[요지] 청구법인의 각 사업연도소득에 대한 법인세과세표준에 의한 과소납부세액이 아니므로 법인세 미납부 가산세의 적용대상은 될 수 없음.
[요지] 청구법인의 각 사업연도소득에 대한 법인세과세표준에 의한 과소납부세액이 아니므로 법인세 미납부 가산세의 적용대상은 될 수 없음.
[주 문]
[이 유]
1. 기초사실 및 처분개요 청구법인은 국민주택건설을 영위하는 법인으로서 89.7.11. 경기도 용인군 기흥읍 OO리 O OOOO 임야 5,357㎡ 및 같은리 O OOOO 임야 677㎡ 계 임야 6,034㎡를 국민주택용지로 취득하였으며, 90.6.21. 위 토지는 OO리 OOO 대지 593㎡, OO리 OOO 대지 1,379.4㎡, OO리 OOO 대지 1,220.3㎡, OO리 O 대지 381.8㎡ 합계 3,574.5㎡로 환지 확정되었고, OO리 OOO 대지 1,220.3㎡(이하 “쟁점1토지”라 한다)는 90.12월에 양도하였고, OO리 OOO 대지 1,379.4㎡ 와 같은곳 O 대지 381.8㎡ (이하 “쟁점2토지”라 한다)는 매입일로부터 3년이내에 국민주택을 건설하지 아니하였다. 처분청은 위 토지의 양도자인 청구외 OOO가 면제받았던 양도소득세 210,804,640원 중 쟁점토지 부분에 대하여 95.6.16. 청구법인에게 91사업연도분(1.1.～12.31.) 법인세 69,566,120원 및 92년사업연도분 법인세 143,305,810원을 결정고지하였다가, 95.9월에 91사업연도분 법인세 64,090,660원 및 92사업연도분 법인세 136,531,900원(합계 200,622,560원)으로 각각 감액 경정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.7.11. 심사청구를 거쳐 95.9.15. 이 건 심판청구를 하였다.
2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견
(1) 처분청은 소득세법시행령 제170조 제1항 단서에 의하여 양도가액에 의한 취득가액 환산시 환지 전후의 면적을 감안하지 아니하고 다음과 같이 계산하였으나, (양도가액 654,186,000원 × 272.2원/6,110원 = 29,143,932원) 이 건은 종전의 토지소유자가 환지예정지구인 토지를 양도한 것이므로 소득세법 시행규칙 제16조 환지예정지구등의 양도차익계산에서 정한 계산방법에 의하여 취득가액을 환산하여야 한다.
(2) 이 건 세액 결정결의서에 의하면 가산세의 종류에 대한 명확한 구분이 없으나 가산세부과는 다음과 같은 사유로 부당하다. ㉮ 이자 상당액에 대한 가산세로 볼 경우 90.1.1.부터 시행되는 조세감면규제법 제62조 제3항의 규정에서 이자상당액을 추징하는 경우 동법 제40조의 6 제6항의 규정을 준용하도록 하고 있고, 89.12.30. 개정(법률 제4165호) 조세감면규제법 부칙 제5조 제6항에서 제40조의 6 제6항의 규정은 이 법 시행(90.1.1.)후 최초로 양도하여 양도소득세등이 감면되는 분부터 적용한다고 규정하고 있다. 따라서 90.1.1. 이전에는 면제받은 세액을 추징하는 경우에는 면제받은 세액만을 추징하도록 하였으나, 90.1.1.이후 양도하여 면제받은 분부터는 이자상당 가산액을 가산하여 징수하도록 하였으며, 청구법인의 쟁점토지 매입일이 89.7.3.이므로 이자상당 가산세는 적용되지 아니한다. ㉯ 법인세 미납부 가산세 부과처분으로 볼 경우 조세감면규제법에는 토지매입일로부터 3년이내에 국민주택을 건설하지 아니한 경우에 주택건설업자에게 면제된 세액에 대하여 자진신고 납부의무를 부여하지 아니하고 있으며, 신고납부의무가 없으므로 의무불이행 가산세를 적용할 수 없고, 토지매입일로부터 3년이내에 국민주택을 건설하지 아니한 경우 면제된 세액에 상당하는 금액을 추징하는 것은 처분청의 사후관리에 해당함에도 처분청의 책임을 청구법인에게 전가하는 것은 신의성실원칙에 어긋난다.
