비영리법인인 청구법인이 쟁점토지를 처분함으로 인하여 생긴 양도차익을 계산함에 있어 그 취득가액을 얼마로 하여야 하는지(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 비영리내국법인(학교법인)으로 1963.5.1 증여취득한 충청남도 금산군 남일면 OO리 OOOOO외 19필지 임야등 18,519㎡(명세 별첨, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 1993.3.20 양도(원인: 1992.12.14 공공용지 협의양도, 양수자: 충청남도)하고, 양도가액은 충청남도로부터 받은 32,040,150원으로, 취득가액은 1989.1.1을 가격시점으로 하여 1993.5.19 감정평가한 32,473,600원으로 하여 쟁점토지의 양도차익을 산정하고 이에 대한 법인세를 신고하였다. 위 사실에 대하여 처분청은 쟁점토지의 양도가액은 청구법인이 신고한 32,040,150원으로 하고, 취득가액은 법인세법시행령 제124조의 2 제9항 제1호에 의하여 계산한 금액(2,046,441원)으로 하여 쟁점토지의 양도차익(고정자산 처분 이익)을 산출하여 1994.12.16 청구법인에게 1992.3.1～1993.2.28 사업년도분 법인세 7,498,420원을 경정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1995.2.8 심사청구를 거쳐 1995.5.22 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 1988.12.26 법률 제4020호로 개정된 법인세법 부칙 제14조는 비영리법인이 소유하고 있는 고정자산을 처분함으로 인하여 생긴 양도차익을 계산함에 있어 그 취득가액은 장부가액과 1989.1.1 현재로 상속세법 제9조 제1항의 가액으로 평가한 금액중 높은 금액으로 할 수 있도록 하였는 바, 청구법인이 증여받은 자산인 쟁점토지의 경우 취득시의 장부가액이 없으므로(자산계정에 계상하지 않았음) 그 취득가액은 1989.1.1 현재의 감정가액 32,473,600원(청구법인의 의뢰에 의하여 대전감정평가사사무소가 1989.1.1을 가격 시점으로 하여 한 감정가액임. 감정일자: 1993.5.19)으로 하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인의 경우 장부상 쟁점토지의 취득가액이 기재되지 아니하여 장부 가액을 알 수 없고 또한 증여받을 당시의 시가도 알 수 없으며, 증여개시 전후 6월내에 증여재산에 대한 공신력있는 감정기관의 감정가액도 작성되어 있지 아니하고 다만 1993.5.19에 1989.1.1현재를 기준으로 하여 감정평가사 사무소에 의뢰하여 평가한 가액이 있을 뿐이므로 이를 증여당시의 취득가액으로 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서 쟁점토지의 경우 양도가액은 1992년 10월경 도로확장용으로 충청남도에 32,040,150원에 협의매각하여 실지거래가액이 확인되나 취득가액은 불분명하므로, 법인세법시행령 제124조의 2 제9항 제1호의 규정에 의하여 취득가액을 환산한 후 그 취득가액에 의하여 쟁점토지 처분이익을 산정하고 법인세를과세한 당초처분은 정당하고 청구법인의 주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건은 비영리법인인 청구법인이 쟁점토지를 처분함으로 인하여 생긴 양도차익을 계산함에 있어 그 취득가액을 얼마로 하여야 하는지에 다툼이 있다. (청구법인은 1989.1.1을 가격시점으로 하여 1993.5.19 감정평가한 감정평가액 32,473,600원으로 하여야 한다고 주장한다.)
• 나. 관계법령

(1) 쟁점토지 양도당시 시행되던 법인세법 제1조(납세의무) 제1항은 그 본문에서 『국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 “내국법인”이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조의 규정에 의한 법인과 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 “비영리내국법인”이라 한다)에 대하여는 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호에 게기하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과한다』라고 규정하고, 그 제6호에서 『고정 자산(고유목적사업에 직접 사용하는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인한 수입』이라고 규정하고 있다. 한편, 1988.12.26 법률 제4020호로 개정된 법인세법 부칙 제14조(수익사업용고정자산의 취득가액 산정에 관한 특례)는 『제1조 제1항 제6호의 개정규정을 적용함에 있어서 1988년12월31일 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1989년 1월1일 현재로 상속세법 제9조 제1항의 가액으로 평가한 금액중 높은 금액으로 할 수 있다』라고 규정하고 있다.

