부가가치세법상 면세사업에서 과세사업으로 전환한 경우, 6월간의 거래에 대한 납부할 세액을 초과하여 재고품매입세액을 공제할 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법O은 94.7.1. 면세사업자에서 과세사업자로 전환한 후 95.1.25. 94년 제2기분 부가가치세를 신고하면서 재고품매입세액 5,396,385원(이하 “쟁점재고매입 세액”이라 한다)을 환급신청하였으나 처분청은 환급거부하였다. 청구법O은 이에 불복하여 95.4.25. 이의신청과 95.6.30. 심사청구를 거쳐 95.9.29. 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구법O 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법O 주장 청구법O은 농업협동조합법에 의거 설립된 법O으로 부가가치세가 면세되고 있었으나 94.7.1.부터 면세사업에서 과세사업으로 전환됨에 따라 부가가치세법 시행규칙 제6조 제1항에 의거 재고품을 신고하였으며 94년 2기 확정신고시(95.1.25)에 쟁점재고품매입세액 5,396,385원을 환급신고하였으나 처분청은 동매입세액을 환급거부 하였는 바, 쟁점재고품매입세액은 청구법O의 사업을 위하여 사용할 재화에 대한 매입세액이므로 매출세액을 초과하는 매입세액으로서 환급받을 세액이라 할 것이며, 부가가치세법 시행규칙 부칙 제6조 제2항에 매출세액을 초과하는 재고품매입세액은 없는 것으로 한다는 명문규정을 두고 있지 아니하므로 쟁점재고품매입세액을 환급되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 재정경제원 소비 46015-35호(95.2.7)에 의하면 94.7.1.부터 면세사업에서 과세사업으로 전환되는 경우 당해 과세사업과 관련하여 취득한 상품 등 재고품매입세액은 94.7.1.이후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액의 범위내에서 공제하는 것으로 해석하고 있으므로 처분청이 재고품매입세액을 미환급한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건은 부가가치세법상 면세사업에서 과세사업으로 전환한 경우, 6월간의 거래에 대한 납부할 세액을 초과하여 재고품매입세액을 공제할 수 있는지를 가리는데 그 쟁점이 있다.
• 나. 관련 법령 부가가치세법 제17조 제1항 본문에서 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다고 규정하면서 그 단서에서 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급세액으로 한다고 규정하고 있으며, 동법시행규칙 제11조의 5 및 별표 5의 제5호에서 정부대행업체의 면세사업의 범위를 농업협동조합법에 의한 조합과 중앙회로 규정하면서, 면세사업범위로 농업협동조합법 제58조 제125조 및 제153조에 규정된 사업으로 한정하면서 단서에서 서울특별시·직할시 및 시지역에서 소매업을 영위하는 경우를 제외한다고 규정하고 있다. 한편 부가가치세법시행규칙 부칙(재무부령 제1957호, 93.12.31.공포) 제1조 제1항 단서에서 동규칙 제11조의 5는 1994년 7월 1일부터 시행한다고 규정하고 있고, 제6조 제1항에서 동규칙 제11조의 5 제1항의 규정에 의한 별표 5중 제5호·제6호·제15호·제16호 및 제19호의 면세사업의 범위란의 개정규정에 의하여 면세사업자에서 과세사업자로 전환되거나 과세사업이 추가되는 사업자로서 이 규칙 시행일 현재 당해 사업과 관련하여 취득한 상품 등 재고품(세금계산서 수수분에 한한다)에 대한 매입세액을 공제받고자 하는 자는 1994년 7월 25일까지 소관세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있으며, 제2항에서 제1항의 규정에 의한 사업자가 신고한 재고품에 대하여는 법 제17조 제1항의 규정에 의한 매입세액을 안분하여 이 규칙 시행후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제한다고 규정하고 있다.
• 다. 심리 및 판단

(1) 청구법O이 신고한 94년 제2기분 부가가치세 신고내용을 보면,

① 총매출세액 62,505,703원

② 총매입세액 59,185,036원

③ 차감납부할 세액(①-②) 3,320,667원

④ 재고품 매입세액 △5,396,385원

⑤ 환급받을세액(③-④) △2,075,718원 으로 신고하면서 환급신청을 하였다.

(2) 지금까지 농·임·수·축협 및 공무원연금관리공단의 소매사업에 대하여는 부가가치세를 면제하여 왔으나 사경제부분과의 경합등으로 94.7.1.부터 부가가치세를 과세하도록 하였는 바, 재고품매입세액 공제도 당해 면세사업과 관련된 재고재화에 대하여 부가가치세를 기 부담한 부분만큼 공제하여 주겠다는 것이나 과세전환 후 6월간의 거래에 대한 납부세액에서 공제해 주고 이를 초과한 재고품매입세액은 공제하여 주지 않겠다는 것이 위 법령규정의 취지로 해석된다.(재정경제원 소비 46015-35, 95.2.7. 같은 뜻임)

(3) 위에서 본 관련법령 및 그 취지에 의하면, 면세사업에서 과세사업으로 전환시 재고품매입세액은 6월간 거래에 대한 납부할 세액(매출세액-매입세액)을 한도로 공제하여야 하는 바, 청구법O은 94년 제2기분 부가가치세 위 신고내용과 같이 납부할 세액이 3,320,667원(62,505,703원-59,185,036원)이므로 재고품 매입세액 5,396,385원 중 3,320,667원만 공제되는 것이고 나머지 재고품 매입세액 2,075,718원은 환급받을 수 없다 하겠다.

(4) 따라서 재고품매입세액을 전부 환급하지 아니하고 6월간의 거래에 대한 납부세액의 범위내에서 공제하도록 하는 것은 부가가치세 중복부담의 문제를 전혀 배제할 수 없으나, 위 관련법령 규정에 의하여 6월간의 거래에 대한 납부세액의 범위내에서 공제하도록 하는 것이 타당하다고 판단된다.(국심 95부 2546, 95.10.13. 같은 뜻임)

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법O의 주장이 이유없다고 O정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.