(1) 소득세법 시행규칙 제16조의 규정은 실지거래가액이 불분명한 경우에 적용하는 계산방법이므로 이 건의 경우와 같이 법인과의 거래로 실지거래가액이 확인되는 경우에는 동 규정을 적용할 수 없는 것이고, 이 건은 소득세법 시행령 제170조 제1항 단서의 규정에 의하여 실지거래가액이 확인된 양도가액을 기준으로 취득가액을 환산하여 그 양도차익을 결정한 것으로 처분청의 처분에 잘못이 없다.
(2) 청구법인의 두번째 주장은 이 건 심판청구시 처음 제기하는 것으로 국세청장은 의견을 제시하지 아니하였다.
3. 심리 및 판단 이 건 심판청구는 다음과 같은 다툼이 있다. 쟁점 1: 토지의 양도가액이 실지거래가액인 경우 양도가액에 의한 취득가액 환산시 환지전후 면적을 감안하여 산정하지 아니한 처분이 타당한지 여부 쟁점 2: 89.12.31. 이전에 법인이 국민주택건설용으로 토지를 취득하였으나, 3년이내 건설하지 아니한 경우 당해 법인으로부터 양도소득세 감면세액을 추징할 때 가산세를 부과한 처분이 타당한지 여부
(1) 관계법령 ㉮ 소득세법시행령(82.12.31. 개정세법) 제170조(양도소득금액의 조사결정) 제1항에서 『법 제23조 제2항에서 규정하는 양도차익을 결정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여 결정하고, 어느 하나를 기준시가에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여 결정하여야 한다. 다만, 제4항 제1호 국가·지방자치단체 기타 법인과의 거래에 있어서 양도 또는 취득 당시의 실지거래가액이 확인된 경우로서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나의 실지거래가액을 확인할 수 없는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하고 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 제115조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 기준시가에 의하여 결정하여야 한다』라고 규정하면서, 같은법시행령 제115조 제1항 제1호 다목에서는 『제170조 제1항 단서의 경우에는 양도 또는 취득 당시의 실지거래가액에 인근지역의 지가상승율을 감안하여 재무부령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액』으로 규정하고, 같은법시행규칙 제56조의 5 제5항 제1호에서는 『양도 당시의 실지거래가액만 확인되는 경우의 취득가액은 양도당시의 실지거래가액 × (취득 당시의 과세시가표준액 ÷ 양도 당시의 과세시가표준액)』으로 계산하도록 규정하고 있다. ㉯ 한편, 같은법시행규칙 제16조(환지예정지 등의 양도차익계산) 제1항에서 『실지거래가액이 불분명한 경우의 양도차익계산에 있어서 토지구획정리사업법 또는 농촌근대화촉진법에 의한 환지지구내의 토지를 양도한 경우에 그 양도차익의 계산은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다』라고 규정하면서, 그 제1호에서는 종전의 토지소유자가 환지예정지구내의 토지 또는 환지 처분된 토지를 양도한 경우에는 [환지예정(교부)평수 × 양도시의 평당가액 - (종전토지의 평수 × 취득시의 평당가액 + 기타의 필요경비)]의 방법에 의하는 것으로 규정하고 있다.
(2) 사실관계 ㉮ 종전 토지 소유자인 청구외 OOO가 쟁점토지를 78.10.2. 에 취득하였고, 당해토지가 83.5.26. 환지예정지로 공고되었으며, 89.7.11. 청구법인에게 양도되어 쟁점토지가 환지처분된 토지인 사실에는 다툼이 없다. ㉯ 청구법인이 취득한 토지 중 OO리 OOO 대지 593㎡는 91.12.3. 연립주택 1,254㎡를 준공하였으나, 쟁점1토지인 OO리 OOO 대지 1,220.3㎡는 90.12월에 양도하였고, 쟁점2토지 중 OO리 OOO 대지 1,379.4㎡는 91.12.31. 건축허가를 받았으나 95.6월 현재 건물을 신축하지 아니하였으며, OO리 O 대지 381.8㎡는 95.6월 현재 나대지 상태로 소유하고 있는 바, 청구법인이 쟁점토지를 89.7.3. 취득하여 3년이내인 92.7.2. 까지 국민주택을 건설하지 아니한 사실에 다툼이 없다. ㉰ 청구외 OOO가 위 토지를 청구법인에게 654,186,000원에 양도함으로써 양도가액은 실지거래가액이 확인되나, 취득가액은 확인되지 아니하는 바, 처분청은 쟁점토지의 양도차익 계산시 양도가액은 청구법인이 취득한 654,186,000원으로 하고, 취득가액은 소득세법시행령 제170조 제1항 단서에 의한 양도가액에 의한 환산가액 29,143,932원(양도가액 654,186,000원 × 272.2원/6,110원)으로 하여 양도소득세 210,804,654원을 산출하였다.
