사업의 포괄양수도에 의하여 법인전환하면서 부동산을 신설법인에 양도한 이 건의 경우 양도소득세 면제요건에 해당하는지 여부(취소)

[참조결정] 국심1985부1245 / 국심1994서4418

[주 문] OO세무서장이 ’95.5.1 청구인에게 결정고지한 89년 귀속 양도소득세 86,382,860원과 동 방위세 15,705,970원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 청구외 OOO과 공동으로 운영하던 OO플라스틱(업태: 제조, 종목: 합성수지, 이하 “전환전사업장”이라고 한다)의 사업상 권리와 의무를 청구인등 7명이 발기인이 되어 ’89.6.28 설립한 OO주식회사(이하 “신설법인”이라고 한다)에 포괄양도하는 방법으로 법인전환하는 과정에서 청구인 명의의 사업용자산인 경기도 군포시 OO동 OOOOOOOO 대지 860㎡, 건물 914.85㎡ 같은 동 OOOOOOOO 대지 327㎡, 건물 75.44㎡(대지 합계 1,187㎡, 건물 합계 990.29㎡를 이하 “쟁점부동산”이라고 한다)를 신설법인에 양도한 후 ’89.8.31 조세감면규제법(’93.12.31 법률 제4666호로 전면개정되기 이전의 것. 이하 같다) 제45조의 규정에 의하여 쟁점부동산에 대한 양도소득세 면제신청을 하였다. 처분청은 청구인의 양도소득세 면세신청에 대하여 조세감면규제법상의 감면요건을 충족하지 못하였다는 이유로 ’95.5.1 쟁점부동산의 등기부상 소유자였던 청구인에게 양도소득세 86,382,860원과 동 방위세 15,705,970원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 ’95.6.20 심사청구를 거쳐 ’95.9.26 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인주장 청구인과 청구외 OOO은 전환전사업장을 공동으로 운영하다가 법인전환을 하면서 법령에서 규정한 전환전사업장의 1년간의 평균순자산가액(200,779,945원)이상인 234,000,000원을 신설법인에 출자하였으므로 양도소득세를 면제함이 타당하다. 처분청이 법령에서 규정하고 있지도 않은 공동사업자의 출자지분미달을 이유로 양도소득세 면제를 배제함은 부당한 것이다.
• 나. 국세청장 의견 제조업을 영위하는 개인공동사업자가 사업양수도 방법으로 법인전환함에 따라 발생한 소득에 대하여 양도소득세를 면제할 때에는 기존 사업장을 영위하던 청구인등이 발기인으로 참여하고, 신설되는 법인의 자본금은 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 1년간 평균순자산가액 이상이 되어야 하며, 당해 면제받는 공동사업자의 출자지분비율은 그대로 유지되어야 하는 것이라고 해석(같은 뜻 국세청 예규 재일 46014-4470, ’93.12.15)하고 있는바, 청구인등은 당초 개인공동사업자로 사업을 영위하면서 그 지분이 50:50으로 되어 있음에도 전환하는 법인의 출자지분은 174:60(청구인 출자금액: 174,000,000원, 청구외 OOO 출자금액: 60,000,000원)으로 그 출자비율이 서로 상이함이 확인되는바, 청구인등이 포괄양수도에 의하여 신설법인에 양도한 이 건은 양도소득세 면세대상요건에 부합하지 않는다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 사업의 포괄양수도에 의하여 법인전환하면서 쟁점부동산을 신설법인에 양도한 이 건의 경우 양도소득세 면제요건에 해당하는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련 법령 조세감면규제법 제45조 제1항 내지 제3항과 같은법 시행령 제39조 제1항 내지 제4항을 종합하여 보면 『제조업·광업·건설업·운수업 또는 수산업을 법인설립일로부터 소급하여 1년이상 영위하던 거주자가 발기인으로서 전환하는 사업장의 1년간 평균순자산가액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 사업장별로 사업에 관한 모든 권리와 의무를 법인설립일로부터 3월이내에 당해 법인에게 포괄적으로 양도하는 경우에 당해사업에 1년이상 사용한 사업용자산의 사업양수도에 따라 발생한 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다. 이때 양도소득세 면제는 새로이 설립되는 법인의 자본금이 전환하는 사업장의 1년간평균순자산가액 이상인 경우에 한하며, 양도소득세를 면제받고자하는 자는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세년도의 과세표준신고(자산양도차익 예정신고를 포함함)와 함께 세액면제신청서를 제출하여야한다』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 본건은 위의 관련법령에서 규정하고 있는 사업양수도방법에 의하여 법인전환하는 경우의 양도소득세 면제요건 중 ① 법인전환전에 영위하던 사업이 제조업에 해당하는 사실 ② 법인설립일로부터 소급하여 1년이상 당해사업을 영위한 사실 ③ 법인설립일로부터 3월이내에 신설법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도한 사실 ④ 사업양수도를 한 날이 속하는 과세년도의 과세표준신고와 함께 세액면제신청서를 제출한 사실 ⑤ 신설법인의 자본금이 사업양수도에 따라 전환하는 사업장의 1년간 평균순자산가액 이상인 사실은 전환전 사업장의 사업자등록증, 신설법인의 정관 및 주주명부, 사업양수도계약서, 양도소득세 면제신청서등 관련증빙에 의하여 확인되며, 또한 이러한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 본건에서 다툼이 있는 것은 양도소득세 면제를 위한 법령상의 요건 중 『당해사업을 영위하던 자가 발기인으로 전환하는 사업장의 1년간 평균순자산가액 이상을 출자하여 법인을 설립하여야 한다』는 법령상의 요건을 본건이 충족하고 있는지에 있는바, 여기에 대하여 살펴보면, 공동사업을 경영할 것을 약정하는 계약에 의하여 출자한 자산은 개인자산과 구별되는 조합자산을 구성하게 되어 합유물이 되고 공동사업상의 소유지분에 대하여만 그 지분권이 인정된다고 할 것이므로 자기소유의 지분(본건은 청구인과 청구외 OOO의 지분이 각각 2분의1임에 다툼 없음)을 초과하는 부분은 동업자계약의 체결과 동시에 사실상 타조합원에게 유상으로 이전된 것으로 보는 것이 당심판소의 일관된 견해이다(국심85부1245 ’85.11.7, 국심94서4418 ’94.11.28). 쟁점부동산의 경우 등기부상 소유자는 청구인이라 할지라도 청구인 지분은 2분의1에 불과하며, 나머지 2분의1은 공동사업자인 청구외 OOO의 지분이라고 보아야 할 것이므로 공동사업자가 사업용자산의 포괄양수도에 의하여 법인전환하는 경우의 양도소득세 면제의 요건에 해당하는지 여부는 공동사업자 각 개인별로 판단하여야 할 것이다. 위와 같은 근거에서 볼 때, 청구인은 전환전사업장의 1년간평균순자산가액 200,779,945원 중 자기지분가액인 100,389,972원 이상인 174,000,000원을 신설법인에 출자하였으므로 포괄양수도에 의한 법인전환에 있어 쟁점부동산의 자신의 지분인 2분의1을 신설법인에 양도한데 대한 양도소득세 면제의 요건을 충족한 것으로 보아야 할 것이다. 따라서 공동사업자인 청구외 OOO이 위 의 요건을 충족하지 못하였다는 이유로 청구인에게 본 건 양도소득세를 부과한 것은 부당한 것으로 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.