양도차익을 계산함에 있어서 환지처분된 토지중 권리면적은 기준시가로, 권리면적을 초과한 면적은 실지거래가액으로 과세되었는지와 소득공제가 되었는지 및 장기보유특별공제 대상인지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분 개요 청구인은 충청북도 제천시 OO동 OOOOO 대지 96㎡(이하 “환지전토지”라 한다)를 72.2.16 취득하여 보유하던중 91.1.4 환지전토지가 같은동 OOO 대지 184.1㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)로 환지처분 확정된후 93.8.17 쟁점토지를 양도하고 94.5.31 과세표준 확정신고를 하였다. 처분청은 쟁점토지중 권리면적은 기준시가로, 권리면적을 초과한 면적은 실지거래가액(취득가액은 17,924,190원, 양도가액은 27,467,680원)에 의하여 양도차익을 계산하여 95.2.15 청구인에게 93년도 귀속분 양도소득세 846,360원을 과세하였다. 청구인은 이에 불복하여 95.3.16 심사청구를 거쳐 95.6.20 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지는 토지구획정리사업으로 인하여 환지되었는 바, 양도차익을 계산함에 있어 환지전토지의 권리 면적은 기준시가로, 권리면적을 초과한 면적은 취득가액 및 양도가액이 각 확인되므로 실지거래가액(취득가액은 17,924,190원, 양도가액은 27,467,680원)으로 과세함이 타당하다.

(2) 또한 청구인은 신고기한내에 과세표준확정신고를 하였으므로 소득공제를 하여야 하고,

(3) 환지전 토지상에는 주택 55.7㎡, 부속건물 16㎡, 창고 4.8㎡, 가작 7㎡ 등의 건물이 있었으므로 장기보유특별공제를 함이 타당하다.

• 나. 국세청장 의견

(1) 환지처분된 쟁점토지중 권리면적은 기준시가로, 권리면적을 초과한 면적에 대하여는 실지거래가액(취득가액은 환지청산금인 17,924,190원, 양도가액은 청구인이 제시한 매매계약서상의 양도가액인 27,467,680원)으로 과세하였고, 양도소득공제액에 대하여도 과세당시 1,500,000원을 공제한 사실이 처분청의 과세자료에 의하여 각 확인되고 있는 바, 권리면적을 초과한 면적에 대하여 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 과세하여야 한다는 청구주장과 양도소득공제를 요구하는 청구주장은 처분청에서 과세당시 이미 반영하였으므로 이에 대한 청구주장은 이유없다.

(2) 한편 청구인은 쟁점토지상에 주택등 건물이 있었으므로 장기보유특별공제를 함이 타당하다고 주장하고 있으나 청구인이 주장하는 동 건물은 토지구획정리사업 시행당시 이미 멸실되고 없어졌고, 쟁점토지 양도당시에는 그 지상에 건물이 없는 나대지상태이므로 처분청이 장기보유특별공제를 배제하고 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 양도차익을 계산함에 있어서 환지처분된 쟁점토지중 권리면적은 기준시가로, 권리면적을 초과한 면적은 실지거래가액으로 과세되었는지와 소득공제가 되었는지 및 장기보유특별공제 대상인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제23조 제4항 제1호 및 제45조 제1항 제1호 가목 및 같은법 시행령 제170조 제4항 제3호의 규정을 종합하여 보면, 『자산양도차익을 결정함에 있어서 취득 및 양도가액은 기준시가에 의함이 원칙이고, 양도자가 자산양도차익 예정신고 또는 양도소득 과세표준 확정신고시 제출한 증빙서류에 의하여 취득 및 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우에는 실지거래가액에 의한다』고 규정하고 있다.

(2) 같은법 제23조 제2항 본문에서는 『양도소득금액은 당해 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액에서 다시 다음 각호의 금액을 순차로 공제한 금액으로 한다』고 규정하면서 같은항 제2호에서는 『제1항 제1호에 규정하는 자산(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 5년 이상인 것에 대하여는 다음 각목의 구분에 따라 계산한 금액(이하 “장기보유특별공제액”이라 한다)』을 규정하고 있다. 또한 같은법시행령 제46조의3에 의하면 『법 제23조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 나대지와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다. 다만, 양도일 현재 토지초과이득세법 제8조의 규정에 의한 유휴토지등에 해당하지 아니하는 토지는 그러하지 아니하다』고 규정하고 있다.

• 다. 환지처분된 쟁점토지중 권리면적은 기준시가로, 권리면적을 초과한 면적은 실지거래가액으로 과세되었는지 여부 청구인은 환지처분된 쟁점토지중 환지전토지의 대가인 권리면적은 취득일을 알 수 없으므로 기준시가로 과세하고, 권리면적을 초과한 면적에 대하여는 취득 및 양도가액이 모두 확인되므로 실지거래가액으로 과세하여야 한다고 주장하고 있으나 처분청의 과세자료를 보면, 쟁점토지중 권리면적(57.68㎡)은 기준시가로, 권리면적을 초과한 면적(126.42㎡)을 실지거래가액 즉, 취득가액은 환지청산금인 17,924,190원, 양도가액은 청구인이 제시한 매매계약서상의 양도가액인 27,467,680원으로 과세된 사실이 확인되고 있어 청구주장은 처분청에서 과세당시 이미 반영되었음을 알 수 있으므로 청구주장은 이유없다 할 것이다.
• 라. 양도소득공제가 되었는지 여부 청구인은 쟁점토지 양도후 과세표준확정신고를 하였으므로 소득공제를 하여야 한다고 주장하고 있으나 처분청의 과세자료를 보면, 소득공제액 1,620,000원을 공제한 사실이 확인되고 있어 이에 대한 청구주장도 처분청에서 과세당시 이미 반영되었으므로 청구주장은 이유없다 할 것이다.
• 마. 장기보유특별공제 대상인지 여부 청구인은 쟁점토지상에 주택 55.7㎡, 부속건물 16㎡, 창고 4.8㎡ 및 가작 7㎡ 등의 건물이 있었으므로 장기보유특별공제를 함이 타당하다고 주장하고 있으나 동 건물은 토지구획정리사업의 시행으로 인하여 88.9.30 지장물 손실보상을 받은 사실이 청구인이 제시한 제천시장의 손실보상금 지급확인서에 의하여 확인되고 있어 동 건물은 토지구획정리사업 시행당시 이미 멸실된 것으로 보여지며, 또한 쟁점토지 양도당시 그 지상에 건물이 없는 나대지라는 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. 사실이 그러하다면 쟁점토지는 토지구획정리사업의 시행으로 인하여 지상건물이 멸실된후 청구인은 쟁점토지를 나대지인 상태로 보유하다가 93.8.17 양도하였다고 보아야 할 것인 바, 처분청이 쟁점토지 양도당시 건물이 없는 나대지라는 이유로 장기보유특별공제를 배제하고 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.