토지의 양도에 따른 매매대금 청산일이 확인되는지의 여부(경정)

[주 문] 충주세무서장이 1995.2.16 청구인에게 결정고지한 1993년 귀 속분 양도소득세 9,773,440원의 부과처분은 쟁점토지 4필지 1,953㎡와 충청북도 음성군 O동면 OO리 OOOOOOO 전 946㎡에 대하여 양도일자를 1993.1.20로 하여 양도소득세 과세표준과 세액을 경정결정한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 충정북도 음성군 O동면 OO리 소재 공장용지 1,953㎡(OOOOO 104㎡·OOOOOOO 791㎡·OOOOO 856㎡ 및 OOOOOOO 202㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 주식회사 OO화학(이하 “청구외 법인”이라 한다)에 양도하고 1993.12.13 소유권이전등기 하였으며, 자산양도차익예정신고 및 양도소득세과세표준확정신고는 하지 아니하였다. 처분청은 쟁점토지의 양도일을 소유권이전등기접수일인 1993.12.13로 보아 기준시가로 양도차익을 산정하여 1995.2.16 청구인에게 1993년 귀속분 양도소득세 9,773,440원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 1995.4.11 심사청구를 거쳐 1995.7.7 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구인은 당초 충청북도 음성군 O동면 OO리 OOOOO 전 1,841㎡ 및 같은리 OOOOO 전 1,058㎡(2필지의 토지 2,899㎡를 이하 “종전토지”라 한다)를 (주)OO화학에 양도하고 1993.1.20 잔금을 청산받았으나 종전토지의 지목이 농지(전)여서 매수자인 청구외 법인 명의로 바로 소유권이전등기를 하지 못하고 청구외 법인 주관하에 청구인 명의로 토지분할 및 지목변경등 관련절차를 완료한 후에 종전 토지중 지목이 공장용지로 변경된 쟁점토지에 대하여 1993.12.13 소유권이전등기를 경료하였는 바, 이는 청구인의 귀책사유가 아닌 매수법인의 사정에 의한 것으로서 종전토지의 양도일은 잔금청산일인 1993.1.20이며 동 사실은 양도시의 매매계약서, 거래상대방확인서, 금융자료등에 의하여 확인되고 있음에도 불구하고 처분청이 양도일자를 등기접수일인 1993.12.13로 보아 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구인은 쟁점토지의 매매대금 청산일이 1993.1.20 이라고 주장하며 쟁점토지 양도시의 매매계약서를 제시하고 있으나 동 계약서에는 매매가액이 27,187,000원으로 되어 있는 반면 쟁점토지의 소유권이전과 관련된 검인계약서에는 매매가액이 37,714,383원으로 되어 있는 바, 통상 실지거래가액보다 검인계약서상 매매가액이 적은 점을 고려할 때 청구인이 제시한 매매계약서는 그 신빙성을 인정하기 어렵다 할 것이며, 청구인이 쟁점토지의 잔금 24,487,000원을 1993.1.20 수령하였다고 하면서도 그 근거로 15,000,000원이 입금된 예금통장을 제시하고 있을 뿐 다른 금융자료와 청구외 법인의 장부 및 입출금근거자료를 제시하지 못하고 있어 잔금청산일이 불분명하다 할 것이므로 처분청이 소유권이전등기접수일인 1993.12.13을 쟁점토지의 양도일로 보아 과세한 당초처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점토지의 양도에 따른 매매대금 청산일이 확인되는지의 여부에 다툼이 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제27조 및 같은법시행령 제53조 제1항 제1호에 의하면, 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날을 원칙으로 하고 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로 하며 잔금약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일로 하도록 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 토지대장등본 및 등기부등본에 의하면 종전토지 2필지(전 2,899㎡)는 1992.8.26에 4필지로 분할되고 그중 1필지가 1993.2.25 다시 2필지로 분할되어 쟁점토지(4필지 1,953㎡) 및 같은리 OOOOO OO 전 946㎡(이하 “미등기토지”라 한다)인 5필지의 토지로 되었고, 그중 쟁점토지는 1993.3.2 공장용지로 지목변경되었으며, 쟁점토지에 대하여만 1993.12.9 매매를 원인으로 1993.12.13 청구외 법인에게 소유권이전등기 되었음이 확인된다.