(2) 상속세법 제9조(상속재산의 가액평가) 제1항은 『상속재산의 가액, 상속재산의 가액에 가산할 증여의 가액 및 상속재산의 가액중에서 공제할 공과 또는 채무는 상속개시당시의 현황에 의한다. 다만, 실종선고로 인한 상속의 경우에는 실종선고일 당시의 현황에 의한다』라고 규정하고 있으며, 동법시행령 제5조 (상속재산의 평가방법) 제1항은 『법 제9조 제1항의 규정에 의한 가액은 각각 그 당시의 시가에 의하되, 시가를 산정하기 어려운 때에는 제2항 내지 제6항의 규정에 의한 방법에 의한다』라고 규정하고 있고, 동조 제2항 본문은 『유형재산(유가증권을 제외한다)의 평가는 다음 각호에 의한다』라고 하면서 그 제1호에서 『토지·건물의 평가 (가) 국세청장이 정하는 특정지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액에 의한다. (나) (가)이외의 지역에 있어서는 지방세법상의 과세시가표준액에 의한다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 비영리법인이 소유하고 있는 고정자산을 처분함으로 인하여 생긴 양도차익에 대하여는 1988.12.31까지는 법인세를 과세하지 아니하였으나, 1988.12.26 법률 제4020호로 개정된 법인세법 제1조 제1항 제6호의 신설에 따라 비영리법인이 소유한 고정자산중 수익사업용 고정자산을 양도함으로 인하여 생기는 양도차익을 비영리법인의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득으로 보아 법인세를 과세하도록 규정하면서 이때 고정자산의 양도차익계산의 특례규정을 두었다. 즉, 일반적으로 양도차익을 계산할 때에는 그 고정자산의 양도가액에서 양도당시의 장부가액을 차감하여 산출하는 것이 원칙이지만, 비영리법인이 1988.12.31 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)을 양도하는 경우에는 당해 자산의 양도가액에서 양도당시 장부가액과 1989.1.1현재로 상속세법 제9조 제1항의 가액으로 평가한 금액중 높은 금액을 차감하여 양도차익을 계산하도록 규정(1988.12.26 법률 제4020호로 개정된 법인세법 부칙 제14조)하였다.

(2) 청구법인은 위 법인세법 부칙 제14조의 규정을 근거로 쟁점토지의 취득가액을 청구법인의 의뢰에 의하여 대전감정평가사무소가 1989.1.1을 가격시점으로 하여 1993.5.19 감정한 가액(32,473,600원)으로 하여야 한다고 주장하나, 청구법인주장 감정가액은 가격시점으로부터 4년 4개월후에 소급감정평가한 가액인 점, 쟁점토지의 1990.1.1기준 공시지가가 1,367,830원에 불과한 점 등으로 미루어 볼때 청구법인주장 위 소급감정평가액 32,473,600원은 신빙성이 없다 할 것인 바, 그렇다면 쟁점토지를 처분함으로 인하여 생긴 양도차익을 계산함에 있어 그 취득가액은 지방세법상의 과세시가표준액으로 하여야 할 것이다.

(3) 한편 청구법인 제출자료에 의하면 쟁점토지의 1989.1.1현재 지방세법상 과세시가표준액은 553,908원임을 알 수 있고, 이는 처분청이 이건 법인세 과세시에 쟁점토지의 취득가액으로 한 2,046,441원보다 낮은 가액이어서 이를 취득가액으로 하여 쟁점토지 양도차익에 대한 법인세를 경정하면 청구법인에게 불이익이 되므로 이건 심판청구는 국세기본법 제79조 제2항(불이익변경금지)의 규정에 의하여 청구법인주장을 기각결정함이 타당하다고 판단된다.

• 라. 결론 이건 심판청구는 심리결과 청구법인 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [ 별 첨 ] 쟁점토지 명세 번 호 소 재 지 면 적(㎡)

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⑬ 충남 금산군 남일면 OO리 OOOOO 〃 OOOOO 〃 OOOOO 〃 OOOOO 〃 OOOOO 〃 OOOOO 〃 OOOOO 〃 OOOOO 〃 OOOOO 〃 OOOOO 〃 OOOOO 〃 OOOOO 〃 OOOOO 565 86 694 525 6,359 4,260 244 128 1,956 13 387 3,260 42 계 18,519