[요지] 쟁점토지처분 소득을 고유목적사업에 지출한 기부금으로 보아 손금산입하는 것이 실질과세원칙에 충실한 처분이며, 법인이 쟁점토지처분이익 중 일부를 고유목적사업이외의 용도에 전용하는 경우에는 그 전용하는 과세기간에 수익사업의 익금에 가산하여 과세함이 타당함
[요지] 쟁점토지처분 소득을 고유목적사업에 지출한 기부금으로 보아 손금산입하는 것이 실질과세원칙에 충실한 처분이며, 법인이 쟁점토지처분이익 중 일부를 고유목적사업이외의 용도에 전용하는 경우에는 그 전용하는 과세기간에 수익사업의 익금에 가산하여 과세함이 타당함
[참조결정] 국심1995서0754
[주 문] 서부세무서장이 95.6.16 청구법인에게 결정고지한 93.3.1～94.2.28 사업년도분 법인세 653,851,630원의 부과처분 은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요 청구법인은 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인으로서 82.3.6 서울특별시 은평구 OO동 OOOO 소재 재단법인 OOOO의 교회복음회 유지재단이 경영하던 OOOO신학원이 청구법인(당시는 서울특별시 용산구 OO동 OOOOO 소재)이 경영하던 OOOOO신학교에 합병됨으로써 OOOO의 교회복음회 유지재단으로부터 학교용 기본재산으로 무상 양도받은 경기도 OO시 OO동 O OOO외 5필지 195,074㎡(이하 “쟁점토지”라 하며 별첨 토지명세서 참조)로 학교를 이전하고자 83.5월 경기도 OO시에 도시계획시설(학교) 결정을 신청하였으나 학교시설건축불가로 반려당하여 쟁점토지를 보유하고 있던 중 90.6.7 감독관청인 문교부장관으로부터 사립학교법 제28조 제1항의 규정에 의거 교육용기본재산인 쟁점토지의 처분허가와 함께 쟁점토지처분대금의 용도를 지정받아 93.3.12(대금청산일) 학교법인 OO학원에 쟁점토지를 2,550,000,000원에 양도(등기접수일 93.11.3)하고 이중 1,170,780,000원은 94.7.28 감독관청인 교육부의 허가를 받아 95.5.24 학교부지인 강원도 원주시 지정면 OO리 O OOOOO외 5필지 206,099㎡(이하 “신학교부지”라 한다)를 취득하는데 사용하였다. 처분청은 조세감면규제법(89.12.30 법률 제4165호로 개정된 것) 제67조의3 제1항 제1호 규정에 의하여 쟁점토지 양도에 따른 특별부가세는 면제하는 한편, 쟁점토지처분이익 1,574,743,500원을 법인세법 제1조 제1항 제6호에 규정된 수입에서 생긴 소득으로 보아 익금에 산입하여 95.6.16 청구법인에게 93사업년도(93.3.1～94.2.28)분 법인세 653,851,630원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.7.21 심사청구를 거쳐 95.10.6 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
(1) 쟁점토지는 사립학교법에 의하여 교육용기본재산으로 등록된 고유목적사업용 고정자산으로서 수도권정비계획법등 관련법령의 제약 때문에 불가피하게 고유목적사업에 사용하지 못하였으므로 그 처분이익은 법인세법 제1조 제1항 제6호의 법인세 과세대상소득에 해당하지 아니한다.
(2) 쟁점토지처분이익을 법인세법 제1조 제1항 제6호의 규정에 의한 법인세 과세대상소득이라고 하더라도 쟁점토지 처분대금을 신학교부지 매입 등 고유목적사업에 사용되고 있으므로 그 처분이익은 조세감면규제법 제49조 제3항의 “법인의 고유의 목적에 지출하는 기부금”으로 보아 이를 전액손금에 산입하여야 한다.
(1) 법인세법 제1조 및 동법시행령 제2조 제2항의 규정에 의하면 양도일 현재 2년이상 계속하여 고유목적사업에 사용되지 아니한 부동산의 처분으로 인한 수입에 대하여는 법인세를 부과하게 되어 있으므로 쟁점토지처분이익이 법인세 과세대상이 아니라는 청구주장은 이유없다.
