[참조결정] 국심1994서4646
[주 문] 강남세무서장이 1995.5.6 청구법인에게 결정통지한 1995년 제1기 부가가치세 예정신고분 환급세액 2,754,517,231원은 석유비축기지건설과 관련된 매입세액 1,918,619,940원을 매출세액에서 공제하여 과세표준과 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 석유자원의 개발, 비축, 유통구조의 개선에 관한 사업을 효율적으로 수행함으로써 석유수급의 안정을 도모함과 아울러 국민경제발전에 이바지하게 함을 목적으로 1978.12.5 법률 제3132호로 설립된 법인으로서, 1995년 제1기 부가가치세 예정분을 신고하면서 통상산업부에서 운영·관리하는 에너지 및 자원사업특별회계 투자계정에서 석유비축사업 명목으로 국고보조금을 교부받아 건설하는 원유비축기지건설 관련 부가가치세 매입세액 1,918,619,940원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하여 4,864,998,484원의 환급세액이 발생한 것으로 신고하였다. 위 신고내용에 대하여 처분청은 석유사업기금(1994.3.24 법률 제4753호로 석유사업법이 개정되어 1995.1.1부터 석유사업기금이 폐지되고 동 기금에 속하는 자산과 채권·채무 기타의 권리·의무는 에너지 및 자원사업특별회계법이 정하는 바에 따라 에너지 및 자원사업특별회계가 이를 승계하였음. 따라서 처분청이 석유사업기금으로 표현한 것은 잘못임)으로 건설한 원유비축기지는 국가가 취득한 고정자산에 해당되어 이에 관련된 매입세액은 사업과 직접 관련없는 매입세액이라 하여 매출세액에서 공제하지 아니하고, 또한 이에 대한 가산세를 부과하여 1995.5.6 청구법인에게 2,754,517,231원의 부가가치세를 환급하였다(결국 환급받을 세액 2,110,481,934원이 거부되었음). 청구법인은 이에 불복하여 1995.5.29 심사청구를 거쳐 1995.9.1 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구법인 주장 에너지 및 자원사업특별회계법 제정 및 석유사업법 개정으로 1995.1.1부터 석유사업기금은 폐지되고 석유사업기금에 속하는 자산등은 에너지 및 자원사업 특별회계가 이를 승계하게 되었고, 종전의 석유사업기금으로부터 석유비축사업을 위하여 투자된 금액은 에너지 및 자원사업특별회계가 청구법인에 출자케 되었으며, 청구법인이 1995.1.1부터 수행하는 석유비축기지건설사업은 에너지 및 자원사업특별회계로부터 국고보조금을 교부받아 이를 수행함으로써 위탁사업이 아닌 직접사업이므로 그에 해당하는 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다.
- 나. 국세청장 의견 석유사업기금사업이 과세사업이고 따라서 동 기금으로 시설된 원유비축시설등에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다는 청구주장에 대하여 본다. 이 건 관련법규인 부가가치세법 제17조 제1항에 「사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액에서 다음 각호의 세액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액」이라고 규정하고 있다. 한편, 석유사업법 제17조의 3의 규정에 따라 석유사업기금을 통상산업부장관이 부과징수하여 같은법 제17조의 6의 규정에 의하여 통상산업부장관이 관리·운용하거나 위탁관리·운용하도록 규정되어 있고, 같은법 시행령 제12조의2에서 동기금의 관리·운용에 관한 사무를 OOOO개발공사 사장에게 위탁하도록 규정되어 있다. 그러므로 석유사업기금으로 청구법인이 건설한 석유비축시설등은 그 재산의 소유가 국가이고 청구법인의 재산은 아닌 것이고, 동 석유비축사업 또한 국가의 사업이고 청구법인의 사업은 아닌 것이라 할 것이므로 동 석유사업기금에 관련된 매입세액은 전시한 부가가치세법 규정의 “자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될” 매입세액은 아닌 것이다. 따라서 청구법인이 석유비축시설등의 매입세액이 과세사업과 관련된 매입세액이므로 매출세액에서 공제되어야 한다는 주장은 이유없다고 판단된다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점 이 건은 청구법인이 에너지 및 자원사업특별회계 투자계정에서 석유비축사업 명목으로 국고보조금을 교부받아 건설하는 원유비축기지건설의 시설투자에 관련된 매입세액을 자기의 사업과 관련된 매입세액으로 보고 이를 매출세액에서 공제할 수 있는지를 가리는데 그 쟁점이 있다.
