세금계산서상 공급가액중 계약금 해당분을 공급시기 이후에 발행된 세금계산서로 보아 관련 매입세액의 공제를 부인한 처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 “OOO식품”이라는 상호로 쌀가공식품 제조업을 영위하고 있는 자로서 94.6.14 청구외 OO기계공작소와 공급가액 315,000,000원 상당의 떡가공시설 설치공사(이하 “쟁점공사”라 한다)계약을 체결하고 위 계약일에 계약금 108,025,000원, 94.9.20에 중도금 90,000,000원, 94.12.16에 잔금 116,975,000원을 지급하고, 위 잔금지급일에 총공급가액 315,000,000원에 대한 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 일괄 교부받아 95.1.25 부가가치세 신고시 그 매입세액 31,500,000원을 매출세액에서 공제하여 신고하였다. 처분청은 쟁점공사를 중간지급조건부 용역의 공급으로 보고, 그 공사비 지급액중 쟁점세금계산서 발행일과 같은 과세기간내에 지급한 중도금 및 잔금에 대하여는 관련 매입세액의 공제를 인정하였으나, 계약금 108,025,000원에 대하여는 그 지급일인 94.6.14이 속하는 과세기간(94.1.1 - 94.6.30)을 경과하여 94.12.16에 세금계산서를 발행하였다 하여 공급시기 이후에 발행된 사실과 다른 세금계산서로 보아, 95.4.1 관련 매입 세액 10,802,500원의 공제를 부인하는 결정을 하였다. 청구인은 이에 불복하여 95.5.9 심사청구를 거쳐 95.8.8 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 부가가치세법 제9조 제1항 및 같은법시행령 제21조 제1항 제4호에 의하면 재화의 공급시기는 계약금 이외의 대가의 각 부분을 받기로 한 때로 규정되어 있고, 부가가치세법 기본통칙 2-3-3...9 에 의하면 계약금의 공급시기도 계약금 이외의 계약한 금액을 받기로 한때를 공급시기로 보도록 되어 있으며, 세금계산서의 작성일이 사실상의 거래시기와 다르게 되어 있더라도 거래사실이 확인되는 경우에는 매입세액의 공제가 가능하다는 대법원 판례도 있으므로, 이 건 계약금의 경우 그 공급시기를 중도금 지급일인 94.9.20로 보아 매입세액 공제를 인정함이 타당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구인은 OO기계제작소와 94.6.14 쟁점공사 도급계약을 체결하여 계약금 108,025,000원을 지급하고 세금계산서는 94.12.16 교부받았는바, 중간지급조건부로 재화를 공급하거나 용역을 제공함에 있어서 그 대가의 일부로 거래상대방으로 부터 받는 경우에는 당해 계약조건에 따라 계약금을 받기로 한 때를 그 공급시기로 보는 것이므로, 위 계약금의 공급시기는 94.6.14이고 94.12.16 발행된 그 세금계산서는 공급시기 이후에 발행된 세금계산서에 해당하므로 매입세액의 공제를 부인한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서상 공급가액중 계약금 해당분을 공급시기 이후에 발행된 세금계산서로 보아 관련 매입세액의 공제를 부인한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제9조 제2항 및 같은법시행령 제22조 제2호에서 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급시기로 한다고 규정하고 있고, 같은법시행규칙 제9조 제1호에서는 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우를 중간지급조건부 용역의 공급으로 규정하고 있으며, 같은법 제16조 제1항 및 제17조 제1·2항의 규정을 모아보면 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액 즉 매출세액에서 매입세액을 공제한 세액으로 하되 위 법령상 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서에 대하여는 그 매입세액을 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.
• 다. 사실 및 판단

(1) 쟁점공사 도급계약서 및 공사비 지급 관련 자료를 보면, 그 공급내용은 떡가공시설을 제작 설치 하는 공사이고, 그 대가의 지급은 계약일인 94.6.14에 계약금으로 108,025,000원을 지급하였고 94.9.20에 중도금으로 90,000,000원으로 지급하였으며 94.12.16에 잔금 116,975,000원을 지급하면서 총 공급가액 315,000,000원에 대한 세금계산서를 1매로 일괄 교부받은 사실이 확인된다.

(2) 위 법령의 규정 및 사실관계를 종합해 볼 때, 쟁점공사는 떡가공시설을 제작하여 설치하는 공사로서 그 대가의 지급이 계약금 이외에 중도금 및 잔금으로 분할되어 비교적 장기간인 6월여에 걸쳐 지급된 점으로 미루어 보아 중간지급조건부 용역의 공급에 해당된다 하겠고, 중간지급조건부로 용역을 제공함에 있어서 그 대가의 일부로 계약금을 거래 상대자로 부터 받는 경우에는 당해 계약조건에 따라 계약금을 받기로 한 때를 공급시기로 보는 것인바(부가가치세법 기본통칙 2-3-3...9 참조), 쟁점공사 용역의 대가의 일부인 계약금 108,025,000원의 경우 그 지급일인 94.6.14 이 공급시기이므로, 그에 대한 세금계산서는 늦어도 위 공급시기가 속하는 과세기간(94.1.1 - 94.6.30) 종료일인 94.6.30까지는 발행되었어야 위 법령에서 정한 공급시기에 적법하게 발행된 세금계산서로 인정할 수 있는데 (같은 뜻: 국심 94전 284, 94.7.9, 대법 90누 9933 91.4.26), 그 발행일이 94.12.16로서 공급시기 (94.6.14) 이후에 발행된 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 관련 매입세액 10,802,500원의 공제를 부인한 처분은 타당하다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.