외국법인의 국내지점이 수취한 리스료수입금액에서 외국본점이 리스물건구입을 위한 차입금의 지급이자 중 당해 리스거래로 인한 수입에 대응되는 지급이자상당액을 손금에 산입하여야 함
외국법인의 국내지점이 수취한 리스료수입금액에서 외국본점이 리스물건구입을 위한 차입금의 지급이자 중 당해 리스거래로 인한 수입에 대응되는 지급이자상당액을 손금에 산입하여야 함
○○○세무서장이 1995.5.4 청구법인에게 한 1989.4.1∼1990.3.31 사업년도 법인세 3,095,743,779원 및 동 방위세 759,253,198원, 1990.4.1∼1991.3.31 사업년도 법인세 4,352,846,371원, 1991.4.1∼1992.3.31 사업년도 법인세 5,280,157,791원, 1992.4.1∼1993.3.31 사업년도 법인세 7,362,728,837원의 부과처분은, 청구법인의 국내원천소득금액 계산에 있어, 청구법인이 청구외 ○○○상선외 1개사에게 컨테이너를 리스(별지 참조, 이하 "쟁점리스거래"라 한다)하고 수취한 리스료 수입금액 중 취득원가에 해당하는 금액과 청구법인 본점이 컨테이너를 구입하기 위하여 제3자로부터 차입한 금전의 지급이자 중 쟁점 리스거래로 인한 수입에 대응되는 지급이자 상당액을 다음과 같이 손금산입하여 그 과세표준과 세액을 경정한다. 【 다 음 】
1. 쟁점리스거래와 직접대응되는 차입금에 대하여 지급한 이자는 그 지급이자 상당액을, 공통차입금에 대하여 지급한 이자 중 쟁점리스거래에 합리적으로 배분되는 지급이자 상당액은 총자산비례{공통차입금 이자총액(지급이자총액-직접대응 지급이자)×쟁점리스거래 관련자산의 청구법인 전체 총평균 자산에 대한 비율}로 계산하여 이를 손금산입한다.
2. 수입리스료에 대응하여 손금으로 산입할 리스자산의 취득원가와 지급이자 상당액은, 동 수입리스료의 구성비율에 맞추어 리스기간의 초기에는 이자가 많고 취득원가는 적은 비율로, 나중에는 그 비율이 역전되도록 계산하여 이를 손금산입한다.
청구법인은 ○○○시 ○○○구 ○○○가 ○○○에 국내사업장인 ○○○지점을 두고 상품매매업, 수출입업, 중개 및 대리업, 임대업, 리스업 및 관리업을 영위하는 일본국법인이다. 청구법인은 일본국내 은행으로부터의 차입금 등으로 청구외 ○○○금속주식회사 등으로부터 구입한 컨테이너를 청구외 ○○○상선주식회사 등에 리스(별지 참조, 이하 "쟁점리스거래"라 한다)하였다. 청구법인은 쟁점리스거래와 관련한 1989.3.1∼1993.3.31 기간 4개 사업년도의 법인세를 신고하면서 쟁점리스거래를 일반상품의 매매거래와 같이 취급하여 익금은 리스료로 수입한 금액에 외국인 상사의 도매업 중 무역업의 표준소득율(12.2%)을 적용한 금액을 소득금액으로 하여 각사업년도의 관련 법인세를 신고하였다. 처분청은 컨테이너리스자산 취득원가에 리스기간동안 리스료로 수입할 총액중 각사업년도에 수익으로 계상한 리스료 금액의 비율을 곱하여 산출된 금액을 쟁점리스거래 수익에 대한 대응 손금으로 하여 청구법인의 각사업년도 법인세과세표준과 세액을 경정하여 1995.5.4 청구법인에게 1989.4.1∼1990.3.31 사업년도 법인세 3,095,743,779원 및 동 방위세 759,253,198원, 1990.4.1∼1991.3.31 사업년도 법인세 4,352,846,371원, 1991.4.1∼1992.3.31 사업년도 법인세 5,280,157,791원, 1992.4.1∼1993.3.31 사업년도 법인세 7,362,728,837원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1995.6.29 심사청구를 거쳐 1995.10.16 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견
(1) 청구법인 본점이 컨테이너를 구입하기 위하여 제3자로부터의 차입금에 대한 지급이자 중 쟁점리스거래로 인한 수입에 대응되는 지급이자 상당액은 『소득에 관한 조세의 이중과세회피 및 탈세방지를 위한 대한민국과 일본국과의 협약』 및 국내세법의 관련규정, 위 협약에 명시된 무차별과세의 원칙, 불이익적용금지의 원칙에 입각하여 청구법인의 법인세 과세소득계산상 손금으로 산입되어야 한다.
