산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 산업기지개발구역으로 89.1.1 이전에 지정된 지구의 사업시행자인 청구법인이 조성한 토지를 90.1.1 이후 양도하였을 경우 그 양도소득에 대하여서도 88년 개정된 구 법인세법 부칙 제16조의 경과규정을 적용하여 특별부가세를 비과세하여야 하는지 여부(기각)

[주 문] [이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 89.1.1 이전에 산업기지개발구역으로 지정되고 청구법인이 조성한 OO지구 포함 8개구역 토지중 93년 중에 분양된 1,699,000㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도하고 94.3.30 구 조세감면규제법(89.12.30 법률 제4165호로 개정된 것, 이하 “89년 개정된 구 조감법”이라 한다) 제59조 제5호 및 동 부칙 제5조 제1항의 규정을 적용하여 쟁점토지 양도차익에 대한 법인세(특별부가세, 이하 “특별부가세”라 한다)의 50%에 상당하는 세액만 감면하는 것으로 하여 93사업년도 법인세 과세표준과 세액을 신고하였다가, 94.9.30 쟁점토지 양도차익에 대한 특별부가세 수정신고시에는 구 법인세법(88.12.26 법률 제4020호로 개정된 것, 이하 “88년 개정된 구 법인세법”이라 한다) 부칙 제16조의 규정에 의하여 비과세소득으로 신고하면서 기납부세액 19,599,471,201원중 6,885,270,605원의 환급을 신청하였다. 처분청은 청구법인의 환급신청에 대하여 89년 개정된 구 조감법 제59조 제5호 및 동 부칙 제5조 제1항의 규정에 의하여 쟁점토지 양도차익에 대한 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 특별부가세만 감면되는 것으로 보아 94.11.9 환급거부를 통지하였다 청구인은 이에 불복하고 95.1.10 심사청구를 거쳐 95.5.10 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 청구법인은 88년 개정된 구 법인세법 부칙 제16조의 경과규정에 이 법 시행당시(89.1.1) 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 산업기지개발구역으로 지정된 지구의 사업시행자(청구법인)가 조성한 토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 종전(88년 개정전 구 법인세법)의 법인세법 제59조의 3 제1항 제14호의 규정(비과세)에 의한다고 규정한 이후 삭제나 폐지된 바 없으므로 청구인이 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 산업기지개발구역으로 89.1.1 이전 지정된 지구에 조성한 토지를 93사업년도에 양도함으로써 발생한 소득에 대하여서도 88년 개정된 구 법인세법 부칙 제16조를 적용하여 비과세하여야 한다.

3. 국세청장 의견 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지를 90.1.1 이후에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 89년 개정된 구 조감법 제59조 제5호 및 동법 부칙 제5조 제1항의 규정에 의하여 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액만이 감면되므로 청구법인의 93사업년도 특별부가세 수정신고에 대하여 환급거부한 당초 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 산업기지개발구역으로 89.1.1 이전에 지정된 지구의 사업시행자인 청구법인이 조성한 쟁점토지를 90.1.1 이후 양도하였을 경우 그 양도소득에 대하여서도 88년 개정된 구 법인세법 부칙 제16조의 경과규정을 적용하여 특별부가세를 비과세하여야 하는지 여부를 가리는데 있다
• 나. 관련법령 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 산업기지개발구역으로 지정된 지구의 사업시행자인 청구법인이 조성한 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 비과세·감면규정의 개정연혁을 보면, 88년 개정전 구 법인세법 제59조의 3 제1항 제14호에 비과세하는 것으로 규정하였다가 88.12.26 같은법 개정시 위 제1항 제14호의 비과세 규정을 삭제하고, 같은 조 제2항 제4호에 세액의 100분의 50만 감면하는 것으로 변경규정함과 동시에 같은법 부칙 제12조 제1항에서 위 제2항 제4호의 개정규정은 이 법 시행(89.1.1)후 최초로 양도하는 분부터 적용하는 것으로 규정하고 아울러 같은 부칙 제16조에는 “이 법 시행당시(89.1.1)산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 종전(88년 개정전 구 법인세법, 즉 74.12.21 신설된 것)의 제59조의 3 제1항 제14호(비과세)의 규정에 의한다고 규정하고 있다. 89.12.30(법률 제4165호) 법인세법 개정시 다시 위 본문 59조의 3 제2항 제4호(50% 감면규정)를 삭제하고 같은 내용(50% 감면)을 89년 개정된 구 조감법 제59조 제5호에 옮겨 규정하면서 그 부칙 제5조 제1항에 본법 제59조의 개정규정(50% 감면)은 이 법 시행(90.1.1)후 최초로 양도하는 것부터 적용한다고 규정하고 같은조 제3항에 이 법 시행당시 종전의 법인세법의 규정에 의하여 부과하였거나 부과할 특별부가세에 관하여는 종전의 규정에 의한다고 규정하면서 같은 부칙 제19조 제2항에서 법인세법 제59조의 3 제2항(50% 감면)내지 제4항을 각각 삭제한다고 규정하였다.