(3) 판단 양도자가 환지예정지등을 양도할 경우 실지거래가액이 불분명한 때에는 소득세법시행규칙 제16조 제1항 제1호의 규정에 의하여 양도차익을 계산하는 것으로서 당해 규정은 실지거래가액이 불분명한 경우를 전제로 하고 있는 바, 이 건과 같이 법인과의 거래로서 양도가액이 확인되고 취득가액이 불분명한 경우에는 적용할 수 있는 규정이 아닌 것으로 보인다. 따라서, 이 건은 법인과의 거래로서 양도가액이 확인되고 있고, 취득가액이 확인되지 아니하는 경우로서 소득세법시행령 제170조 제1항 및 제4항의 규정에 의한 방법으로 취득가액을 결정하여야 할 것인 바, 처분청은 취득가액을 29,143,932원【양도가액 654,186,000원 × (272.2원 × 3,574.5㎡/6,110원 × 3,574.5㎡)】으로 결정하였으나, 쟁점토지는 양도인인 청구외 OOO가 78.10. 취득한 후 83.5.26. 환지예정지구로 지정되어 있는 상태에서 청구법인이 취득하였는 바, 환지예정지구의 토지를 양도한 경우에는 공부상에는 종전의 평수로 표시되어 있으나 실제로 감소된 평수만을 사용·수익할 수 있는 상태이므로 공부상 평수에 불구하고 감소된 평수를 양도 평수로 보고 취득평수는 종전평수로 계산하는 것(대법원 72누 132, 72.7.10. 같은 뜻임)이 합리적이라 할 것이므로 쟁점토지의 경우에도 환지전후의 면적을 감안하여 취득가액을 49,186,000원【양도가액 654,186,000원×(272.2원×6,034㎡/6,110원×3,574.5㎡)】으로 산정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
(1) 관계법령 ㉮ 구조감법(82.12.21.개정세법) 제62조(국민주택 건설용지에 대한 양도소득세등 면제) 제1항에서는 “내국인이 토지를 국민주택규모 이하의 주택건설용지로 실수요자(주택건설사업자)에게 양도하는 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다고 규정하면서, 그 제2항에서는 실수요자가 당해 토지에 국민주택을 법정기한내(아파트외의 주택의 경우는 토지매입일로부터 3년)에 건설하지 아니할 경우에는 제1항의 규정에 의하여 면제된 세액에 상당하는 금액을 그 실수요자로부터 소득세 또는 법인세에 가산하여 징수한다”고 규정하고 있는바, ㉯ 개정조세감면규제법(89.12.30. 공포. 법률 제4165호) 제62조(국민주택건설용지에 양도소득세등 감면) 제1항에서 “내국인이 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 대통령령이 정하는 규모이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다)의 건설용지로 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(이하 “주택건설등록업자”라 한다)에게 양도하는 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액으로 감면한다”고 규정하고 있고, 같은조 제2항에서 “주택건설등록업자가 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해토지에 국민주택을 건설하지 아니하거나 대통령령이 정하는 사유가 발생한 때에는 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 주택건설등록업자로부터 소득세 또는 법인세에 가산하여 징수한다”고 규정하고 있으며, 같은조 제3항에서 “제1항의 규정에 의하여 감면받은 세액을 제2항의 규정에 의하여 징수하는 경우에는 제40조의 6 제6항의 규정을 준용한다.”고 규정하고, 제40조의 6(영농조합법인등에 대한 조세특례) 제4항에서 “농민이 영농조합법인에 농지를 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 및 그 방위세를 면제한다”고 규정하고 있으며, 같은조 제6항에서 “제4항의 규정에 의하여 면제받은 양도소득세 등을 제5항 본문의 규정에 의하여 추징하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 이자상당가산액을 가산하여 징수한다.”고 규정하며, 같은법 부칙(1989.12.30. 법률 제4165호) 제1조에서 “이법은 1990년 1월 1일부터 시행한다”고 규정하고, 제5조(양도소득세등 면제에 관한 적용례) 제1항에서 “40조의 6 제4항 및 제5항 제62조의 개정 규정은 이법시행후 최초로 양도하는 것부터 적용한다”고 규정하고 있다. ㉰ 법인세법 제26조(과세표준의 신고) 제1항에서 “납세의무있는 내국법인은 각사업연도의 결산을 확정한 날로부터 15일이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 세액을 서면으로 정부에 신고하여야 한다”고 규정하고, 제31조(납부) 제1항에서 “제26조의 규정에 의하여 신고한 내국법인은 그 신고한 각사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준에 제22조의 규정을 적용하여 계산한 법인세액에서 다음 각호의 법인세액(가산세액을 제외한다)을 공제한 금액을 각사업연도의 소득에 대한 법인세로서 당해 신고기한내에 정부에 납부하여야 한다”고 규정하고, 제38조(징수) 제1항에서 “정부는 내국법인이 제31조의 규정에 의하여 각사업연도의 법인세로서 납부하여야 할 세액의 전부 또는 일부를 납부하지 아니한 때에는 그 납부된 부분의 법인세액을 그 납부기한이 경과한 날로 30일이내에 징수하여야 한다”고 규정하고, 제41조(가산세) 제1항에서 “정부는 제38조의 규정에 의하여 각사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 게기하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다.
