[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 출소자에 대한 갱생보호사업을 효율적으로 추진함으로써 개인 및 공공의 복지를 증진함과 아울러 사회를 보호하고자 하는 목적으로 보호관찰 등에 관한 법률에 의하여 설립된 특수법인이다(95.1.5 개정이전의 갱생보호법에 의하여 설립된 갱생보호회의 후신이다.) 청구법인은 61.10.20 및 72.7.10 각각 취득하여 고유목적에 직접 사용하던 부산광역시 서구 OO동 OO OOOO 대지 856.2㎡, 건물 384.2㎡와 전라북도 전주시 완산구 OO동 OO OOOOO 외3필지 대지 2,056.86㎡, 건물 466.11㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 각각 92.4.10과 92.11.30 양도한 후 92.1.1～12.31 사업년도(이하 “1992사업년도”라 한다)분 법인세신고시 쟁점부동산의 양도에 따른 특별부가세의 감면신청과 함께 세액 376,822,509원이 전액 면제되는 것으로 신고하였다. 처분청은 청구법인이 사회복지법에 의하여 설립된 사회복지법인이 아니라는 이유로 감면을 배제하여 95.4.19 청구법인에게 1992 사업년도분 법인세(특별부가세) 488,663,520원을 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.6.13 심사청구를 거쳐 95.9.20 심판청구를 하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구주장 청구법인은 1992년도 사업계획으로 법무부장관의 승인을 받아 오래전부터 도시의 중심에 위치하여 민원이 발생되어 오던 갱생보호회 부산지부와 전주지부의 생활관 및 사무실을 양도하고 동 매각대금으로 대체부지를 취득하여 이전 신축하고 고유목적사업에 사용하고 있는 바, 처분청은 청구법인이 사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이 아니라는 이유로 쟁점부동산의 양도에 대하여 특별부가세의 감면을 배제하였으나, 청구법인은 구 조세감면규제법 제67조의14 제1항 제1호 및 제2호에 의한 사회복지법인과 성격이 같고 국고보조에 의하여 사회사업을 영위하는 공공법인이며, 이건 세액을 납부할 재원에 관한 결정권도 없어 법무부를 통하여 1996년 예산편성에 반영하여 납부하여야 할 형편인 점과 1992년 조세감면규제법 개정시 한국보훈복지공단법에 의한 한국보훈복지공단이 특별부가세 면제대상으로 추가되었고 1995년 같은 법 개정시 청구법인이 고유목적에 3년이상 직접사용한 토지 등도 특별부가세를 면제하도록 규정한 점을 감안하면 처분청이 구조세감면규제법 제67조의14 제1항 제1호는 보건복지부산하의 사회복지법인을, 제2호에서는 종교법인만을 열거한 것으로 좁게 해석함은 부당하므로 청구법인의 실질 사업내용에 따라 쟁점부동산의 양도에 대하여도 사회복지법인이 사용한 토지 등의 양도로 보아 특별부가세를 면제하여야 한다.
- 나. 국세청장 의견 사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이 그 고유목적에 직접사용하는 토지 등을 당해 법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도함으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 면제하는 것이나 갱생보호법에 의하여 별도로 설립된 갱생보호회는 이 경우에 해당되지 아니하는 것이므로 처분청이 특별부가세의 감면을 배제하고 과세한 이 건 부과처분은 잘못이 없다.
3. 심리 및 판단
- 가. 이 건 심판청구는 청구법인의 쟁점부동산 양도에 대하여도 조세감면규제법 제67조의 14(94.12.22 개정이전의 것)를 적용하여 특별부가세를 면제할 수 있는지 여부에 다툼이 있다.
- 나. 조세감면규제법 제67조의14 제1항(92.12.8 개정이전의 것)에서 『다음 각호의 1에 해당하는 토지 등을 당해 법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다.
1. 사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이 그 고유목적에 직접사용하는 토지등
2. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인(법인격없는 사단·재단·기타단체를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)이 그 고유목적에 직접사용하는 토지 등』이라고 규정하고 있다.
- 다. 쟁점부동산은 청구법인이 고유목적에 5년이상 직접 사용한 것이고 청구법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 쟁점부동산을 양도한 사실 및 1992 사업년도 법인세 신고시 특별부가세 면제신청을 한 사실에는 다툼이 없다.
- 라. 청구법인은 청구법인도 전시한 조세감면규제법 제67조의14 제1항 제1호에 규정된 사회복지법인과 마찬가지로 사회복지사업을 영위하는 공공법인이므로 동 규정을 적용하여야 한다고 주장하나, 첫째, 전시한 조세감면규제법 제67조의14 제1항 제1호에 규정한 사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이란, 사회복지법 제2조에서 규정한 바와 같이 생활보호법, 아동복지법, 노인복지법, 장애인복지법, 모자복지법, 영유아보육법 및 윤락행위등방지법에 의한 보호·선도 또는 복지에 관한 사업과 사회복지상담·부랑인보호·직업보도·무료숙박·지역사회복지·의료복지·재가복지·사회복지관운영·정신질환자 및 나완치자 사회복귀에 관한 사업 등 각종 복지사업과 복지시설의 운영 및 지원을 목적으로 하는 사업을 행할 목적으로 보건사회부장관(현재의 보건복지부장관)·서울특별시장·직할시장(현재의 광역시장) 또는 도지사의 허가를 받아 설립된 법인을 말하므로 청구법인의 경우와 같이 보호관찰등에 관한 법률(구 갱생보호법)에 의하여 설립되고 법무부장관의 감독하에 있는 법인은 해당되지 아니하며, 둘째, 95.12.29 개정(법률 제5038호)된 조세감면규제법 제74조(종전의 제67조의14에 규정하였던 것을 93.12.31 개정시 제74조로 옮겨 규정하였다) 제1항 제4호에서 『보호관찰 등에 관한 법률에 의하여 설립된 OOOO보호공단이 그 고유목적에 3년이상 직접 사용한 토지 등』을 신설하고 동 규정을 시행일인 96.1.1 이후 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 규정하고 있는 점을 종합하여 보면, 비록 청구법인이 사회복지에 관한 사업목적을 가지고 있고, 쟁점부동산이 청구법인의 고유목적에 사용된 것이라 하더라도 95.12.31 이전에 양도한 쟁점부동산에 대하여는 사회복지법인의 업무용 토지등에 대한 특별부가세 면제규정을 적용할 수 없다할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점부동산의 양도에 대하여 특별부가세의 감면을 적용하지 아니하고 과세한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
- 마. 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.