농어촌특별세가 시행된 ’94.7.1 이전에 발생한 토지 등 고정자산 처분익에 대하여 법인의 각 사업년도 소득에 대한 농어촌특별세를 과세하는 것이 소급과세에 해당되는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분 개요 청구법인은 충청북도 음성군 삼성면 OO리 O OO에 본점을 두고 자수직물 제조업을 영위하고 있는 법인으로서, ’95.3.30 ’94.1.1～’94.12.31 사업년도(이하 “’94사업년도”이라 한다)의 법인세과세표준 및 세액을 자진신고 납부함에 이에 대한 농어촌특별세를 신고납부하지 아니하였다. 처분청은 청구법인의 ’94사업년도의 각 사업년도 소득에 대한 법인세과세표준금액 11,068,604,978원중 500,000,000원을 초과하는 10,568,604,978원을 농어촌특별세의 과세표준으로 하여, ’95.5.5 청구법인에게 ’94사업년도 해당분 농어촌특별세 232,509,300원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 ’95.6.2 심사청구를 거쳐 ’95.9.15 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 ’94사업년도분 법인세과세표준 11,068,604,978원 중에는 농어촌특별세법이 시행되기 전인 ’94.6.20 발생한 고정자산 처분익이 포함되어 있는 바, 농어촌특별세법의 시행전에 발생한 소득에 대하여 농어촌특별세를 과세하는 것은 국세기본법 제18조에 규정된 소급과세금지원칙에 위배되는 부당한 처분이다.
• 나. 국세청장 의견 법인의 각 사업년도의 소득은 그 사업년도에 증가된 순자산에 의하여 계산하는 것이므로 고정자산 양도차익도 각 사업년도 소득으로 과세소득을 형성하게 되는 바, 청구법인의 고정자산 양도차익은 ’94사업년도 중에 발생한 것이어서 ’94사업년도의 소득에 해당되며, 청구법인의 ’94사업년도의 종료일은 ’94.12.31이어서 농어촌특별세가 시행되는 ’94.7.1 이후 최초로 종료하는 사업년도에 해당되므로, 이 건 농어촌특별세를 과세한 당초처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 이 건 심판청구의 다툼은 농어촌특별세가 시행된 ’94.7.1 이전에 발생한 토지 등 고정자산 처분익에 대하여 법인의 각 사업년도 소득에 대한 농어촌특별세를 과세하는 것이 소급과세에 해당되는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련 법령

(1) 농어촌특별세법 제5조 제1항 제3호에 의하면, 법인세법에 의한 각 사업년도의 소득에 대한 농어촌특별세는 법인세의 과세표준금액중 5억원을 초과하는 금액을 과세표준으로 하고, 그 과세표준에 100분의 2(세율)를 곱하여 계산한 금액을 세액으로 하도록 규정하고 있으며,

(2) 같은법 부칙 제1조에서 『이 법은 1994년 7월 1일부터 시행한다』고 규정하고 있고, 그 부칙 제3조 제3항에서는 『제5조 제1항 제3호의 규정에 의한 농어촌특별세는 동 규정의 적용을 받는 법인의 사업년도중 이 법 시행일 이후 최초로 종료하는 사업년도의 개시일 (1994년 7월1일부터 1994년 12월 30일까지 사업년도가 종료하는 경우에는 당해 사업년도 종료후 최초로 개시하는 사업년도의 개시일을 말한다)부터 적용하고, 그 적용기간은 2년 이내에 종료하는 사업년도분까지로 한다』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세기록에 의하면, 청구법인의 ’94.1.1～’94.12.31 사업년도의 소득에 대한 법인세과세표준금액은 11,068,604,978원이며, 위 과세표준금액에는 청구법인이 ’94.6.30 양도(소유권 이전등기일)한 대구광역시 북구 OO동 OOOOO 대지 등 28필지의 토지 11,730㎡의 처분익 12,121,574,923원이 포함되어 있음이 확인된다.

(2) 한편, 처분청은 청구법인의 위 과세표준금액 11,068,604,978원 중 500,000,000원을 초과하는 금액 10,568,604,978원을 과세표준으로 하여 이 건 농어촌특별세를 과세하였는 바, 이에 대하여 청구법인은 청구법인의 ’94.1.1～’94.12.31 사업년도의 과세표준금액에는 농어촌특별세법이 시행되기 전에 발생한 쟁점토지의 양도차익이 포함되어 있으므로 이 건 과세처분이 소급과세에 해당되는 부당한 처분이라고 주장하고 있음이 확인된다.

(3) 그런데, 국세기본법 제18조 제2항에서, 국세를 납부할 의무가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니하도록 규정하고 있고, 같은법 제21조 제1항에서 농어촌특별세에 대한 납세의무 성립시기는 농어촌특별세법 제2조 제2항에 의한 본세의 납세의무가 성립하는 때로, 법인세의 납세의무 성립시기는 과세기간이 종료하는 때로 규정하고 있는 바, ’94.1.1～’94.12.31 사업년도분에 대한 법인세 및 위 법인세를 본세로 한 농어촌특별세의 납세의무는 사업년도가 종료되는 ’94.12.31 성립되었다고 보아야 할 것이다. 그렇다면, 이 건 농어촌특별세는 농어촌특별세의 납세의무가 성립되기 전인 ’94.7.1 시행된 법률에 의하여 과세되었으므로, 납세의무가 성립된 후 새로운 세법에 의하여 소급과세한 것으로 볼 수는 없다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.