주택신축판매업을 영위하는 청구법인이 토지를 취득하여 2년이 경과할 때까지 건축물의 착공을 하지 않았으나 이후에 건설부장관이 택지개발예정지구 및 사업시행자 지정고시를 하였고, 이에 따라 지방자치단체에게 토지를 양도한 경우에 특별부가세 감면을 배제하는지 여부(기각)

[참조결정] 국심1992중2213

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분개요 청구법인은 주택건설업을 영위하는 법인사업자로서 대전직할시 동구 O동 OOOO외 7필지 대지 4,370㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 87.1.6 취득하여 보유하고 있다가 90.7.19 대전직할시장에게 협의양도하고, 90.1.1～12.31 사업년도의 법인세 과세표준 및 세액의 신고를 하면서 특별부가세 143,990,061원을 감면세액으로 하여 신고하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득하여 2년이 경과된 89.1.5 까지 주택 등 건물의 신축에 착공하지 아니하였으므로 쟁점토지는 비업무용부동산에 해당된다는 감사원의 처분요구서에 의하여 청구법인이 감면신고한 특별부가세 143,990,061원에 가산세 62,347,695원을 가산하여 94.7.18 청구법인에게 90.1.1～12.31 사업년도분 법인세 206,337,750원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 94.9.13 심사청구를 거쳐 94.12.20 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구법인은 쟁점토지를 취득하여 87.9.8 자연녹지를 주거지역으로 용도변경하고 87.9.20 주택건설사업계획입지심의 신청을 하였으나 쟁점토지는 대전직할시에서 공영개발하기로 계획이 되어 있었고, 89.2.3에는 쟁점토지가 공영개발지구임을 행정지도하였고, 89.10.14에는 건설부장관이 공용주택개발사업지구로 지정고시함에 따라 90.7.19 대전직할시장에게 협의양도한 것으로 택지개발예정지구로 지정된 89.10.14 부터 법령상 사용제한으로 보게되면 3년이 경과되지 아니한 쟁점토지는 비업무용부동산에 해당되지 아니하므로 특별부가세 감면을 배제한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인이 쟁점토지를 주택신축판매업을 하기 위하여 취득하였다 하더라도 취득후 2년이 경과된 89.1.5까지 주택 등 건물의 신축에 착공하지 아니하였으므로 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제1호의 규정에 의하여 89.1.6부터 비업무용에 해당하고, 비업무용부동산에서 제외하도록 한 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호의 규정은 법인이 보유하는 업무용부동산이 법령상 사용제한 조치로 인하여 비업무용부동산에 해당하게 된 경우에 이를 비업무용부동산에서 제외한다는 규정이고 법령의 규정에 의한 사용제한 조치일 현재 업무에 사용하지 않거나 비업무용으로 판정된 부동산에 대하여는 적용되지 아니하므로 조제감면규제법 제66조의 규정에 의거 쟁점토지는 특별부가세 감면이 배제되는 부동산이라고 하여 청구법인이 신청한 특별부가세 감면을 배제한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 주택신축판매업을 영위하는 청구법인이 쟁점토지를 취득하여 2년이 경과할 때까지 건축물의 착공을 하지 않았으나 이후에 건설부장관이 택지개발예정지구 및 사업시행자 지정고시를 하였고, 이에 따라 지방자치단체에게 쟁점토지를 양도한 경우에 특별부가세 감면을 배제하는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 먼저, 이 건 양도당시(90.7.19) 관련법령규정인 조세감면규제법 제60조(국가 등에 양도하는 토지) 제1항의 규정을 보면, 한국토지개발공사나 대한주택공사 등에게 토지등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하되, 다만 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공 사업용 토지등을 국가·지방자치단체에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 그 면제를 신청한 경우에 특별부가세를 면제하도록 규정하고 있고, 같은법 제66조 및 같은법 시행령 제54조의 규정에 의하면 법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산중 81.1.1 이후 취득한 부동산으로서 재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산 판정기준에 해당되는 것에 대하여는 이 법 또는 다른 법률중 특별부가세의 비과세 및 감면에 관한 규정은 이를 적용하지 아니하도록 규정하고 있으며, 같은법 시행규칙 제20조의2 제1항에서 영 제54조에서 재무부령이 정하는 『법인의 업무와 관련이 없는 부동산』이라 함은 양도일까지 1년이상 계속하여 당해 법인이 업무에 직접 사용하지 아니한 것(매매사업용부동산을 포함한다)과 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제2호 내지 제19호에 해당하는 것을 열거하고 있는 한편, 같은조 제2항 제4호에서는 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호 및 제4호 내지 제10호에 해당하는 부동산 등은 위 제1항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니한다고 규정하고 있으며, 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호의 규정을 보면 당해 부동산의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로서 그 사용이 금지 또는 제한된 날로부터 3년이 경과되지 아니한 부동산은 제3항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니하도록 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 사실관계를 보면 청구법인은 주택건설사업자로서 87.1.6 쟁점토지를 아파트신축용으로 철도청으로부터 취득하였으나 건물착공을 하지 못한 상태에서 90.7.19 대전직할시장에게 협의양도한 후 91.3.27 처분청에 세액감면신청을 한데 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없고, 89.10.14 고시된 건설부고시 제588호를 보면 건설부장관은 택지개발촉진법 제3조 제1항 및 제7조의 규정에 의거 대전직할시 대덕구 중리 O동 일원인 대전 O동지구를 택지개발예정지구로 지정함과 아울러 사업시행자를 대전직할시장으로 지정하고 있음이 확인되고, 90.3.8 건설부고시 제116호로 택지개발촉진법 제8조의 규정에 의거 대전O동지구에 대한 택지개발계획이 승인되었고, 또한 대전직할시 공영개발사업단이 청구법인에게 발송한 손실보상협의 요청 및 청구법인과 대전직할시장간에 체결된 쟁점토지의 매매계약서를 보면 이 건 쟁점토지가 대전 O동지구 택지개발사업지구에 편입된 토지임을 알 수 있다.