(2) 쟁점리스거래에 합리적으로 관련되는 이자상당액을 손금으로 산입하는 경우, 쟁점리스거래와 직접대응된 차입금에 대하여는 그 직접대응된 차입금의 지급이자 상당액을, 공통자금으로 리스자금을 사용한 경우에는 총자산비례로 계산한 공통자금이자 배부액을 손금으로 산입하여야 하며, 수입리스료에 대응하는 리스자산의 취득원가는 리스료의 구성비율에 따라 산정된 소위 이자율법에 의하여 계산된 금액을 손금으로 산입하여야 한다.
(1) 청구법인의 국내원천소득금액 계산에 있어, 청구법인이 쟁점리스거래에 의하여 수취한 리스료 수입금액에서 청구법인의 일본 본점이 리스물건인 컨테이너를 구입하기 위하여 제3자로부터 차입한 금전의 지급이자 중 쟁점리스거래로 인한 수입에 대응되는 지급이자 상당액을 손금으로 산입하여야 하는지 여부
(2) 수입리스료에 대응하여 손금으로 산입할 리스자산의 취득원가와 지급이자 상당액을 어떠한 방법으로 계산하는 것이 타당한지 여부
(1) 소득에 관한 조세의 이중과세회피 및 탈세방지를 위한 대한민국과 일본국과의 협약(이하 "한일조세협약"이라 한다) 제6조 【사업소득】제1항에 의하면, 『일방체약국의 거주자 또는 법인은 타방체약국내에 항구적시설을 가지고 있지 아니하는 경우에는, 그의 산업상 또는 상업상이득에 대하여 그 타방체약국에서 면세된다』고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는, 『일방체약국의 거주자 또는 법인이 타방체약국내에 항구적시설을 가지고 있는 경우에는 그 타방체약국내의 원천에서 생기는 그 거주자 또는 그 법인의 전소득에 대하여, 그 타방체약국에서 그 항구적시설을 과세할 수 있다』고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서, 『일방체약국의 거주자 또는 법인이 타방체약국내에 가지고 있는 항구적시설의 산업상 또는 상업상의 이득을 결정함에 있어서는, 경영비 및 일반관리비를 포함하는 경비로서 그 이득과 합리적으로 관련되는 경비는 그것이 발생한 장수의 여하에 불구하고 비용으로서 공제하는 것이 허용된다』고 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서, 『본조의 적용상 거주자 또는 법인이 타방체약국에서 자신이 구입하였거나 제조한 재화나 상품을 일방체약국에서 판매함으로서 취득하는 산업상 또는 상업상의 이득은, 일부분은 그 재화나 상품이 구입되었거나 제조된 체약국내의 원천에서, 그리고 일부분은 그 재화나 상품이 판매된 체약국내의 원천에서 생긴 소득으로 취급된다. 양체약국의 정부 또는 권한있는 당국은 본조에 규정된 과세는 원칙에 따라서 상술한 산업상 또는 상업상의 이득의 원천의 배분에 관한 세칙을 협의하고 약정할 수 있다』고 규정하고 있다. 