[주 문] 개포세무서장이 95.6.16 청구법인에게 경정고지한 91.7.1～92.6.30 사업년도분 법인세 57,462,100원의 부과처분은 91.7.1～91.12.31 기간의 소득에 대하여 구 조세감면규제법 제68조(88.12.26 삭제되기 이전의 것) 및 같은법 부칙 (88.12.26, 법률 제4021호) 제24조 제1항의 규정을 적용, 법인세를 감면하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 OOOO기구인 OOOO공사(OOO)와 OOOOO은행(OOO)이 출자하고 있는 법인이고 사업연도는 매년 7월1일부터 다음해 6월30일 까지이다. 처분청은 청구법인의 91.7.1～92.6.30 사업연도에 대한 법인세 과세표준과 세액을 경정하면서 88.12.26 삭제된 조세감면규제법 제68조(외국인 출자기업에 대한 법인세감면)의 규정에 의한 법인세감면을 배제하고 95.6.16 청구법인에게 위 사업년도분 법인세 57,462,100원을 경정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.7.27 심사청구를 거쳐 95.10.18 심판청구를 하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구주장 조세감면규제법 부칙(88.12.26, 법률제4021호) 제24조에서 91.12.31까지 종전의 제68조의 규정을 적용한다고 규정하고 있으므로 청구법인의 91.7.1～92.6.30 사업연도의 법인세 중 91.7.1～91.12.31 기간에 해당되는 법인세에 대하여는 종전의 제68조의 규정이 적용되어야 한다.
- 나. 국세청장 의견 88.12.26 조세감면규제법 제68조가 삭제되고 부칙 제24조에서 91.12.31까지 종전의 제68조의 규정을 적용한다고 하고 있으며 제93조에서 조세감면규제법에 의한 조세감면은 91.12.31까지 종료하는 과세연도에 대하여 적용한다고 규정하고 있으므로 청구법인의 91.7.1～92.6.30 사업연도분 법인세에 대하여는 종전의 제68조의 규정이 적용되지 않는다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 88.12.26 삭제된 조세감면규제법 제68조가 91.12.31 까지 적용되는 것인지 또는 91.12.31 까지 종료하는 사업연도에 적용되는 것인지 여부를 가리는데 있다.
- 나. 관련법령 88.12.26 삭제된 조세감면규제법 제68조 제1항 제1호와 제2항 제2호를 종합해 보면 OOOO기구에의 가입조치에 관한 법률 제2조에 규정하는 OOOO기구가 출자한 외국인출자기업에 대하여는 법인세 중 당해외국인출자기업의 총 발행주식 또는 총 지분에 대하여 당해외국인출자자가 소유하고 있는 주식 또는 지분의 비율에 상당하는 금액을 감면 하도록 되어 있고, 같은법 부칙(88.12.26 법률 제4021호) 제24조 제1항에서 이 법 시행당시 종전의 제68조의 규정에 의하여 외국인출자자가 내국법인에 출자를 완료한 경우에 외국인출자기업 및 외국인출자자에 대한 조세감면에 관하여는 91.12.31 까지 종전의 제68조 및 제70조 제2항의 규정에 의한다고 규정하고 있다. 그리고 OOOO기구의 가입조치에 관한 법률 제2조 제4호에 OOOO공사를, 제5호에 OOOOO은행을 규정하고 있다.
- 다. 판단 청구법인은 OOOO공사 및 OOOOO은행이 출자한 외국인출자기업에 해당됨에는 당사자간에 다툼이 없다. 처분청은 위 조세감면규제법 부칙(법률 제4021호) 제24조 제1항을 적용함에 있어 88.12.26 삭제된 제68조의 규정이 91.12.31 까지 종료하는 사업년도에 적용되는 것으로 해석하고 청구법인의 91.7.1～92.6.30 사업연도분 법인세에 있어 위 관련법령의 규정에 의한 법인세감면을 배제하였다. 그러나 위 부칙 제24조 제1항에서 이 법 시행당시 종전의 제68조의 규정에 의하여 외국인 출자자가 출자를 완료한 외국인출자기업에 대한 조세감면은 91.12.31 까지 종전의 제68조에 의한다고 규정하고 있으므로 사업연도와 관련없이 91.12.31 까지 발생한 소득에 대하여는 동 규정에 의한 법인세 감면이 되어야 할 것이다.(같은취지: 국세청 국일 46017-617, 95.10.7) 따라서 이 건 법인세부과처분은 91.7.1 부터 91.12.31 기간에 발생한 소득(감면일수에 따라 안분계산한 소득)에 대하여 구 조세감면규제법 제68조 및 같은법 부칙 (법률 제4021호) 제24조 제1항의 규정을 적용, 법인세 감면을 하여야 할 것으로 판단된다.
- 라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.