농업을 주업으로 하지않는 법인의 소유토지가 공공용지로 수용되어 특별부가세를 감면받은 경우 동 감면세액에 대한 농어촌특별세를 비과세할 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 및 처분개요 청구법인은 동법인의 소유토지가 91.12.10 사업인정고시된 대전원내지구 택지개발사업용지와 92.12.19 사업인정고시된 대전 제4공단 조성단지의 부지로 수용됨에 따라 94.7.1～94.12.31 수차례에 걸쳐 대전광역시로부터 토지수용보O금 1,835,213,610원을 수령한 후, 95.3.13 처분청에 94사업년도(1.1～12.31)법인세 신고시 위 수용토지에 대한 특별부가세 379,795,264원(이하 “쟁점 감면세액”이라 함)을 조세감면규제법 제63조 및 부칙(1993.12.31 개정된 것) 제16조 제3항 제1호의 규정에 의하여 전액면제 신청하고, 동 감면신청액에 대한 농어촌특별세 75,959,050원을 자진신고 후 무납부하였다. 처분청은 청구법인의 경우 농업생산을 주업으로 하는 법인이 아님을 이유로 쟁점감면세액에 대한 농어촌특별세를 비과세 배제하고, 95.5.17 청구법인에게 94사업년도 법인세분 농어촌특별세 83,554,950원을 과세하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 공공용지로 수용당한 토지의 사업인정 고시일이 92.12.31 이전이었기 때문에 당해토지의 양도소득에 대한 특별부가세 379,795,264원(쟁점감면 세액)을 조세감면규제법 제63조 및 동법 부칙(1993.12.31 법률 제4666호로 개정된 것) 제16조 제3항 제1호의 규정에 의거 전액 면제받았는 바, 농어촌특별세법시행령 제4조(비과세) 제7항의 규정에 의하면 위 조세감면규제법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되어 감면된 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 쟁점감면세액의 경우 위 부칙 제16조 제3항 제1호의 규정에 의거 면제받은 세액이므로 동 감면세액에 대한 농어촌특별세를 비과세 하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 동 법인의 소유토지가 택지개발지구와 공단조성지구로 편입·수용되어 특별부가세가 감면되었으므로 농어촌특별세를 비과세하여야 한다는 주장인 바, 농업을 주업으로 하는 법인의 농지세과세대O이 되는 토지가 수용으로 양도되어 특별부가세를 감면받은 경우 그 감면받은 세액은 농어촌특별세가 비과세되는 것이나 청구법인(OOOO조합)은 농업생산을 주업으로 하는 법인에 해당하지 않아 농어촌특별세의 비과세를 적용받을 수 없는 것이므로 (법인 46012-1165, 95.4.28) 청구법인이 94 사업년도 법인세 신고시 농어촌특별세를 신고·무납부한데 대하여 처분청이 이 건 농어촌특별세를 부과한 데 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 농업을 주업으로 하지않는 법인의 소유토지가 공공용지로 수용되어 특별부가세를 감면받은 경우 동 감면세액에 대한 농어촌특별세를 비과세할 수 있는지 여부
• 나. 관계법령

(1) 농어촌특별세법 제4조 제2호에서 “농어민 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체에 대한 감면으로서 대통령령이 정하는 것은 농어촌특별세를 부과하지 아니한다”고 규정하고, 같은법 시행령 제4조 제1항에서 “법 제4조 제2호에서 대통령령이 정하는 것이라 함은 조세감면규제법 제63조(자경농민 또는 농업생산을 주된 사업으로 영위하는 법인이 직접 경작한 토지로서 농지세 과세대O이 되는 토지에 한함.)의 규정에 의한 감면을 말한다”고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제4조 제7항에서 “법 또는 이 영에서 농어촌특별세 비과세대O으로 규정된 조세감면규제법의 해당규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률의 해당규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다”고 규정하고 있다. 한편, 93.12.31 법률 제4666호로 개정된 조세감면규제법 제63조 제1항에서 “공공사업용지로 수용되는 토지의 양도소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30에 해당하는 세액을 감면한다”고 규정하면서, 같은법 부칙 제16조 제3항 제1호에서 “1992년12월31일 이전에 토지수용법 기타법률에 의하여 사업인정 고시된 사업지역 안에 있는 토지등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세를 제63조의 개정규정에 불구하고 전액 면제한다”고 규정하고 있다.

(2) 위 규정을 종합하여 보면, 조세감면규제법 제63조 (공공사업용 토지등에 대한 양도소득세등의 감면)에서 규정한 특별부가세 감면대O토지중 농어촌특별세가 비과세되는 토지는 조세감면규제법 제55조 제1항 소정의 농업생산을 주업으로 하는 법인이 직접 경작한 토지로서 농지세 과세대O이 되는 토지에 한함을 알 수 있고, 이 경우 당해토지에 대한 특별부가세가 조세감면규제법(93.12.31 법률 제4666호로 개정된 것) 부칙 제16조 제3항의 경과조치 또는 특례에 따라 감면되는 경우에는 그 경과조치 또는 특례에 의한 감면세액에 대하여도 농어촌특별세가 비과세됨을 알 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 쟁점토지의 양도소득에 대한 특별부가세 379,795,264원(쟁점감면세액임)이 위 조세감면규제법 제63조 및 같은법부칙 제16조 제3항의 규정에 의하여 전액 감면된 사실과 청구법인이 농업생산을 주된 사업으로 영위하는 법인이 아닌 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다. 사실이 위와 같다면 쟁점감면세액은 농어촌특별세법 제4조 제2호 및 같은법시행령 제4조 제1항 소정의 비과세대O 감면에 해당되지 않는다 할것이어서 처분청이 청구법인에게 쟁점감면세액에 대한 농어촌특별세를 부과한 처분은 적법·타당하다고 판단된다.
• 라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.