청구인이 자산양도차익예정신고시 제출한 서류에 의하여 실지거래가액이 확인되는 경우인지 여부(취소)

[주 문] 삼성세무서장이 95.5.6 청구인에게 결정고지한 89년귀속 양도소득세 39,637,810원 및 방위세 7,945,090원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 83.1.26 서울특별시 강남구 OO동 OOO OO 649.3㎡ 중 81㎡, 건물 827.96㎡ 중 50.9㎡(이하 “쟁점점포”라 한다)를 취득하여 89.8.5 양도하고 89.9.30 양도가액을 99,000,000원, 취득가액을 72,000,000원으로 하여 실지거래가액에 의하여 자산양도차익예정신고를 하였다. 처분청은 청구인이 쟁점점포를 양도하고 위와 같이 신고한 데 대하여 취득가액은 신빙성이 인정되나, 신고된 양도가액이 기준시가대비 72%이고, 신고서에 금액이 상이한 양도계약서 2매가 첨부되어 있는 등의 사실로 보아 신고된 양도가액이 신빙성이 없다는 이유로 신고된 실지거래가액을 부인하고 기준시가로 양도차익을 계산하여 95.5.6 청구인에게 89년 귀속 양도소득세 39,637,810원 및 방위세 7,945,090원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 95.7.6 심사청구를 거쳐 95.10.26 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 이 건과 같이 자산양도차익예정신고 및 납부를 한 경우 처분청은 신고·납부를 한 날이 속하는 달로부터 1개월이내에 양도차익과 세액을 결정하고 양도자에게 그 사실을 통지하도록 규정하고 있으나 신고일로부터 5년 7개월이라는 긴 기간동안 결정하지 아니하고 방치하다가 결정하면서 청구인이 신고한 자료에 의하여 양도양수자에게 거래사실을 직접확인할 수 있음에도 신고서류만을 서면 검토하여 신고된 양도가액이 기준시가의 72.5%에 불과하며, 양도가액이 99,000,000원과 75,000,000원으로 기재된 서로 다른 매매계약서를 제출하여 그 진위를 판명할 수 없다는 이유로 기준시가로 양도차익을 계산하여 과세하였으나, 쟁점점포는 1층은 점포 4개와 2,3층은 사무실로 사용하는 건물이며, 주위의 대형상가건물과 비교하여 초라한 건물의 1층내의 점포로 현 시세는 2억원 정도로 95년 개별공시지가 대비 50%에 불과한 여건이 열악한 점포인 점으로 보아 그 당시 신고된 양도가액 99,000,000원은 정상거래가액이며, 양도가액이 99,000,000원임은 매수인 및 중개인의 확인서에 의하여도 확인되고 중개수수료 300,000원을 수수료율 0.4%로 역산하여도 계산되며, 신고한 양도시 실지거래가액보다 낮은 금액인 75,000,000원으로 작성된 매매계약서는 등기를 하기 위하여 임의로 중개인도 없이 사실과 다르게 작성한 검인계약서로 이 건 양도소득세 신고와는 관계없는 서류이므로 청구인이 신고한 양도가액과 취득가액을 인정하여 양도차익을 계산하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 첫째, 쟁점점포의 양도당시의 실지거래가액이 시가보다 현저히 저락한 가액으로 거래될 만한 특단의 사정이 없어 보임에도 신고한 양도가액은 기준시가의 72.5%에 불과하고, 둘째, 청구인이 양도가액의 증빙서류로 신고시 제출한 부동산매매계약서는 그 양도가액이 99,000,000원과 75,000,000원으로 기재된 서로 다른 2건의 서류를 제출하여 그 진위를 판명할 수 없으며, 셋째, 청구인이 신고한 양도가액이 사실임을 뒷받침할 수 있는 기타 신빙성 있는 증빙자료가 제시되지 아니하고 있어 이 건은 청구인이 신고시 제출한 증빙서류에 의하여 쟁점점포의 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당한다 하겠으므로 양도차익을 기준시가에 의하여 산정하여 과세한 처분청의 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구인이 자산양도차익예정신고시 제출한 서류에 의하여 실지거래가액이 확인되는 경우인지 여부에 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제23조 제4항 제1호, 제45조 제1항 제1호 가목 단서, 같은법시행령 제170조 제4항 제3호의 규정에 의하면, 자산의 양도차익을 계산함에 있어 기준시가에 의하여 양도가액과 취득가액을 계산하는 것이 원칙이나, 자산양도차익예정신고 및 과세표준확정신고시 제출한 증빙서류에 의하여 취득 및 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우는 실지거래가액으로 양도차익을 계산할 수 있다고 규정하고 있다.
• 다. 사실 및 판단 이 건 관련 결정결의서 및 조사서등에 의하면, 처분청은 청구인이 신고한 취득가액 72,000,000원은 실지거래가액으로 인정하고 있다. 청구인이 이 건 과세표준확정신고시 쟁점점포의 양도시 실지거래가액이라고 신고한 99,000,000원을 실지거래가액으로 인정할 수 있는지에 대하여 본다.