• 다. 사실 및 판단 먼저 청구법인이 93년중에 양도한 쟁점토지에 대하여 당초 특별부가세가 감면(50%)되는 것으로 신고하였다가 이를 비과세소득으로 수정신고하였으나 처분청이 감면(50%)소득으로 보아 특별부가세를 환급거부한 경위를 보면, 청구법인이 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 산업기지개발구역으로 89.1.1 이전에 지정된 지구내에 조성한 토지를 93년도 중에 양도함으로써 발생된 양도소득에 대하여 88년 개정된 구 법인세법 부칙 제16조의 규정에 의하여 특별부가세가 비과세되는 소득으로 수정신고한 것에 대하여 처분청은 청구인이 93년도중에 양도한 토지의 양도소득에 대한 특별부가세는 89년 개정된 구 조감법 제59조 제5호 및 같은법 부칙 제5조 제1항의 규정을 적용하여 100분의 50에 상당하는 세액만 감면하고 환급거부한 사실이 관계증빙에 의하여 인정된다. 다음으로 쟁점토지 양도로 인하여 발생하는 소득에 대한 특별부가세가 비과세되는지에 대하여 살펴보면, 88년 개정된 구 법인세법 부칙 제16조에 “이 법 시행당시 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로 인하여 발생한 소득에 대하여는 종전의 제59조의 3 제1항 제14호의 규정에 의한다”라고 규정하고 있으나, 89년 개정된 구 조감법 부칙 제5조 제1항에서 같은법 제59조의 규정(산업기지개발촉진법에 의하여 지정된 지구 또는 구역의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다는 내용)은 같은법 시행일 이후에 최초로 양도하는 것부터 적용하도록 하는 외에 나아가 종전의 법인세법 등과의 관계에 있어서 같은법 부칙 제5조 제3항에서는 종전의 법인세법 등과의 규정에 의하여 부과(감면)하였거나 부과(감면)할 양도소득세 및 특별부가세는 종전의 법인세법 등의 규정에 의하도록 규정한 것은 89년 개정된 구 조감법 시행전에 양도가 이루어진 것에 대하여는 종전의 법인세법 등을 적용하고 89년 개정된 구 조감법 시행이후에 양도가 이루어진 것에 대하여는 개정된 조세감면규제법을 적용한다는 뜻을 명백히 한 것이라 할 것이고, 이로 인하여 88년 개정된 구 법인세법 부칙 제16조의 규정은 89년 개정된 구 조감법 부칙 제5조의 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 그 효력이 소멸된 것으로 해석하여야 할 것인 바, 청구인이 89.1.1 이전에 산업기지개발구역으로 지정된 지구에 조성한 토지를 90.1.1 이후 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 특별부가세의 50%를 감면하는 것이 타당하다 할 것이므로 청구법인이 쟁점토지를 양도함으로써 발생한 소득에 대한 특별부가세 수정신고시 신청한 환급청구에 대하여 이를 거부한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 89.1.1 이전에 산업기지개발구역으로 지정되고 청구법인이 조성한 OO지구 포함 8개구역 토지중 93년 중에 분양된 1,699,000㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도하고 94.3.30 구 조세감면규제법(89.12.30 법률 제4165호로 개정된 것, 이하 “89년 개정된 구 조감법”이라 한다) 제59조 제5호 및 동 부칙 제5조 제1항의 규정을 적용하여 쟁점토지 양도차익에 대한 법인세(특별부가세, 이하 “특별부가세”라 한다)의 50%에 상당하는 세액만 감면하는 것으로 하여 93사업년도 법인세 과세표준과 세액을 신고하였다가, 94.9.30 쟁점토지 양도차익에 대한 특별부가세 수정신고시에는 구 법인세법(88.12.26 법률 제4020호로 개정된 것, 이하 “88년 개정된 구 법인세법”이라 한다) 부칙 제16조의 규정에 의하여 비과세소득으로 신고하면서 기납부세액 19,599,471,201원중 6,885,270,605원의 환급을 신청하였다. 