기업부설 연구소 증축공사의 일부인 조경공사와 관련된 매입세액을 토지조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 보아 매입세액공제를 배제한 처분이 타당한지 여부(취소)

[주 문] 서대전세무서장이 94.10.1O 청구법인에게 고지한 93년 제2기 분 부가가치세 38,147,400원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 서울특별시 중구 OO동 OOO에 본점소재지를 두고 가성소다 등의 제조업을 영위하는 법인으로 청구외 OO화약주식회사 및 OO에너지주식회사와 공동으로 투자(청구법인 58% 지분, OO화약주식회사 22% 지분, OO에너지주식회사 20% 지분)하여 92.11월부터～94.4월까지 기간에 대전광역시 유성구 OO동 OOO외 88필지 소재에 OO화약그룹 종합연구소 증축공사(총공사비 309억 8,000만원, 이하 “연구소 증축공시”라 한다) 중 34O,794,598원 상당의 조경식재공사(총공사비 597,921,740원 중 청구법인 지분 상당액, 이하 “쟁점공사”라 한다)를 청구외 OO토건 주식회사에게 도급을 주어 공사를 완공한 후 쟁점공사비에 상당한 매입세액 34,O79,450원을 매출세액에서 공제하여 93년 제2기분 부가가치세를 신고납부하였다. 처분청은 청구법인이 매출세액에서 공제한 매입세액 34,O79,450원을 토지조성을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 보아 공제를 배제하고 94.10.1O 청구법인에게 93년 제2기분 부가가치세 38,147,400원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.12.8 이의신청과 95.3.3 심사청구를 거쳐 95.O.5 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구법인이 92.11월～94.4월 기간에 대전광역시 유성구 OO동 소재에 건축한 309억원 상당의 연구소 증축공사 중 건물주변의 조경공사(정원수의 구입)비용 597,921,740원을 토지와 구분하여 별도의 공사비용으로 지급하고, 구축물대장에 등재하여 별도로 관리하고 있으며, 국세심판소의 선결정례나 예규등에 의하면 조경공사는 법인세법 시행규칙 『별표1』에 열거한 『정원』으로서 매입세액공제 대상으로 보고 있는 데도 처분청이 자본적 지출로 보아 매입세액을 공제하지 아니한 것은 부당하므로 총 조경공사비 597,921,740원 중 청구법인의 지분(58%)에 해당되는 34O,794,509원의 매입세액 상당액 34,O79,450원을 매출세액에서 공제함이 타당하다.
• 나. 국세청장 의견 정원수는 법인세법시행규칙 『별표1』에 열거한 감가상각이 되는 고정자산에 해당되지 아니하고, 제조업을 영위하는 사업자가 기업부설 연구소의 신축과 관련하여 연구소 부지에 조경공사를 한 경우 당해 조경공사에 관한 매입세액은 토지의 조성비용을 위한 자본적 지출에 해당된다고 봄이 타당하므로 처분청의 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 기업부설 연구소 증축공사의 일부인 조경공사와 관련된 매입세액을 토지조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 보아 매입세액공제를 배제한 처분이 타당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 이 건 처분당시의 관련법령인 부가가치세법 제12조 제1항 제12호의 규정에 의하면 토지의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제17조 제2항 제4호에서 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있으며, 91.12.31 신설된 같은법 시행령 제O0조 제O항에는 토지의 조성 등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있다.

(2) 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 같은법 시행령 제O0조 제O항의 규정에 의하여 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 건설공사에 대한 부가가치세 매입세액은 토지에 대한 자본적지출에 관련된 매입세액으로서 매출세액에서 불공제하여야 하지만 법인세법시행규칙 『별표1』의 고정자산 내용년수표상 감가상각대상자산인 구축물에 관련된 공사는 토지조성과 관련없는 공사로서 구축물관련 공사비에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되는 것으로 보아야 할 것이다(국심 93경 2809, 94.1.28 등 다수 같은 뜻임).

• 다. 사실 및 판단

(1) 사실관계 (가) 조경공사의 위치: 연구소 내의 건물주변 및 입구의 정원 (나) 조경공사에 식재한 나무등의 종류 및 수량 구분 식재한 나무의 종류 및 수량 잔디 (줄떼) 자연석 놓기 내용 히말리야 시다 등 O0여 그루 54,419㎡ 1.5톤 45개 (다) 조경공사비 내역(청구법인의 지분 상당 부담액) 조경을 위한 나무, 잔디, 자연석 구입대금 식재 등을 위한 부대비용 합 계 34O,794,O09원 (597,921,740원의 58%) 194,854,1O2원 541,O48,771원 ◦위 식재등 부대비용은 이 건 처분당시 투자회사별 부담금액이 정산되지 아니하여 과세대상에서 제외되었다. (라) 위 조경공사내역이 구축물대장에 등재되었는지 여부 ◦청구법인이 제출한 구축물대장에 의하면 쟁점조경공사비용이 등재되어 있음이 확인된다.

(2) 위 쟁점공사가 법인세법 시행규칙 『별표1』의 구축물 (감가상각대상재산)에 해당되는지에 대하여 보면, 이 건 조경공사는 OO화약그룹 종합연구소 건물 주변등에 정원을 조성할 나무, 잔디 및 자연석의 구입대금임이 조경식재 내역서 및 쟁점공사비 내역서등에 의하여 확인될 뿐 만 아니라 위 나무등으로 정원으로 만든 후 그 대금에 상당한 금액 541,O48,771원(나무등의 대금 34O,794,O09원과 공사부대비용 194,854,1O2원)을 청구법인의 구축물대장에 등재하여 별도로 관리하고 있음이 확인되므로 이는 법인세법시행규칙 제27조의 규정에 의한 『별표1』의 『정원』에 해당하는 공사로서 부가가치세법시행령 제O0조 제O항에서 규정하고 있는 토지조성과 관련된 자본적 지출에 해당되지 아니하는 것으로 인정되므로 이 부분에 대한 매입세액은 공제함이 타당하다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제O5조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.