(2) 위의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면 쟁점토지의 취득후 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호의 규정에 의한 법령상 사용제한이 있었는지 여부가 이 건 청구의 쟁점이고, 청구법인은 89.10.14 택지개발촉진법에 의하여 쟁점토지가 택지개발예정지구로 편입되고 사업시행자가 지정고시된 후에는 같은법에 의하여 건축등 행위가 제한되므로 이를 법령상 사용제한으로 보아야 하고 동 고시일로부터 비업무용 판정 유예기간(3년)내인 90.7.19 양도한 쟁점토지는 비용무용부동산에 해당되지 않는다고 주장하고 있으나, 청구법인이 쟁점토지를 87.1.6 취득하여 양도할 때까지 보유하고 있는 동안에 어떠한 법령에 의해서도 당해토지를 업무용으로 사용하는데 제한받은 사실이 확인되지 아니하고 또한 택지개발촉진법에 의한 사업시행자 지정 및 택지개발실시계획승인은 같은법 제12조 제2항에 의거 토지수용법 제14조 및 제16조 규정에 의한 건설부장관의 사업인정 및 사업인정고시가 있는 것으로 보기 때문에 이로부터 토지수용법에 의한 수용절차에 돌입된 것으로 간주되고 이 절차에 의거 90.7.19 사업시행자인 대전직할시장에게 협의양도(수용)되었는 바, 택지개발에 필요한 토지의 수용(협의양도)을 위한 일련의 절차가 진행되는 과정에서 관련법령의 규정에 의하여 그 사용이 금지되거나 제한받는 토지까지를 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호의 “법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산”으로 볼 수 없고 수용 이외의 타법령에 의거 기왕에 제한되어 있던 토지가 수용되는 경우에 한하여 관계법령에 의하여 그 사용이 금지 또는 제한 받는 토지라고 해석된다(국심 92중2213, 92.12.30 합동회의 같은 뜻). 따라서 쟁점토지는 그 수용(협의양도)근거가 된 법령상의 사용제한외에 달리 그 사용이 제한받은 바 없으므로 청구주장은 이유없다.

• 라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.