처분청은 청구법인의 환급신청에 대하여 89년 개정된 구 조감법 제59조 제5호 및 동 부칙 제5조 제1항의 규정에 의하여 쟁점토지 양도차익에 대한 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 특별부가세만 감면되는 것으로 보아 94.11.9 환급거부를 통지하였다 청구인은 이에 불복하고 95.1.10 심사청구를 거쳐 95.5.10 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 청구법인은 88년 개정된 구 법인세법 부칙 제16조의 경과규정에 이 법 시행당시(89.1.1) 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 산업기지개발구역으로 지정된 지구의 사업시행자(청구법인)가 조성한 토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 종전(88년 개정전 구 법인세법)의 법인세법 제59조의 3 제1항 제14호의 규정(비과세)에 의한다고 규정한 이후 삭제나 폐지된 바 없으므로 청구인이 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 산업기지개발구역으로 89.1.1 이전 지정된 지구에 조성한 토지를 93사업년도에 양도함으로써 발생한 소득에 대하여서도 88년 개정된 구 법인세법 부칙 제16조를 적용하여 비과세하여야 한다.

3. 국세청장 의견 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지를 90.1.1 이후에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 89년 개정된 구 조감법 제59조 제5호 및 동법 부칙 제5조 제1항의 규정에 의하여 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액만이 감면되므로 청구법인의 93사업년도 특별부가세 수정신고에 대하여 환급거부한 당초 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 산업기지개발구역으로 89.1.1 이전에 지정된 지구의 사업시행자인 청구법인이 조성한 쟁점토지를 90.1.1 이후 양도하였을 경우 그 양도소득에 대하여서도 88년 개정된 구 법인세법 부칙 제16조의 경과규정을 적용하여 특별부가세를 비과세하여야 하는지 여부를 가리는데 있다
• 나. 관련법령 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 산업기지개발구역으로 지정된 지구의 사업시행자인 청구법인이 조성한 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 비과세·감면규정의 개정연혁을 보면, 88년 개정전 구 법인세법 제59조의 3 제1항 제14호에 비과세하는 것으로 규정하였다가 88.12.26 같은법 개정시 위 제1항 제14호의 비과세 규정을 삭제하고, 같은 조 제2항 제4호에 세액의 100분의 50만 감면하는 것으로 변경규정함과 동시에 같은법 부칙 제12조 제1항에서 위 제2항 제4호의 개정규정은 이 법 시행(89.1.1)후 최초로 양도하는 분부터 적용하는 것으로 규정하고 아울러 같은 부칙 제16조에는 “이 법 시행당시(89.1.1)산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 종전(88년 개정전 구 법인세법, 즉 74.12.21 신설된 것)의 제59조의 3 제1항 제14호(비과세)의 규정에 의한다고 규정하고 있다. 89.12.30(법률 제4165호) 법인세법 개정시 다시 위 본문 59조의 3 제2항 제4호(50% 감면규정)를 삭제하고 같은 내용(50% 감면)을 89년 개정된 구 조감법 제59조 제5호에 옮겨 규정하면서 그 부칙 제5조 제1항에 본법 제59조의 개정규정(50% 감면)은 이 법 시행(90.1.1)후 최초로 양도하는 것부터 적용한다고 규정하고 같은조 제3항에 이 법 시행당시 종전의 법인세법의 규정에 의하여 부과하였거나 부과할 특별부가세에 관하여는 종전의 규정에 의한다고 규정하면서 같은 부칙 제19조 제2항에서 법인세법 제59조의 3 제2항(50% 감면)내지 제4항을 각각 삭제한다고 규정하였다.