(2) 쟁점토지 양도에 대하여 1993.12.13 음성군수의 검인을 받은 검인계약서에 의하면 쟁점토지(4필지 1,953㎡)에 대하여만 계약을 하고 있고 총매매대금은 37,714,383원으로서 1993.12.9 계약당일 매매대금 전액을 지불하는 것으로 되어 있으나, 청구인이 제시하는 검인계약서와 별개로 작성된 당초의 매매계약서(청구인은 원본을 제시하고 있음)에 의하면, 분할되기전의 종전토지 2필지 2,899㎡(매매계약서에는 877평으로 표시함)에 대하여 충정북도 음성군 O동면 OO리 OOOOO 거주 청구외 OOO(청구외 법인의 대표이사임)과 1992.6.30 매매계약을 체결하였고, 총매매대금은 27,187,000원으로서 계약당일 계약금으로 2,700,000원, 1992.8.30 잔금으로 24,487,000원을 지불토록 되어 있으며, 매수자 OOO은 종전토지 877평을 공장부지로 사용하기 위하여 27,187,000원에 매수한 사실 및 청구외 법인의 자금사정으로 매매대금 잔금을 약정일인 1992.8.30 지불하지 못하고 1993.1.20 지불한 사실과 매수토지의 소유권을 청구외 법인 명의로 이전하기 위하여 농지인 지목을 공장용지로 변경하는 과정에서 등기가 지연되었음을 확인하고 있고, 인근주민 OOO등 6명은 1992년도에 청구인이 종전토지를 매매한 사실과 매수자인 청구외 법인이 공장용지 조성을 위하여 청구인으로 하여금 92년도 추곡(벼)수확을 못하게 하였다는 사실을 확인하고 있다.

(3) 당초 매매계약서상의 종전토지중 쟁점토지를 제외한 미등기토지의 등기부등본을 보면 소유자는 청구인으로 되어 있으나 쟁점토지와 마찬가지로 1994.1.24 청구외 법인의 채무에 대한 근저당권 설정이 되었고 1995.1.9 청주지방법원충주지원의 경매개시결정(95타경 12)을 받아 1995.1.12 OO공사에 의하여 임의경매 신청된 것으로 보아 사실상 청구외 법인의 소유로서 동법인의 부도와 관련 매각위탁된 것으로 보이므로 미등기토지도 지목변경이 되지 않아 등기이전을 하지 못한 것일 뿐 사실상은 쟁점토지와 함께 양도된 것으로 인정되고 따라서 청구인이 양도한 토지는 종전토지(전 2,899㎡)라는 청구주장이 진실된 것으로 인정된다 하겠다.

(4) 청구인이 1993.2.27 음성군에 제출한 토지지목변경신청서를 보면, 지목이 전으로 되어 있는 쟁점토지의 지목을 공장용지로 변경신청하였으며, 1993.3.2 동 지목이 공장용지로 변경되었음이 토지대장에 의하여 확인되고 있는 바, 지적법상 지목의 변경은 토지의 형질변경 및 공사준공등 그 이용상황이 변경된 경우에 허용하고 있고 행정관청에 의하여 엄격히 통제되고 있는 점과 영농에 종사하는 청구인이 별다른 사유없이 농지인 쟁점토지의 지목을 공장용지로 변경하였으리라고 볼 수는 없는 점을 고려할때 지목변경신청은 청구인의 명의만 빌렸을 뿐 사실상은 청구외 법인이 한 것으로서 1993.3.2 공부상 지목이 변경된 시점에 이미 토지의 실제이용상황이 공장용지로 변경되어 있었던 것으로 보인다 할 것이므로 쟁점토지의 지목이 변경되기 이전부터 청구외 법인이 쟁점토지에 대한 사실상의 소유권을 행사한 것으로 인정된다 하겠다.

(5) 청구인이 매매대금 잔금을 1993.1.20 청산받았다는 증거로 제시하는 예탁금잔액증명서 및 정기예탁금증서에 의하면 O동새마을금고에 1993.2.1 청구인 명의로 15,000,000원을 입금하였고 OOOO협동조합에 1993.2.1 청구인의 처 OOO 명의로 10,000,000원을 입금한 사실이 확인되는바, 동 예탁금의 액수 및 예금일자가 청구인이 주장하는 매매대금 잔금액(24,487,000원) 및 잔금청산일자(1993.1.20)와 거의 일치할 뿐 아니라 청구인이 쟁점토지 소재지에 거주하면서 영농에 종사하는 자임을 감안할 때 농촌의 자금형편으로 비교적 큰 규모인 동 자금을 달리 조달하기는 어렵다고 보여지므로 매매대금 잔금을 청산받아 동 금융기관에 예탁하였다는 청구주장은 이를 달리 부인하기는 어렵다 하겠다.

(6) 그렇다면, 청구인이 청구외 법인에게 양도한 토지는 쟁점토지 뿐만 아니라 미등기토지를 포함한 종전토지이며, 그 매매대금의 청산일은 1993.1.20임이 인정된다 할 것이므로, 처분청이 쟁점토지만을 양도한 것으로 보고 소유권이전등기 접수일을 양도시기로 하여 한 당초처분은 부당하다고 판단된다.