(2) 청구법인은 법인세법 시행령 제2조 제4항 및 동법시행규칙 제24조 제1항등의 규정에 의하여 수익사업회계와 비영리사업회계를 구분경리하지 아니하였고 법인세 신고시에도 예금에서 발생한 이자수입금액만 고유목적사업준비금으로 신고하였을뿐 쟁점토지처분이익은 손금으로 신고하지 아니하였으므로 이를 손금에 산입하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
3. 심리 및 판단
(1) 쟁점토지처분이익이 법인세법 제1조 제1항 제6호의 규정에 의한 “수익사업 또는 수입에서 생긴 소득”에 해당하여 법인세를 과세할 수 있는지 여부
(2) 쟁점토지처분이익이 조세감면규제법 제49조 제3항의 규정에 의한 “법인의 고유의 목적에 지출하는 기부금”에 해당하여 손금산입할 수 있는지 여부
(1) 법인세법(90.12.31 법률4282호로 개정된 것) 제1조 제1항 단서에서 『내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조의 규정에 의한 법인과 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 “비영리 내국법인”이라 한다)에 대하여는 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호에 게기하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과한다』라고 규정하고, 그 제6호에서 『고정자산 (고유목적사업에 직접 사용하는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인한 수입』을 규정하고 있으며, 동법시행령 제2조 제2항에서 『법 제1조 제1항 제6호에서 “고유목적사업에 직접 사용하는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 부동산의 양도일 현재 2년이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(법 제1조 제1항 제1호, 제2호 및 제7호의 규정에 의한 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 부동산을 말한다.』라고 규정하고 있다.
(2) 위 법인세법의 규정에 의하면 부동산의 양도일 현재 2년이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 부동산의 처분으로 인한 수입에 대하여는 법인세를 부과하도록 하고 있는바, 이 건의 경우 쟁점토지가 2년이상 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용되지 아니한 점에 대하여는 다툼이 없고, 다만 청구법인은 쟁점토지를 고유목적사업에 사용하려고 하였지만 수도권정비계획법등 관련법령의 제약에 의하여 불가피하게 고유목적사업에 사용하지 못하였으므로 쟁점토지처분이익은 법인세 과세대상이 아니라고 주장하고 있다.
(3) 살피건대, 청구법인이 당초 쟁점토지를 고유목적사업에 사용하려고 한 점을 인정한다 하더라도 쟁점토지 취득당시 수도권정비계획법등 관련법령의 제약이 있어 학교부지로 사용하는 것이 곤란하다는 것을 알고 있었다고 봄이 상당하고, 만약 이를 몰랐다면 일반거래상 요구되는 주의의무를 다하지 못한 과실로 인한 것이므로 궁극적으로 관련법령의 제약으로 쟁점토지를 고유목적사업에 사용하지 못하였다 하여 불가피한 사유를 인정하기는 어렵다고 판단되고, 설령 불가피한 사유를 인정한다 하더라도 법인세법에서 고정자산을 고유목적사업에 사용하지 못한데 대하여 불가피한 사유가 있으면 법인세를 과세하지 않는다는 취지의 규정을 두고 있지 않으므로 쟁점토지처분이익은 법인세 과세대상이 된다 할 것이므로 이에 대하여 반하는 청구주장은 이유없다 하겠다.
(1) 법인세법 시행령 제2조 제4항은 『비영리내국법인이 수익사업을 영위하거나 수입이 있을 때에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업 또는 수입의 원천(이하 “수익사업”이라 한다)에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업(이하 “비영리사업”이라 한다)에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. 이 경우에 수익사업과 비영리사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다』고 규정하고 있고, 법인세법 시행규칙 제24조는 『영 제2조 제4항과 영 제4조에 규정하는 경리의 구분은 당해 각 규정에 의하여 구분하여야 할 사업 또는 수입별로 익금과 손금을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하는 것으로 한다. 다만, 각 사업 또는 수입에 공통되는 익금과 손금은 예외로 한다』라고 규정하고 있으며, 조세감면규제법(92.12.8 법률 제4521호로 개정된 것) 제49조 제3항은 『다음 각호의 1에 해당하는 법인이 수익사업에서 발생한 소득중 그 법인의 고유의 목적에 지출하는 기부금은 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이월결손금을 차감한 후의 소득금액의 범위안에서 이를 손금에 산입할 수 있다』고 규정하고 제1호에서 『사립학교법에 의한 학교법인』을 열거하고 있다. 한편, 사립학교법 제28조 제1항은 『학교법인이 그 기본재산을 매도·증여·교환 또는 용도변경하거나 담보에 제공하고자 할 때 또는 의무의 부담이나 권리의 포기를 하고자 할 때에는 관할청의 허가를 받아야 한다』고 규정하고 있고, 동법 시행령 제11조 제1항에는 “법 제28조 제1항의 규정에 의한 학교법인의 기본재산의 매도·증여 또는 교환에 관한 허가신청서에는 다음의 서류를 첨부하여야 한다”고 규정하면서 그 제4호에 『교환재산 또는 처분대금의 처리에 관한 사항을 기재한 서류(교환 또는 매도의 경우에 한한다)』를 열거하고 있으며, 동법 제73조에서는 제28조의 규정에 위반할 경우에는 1년 이하의 징역 또는 100만원 이하의 벌금에 처하도록 벌칙규정을 두고 있다.
