쟁점토지의 양도차익이 실지거래가액을 초과하는 경우에 해당하는지 여부(경정)

[주 문] 동 OOOOO, 전 393㎡의 양도차익을 43,130,031원으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분 개요 청구인은 경기도 수원시 장안구 OO동 OOOOO, 전 393㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 ’83.11.1 취득하여 ’93.8.18 청구외 학교법인 OOO대학에 양도하였다. 처분청은 쟁점토지의 기준시가(취득가액 2,404,100원, 양도가액 76,242,000원)에 의하여 양도차익(73,812,938원)을 계산하여 ’95.7.1 청구인에게 ’93년도 귀속분 양도소득세 13,918,570원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 ’95.7.25 이의신청, ’95.9.5 심사청구를 거쳐 ’95.12.15 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 처분청은 쟁점토지 양도에 대하여 기준시가로 과세하면서 양도차익을 73,812,938원으로 산정하였으나 청구인은 ’85.12.23 쟁점토지에 대한 학교법인 OOO대학과의 매매계약 체결시 매매대금을 22,572,000원으로 하고 계약금 2,257,000원과 중도금 18,057,000원을 ’86.1.28까지 수령한 상태에서 OOO대학측의 사정으로 잔금수령을 하지 못하다가 ’93.3.23 대법원 판결로 잔금 등의 명목으로 22,816,031원을 추가로 수령하여 쟁점토지 양도와 관련하여 수령한 총 금액이 43,130,031원이므로 양도차익은 동 금액을 한도로 결정하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구인은 처분청에서 기준시가에 의하여 계산한 양도차익이 쟁점토지의 실지양도가액을 초과한다는 주장이나 실지거래가액을 확인할 수 있는 구체적인 증빙자료의 제시가 없어 청구주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 쟁점토지의 기준시가에 의하여 양도차익을 계산한다 하더라도 그 양도차익이 실지거래가액을 초과하는 경우에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 소득세법 제23조 제4항 제1호, 제45조 제1항 제1호 가목 및 같은법 시행령 제170조 제4항 제3호의 규정을 종합하여 보면, 자산양도에 대한 양도차익의 계산은 기준시가에 의함이 원칙이고 양도자가 자산양도차익 예정신고 또는 확정신고시 제출한 증빙서류에 의하여 취득 및 양도 당시의 실지거래가액이 확인되는 경우 등은 예외적으로 실지거래가액으로 계산하도록 규정하고 있는 바, 여기에서 기준시가에 의하여 양도차익을 계산한다 하더라도 그 양도차익은 실지양도가액을 초과할 수 없다 할 것이다. (국심 89서 1078, ’89.9.12 같은 뜻임)
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 쟁점토지의 양도차익을 기준시가에 의하여 계산한 내용을 보면, 양도시의 기준시가 76,242,000원에서 취득시의 기준시가 2,404,100원과 필요경비 24,962원을 차감하고 남은 금액인 73,812,938원을 양도차익으로 결정하였음이 이 건 양도소득세 결정결의서에 의해 알 수 있다.

(2) 청구인이 쟁점토지를 청구외 학교법인 OOO대학에 양도할 당시의 당초 계약내용을 보면, 청구인은 ’85.12.23 위 OOO대학과 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하면서 매매대금을 22,572,000원으로 하고 계약금 2,257,000원은 ’85.12.23에 중도금 18,057,000원은 ’86.1.28에 잔금 2,258,000원은 OOO대학이 쟁점토지에 대한 정부당국으로부터의 사업시행인가(쟁점토지의 교지편입)를 받은 즉시 청구인에게 각각 지급하는 것으로 약정하였음이 매매계약서에 의해 확인된다.

(3) 위 당초 매매계약에 의하면 청구인은 OOO대학으로부터 ’86.1.28까지 계약금 2,257,000원과 중도금 18,057,000원을 받은 상태에서 ’86.5.12 OOO대학에 가등기를 하여 주었고, OOO대학측의 사정으로 잔금 이행이 계속 지연되다가 ’89.5.29 OOO대학이 청구인에게 잔금 2,258,000원과 이자 655,000원을 수령하여 갈 것을 통보하자 청구인은 잔금 이행지연에 따른 양도소득세의 부담증가 등의 이유로 위 금액의 수령을 거부하고 OOO대학을 상대로 쟁점토지에 대한 위 가등기(’86.5.12) 말소 청구소송을 제기하였고 OOO대학은 청구인에 대하여 쟁점토지의 소유권을 이전하여 줄 것을 청구하는 소송을 각각 제기하였다.

(4) 서울민사지방법원은 ’92.11.25 위 양 당사자의 소송사건에 대한 판결(91나 29872)에서 청구인은 OOO대학으로부터 22,816,031원을 수령하고, 쟁점토지에 대한 소유권을 OOO대학에 이전하라고 선고하였고 동 판결내용은 ’93.3.23 대법원 판결(93다 1558)에 의해 확정되었다.

(5) 청구인과 OOO대학은 ’93.8월 쟁점토지거래에 관한 최종합의서를 작성하면서 쌍방간에 위 판결내용대로 의무이행할 것을 합의하였고, 이에 따라 OOO대학은 ’93.8.18 청구인에게 쟁점토지의 잔금 등 명목으로 22,816,031원을 지급하였고, 청구인은 ’93.9.6 쟁점토지에 대한 소유권을 OOO대학에 이전등기하여 주었음이 쟁점토지대금 지급확인서, 등기부 등 관련서류에 의해 확인된다. 위와 같이 청구인이 쟁점토지 양도와 관련하여 청구외 학교법인 OOO대학으로부터 받은 총 매매대금이 43,130,031원(계약금 2,257,000원, 중도금 18,057,000원, 잔금 22,816,031원)으로 확인되는 바, 이 건의 경우 기준시가로 양도차익을 계산하는 경우에 해당한다 하더라도 처분청이 산정한 양도차익 73,812,938원은 위 실지양도가액 43,130,031원을 초과하게 되어 이는 부당한 처분이므로 동 실지양도가액을 양도차익으로 결정함이 타당하다 할 것이다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.