그리고 한일조세협약 제11조 【사용료】 제1항(a)에 의하면, 『타방체약국의 거주자 또는 법인이 일방체약국내의 원천으로부터 취급하는 사용료에 대하여, 그 일방체약국에서 부과하는 조세는 그 총액의 12퍼센트를 초과하지 못한다』고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는, 『본조 ①항의 규정은, 일방체약국의 거주자 또는 법인인 그 사용료 또는 소득의 수령자가 그 사용료 또는 소득이 생기는 타방체약국내에, 그 사용료 또는 소득을 발생시킨 재산, 권리 또는 정보에 실질적으로 관여하고 있는 항구적시설을 가지고 있는 경우에는 적용되지 아니한다. 그러한 경우에, 그 사용료 또는 소득에 대하여 산업상 또는 상업상의 이득에 대하여서와 같이 제6조의 규정이 적용된다』고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서, 『본조의 적용상, "사용료"라 함은 다음 사항이 사용되는 사용할 권리에 대한 대가로서 지급되는 사용료, 임차료 또는 기타의 금액을 말한다』고 하면서, 그 (b)에 『산업상, 상업상 또는 학술상의 설비 또는 산업상, 상업상 또는 학술상의 지식, 경험 또는 숙련에 관한 정보』를 규정하고 있다. 또한, 한일조세협약 제19조 【무차별】제2항에 의하면, 『일방체약국의 거주자 또는 법인이 타방체약국에 가지고 있는 항구적시설에 대한 과세는 동일한 사정하에 있는 그 타방체약국의 거주자 또는 법인에게 부과되는 조세보다 그 타방체약국내에서 불리하게 과세되지 아니한다』고 규정하고 있고, 한일조세협약 제5조 【과세의 일반원칙】 제3항에서는, 『본 협약의 규정은, 일방체약국이 자국의 조세를 결정함에 있어서 (a)자국의 법령 또는 (b)양체약국간의 다른 협정에 의하여 현재 허여하고 있거나 또는 앞으로 허여할 비과세, 면제, 비용공제, 세액공제 또는 다른 공제혜택을 어떠한 방법으로도 제한하는 것으로 해석되어서는 아니된다』고 규정하고 있다.
(2) 위 한일조세협약에 근거하여 첨부된 일본측 공한(이하 "교환공한"이라 한다) 제1조에 의하면, 『본협약 제6조 (3)항에 관하여 일방체약국의 거주자 또는 법인이 타방체약국에서 가지고 있는 항구적시설(이하 "항구적시설"이라 한다)의 산업상 또는 상업상의 소득을 결정함에 있어서 그 항구적시설에 배부할 수 있는 경비는 다음의 방법으로 계산된다』고 하면서, 그 제(1)항에서는, 『배부대상경비항목·항구적시설에의 배부대상이 되는 경비항목을 판매비와 경영비 및 일반관리비의 항목 중 그 경비가 발생된 체약국의 조세법령의 규정에 따라 비용으로서 공제되는 항목으로 한다』고 규정하고 있다.
