87.1.1 이전에 재개발조합이 사업시행자로 인가되었다가 재개발조합의 신청에 의하여 87.1.1 이후 사업시행자가 청구법인으로 변경인가 된 경우에 청구법인이 양도한 토지 등에 대한 특별부가세가 면제대상인지 여부(취소)

[주 문] 청구법인이 95.4.28 처분청에 제출한 94.1.1～94.12.31 귀속 사업년도의 법인세 과세표준 및 세액신고서의 수정신고(당초신고: 납부세액 26,128,440원, 수정신고: 환급세액 538,777,720원)에 대한 환급거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 서울특별시 종로구 OO동 일대의 OO구역 제OO지구 재개발에 따라 건축한 건물 및 그에 부수되는 토지(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도에 대한 특별부가세를 포함하여 95.3.31 94.1.1-94.12.31 귀속사업년도의 법인세 26,128,440원을 신고납부한 후 95.5.31 토지 등의 양도에 대한 특별부가세가 면제되는 것으로 하여 538,777,720원의 환급세액이 발생되는 법인세 과세표준 수정신고서를 95.4.28 처분청에 제출하였다. 처분청은 위 감액수정신고서를 받은 날로부터 60일 이내까지 조사하여 그 결과를 통지하지 아니함으로써 환급거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 95.6.26 심사청구를 거쳐 95.9.23 심판청구를 하였다.

2. 청구인주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인주장 서울특별시 종로구 OO구역 제OO지구 재개발사업의 최초 시행인가일은 85.5.7이고, 88.12.10일자 변경인가는 고시제목에서 알 수 있는 바와 같이 사업시행자를 재개발조합에서 청구법인으로 변경하는 내용인 바, 변경인가의 신청자가 재개발조합이지 청구법인이 아니며 따라서 변경인가를 새로운 인가로 본다면 신청 없는 인가가 되어 불합리하고, 도시재개발법 제7조 제2항에서 시행자가 변경될 경우에 종전의 시행자에게 행한 처분·절차·기타의 행위는 새로운 시행자에게 행한 것으로 보도록 되어 있어 재개발인가는 대물적 인가의 성격이 강한 것이므로 인가대상사업을 중심으로 새로운 사업시행인가인지를 파악하여야지 사업시행자를 중심으로 따질 것은 아니며, 또한 청구법인이 재개발사업의 사업상의 성공여부에 대한 모든 책임을 지고 자신의 계산하에 사업을 추진하여 옴으로써 실질적인 사업시행자는 당초부터 청구법인이므로, 따라서 토지 등의 양도에 대한 특별부가세를 면제하여 환급하여야 함에도 이를 거부 처분함은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 87.1.1 이후인 88.12.20자로 OO구역 제OO지구 재개발사업시행자로 변경인가 받았으므로 토지 등의 양도에 대한 특별부가세를 감면배제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 87.1.1 이전에 재개발조합이 사업시행자로 인가되었다가 재개발조합의 신청에 의하여 87.1.1 이후 사업시행자가 청구법인으로 변경인가 된 경우에 청구법인이 양도한 토지 등에 대한 특별부가세가 면제대상인지를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 1986.12.26 법률 제3865호로 개정되기 전의 조세감면규제법(이하 “구법” 이라 한다) 제58조 [ 도시재개발사업에 대한 양도소득세 등 면제 ] 제1항 1호에서 “다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다. 다만, 당해 재개발사업에 공공시설을 수반하지 아니하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1호: 생략

2. 도시재개발법에 의하여 결정된 사업계획에 따라 건축한 건물 및 그에 부수되는 토지를 당해 사업시행자가 양도함으로써 발생하는 소득“이라고 되어 있다가 1986.12.26 법률 제3865호로 개정된 조세감면규제법(이하 “신법”이라 한다) 제58조에서는 구법 제58조 제2항 제2호의 규정을 삭제함으로써 도시재개발사업시행자가 토지등을 제3자에게 양도하는 경우에는 과세로 전환하면서, 신법 부칙 제10조 제2항에서 “제58조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 도시재개발법에 의하여 사업시행의 인가 또는 지정을 받은 자가 양도하는 분부터 적용한다” 라고 하여 도시재개발에 따른 토지 등을 87.1.1 이후 양도하더라도 87.1.1 이전에 도시재개발법에 의하여 사업시행의 인가 또는 지정을 받은 경우에는 양도소득세 등을 계속 면제하도록 하였다.

• 다. 사실관계 및 적용판단

(1) 사실관계를 살펴본다. 73.9.5 건설부고시 제367호로 서울특별시 종로구 OO동 일대 OO구역이 재개발구역으로 지정되었고, 77.4.30 건설부 고시 76호로 사업계획 결정되었으며, 84.8.9 서울특별시 고시 472호로 사업계획변경결정 되었고, 85.5.7 서울특별시 고시 301호로 토지소유자들로 구성된 재개발조합을 사업시행자로 하여 재개발사업시행인가 (이하 “당초인가”라 한다)를 받았다가, 88.12.20 재개발조합의 신청에 의하여 서울특별시 고시 985호로 청구법인을 재개발사업시행자로 하는 내용의 재개발사업 시행계획 변경인가(이하 “변경인가”라 한다)된 사실이 관련서류에 의하여 확인된다.

(2) 위 관계법령에서 살펴본 바와 같이 87.1.1 이후 최초로 도시재개발법에 의하여 사업시행의 인가를 받은 자가 도시재개발에 따른 토지 등을 양도하는 경우에는 관련 특별부가세를 면제하지 아니하는 것이나 87.1.1 이전에 이미 사업시행의 인가를 받은 자에 대하여는 계속 면제하는 것임을 알 수 있는 바, 결국 변경인가가 새로운 인가인지 아니면 당초인가로 소급하는 것인지를 규명하여야 할 것이다. 도시재개발의 근거법인 도시재개발법 제7조 [ 권리·의무의 승계 ] 제2항을 보면 “시행자와 권리자의 변동이 있을 때에는 이 법 또는 이 법에 의한 명령이나 규약·정관 또는 시행규정이 정하는 바에 의하여 종전의 시행자와 권리자가 행하거나 시행자와 권리자에 대하여 행한 처분·절차 기타의 행위는 새로이 시행자와 권리자로 된 자가 행하거나 새로이 시행자와 권리자로 된 자에 대하여 행한 것으로 본다” 라고 규정함으로써 사업시행자의 변경인가는 종전의 시행자에게 인가한 것을 소급하여 승계하도록 되어 있다. 따라서 청구법인에 대한 변경인가는 85.5.7자 당초인가로 소급하는 것이므로 청구법인이 양도한 토지 등에 대한 특별부가세는 면제되는 것이고, 처분청은 관계되는 법령을 오해한 것이다.

• 다. 결론