을 1995년 12월 31일 이내에 양도하는 경우 양도소득세 등의 감면 및 추징 등에 관하여는 종전의 제57조·제88조의 2 및 제88조의 3의 규정에 의한다 라고 규정하고 있다. 제88조의 3 【특별부가세 감면의 종합한도】 법인이 제57조 내지 제60조의 규정에 의하여 각 사업년도에 감면받을 특별부가세액의 합계액이 대통령령이 정하는 특별부가세산출세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다)의 100분의 70에 상당하는 금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. 다만, 산출세액의 100분의 70에 상당하는 금액이 3억원이하인 경우에는 이를 3억원으로 한다(91.12.27 신설)라고 규정하고 있다. 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법에서 제1조(목적)에서 이 법은 공공사업에 필요한 토지등의 협의에 의한 취득 또는 사용과 이에 따르는 손실보상에 관한 기준과 방법을 정함으로써 공공사업의 원활한 수행과 손실보상의 적정을 기함을 목적으로 한다고 규정하고 제2조 제2호에서는 “공공사업”이라 함은 토지수용법 제3조의 규정에 의하여 토지등을 수용 또는 사용할 수 있는 사업(토지구획정리사업·재개발사업 및 농지개량 사업을 포함한다)을 말한다라고 하고 제3호에서 “사업시행자”라 함은 공공사업을 수행하는 자(그 위임에 의하여 토지등의 취득 또는 사용에 관한 업무를 행하는 자를 포함한다)를 말한다 라고 규정하고 있다. 토지수용법 제3조(공익사업)에서 토지를 수용 또는 사용할 수 있는 사업은 다음 각호의1에 상당하는 사업이어야 한다고 규정하고 제1호에서 국방·군사에 관한 사업, 제2호에서 법률 또는 법률에 위임에 의하여 발하는 명령에 의하여 시설하는 철도, 괘도, 도로(이하 생략), 제3호에서 국가 또는 지방공공단체가 설치하는 청사, 공장, 연구소, 시험소, 보건 또는 문화시설, 공원, 광장, 운동장, 시장, 묘지, 火葬揚, 기타공공용시설에 관한 사업을 열거하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

① 청구법인이 쟁점토지를 94.7.9 OO경찰서에 청사이전부지로 양도(잔금청산: 94.6.30)하고 94.1.1～94.12.31 사업년도 법인세신고시 조세감면규제법 제63조의 규정에 의하여 양도소득에 대한 특별부가세를 50% 감면하여 감면세액을 835,175,270원으로 하여 95.3.31 신고한 바 있다. 그러나 신고후에 특별부가세감면을 잘못 계산하여 신고납부한 것을 알고 조세감면규제법(제4666호) 부칙 제16조 제8항에 의거 종전 제57조 제1항 제1호의 규정을 적용하여 특별부가세를 70% 감면하여 감면세액을 1,165,852,930원으로 하여 95.5.31 수정신고 하였다.

② 청구법인은 쟁점토지를 OO경찰서에 청사이전부지로 매각하기 위하여 92.6.18에 OO경찰서장 OOO과 약정을 체결하고 부동산(대지)매매계약 약정을 93.11.5에 부동산(대지)매매계약 계약을 OO경찰서장 OOO와 체결하였으며 소유권이전은 94.7.19(원인일: 93.11.5)에 하였음이 등기부등본 등 관련증빙서류에 나타난다. 또한 그 매각금액은 한국감정원의 감정가액에 의한 7,864,498,200원으로 하였다. OO경찰서에서는 청사이전부지로 쟁점토지를 적법절차에 따라 취득하기 위하여 청사이전계획보고→청사이전부지가계약→국유재산관리계획제출→이전추진위원회 위원위촉 및 위원회개최→매매계약→소유권이전등의 절차를 이행하였으며 매매가액은 충북지방경찰청 지시에 의거 한국감정원 평가액으로 결정하기로 하고 충북지방경찰청에 청사 이전계획보고를 한후 청구법인과 92.6.18 청사이전부지 취득을 위한 가계약(약정)을 청구법인과 체결하고 국유재산관리계획을 충북지방경찰청에 제출하고 청사이전을 위한 이전추진위원위촉 및 위원회를 개최한 후 청구법인과 쟁점토지를 매매계약을 한 후 93.11.17, 7,564,498,000원, 94.6.30 297,406,390원을 지급하고 소유권이전등기는 94.7.19에 하였음이 제시된 서류 및 OO경찰서에 조회하여 회신(경무 63100-38, 96.3.6)받은 서류등에 의하여 나타나고 있다.

③ 청구법인이 쟁점토지를 OO경찰서 청사이전부지용으로 양도한 것은 양도에 관한 계약의 형식에 관계없이 국가에 양도한 것이며, 그 청사이전사업이 토지수용법 제3조 제3호의 『국가 또는 지방공공단체가 설치하는 청사에 관한 사업』에 해당하므로 『공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법』에서 규정하는 공공사업에 해당한다고 판단된다.

④ OO경찰서는 쟁점토지의 취득에 관하여 사업시행자로서 조세감면규제법 제63조 제1항 제1호 및 제4항에 의거1965.3.30 특별부가세 감면신청을 적법하게 OO세무서에 하였음이 처분청에서 제출한 서류에 의하여 알 수 있다.

⑤ 청구법인이 쟁점토지를 1995.3.18 취득하여 1994.7.19 양도시까지 29년 이상 보유하다 양도한 것이 등기부등본상에서 알 수 있으며 쟁점토지의 양도에 대한 특별부가세는 조세감면규제법(93.12.31 개정전) 부칙 제16조 제8항에서 이 법 시행 당시 내국인이 15년 이전에 취득한 토지등으로 종전의 제57조 제1항 각호의 1에 해당하는 토지등을 1995.12.31 이내에 양도하는 경우 양도소득세 등의 감면 및 추징에 관하여는 종전의 제57조, 제88조의2, 제88조의3의 규정에 의한다 라고 규정하고 있는 바 쟁점토지는 15년 이전에 취득한 토지에 해당하므로 특별부가세 감면은 있는 구 조세감면규제법(93.12.31 개정전) 제57조를 적용받게 되고 양도소득에 대한 특별부가세에 대하여도 100분의 70의 세액이 감면된다고 판단된다. 또한 그 조세감면규제법 제88조의3에서 법인이 제57조의 규정에 의하여 각사업년도에 감면받을 특별부가세액의 합계액이 특별부가세산출세액의 100분의 70에 상당하는 금액을 초과하는 경우 그 초과부분은 이를 감면하지 아니한다고 규정하고 있으므로 쟁점토지의 양도소득에 대한 특별부가세는 100분의 70을 감면받으므로 특별부가세감면종합한도 이내에 해당됨으로 감면한도초과로 인하여 부인되는 감면세액은 없다.

⑥ 이상과 같이 청구법인이 양도한 쟁점토지는 OO경찰서 청사이전부지로 양도한 것이므로 청사신축사업이 구 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법에서 규정하는 공공사업에 해당함에도 처분청이 청구법인의 쟁점토지를 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여 『공공사업』이 아니라는 이유로 감면공제세액을 전액 인정하지 아니하고 법인세 신고시 공제한 동세액을 추징하기 위하여 95.7.3 결정고지한 법인세(특별부가세) 1,531,350,800원은 적법한 과세처분이라고 볼 수 없다고 판단된다.

• 라. 결론 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.