(3) 이 건 법인세 사업년도 중 시행된 법인세법 제1조 【납세의무】 제3항에 의하면, 『외국에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 "외국법인"이라 한다)이 제55조의 규정에 의한 국내원천에서 발생한 소득(이하 "국내원천소득"이라 한다)이 있을 때에는 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다』고 규정하고 있고, 같은 법 제53조 【과세표준】 제1항에서는, 『국내에 제56조 제1항 또는 제3항에 규정하는 사업장을 가진 외국법인과 제55조 제1항 제3호에 규정하는 부동산소득이 있는 외국법인 또는 동조 동항 제8호에 규정하는 산림소득이 있는 외국법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 제55조에 규정하는 국내원천소득의 총합계금액(제59조 제1항의 규정에 의하여 원천징수되는 국내원천소득금액을 제외한다)에서 다음 각호에 게기하는 소득(또는 금액)을 순차로 공제한 금액으로 한다』고 규정하면서, 그 제1호에서, 『각 사업년도개시일전 5년 이내에 개시한 사업년도에 발생한 결손금(국내에서 발생한 결손금에 한한다)으로서 그 후의 각 사업년도 소득금액 또는 과세표준계산상 공제되지 아니한 금액』을, 그 제2호에서, 『이 법 및 다른 법률에 규정하는 비과세소득』을, 그 제4호에서, 『선박 또는 항공기의 외국항행으로 인하여 발생하는 소득』을 열거하여 규정하고 있다. 그리고 같은 법 제55조 【국내원천소득】제1항에 의하면, 『제53조에서 "국내원천소득"이라 함은 다음 각호에 게기하는 소득을 말한다』고 규정하면서, 그 제1호에서는, 『국가·지방자치단체·거주자·내국법인이 제56조에 규정하는 외국법인의 국내사업장 또는 소득세법 제135조 제1항 및 제3항에 규정하는 비거주자의 국내사업장으로부터 지급받는 소득세법 제17조 제1항 에 규정하는 이자 및 기타의 대금의 이자와 신탁의 이익(동조 동항 제7호 및 제8호의 소득을 제외한다). 다만, 거주자 또는 내국법인의 국외사업장을 위하여 그 국외사업장이 직접 차용한 차입금의 이자는 제외한다』고 하고 있고, 그 제9호에서는, 『다음 각목의 1에 해당하는 자산·정보 또는 권리를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우의 당해 대가 및 그 자산·정보 또는 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득』으로서, 그 (다)목에서, 『산업상·상업상 또는 과학상의 기계·설비·장치 기타 대통령령이 정하는 용구』라고 규정하고 있다. 또한, 같은 법 제54조 【국내원천소득금액의 계산】제1항에 의하면, 『제53조 제1항의 규정에 의한 외국법인의 각 사업년도의 국내원천소득의 총합계 금액은 대통령령이 정하는 바에 의하여 제9조 내지 제21조 및 제25조·제59조의 2 및 제59조의 3의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다』고 규정하고 있고, 이를 받은 같은 법 시행령 제121조 【외국법인의 국내원천소득금액의 계산】제1항에 의하면, 『법 제54조의 규정에 의하여 외국법인의 각사업년도의 국내원천소득의 총합계금액을 계산함에 있어서는 법과 이 영에서 규정하는 것을 제외하고 다음 각호의 규정에 의한다』고 하면서, 그 제1호에서는, 『법 제9조에서 규정하는 손금은 법 제55조에 규정하는 국내원천소득에 관련하는 수입금액·자산가액과 국내원천소득에 합리적으로 배분되는 것에 한한다』고 규정하고 있다.
(4) 같은 법 제9조 【각 사업년도의 소득】제1항에 의하면, 『내국법인의 각 사업년도의 소득은 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다』고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는, 『제1항에서 "익금"이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다』고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서, 『제1항에서 "손금"이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다』고 규정하고 있다. 그리고 같은 법 제16조 【손금불산입】본문에 의하면, 『다음 각호에 게기하는 손비는 내국법인의 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다』고 하면서, 그 제7호에서는, 『법인이 각 사업년도에 지출한 경비 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 직접 그 업무에 관련이 없다고 정부가 인정하는 금액』을, 그 제11호에서는, 『법인의 차입금 중 대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 금액의 이자와 채권자가 불분명한 사채의 이자』를 열거하여 규정하고 있고, 이를 받은 같은 법 시행령 제30조 【업무에 관련없는 지출】본문에 의하면, 『법 제16조 제7호에서 "직접 그 업무에 관련이 없다고 정부가 인정하는 금액"이라 함은 다음 각호에 게기하는 것을 말한다』고 하면서, 그 제1호에서는, 『법 제18조의 3 제1항 제1호 및 제2호에 해당하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용·유지비·수선비와 이와 관련되는 비용』을 규정하고 있다.