(2) 청구법인은 교육용 기본재산으로 취득한 쟁점토지에 학교를 이전하려고 하였으나 도시계획시설(학교)결정신청이 OO시로부터 반려당하자 90.6.7 감독관청인 문교부로부터 사립학교법 제28조 제1항의 규정에 의거하여 교육용 기본재산인 쟁점토지의 처분허가와 함께 쟁점토지처분대금의 용도를 지정받아 학교법인 OO학원에 2,550,000,000원에 양도하였는바, 처분허가시 처분금의 용도지정 내용을 보면 처분금액은 2,430,000,000원 이상으로 하고 학생회관 건축비에 1,200,000,000원, 교육용교지 매입비에 1,000,000,000원, 제세공과금에 230,000,000원을 사용하도록 하였음이 문교부의 관련공문(대재25423-330, 90.6.7)에 의하여 확인된다. 한편, 청구법인은 쟁점토지처분대금 2,550,000,000원을 OO은행 OOOO지점 가계금전신탁(계좌번호 OOOOOOOOOOOOOOOO)에 전액별도 예치하고 이중 1,170,780,000원은 94.7.28 교육부의 허가를 받아 95.5.24 신학교부지를 취득하는데 사용하였음이 교육부의 관련공문(대재81423-511, 94.7.28)에 의하여 확인된다.
(3) 청구법인의 결산서에 의하면 법인일반회계와 학교회계로 구분 결산하였을 뿐 수익사업회계와 비영리사업회계로 구분 경리하지는 아니하였는바, 93사업년도 청구법인의 법인일반회계상 수익사업부분의 수입내용을 살펴보면, 토지임대수입이 607,000원, 예금이자수입이 62,854,522원, 쟁점토지처분수입이 2,550,000,000원 발생하였음이 93사업년도의 청구법인 결산서에 의하여 확인되고, 청구법인은 예금이자수입금액 109,862,580원(법인일반회계상의 예금이자수입 62,854,522원과 학교회계상의 예금이자수입 47,008,058원을 합한 금액)에 대하여 당해 사업년도 고유목적사업지급준비금으로 손금산입하였음이 93사업년도 법인세과세표준신고서의 고유목적사업지급준비금 조정명세서에 의하여 확인된다.
(4) 전시 법인세법 시행령 제2조 제4항에 의하면 비영리내국법인이 수익사업을 영위하거나 수입이 있을 때에는 수익사업회계와 비영리사업회계를 각각 별개의 회계로 구분경리하도록 규정하고 있고, 동법 시행규칙 제24조 제1항에 의하면 구분경리라 함은 사업 또는 수입별로 익금과 손금을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하는 것으로 한다고 규정하고 있는바, 이와같이 비영리법인에 대하여 구분기장을 요구하는 것은 비영리법인은 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대해서만 법인세의 납부의무가 있으므로 과세소득과 비과세소득을 구분할 필요가 있는데에 그 취지가 있다 할 것이다. 위와같은 점에 비추어 볼 때, 구분경리를 하였는가 여부를 판단하는데 있어 굳이 별책의 장부를 별도로 갖추지 아니하고 OO의 장부에 의하고 장부상 구분경리가 다소 불비한 점이 있더라도 독립된 계정과목에 의하여 과세소득등이 구분계산될 수 있으면 족하다고 넓게 해석한다면, 청구법인의 경우 쟁점토지를 처분한 93사업년도에 토지임대수입 607,000원, 예금이자수입 62,854,522원, 쟁점토지처분수입 2,550,000,000원 등이 수익사업 또는 수입에서 발생하였음을 알 수 있도록 회계처리하였음이 청구법인의 93사업년도 결산서에 의하여 확인되므로 청구법인이 구분기장하였다고 볼 여지가 없는 것은 아니다.
