자산양도차익예정신고시 납부할 세액을 전액 납부하지 않고 일부만 납부한 경우 예정신고납부세액공제의 범위(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 경기도 광명시 OO동 O OOOOOO 임야 3,016.05㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1967.8.8 취득하여 1992.12.26 양도한 후 1993.1.29 자산양도차익예정신고를 하면서 조세감면규제법 제62조 제1항의 규정에 의거 국민주택건설용지양도에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세 산출세액 1,304,328,418원의 100분의 10에 상당하는 130,432,841원의 예정신고납부세액공제와 위 산출세액(1,304,328,418원)의 100분의 50에 상당하는 감면세액 652,164,209원을 각각 공제하여 계산하고 양도소득세 521,731,368원을 자진납부하였으며, 청구인은 같은법 제88조의2 규정에 의거 양도소득세 감면의 종합한도가 300,000,000원임을 뒤늦게 알고 1993.5.31 감면세액을 300,000,000원으로 정정하여 양도소득세과세표준확정신고를 하고 양도소득세 352,164,209원(예정신고시 감면세액 과다계상액)을 자진 납부하였다. 처분청은 청구인이 자산양도차익예정신고시 과소납부한 세액분에 대하여는 예정신고납부세액공제가 배제되는 것으로 보고 예정신고납부한 세액분에 대해서만 예정신고납부세액공제액(76,480,461원)을 계산하여 이를 산출세액에서 공제하는 것으로 결정하여 1995.5.1 청구인에게 1992년 귀속분 양도소득세 59,347,630원을 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1995.6.15 심사청구를 거쳐 1995.9.15 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 소득세법 제98조 제1항(1992.12.8 개정전의 것)에 “자산양도차익예정신고와 함께 자진납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 그 산출세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한다”고 규정하고 있는 바, 자산양도차익예정신고납부세액공제는 납부세액이 아닌 산출세액의 100분의 10으로 계산함이 타당하며 이는 산출세액중 다른 감면세액이 있는 경우에도 동일하게 적용되는 것임에도 처분청이 청구인의 법령미숙지로 인한 예정신고납부금액의 일부금액에 대한 지연납부사실과 소득세법 기본통칙 4-2-37…98의 규정을 들어 산출세액이 아닌 예정신고납부기한내에 납부한 세액분에 대하여만 예정신고납부세액공제를 함은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구인은 자산양도차익예정신고시 납부할 세액의 전부에 대하여 자진납부하지 아니하였으므로 이 경우 세액공제는 납부세액의 100분의 10을 공제하는 것이 타당하다고 보여지고, 소득세법 제98조의 개정(92.12.8)규정에서도 납부할 세액의 100분의 10을 공제하도록 하고 있으며, 또한 감면세액이 있는 경우는 그 감면세액을 공제한 금액의 100분의 10을 공제하는 것이 타당하다고 인정되므로 처분청의 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 자산양도차익예정신고시 납부할 세액을 전액 납부하지 않고 일부만 납부한 경우 예정신고납부세액공제의 범위를 가리는데 그 다툼이 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제98조 제1항(1992.12.8 개정되기 전의 것)에는 『자산양도차익예정신고와 함께 자진납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 그 산출세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한다』고 규정하고 있고, 같은법시행규칙 제72조 제1항(1993.3.2 개정되기 전의 것)에는 『법 제98조의 규정에 의한 자산양도차익예정신고납부세액공제는 그 신고하는 금액에 대한 산출세액에서 당해 예정신고납부세액공제를 한 금액을 전액 자진신고납부하는 경우에 한한다』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지를 국민주택건설용지로 양도한 후 1993.1.29 기준시가로 양도차익을 산정하고 소득금액을 2,231,380,698원, 산출세액을 1,304,328,418원, 감면세액과 예정신고납부세액공제액을 산출세액의 100분의 50과 100분의 10인 652,164,209원과 130,432,841원으로 하여 자산양도차익예정신고와 함께 양도소득세 521,731,368원을 자진납부하였으며, 또한 1993.5.31 양도소득세과세표준확정신고를 하면서 감면세액만을 양도소득세감면의 종합한도인 300,000,000원으로 다시 계산하여 양도소득세 352,164,209원을 추가로 자진납부하였음이 이 건 과세자료에 의하여 확인되고 있고 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 자산양도차익예정신고납부세액공제는 소득세법 제98조의 규정에 의거 산출세액에서 그 산출세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제하도록 하고 있으나 같은법시행규칙 제72조에서는 산출세액에서 당해 예정신고납부세액공제를 한 금액을 전액 납부하는 경우에 한하도록 규정하고 있는 바, 예정신고기한내에 납부할 세액을 납부하지 아니한 부분에 대하여는 예정신고납부세액공제를 적용할 수 없다고 봄이 타당하다 할 것으로 청구인은 국민주택건설용지로 양도한데 대하여 양도소득세감면의 종합한도인 300,000,000원을 초과하는 금액에 대하여도 감면을 적용하여 예정신고납부함으로 인하여 예정신고납부기한내에 납부하여야 할 세액의 일부인 521,731,368원만 납부하고 나머지 352,164,209원은 납부하지 못하였으므로 산출세액의 100분의 10에 해당하는 금액 전부를 공제하여야 한다는 청구주장은 이를 받아들일 수 없다 할 것이며,

(3) 처분청이 이 건 자산양도차익예정신고납부세액공제액을 청구인이 자산양도차익예정신고기한내에 납부한 양도소득세액에 상당하는 양도소득금액에 대한 산출세액의 100분의 10을 곱하여 산정한 금액으로 하여(소득세법 기본통칙 4-2-37…98 같은 뜻) 이를 산출세액에서 공제하고 과세한 당초처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.