(5) 이 건 법인세 사업년도 중 시행된 법인세법 기본통칙(2-3-56...9) 【금융리스와 운용리스의 구분】제1항에 의하면, 『이 통칙에서 "리스"라 함은 시설대여산업육성법에 의한 시설대여를 말한다』고 규정하고 있고, 제2항에서는, 『다음 각호의 1에 해당하는 리스는 금융리스로 분류하고, 기타의 리스는 운용리스로 분류한다』고 하면서, 그 제1호에서, 『리스기간 종료시 임차인에게 리스물건의 소유권을 무상 또는 당초 계약시 정한 금액으로 이전할 것을 약정한 경우』를, 제2호에서, 『리스기간 종료시 리스물건을 리스실행일 현재 취득가액의 10% 미만으로 구매할 수 있는 권리가 임차인에게 주어진 경우 또는 동 취득가액의 10% 미만을 재리스원금으로 하여 재리스 할 수 있는 권리가 임차인에게 주어진 경우』를, 제3호에서, 『리스기간이 규칙 별표1 및 별표3에 의한 리스물건의 내용 년수를 초과하는 경우』를 열거하여 규정하고 있고, 제3항에서는, 『제2항 제3호의 경우에는 임차인의 사업별고정자산의 내용년수에 의한다』고 규정하고 있다. 그리고 법인세법 기본통칙 2-3-57...9 【리스의 회계처리】제1항 제1호에 의하면, 『금융리스에 의하는 경우의 회계처리는 임대인(리스회사)의 경우에 있어서는 당해 리스물건의 리스실행일 현재의 취득가액상당액을 임차인에게 금전으로 대여한 것으로 보아 대금결제조건에 따라 영수하기로 한 리스료 수입 중 이자상당액을 각사업년도 소득금액계산상 익금에 산입한다』고 규정하고 있다.
(1) 청구법인 본점은 청구외 ○○○상선(주)외 1개사(이하 "리스이용자"라 한다)에게 컨테이너를 리스하기 위하여 1988.3월부터 1992.6월까지 청구외 ○○○금속(주)외 5개사(이하 "제작회사"라 한다)와 컨테이너 구입계약(8건 대금 미화 94,611,826.89달러)을 체결하였음이 확인된다.
(2) 청구법인 본점은 1988.3월부터 1992.6월까지 리스이용자에게 컨테이너를 리스하기로 하는 8건의 쟁점리스계약을 체결하면서, ① 리스기간은 각 컨테이너 리스실행일로부터 5년간으로 하고, ② 리스료는 청구법인의 위 컨테이너 구입 대금 미화 94,611,826.89달러에 부대비용 및 판매이윤을 더하여 리스원금을 미화 99,400,893.31달러로 하고, 이에 연 9.5% 내지 11.25%의 이자상당액을 추가하여 컨테이너 1개당 1일당 리스료를 정한 다음 3개월마다 후취조건으로 이를 지급하기로 하며, ③ 리스제공자인 청구법인은 목적물의 하자에 대한 담보책임을 지지 아니하고, ④ 리스이용자가 목적물 상태의 유지, 관리의무를 부담하며, ⑤ 목적물 멸실의 경우의 위험을 리스이용자가 부담하고, ⑥ 채무불이행 또는 지급불능 등의 경우 이외에는 중도해지권이 없으며, ⑦ 리스기간이 끝나면 리스이용자는 컨테이너를 리스제공자인 청구법인이나 그가 지정하는 자에게 반환하기로 한다고 약정한 사실이 확인된다.
(3) 청구법인 본점은 컨테이너 제작회사로부터 1988.7월부터 1992.12월까지 컨테이너를 납품받아 총 대금 미화 94,611,826.89달러 지급하였고, 리스이용자와 총 8건의 리스계약을 체결하여(리스원금 미화 99,400,893.31달러), 그 중 3건의 리스계약(리스원금 미화 22,863,018.52달러)에 대하여는 개별 리스계약건별로 일본국내에서 ○○○은행 및 ○○○은행으로부터 자금(미화 22,100,000달러)을 차입하여, 리스계약을 실행(컨테이너 제작회사에의 지급 및 리스이용자로부터 회수까지의 자금운용)하였으며, 나머지 5건의 리스계약(리스원금 미화 76,537,874.79달러)에 대하여는 청구법인 본점의 공통차입금으로 리스계약을 실행하였음을 알 수 있다.