1. 이 건 쟁점점포는 3층건물(1층은 점포, 2·3층은 사무실)내의 1층에 위치한 약 15평(1층 전체면적은 89.5평)의 점포로 이렇게 건물의 일부만을 소유한 점포의 경우는 거래시 일반OO등 토지를 이용하기 위하여 취득하는 것과는 달리 주로 건물만을 사용·수익하기 위하여 취득하는 것이므로 그 부속토지의 가격보다는 건물의 구조나 용도 및 주변의 여건에 따라 그 가격이 달라지는 것이 일반적이라 하겠으나, 처분청이 청구인의 신고를 인정할 수 없는 기준으로 삼은 쟁점점포의 기준시가 136,365,850원은 토지가격이 130,308,750원으로 95.5%를 점하고 있는 점으로 볼 때 이를 청구인의 신고가액과 비교하였음은 적절하였다고 볼 수 없으며, 또한 청구인은 신고시 제출한 매매계약서 2매(매매금액 99,000,000원과 75,000,000원) 중 높은 금액인 99,000,000원을 양도가액으로 신고하였고, 또다른 매매계약서는 위 신고한 양도가액보다 낮은 금액으로 작성된 등기이전시에 사용된 『검인계약서』인 점으로 보아 이렇게 각각 다른금액의 매매계약서 2매를 제출한 것이 청구인이 신고한 쟁점점포의 양도가액을 부인할 수 있는 근거로 볼 수는 없다 하겠다.

2. 청구인이 이 건 양도소득세신고시 처분청에 제출한 매매계약서의 내용을 보면, 소개인(OOO)이 있고, 특약사항으로 86.9.13 OO은행의 대출금 30,000,000원을 매수인이 승계하기로 되어 있으나 동 내용은 등기부등본상의 내용(86.9.13 채권최고금액 39,000,000원, 채무자: 청구인, 채권자: OOOO은행)과 일치하며, 쟁점점포의 임차인인 OO부동산의 월세보증금 및 89.8월 월세금을 잔금에서 공제 및 매수인이 수령하며, 검인계약서 신고시 국세청고시가격등으로 쌍방합의하여 신고한다는 등 그 계약내용이 구체적이고, 쟁점점포의 매수자인 청구외 OOO 및 중개인 OOO이 인감도장을 날인하여 양도가액이 99,000,000원으로 작성된 위 매매계약서가 당초거래시 작성된 매매계약서임을 확인하고 있는 사실등으로 볼 때 청구인이 처분청에 신고시 제출한 매매계약서는 사실에 부합되는 진실된 매매계약서로 판단된다. 이상에서 본 바와같이 처분청이 청구인이 매매계약서등 증빙서류와 함께 신고한 양도가액을 부인하고 기준시가로 양도소득세를 결정하기 위하여는 청구인의 신고내용이 사실과 다름을 구체적으로 입증하여야 하나 그 근거가 확실하지 아니한 반면, 청구인이 제출한 매매계약서등 증빙서류는 믿을 수 있다 하겠으므로 청구인이 신고한 양도가액 99,000,000원은 실지거래가액으로 인정된다 하겠다. 따라서 이 건은 청구인이 과세표준확정신고시 실지거래가액이라고 신고한 양도가액과 취득가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득세를 부과함이 타당하다고 판단된다.