3. 제30조 또는 제31조의 규정에 의하여 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 세액(이하 “미납부세액”이라 한다) 100원에 대하여 금융기관의 대출이자율수준을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율로 계산한 금액. 다만, 그 금액이 미납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 미납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액으로 한다”고 규정하고 있다.
(2) 심리 및 판단 ㉮ 처분청은 [별지2] 추징세액 계산내역과 같이 가산세를 계산하여 청구법인에게 부과하였다. ㉯ 내국인이 토지를 국민주택규모이하의 주택건설용지로 주택건설업자인 청구법인에게 양도한 사실과 청구법인이 법정기한인 3년이내에 국민주택을 건설하지 아니한 사실에는 다툼이 없다. ㉰ 이와 같이 법정기한내에 건설하지 아니한 경우에는 조세감면규제법 제62조 제2항의 규정에 의하여 면제된 세액에 상당하는 금액을 그 주택건설업자로부터 법인세에 가산하여 징수하며, 개정 조세감면규제법 제62조 제3항 및 제40조의 6 제5항의 규정에 의하여 면제받은 양도소득세등을 추징하는 때에는 이자상당액을 가산하여 징수한다고 규정하면서, 그 부칙 제5조에서 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 것부터 적용한다고 규정하고 있어, 청구외 OOO가 89.7.11. 청구법인에게 양도한 쟁점토지는 위 규정의 가산세 적용대상이 아니다. ㉱ 처분청은 면제세액을 추징하면서 미납부세액에 기간별 이자율을 적용하여 미납부가산세를 계산하여 추징세액에 가산하였다. 그러나, 위 법인세법 관계법령에서 규정한 바와 같이 미납부가산세는 『법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준』에 세율을 적용한 법인세액의 과소납부에 대하여 적용하는 것으로서 그 산출기초가 “법인의 각 사업연도소득”에 있음을 알 수 있는 바, 이 건 추징세액은 쟁점토지를 양도한 자인 청구외 OOO에게 면제한 양도소득세를 청구법인으로부터 추징하는 것으로서 위 개정 조세감면규제법의 규정에 의하여 90.1.1. 이후 양도분부터 이자상당액을 추징할 수 있을 뿐 청구법인의 각 사업연도소득에 대한 법인세과세표준에 의한 과소납부세액이 아니므로 법인세 미납부 가산세의 적용대상은 될 수 없다.
① 91.1.1.～91.12.31. 사업연도 추징세액 계산
• 양도소득세 면제세액 210,804,645원 × 1,220㎡/ 3,574.5㎡ = 41,370,742원
• 가산세(기간 92.4.1.～95.6.15.) 추징 ◦ 30,595,904 × 10/100 = 3,059,594원 ◦ 41,370,742 × 730 × 4/10,000 = 12,080,256원 ◦ 41,370,742 × 805 × 3/10,000 = 9,991,034원 ◦ 가산세 자납액: 2,410,960원 ◦ 가산세 고지액: 22,719,924원
• 추징세액: 64,090,660원
② 92.1.1.～92.12.31. 사업연도 추징세액 계산
• 양도소득세 면제세액 210,804,645원 × 1,761.2㎡/ 3,574.5㎡ = 103,866,034원
• 가산세(기간 93.4.1.～95.6.15.) ◦ 103,866,034 × 730 × 4/10,000 = 30,328,881원 ◦ 103,866,034 × 75 × 3/10,000 = 2,336,985원
• 추징세액: 136,531,900원