(1) 청구법인의 국내원천소득금액 계산에 있어, 청구법인이 쟁점리스거래에 의하여 수취한 리스료 수입금액에서 청구법인의 일본 본점이 리스물건인 컨테이너를 구입하기 위하여 제3자로부터 차입한 금전의 지급이자 중 쟁점리스거래로 인한 수입에 대응되는 지급이자 상당액을 손금으로 산입하여야 하는지 여부에 대하여 살펴본다. (가) 외국법인에 대한 과세근거 자국의 과세권의 행사는 자국의 법령에 기초하여 이루어지므로 외국법인의 국내원천소득금액을 산출함에 있어서 그 준거할 법령 등에 관하여 조약이나 국내법에 별도의 규정이 없는 한 국내의 법령과 회계기준에 따르는 것이 원칙이라 할 것이다. (나) 쟁점리스거래 계약의 법적 성질 외국법인인 청구법인의 국내원천소득금액을 산출함에 있어서 이 건 리스거래의 성질을 판정하는 기준에 관하여 조약이나 국내법에 별도의 규정이 없으므로, 이 건 리스가 금융리스와 운용리스 중 어느 쪽에 해당한다고 보고 과세하여야 할 것인지에 관하여는 국내 법령의 해석과 그 해석의 기준이 되는 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 회계기준에 따라 결정하여야 할 것인 바, 리스회계처리기준 제4조 제3호와 이를 이어 받은 법인세법 기본통칙 2-3-56...9 제2항 제3호는 리스기간이 일정기간(리스물건의 경제적 내용연수나 법인세법시행규칙 별표 1에 의한 리스물건의 내용연수-이 건 컨테이너의 경우는 3년)을 초과하는 경우를 금융리스로 분류하였고, 이것이 이 건 과세기간 이전부터 리스자산의 회계 처리의 기준이 되어 왔으므로, 이 기준에 의하면 리스기간이 5년인 이 건 컨테이너 리스는 금융리스에 해당한다고 보아야 할 것이다. (다) 금융리스의 회계처리 방법 쟁점리스거래를 금융리스로 보고 과세하는 이상 금융리스자산의 회계처리기준이 되는 법인세법 기본통칙 2-3-57...9 제1항 제1호에 따르면 금융리스에 있어서 임대인(리스회사)은 당해 리스물건의 리스 실행일 현재의 취득원가 상당액을 임차인에게 금전으로 대여한 것으로 보아 대금결제조건에 따라 영수하기로 한 리스료 수입 중 이자 상당액만을 각사업년도 소득금액계산상 익금에 산입하여 회계처리하는 것이나, 쟁점리스거래의 리스료 수입금액 총액을 익금에 산입하는 경우에는 그 리스료 수입금액 중 취득원가 및 부대비용에 해당하는 금액을 손금에 산입하여야 할 것이다. (라) 지급이자의 합리적 관련성 위 관련법령 등에서 본 바와 같이 이 건 법인세 과세기간 중 시행된 법인세법 제54조 제1항 에 의하면, 외국법인의 각 사업년도의 국내원천소득의 총합계금액을 각 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액을 각 사업년도의 소득으로 하도록 한 같은 법 제9조 등을 준용하여 계산한 금액으로 하도록 규정하고 있다. 그리고 한일조세협약 제6조 제3항에서는, 일방체약국의 거주자 또는 법인이 타방체약국내에 가지고 있는 항구적시설(고정사업장)의 산업상 또는 상업상의 이득(사업소득)을 결정함에 있어서는, 경영비 및 일반관리비를 포함하는 경비로서 그 이득과 합리적으로 관련되는 경비는 그것이 발생한 장소의 여하에 불구하고 비용으로서 공제하는 것이 허용된다고 규정하고 있다. 위 규정은 체약당사국에 있어서의 사업소득은 수입금액 기준이 아닌 순소득금액 기준으로 과세함을 전제로, 고정사업장의 과세소득을 계산함에 있어서는 그 비용의 발생장소, 즉 그 비용이 본점에서 발생되었든 고정사업장이 소재하는 국가에서 발생되었든 간에 상관없이 본점 경비 중 직접경비는 당해 고정사업장을 위하여 직접 발생한 비용이므로 당연히 당해 고정사업장의 과세소득금액 계산상 손금으로 인정되고, 본점 등에서 발생한 경영비 및 일반관리비와 같은 간접경비는 체약국 내에 있는 고정사업장 뿐만 아니라 그 기업의 다른 고정사업장이나 다른 부서를 위하여 공통적으로 발생한 경비이므로, 체약국 내에 있는 고정사업장에 귀속될 경비액을 계산하여 당해 고정사업장의 과세소득금액 계산상 손금으로 인정하여야 한다는 취지라 할 것이다. 