토지가 양도일 현재 그 지상에 건물이 있었던 토지로서 장기보유특별공제대상인지 여부(경정)

[주 문] 천안세무서장이 ’94.9.10 청구인에게 한 ’91년 귀속분 양도소 득세 20,488,960원의 부과처분은 양도차익의 100분의 30에 해 당하는 금액(장기보유 특별공제액)을 양도차익에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분의 개요 청구인은 충청남도 아산시 OO동 OOOOO, 대지 506㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 ’74.12.26 취득하여 16년4개월간 보유하다가 ’91.4.22 청구외 OOO에게 양도하였다. 처분청은 쟁점토지의 경우 양도일 현재 그 지상에 건물이 없는 나대지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 기준시가로 양도차익을 계산하여 ’94.9.10 청구인에게 ’91년 귀속분 양도소득세 20,488,960원을 결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 ’94.9.27 이의신청, ’94.11.21 심사청구를 거쳐 ’95.2.14 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 청구인이 쟁점토지를 양도할 당시 그 지상에는 주택 122.31㎡가 존재하고 있었고 이러한 사실은 재산세과세대장 및 인우보증등에 의하여 확인되고 있으므로 쟁점토지를 나대지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구인은 쟁점토지 양도 당시 그 지상에 건물이 있었다는 주장이나 쟁점토지 매매계약서에 대지에 대하여만 거래하는 것으로 기재되어 있는 점 등으로 볼 때 청구인이 쟁점토지를 양도할 당시에는 그 지상에 건물이 없던 나대지이었던 것으로 보여지므로 장기보유특별공제를 배제한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 쟁점토지가 양도일 현재 그 지상에 건물이 있었던 토지로서 장기보유특별공제대상인지 여부
• 나. 관련법령 쟁점토지 양도 당시 시행되던 소득세법 제23조(양도소득) 제2항 제2호에서 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 취득하여 그 보유기간이 10년 이상인 것에 대하여는 양도차익의 100분의 30을 공제하는 것으로 규정하고 있고, 동법 시행령 제46조의3(장기보유특별공제 대상에서 제외되는 토지)에서 『법 제23조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 나대지와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다. 다만, 양도일 현재 토지초과이득세법 제8조의 규정에 의한 유휴토지등에 해당하지 아니하는 토지는 그러하지 아니하다』고 규정하고 있다. 한편, 토지초과이득세법 제8조(개인소유토지 중 유휴토지 등의 범위) 제1항 제14호 가목 및 동법 시행령 제21조 제1항 제1호에서 동법 제8조 제1항 제1호 내지 제13호 및 제9조 제3항 제1호 내지 제5호에 해당하지 아니하는 토지로서 어느 용도로도 사용되고 있지 아니하는 나지는 토지초과이득세의 과세대상이 되는 유휴토지 등에 해당하는 것으로 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지의 재산세 과세대장을 보면 쟁점토지의 지상에는 1934년에 건축된 주택(목조 2동) 122.31㎡가 존재하고 있었고 동 주택에 대한 재산세를 ’91년도에 1,830원, ’92년도에 2,560원을 각각 부과하였음이 재산세 과세증명에 의하여 확인되고 있고 위 주택의 공부상 멸실일은 ’93.7.1.로서 쟁점토지 양도일인 ’91.4.22 이후인 것으로 되어 있다.

(2) 쟁점토지 소재지의 인근에 거주하고 있는 청구외 OOO(아산시 OO동 OOO) 및 OOO(아산시 OO동 OOO)는 쟁점토지위에 청구인 소유의 주택(목조 2동)이 있었는데 청구외 OOO이 쟁점토지를 매수하여 동 토지위에 다세대주택을 지으면서 위 주택을 철거하였기 때문에 쟁점토지 양도 당시에는 쟁점토지위에 건물이 있었다는 사실확인을 하고 있다.

(3) 처분청에서는 청구인이 쟁점토지를 매도하면서 ’91.3월 작성한 매매계약서에 그 매매대상을 쟁점토지만 기재하고 그 지상건물은 매매대상으로 기재된 사실이 없다하여 쟁점토지 양도 당시 그 지상에 건물이 없었다고 보았으나, 위에서 살펴본 바와 같이 쟁점토지위에 있었던 건물(목조주택 2동)은 1934년에 건축된 노후건물로서 그 평가액이 거의 없었던 것으로 보여지고 이러한 경우 흔히 건물가액은 매매계약서에 기재하지 아니하고 토지에 대해서만 가액을 평가하여 매매대상으로 하는 것이 일반적인 바, 따라서 쟁점토지 매매계약서에 매매대상으로서 지상건물에 대한 기재가 없다고 하여 쟁점토지가 양도될 당시 그 지상에 건물이 없었던 나대지 상태이었다고 볼 수는 없다. 위와같이 쟁점토지가 ’91.4.22 양도될 당시 그 지상에 청구인 소유의 주택(122.31㎡)이 있었던 것으로 인정되어 쟁점토지 양도의 경우 장기보유특별공제 대상토지로서 소득세법 제23조 제2항 제2호 (나)목의 규정에 의하여 양도차익의 100분의 30에 해당하는 금액을 양도차익에서 공제함이 타당하다 할 것이다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.