(5) 비영리법인이 구분경리를 한 경우에 수익사업 또는 수입에서 발생한 소득을 조세감면규제법 제49조 제3항에 의한 고유목적에 지출하는 기부금으로 인정받기 위하여는 그 소득이 발생한 당해 사업년도말까지 고유목적사업에 지출할 것까지 요구하지는 않더라도 원칙적으로 그 소득을 비영리사업회계에 전입하는 회계처리를 하여야 할 것인바(국심95서0754, 95.10.2, 같은뜻임), 이는 기부금의 지출이라는 것이 OO의 회계처리방법에 불과하고 고유목적사업에의 사용을 보장하는 것은 아니더라도 수익사업 또는 수입에서 발생한 소득이 장차 고유목적사업에 사용될 수 있도록 강제하는 기능을 하기 때문이라고 판단된다. 위와같은 취지에 비추어 볼 때, 수익사업 또는 수입에서 발생하는 소득을 비영리사업의 회계에 전입하는 회계처리를 하지 않았더라도 이러한 회계처리보다 그 소득이 고유목적사업에 사용되는 것을 더욱 보장하는 정황이 존재한다면 이를 고유목적에 지출한 기부금으로 보아 손금산입을 인정해 주는 것이 실질과세원칙에 보다 부합한다고 판단된다.
(6) 살피건대, 학교법인의 경우 사립학교법에 의하여 엄격한 감독을 받고 있고 특히, 교육용 기본재산의 취득과 처분에 관하여는 관할청의 허가를 받도록 되어 있으며 이와같은 사항을 위반할 경우에는 징역 또는 벌금등 형벌에 처할 수 있도록 벌칙규정을 두고 있어 학교법인이 교육용기본재산의 처분대금을 감독청으로부터 지정받은 용도이외의 용도에 사용한다는 것은 사실상 불가능하다 할 것인바, 청구법인의 경우도 교육용기본재산인 쟁점토지를 처분하는데 있어 감독관청인 문교부의 허가를 받은 것은 물론이거니와 처분대금의 구체적인 용도까지 지정받았고 그 이후 쟁점토지를 양도하고 그 처분대금 2,550,000,000원을 별도의 예금통장에 입금하여 관리하면서 그중 일부 1,170,780,000원으로 교육부의 허가를 받아 역시 교육용기본재산인 신학교부지를 취득하는데 사용하였으며, 나머지 금액은 이 건 관련 법인세와 주민세를 납부한 외에는 다른 용도에 사용하지 아니하고 예금된 상태로 보존되고 있음이 확인되고, 조세감면규제법 제67조의3 제1항 제1호에 의하면 학교법인이 소유하는 기본재산인 토지등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 면제하도록 되어 있는바, 처분청이 쟁점토지 양도에 따른 특별부가세를 면제한 것으로 보아 처분청도 또한 교육용기본재산인 쟁점토지의 처분대금이 장차 교육사업(고유목적사업)에 사용될 것으로 인정한 것으로 보이며, 청구법인이 법인세 신고시 쟁점토지처분이익을 수익으로 신고하지 아니한 점, 쟁점토지와 같은 교육용기본재산의 처분으로 인한 수입은 여타 수익사업과 같이 계속적으로 발생하는 소득이 아니라 일회적으로 발생하는 소득으로 장부의 비치, 기장의무가 면제되어 있는 점(법인세법 제62조 단서 참조), 장부의 비치, 기장의무가 있는 순수한 수익사업인 부동산 임대수입은 607,000원에 불과한 점등에 비추어 볼 때, 청구법인은 수익사업회계는 존재하지 아니하고 비영리사업회계만 존재하는 것으로 오인하여 비영리사업회계에의 전입이라는 절차는 거칠 필요가 없었던 것으로 판단한 것일 뿐 쟁점토지처분대금은 당초부터 고유목적사업(학교부지매입 및 교사건축 등)에 사용할 목적으로 별도관리하고 있었던 것으로 봄이 상당하다 할 것이다.
(7) 그렇다면, 청구법인이 쟁점토지처분대금을 고유목적사업에 사용할 것을 보장하는 객관적 정황이 존재하는 이 건의 경우, 청구법인이 비록 세법에 무지하여 수익사업 또는 수입에서 발생한 소득을 비영리사업회계에 전입하는 회계처리를 하지 아니하였더라도, 또한 쟁점토지를 처분한 ’93사업년도말까지 쟁점토지처분대금을 고유목적사업에 사용하지 아니하였더라도 쟁점토지처분 소득을 고유목적사업에 지출한 기부금으로 보아 93사업년도에는 손금산입하는 것이 실질과세원칙에 충실한 처분이라고 할 것이다. 다만, 추후에 청구법인이 쟁점토지처분이익중 일부를 고유목적사업이외의 용도에 전용하는 경우에는 그 전용하는 과세기간에 수익사업의 익금에 가산하여 과세하여야 할 것이다.