토지의 거래가 국민주택건설용지의 양도로서 양도소득세의 감면요건에 해당되는지 여부(경정)

[주 문]

1. 공주세무서장이 94.7.6 청구인에게 경정고지한 91년도 귀속분 양도소득세 1,400,150원의 부과처분은 양도토지인 충청남도 공주시 OO동 OOOOO 대지 2,007㎡ 및 같은동 나머지 면적 5,852.89㎡를 조세감면규제법 제62조(93.12.31 개 정이전의 것) 제1항의 규정에 의한 감면대상으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고 초과납부세액을 환급한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 76.11.22 충청남도 공주시 OO동 OOOOO 대지 2,007㎡ 및 같은동 OOOOO 대지 4,830㎡ 합계 6,837㎡(전체 13,674㎡의 2분의 1 지분, 이하 “쟁점토지”라 한다)와 그 지상 건물 984.1㎡(전체 1,968.22㎡중 일부)를 취득하여 도정공장 및 창고로 이용하다가 91.8.6 청구외 OO토건주식회사에 국민주택건설용지로 양도하고 91.9.30 구 조세감면규제법 제62조의 규정에 의하여 양도소득세 50%를 감면하고 자산양도차익예정신고를 이행하였다. 처분청은 쟁점토지를 그 지상건물과 동시에 양도하였음이 건축물관리대장에 의하여 확인되므로 쟁점토지의 양도는 조세감면규제법상 감면대상에 해당되지 아니한다고 보아 94.4.7 청구인에게 91년도귀속분 양도소득세 108,754,780원을 결정고지 한 후 당초 처분의 양도소득세 계산착오를 이유로 94.7.6 양도소득세 1,400,150원을 증액경정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 94.9.3 이의신청과 94.11.28 심사청구를 거쳐 95.3.23 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구인은 쟁점토지를 도정공장으로 이용하다가 양도직전인 91.8.3 지상건물을 철거한 후 나대지 상태로 양도하였으므로 이에 대한 양도소득 50% 감면을 배제한 처분은 부당하고, 설사, 쟁점토지를 나대지가 아닌 상태로 양도하였다 하더라도 공장입지기준면적을 초과한 부분은 나지로 보아야 하므로 이 부분에 대한 양도소득세 50,252,800원은 감면되어야 한다는 주장이다.
• 나. 국세청장 의견 건축물관리대장에 의하면 쟁점토지의 지상 건축물은 양도일(91.8.6)이후인 91.8.21 멸실된 사실이 확인되므로 나대지 상태로 양도하였다는 주장은 신빙성이 없고, 또한 조세감면규제법시행령 제50조 제1항 제1호의 규정에는 감면대상에 해당되는 나지등에 관한 내용만 있지 건축물입지기준면적의 적용에 관한 내용은 없으므로 청구주장은 받아들일 수 없다는 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점토지의 거래가 국민주택건설용지의 양도로서 양도소득세의 감면요건에 해당되는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 조세감면규제법 제62조(93.12.31 개정 이전의 것) 제1항 및 같은법시행령 제50조(93.12.31 개정 이전의 것) 제1항 제1호의 규정에 의하면 내국인이 건축법에 의한 건축물이 정착되어 있지 아니하는 등의 토지를 국민주택(85㎡ 이하)의 건설용지로 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(이하 “주택건설등록업자”라 한다)에게 양도하는 경우에는 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다.

(2) 위 규정에서 『건축물이 정착되어 있는 토지』라 함은 건축물이 정착된 면적(수평투영면적)에 상당하는 토지를 말한다고 해석함이 타당하다(재정경제원 재산 46014 - 132, 95.4.10 같은 뜻임).

• 다. 사실 및 판단

(1) 청구인은 91.7.15부터 91.8.3까지 쟁점토지상의 건축물을 철거하고 91.8.6 쟁점토지를 양도하였으므로 이 건 양도소득세의 50%에 상당한 세액을 감면하여야 한다고 주장하면서 동 건축물의 철거작업에 참여하였다는 청구외 OOO 등 7인의 확인서만 제시하고 이들이 91.8.3 철거작업 완료시 지급한 임금에 관한 금융자료등 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 반면, 쟁점토지의 등기부등본 및 건축물관리대장에 의하면 청구인이 91.8.6 쟁점토지를 청구외 OO토건주식회사에 양도한 후인 91.8.21 건축물을 멸실한 사실이 확인될 뿐만 아니라 청구인이 제시한 검인계약서에 의하면 청구인과 공동소유자인 청구외 OOO등 4인은 쟁점토지를 포함한 전체토지와 그 지상건축물을 2,273,510,400원에 양도한 사실이 확인된다.

(2) 따라서, 위 법령에서 본 바와 같이 조세감면규제법시행령 제50조 제1항 제1호에 규정하는 『건축물이 정착되어 있는 토지』라 함은 건축물이 정착된 면적(수평투영면적)에 상당하는 토지로 보기 때문에, 이 건의 경우 국민주택건설용지에 사용된 면적중에서 그 지상에 건축물이 정착된 면적(984.11㎡)만 과세대상에 포함시키고, 나머지 면적은 앞에서 본 조세감면규제법 제62조 제1항의 규정에 의한 감면대상으로 보아 당초 처분을 결정함이 타당하다고 판단된다. 한편, 동 건축물이 정착된 토지면적은 공장입지 기준면적(3,280.3㎡) 보다 작기 때문에 공장입지 기준면적을 초과한 면적을 감면대상으로 하여야 한다는 청구주장은 더 심리할 실익이 없으므로 생략한다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부이유있고, 나머지 청구는 이유없으므로 국세심판관합동회의의 의결을 거쳐 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.