• 다. 사실 및 판단 먼저 청구법인이 93년중에 양도한 쟁점토지에 대하여 당초 특별부가세가 감면(50%)되는 것으로 신고하였다가 이를 비과세소득으로 수정신고하였으나 처분청이 감면(50%)소득으로 보아 특별부가세를 환급거부한 경위를 보면, 청구법인이 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 산업기지개발구역으로 89.1.1 이전에 지정된 지구내에 조성한 토지를 93년도 중에 양도함으로써 발생된 양도소득에 대하여 88년 개정된 구 법인세법 부칙 제16조의 규정에 의하여 특별부가세가 비과세되는 소득으로 수정신고한 것에 대하여 처분청은 청구인이 93년도중에 양도한 토지의 양도소득에 대한 특별부가세는 89년 개정된 구 조감법 제59조 제5호 및 같은법 부칙 제5조 제1항의 규정을 적용하여 100분의 50에 상당하는 세액만 감면하고 환급거부한 사실이 관계증빙에 의하여 인정된다. 다음으로 쟁점토지 양도로 인하여 발생하는 소득에 대한 특별부가세가 비과세되는지에 대하여 살펴보면, 88년 개정된 구 법인세법 부칙 제16조에 “이 법 시행당시 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로 인하여 발생한 소득에 대하여는 종전의 제59조의 3 제1항 제14호의 규정에 의한다”라고 규정하고 있으나, 89년 개정된 구 조감법 부칙 제5조 제1항에서 같은법 제59조의 규정(산업기지개발촉진법에 의하여 지정된 지구 또는 구역의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다는 내용)은 같은법 시행일 이후에 최초로 양도하는 것부터 적용하도록 하는 외에 나아가 종전의 법인세법 등과의 관계에 있어서 같은법 부칙 제5조 제3항에서는 종전의 법인세법 등과의 규정에 의하여 부과(감면)하였거나 부과(감면)할 양도소득세 및 특별부가세는 종전의 법인세법 등의 규정에 의하도록 규정한 것은 89년 개정된 구 조감법 시행전에 양도가 이루어진 것에 대하여는 종전의 법인세법 등을 적용하고 89년 개정된 구 조감법 시행이후에 양도가 이루어진 것에 대하여는 개정된 조세감면규제법을 적용한다는 뜻을 명백히 한 것이라 할 것이고, 이로 인하여 88년 개정된 구 법인세법 부칙 제16조의 규정은 89년 개정된 구 조감법 부칙 제5조의 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 그 효력이 소멸된 것으로 해석하여야 할 것인 바, 청구인이 89.1.1 이전에 산업기지개발구역으로 지정된 지구에 조성한 토지를 90.1.1 이후 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 특별부가세의 50%를 감면하는 것이 타당하다 할 것이므로 청구법인이 쟁점토지를 양도함으로써 발생한 소득에 대한 특별부가세 수정신고시 신청한 환급청구에 대하여 이를 거부한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.