처분청은 교환공한 제1조가 "본 협약 제6조 (3)항...의 산업상 또는 상업상의 소득을 결정함에 있어서 그 항구적시설에 배부할 수 있는 경비는 다음의 방법으로 계산된다"고 하면서, 그 제(1)항에서 배부대상경비항목으로 "항구적 시설에의 배부대상이 되는 경비항목은 판매비와 경영비 및 일반관리비의 항목 중 그 경비가 발생된 체약국의 조세법령의 규정에 따라 비용으로서 공제되는 항목으로 한다"고 규정하고 있고, 위 한일조세협약 제4차 실무자회의 합의각서에서 지급이자 중 D/A 할인료만 경비로 인정하면서 "D/A 할인료가 고정사업장의 비용으로 취급된다는 이유만으로 본점의 기타 영업외 비용이 고정사업장의 비용으로 취급되는 것으로 해석되지 아니한다"고 합의하였음을 들어 교환공한이나 합의각서에서 들고 있는 경비 이외의 일체의 경비는 일본법인의 국내원천소득금액 계산에 있어 공제될 수 없다고 주장하고 있다. 그러나 교환공한과 합의각서는 한일조세협약을 기술적·세목적으로 보충하거나 그 실시상의 문제에 관한 것을 정한 부수문서로서, 교환공한 제1조는 한일조세협약 제6조 제3항이 정하고 있는 관련점경비배부의 계산방법에 관하여 구체적으로 정한 것으로 배부대상 경비항목으로 일반관리비 등 간접경비만을 들고 있는 것은 간접경비만이 배부할 경비의 계산이 필요한 때문이고, 위 합의 각서는 영업외 비용 중 D/A 할인료 이외의 영업외 비용이 무한정으로 고정사업장의 비용으로 인정되는 것을 막기 위한 것일 뿐이어서 위 교환공한이나 각서의 규정이 한일조세협약이 허용하고 있는 직접경비의 비용공제를 제한하는 것으로 볼 것은 아니라 할 것이다. 위에서 살펴본 내용을 종합하여 볼 때, 청구법인의 국내원천소득금액 계산에 있어, 쟁점리스거래의 본질을 금융리스로 보아 리스료 수입금액에서 컨테이너를 구입하기 위하여 제3자로부터 차입한 금전의 지급이자 중 쟁점리스거래에 합리적으로 대응되는 지급이자 상당액을 손금으로 산입하여야 할 것이다(대법원 97누16862, 2000.1.21, 같은 뜻임). 그리고 위 지급이자 상당액을 손금으로 산입하는 경우, 위 사실관계에서 본 바와 같이 청구법인 본점은 컨테이너 제작회사로부터 1988.7월부터 1992.12월까지 컨테이너를 납품받아 총 대금 미화 94,611,826.89달러 지급하였고, 리스이용자와 총 8건의 리스계약(리스원금 미화 99,400,893.31달러)을 체결하여, 그 중 3건의 리스계약(미화 22,863,018.52달러)에 대하여는 개별 리스계약건별로 일본국내에서 ○○○은행 및 ○○○은행으로부터 자금(미화 22,100,000달러)을 차입하여 리스계약을 실행(컨테이너 제작회사에의 지급 및 리스이용자로부터 회수까지의 자금운용)하였으며, 나머지 5건의 리스계약(미화 76,537,874.79달러)에 대하여는 청구법인 본점의 공통차입금으로 리스계약을 실행하였다. 그렇다면, 쟁점리스거래와 직접대응되는 차입금에 대하여 지급한 이자는 그 지급이자 상당액을, 공통차입금에 대하여 지급한 이자 중 쟁점리스거래에 합리적으로 배분되는 지급이자 상당액은 총자산비례{공통차입금 이자총액(지급 이자총액-직접대응 지급이자)×쟁점리스거래 관련자산의 청구법인 전체 총평균 자산에 대한 비율}로 계산하여 이를 손금으로 산입함이 타당하다 할 것이다(서울고등법원 95구34820, 1997.9.12, 같은 뜻임).
(2) 수입리스료에 대응하여 손금으로 산입할 리스자산의 취득원가와 지급이자 상당액을 어떠한 방법으로 계산하는 것이 타당한지에 대하여 살펴본다. 처분청은 수입리스료에 대응되는 취득원가만을 5년의 기간동안 균등하게 분할하여 이 건 사업년도에 손금으로 산입하였다. 그러나 리스료가 컨테이너 취득원가 및 부대비용, 5년간의 분할회수기간 중의 미상환 원금에 대한 이자 상당액을 더하여 리스기간동안 동일한 액수로 정하여 지는 점, 리스기간 초기에는 이자를 발생시키는 원금이 많이 남아 동일리스료 중 이자의 액수가 많고, 원금은 조금밖에 분할변제되지 않는 반면, 리스기간이 경과하여 리스료가 많이 지급되면 점차 리스료 중 원금이 차지하는 비율이 높아져 마지막회에 지급하는 리스료는 대부분이 원금이고 이자는 거의 없는 점등을 종합하여 판단하여야 할 것이다. 그렇다면, 수입리스료에 대응하여 손금으로 산입할 리스자산의 취득 원가만을 총 리스기간에 걸친 균등배분액으로 계산할 것이 아니라, 동 수입리스료의 구성비율에 맞추어 이에 대응하는 손금(취득원가 등+지급이자)도 리스기간의 초기에는 이자가 많고 취득원가는 적은 비율로, 나중에는 그 비율이 역전되도록 계산함이 타당하다 할 것이다(서울고등법원 95구34820, 1997.9.12, 같은 뜻임).
○○○
○○○상선(주) 1988.7.31. 13,687,188.50 14,311,516.98 리스실행일 후 1년3개월 후취 조건(연11%)
○○○ 은행 차입
○○○
○○○상선(주) 1989.2.28. 2,929,783.57 3,159,961.50 리스실행일 후 1년3개월 후취 조건(연11.25%) 공통차입금 사용
○○○
○○○해운(주) 1989.8.31. 1,943,000.00 2,067,512.50 리스실행일 후 1년3개월 후취 조건
○○○ 은행 차입
○○○
○○○상선(주) 1989.11.30. 6,018,774.32 6,483,989.04 리스실행일 후 1년3개월 후취 조건(연11.25%)
○○○ 은행 차입
○○○
○○○상선(주) 1990.10.11. 38,245,650.00 40,186,619.36 (연 10.064%) 공통차입금 사용
○○○
○○○상선(주) 1991.8.31. 17,786,980.00 18,553,430.40 리스실행일 후 1년3개월 후취 조건(연9.9%) 공통차입금 사용
○○○
○○○해운(주) 1992.6.30. 3,715,000.00 3,826,450.00 (연 10.2%) 공통차입금 사용
○○○
○○○상선(주) 1992.9.30. 10,285,450.00 10,811,413.53 (연 9.5%) 공통차입금 사용 합 계 94,611,826.39 99,400,893.31
결정 내용은 붙임과 같습니다.