- 나. 관계법령 부가가치세법 제17조 제1항에서 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다고 하고, 그 제1호에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액이라고 규정되어 있으며, 같은조 제2항 제2호는 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않는다고 규정되어 있다. 에너지 및 자원사업특별회계법(1994.3.24 법률 제4752호로 개정된 것) 제1조를 보면 이 법은 에너지의 수급 및 가격안정과 에너지 및 자원관련 사업의 효과적인 추진을 위하여 에너지 및 자원사업특별회계(이하 “이 회계”라 한다)를 설치하고 그 운용에 관한 사항을 규정함을 목적으로 한다고 규정되어 있고, 같은법 제3조는 이 회계는 통상산업부장관이 운용·관리한다고 규정되어 있으며, 같은법 제4조는 이 회계는 투자계정과 융자 및 유가완층 계정으로 구분한다고 규정되어 있고, 같은법 제5조 제1항에서 투자계정의 세입은 석유사업법 제13호의 2의 규정에 의한 과징금과 석유사업법 제17조의 2의 규정에 의한 과징금 및 가산금으로 하고, 같은조 제2항에서 투자계정의 세출은 에너지 및 자원관련 사업에 필요한 사업비, 에너지 및 자원관련 사업에 대한 투자 또는 보조, 에너지 및 자원관련 사업을 행하는 기관·단체에의 출연금으로 한다고 규정되어 있으며, 같은조 제3항에서 에너지 및 자원관련 사업 및 기관·단체는 대통령령으로 정한다고 규정되어 있다. 또 같은법 부칙 제1조에서 이 법은 1995년 1월 1일부터 시행한다고 규정되어 있고, 같은법 부칙 제5조는 법률 제4753호 석유사업법중개정법률 부칙 제2조의 규정에 의하여 종전의 석유사업기금으로부터 이 회계가 승계하거나 이 회계에 귀속되는 자산과 채권·채무 기타의 권리·의무는 융자 및 유가완층계정과 투자계정으로 구분하여 각 계정의 소속으로 한다고 규정되어 있다. 에너지 및 자원사업특별회계법 시행령(1994.12.30 대통령령 제14460호로 개정된 것) 제3조 제1항에서 법 제5조 제3항의 규정에 의한 에너지 및 자원관련 사업은 다음 각호와 같다고 하고, 그 제1호에서 석유사업법에 의한 석유수급·가격안정사업 및 석유품질관리사업과 그 제2호에서 석유개발사업 및 OOOO개발공사법에 의하여 설립된 OOOO개발공사가 수행하는 사업이라고 규정되어 있으며, 동법 시행령 부칙 제1조에서 이 영은 1995년 1월 1일부터 시행한다고 규정되어 있다. 석유사업법(1994.3.24 법률 제4753호로 개정된 것) 부칙 제1조를 보면 이 법은 1995년 1월 1일부터 시행한다고 규정되어 있고, 같은법 부칙 제2조는 이 법의 시행으로 인하여 폐지되는 종전의 제17조의 2의 규정에 의한 석유사업기금에 속하는 자산과 채권·채무 기타의 권리·의무는 에너지 및 자원사업특별회계법이 정하는 바에 따라 이 법 시행일에 에너지 및 자원사업특별회계가 이를 승계한다. 다만, 종전의 석유사업기금으로부터 석유비축사업을 위하여 투자된 금액은 에너지 및 자원사업특별회계에서 OOOO개발공사에 출자한 것으로 본다고 규정되어 있다. 한편, 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률 제9조 본문은 보조금이 지급되는 대상사업·경비의 종목·국고보조율 및 금액은 매년 예산으로 정한다고 규정되어 있고, 같은법 제2조 제1호에서 “보조금”이라 함은 국가외의 자가 행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금(지방자치단체에 대한 것과 기타 법인 또는 개인의 시설 자금이나 운영자금에 대한 것에 한한다)·부담금(국제조약에 의한 부담금을 제외한다) 기타 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다고 규정되어 있다.
- 다. 사실관계 이 건의 과세에 이르기까지의 경과를 보면, 1977.12.31 법률 제3071호로 석유사업법이 개정되면서 석유사업기금(이하 “기금”이라 한다)이 신설되어 “기금”의 관리·운용주체가 청구법인으로 되었고, “기금”으로 운영하는 사업은 과세사업(법인세과세, 부가가치세과세등)으로 적용되어 오던 중, 1991.1.14 법률 제4325호로 석유사업법이 개정되면서 “기금”의 관리·운용주체가 상공부장관으로 바뀜에 따라 1991.2.21 “기금”운용수익에 대한 법인세 과세여부에 대하여 재무부장관으로부터 면세임을 회신받았으며, 기금운용과 관련된 부가가치세에 대하여는 종전의 예에 따라 과세사업으로 적용되어 왔으나, 1992.7.25, 1992년 제1기분 부가가치세 신고시 부가가치세 환급세액 12,837,000,000원이 발생하자 처분청에서는 환급을 보류하였고, 1992.8.4 청구법인은 국세청장에게 석유사업기금의 정부기금화에 따른 “기금”의 관리·운용과 관련한 부가가치세에 관하여 질의하였는 바, 그 질의내용을 보면 “석유제품(등유·경유등)의 임대차·원유LPG 임대차 및 통관시 수입부가세납부·신규비축기지건설·비축사무소경비용역·비축사무소 관리·운용에 따른 관리비(전력료등)에 관하여 부가가치세 과세여부”를 질의하였고, 국세청장은 1992.8.20 청구법인에게 위 질의내용과 관련하여 “비축원유의 구입·대여권 및 소유권문제, 비축원유대여·상환의 계약당사자, 석유사업기금운용으로 인한 수익의 귀속자, 기금의 관리운용범위”등에 관해 질문하였으며, 청구법인은 위 질문내용에 대해 보충설명하여 1992.8.27 국세청장에게 재질의하였으며, 1992.9.8 국세청장은 청구법인에게 “OOOO개발공사가 석유사업법 제17조의 5 제2항 및 동법 시행령 제12조의 2 제1항의 규정에 의하여 동력자원부장관으로부터 석유사업기금사무를 위탁받아 당해 석유사업기금의 관리·운용과 관련하여 자기의 명의로 원유등을 수입·공급하는 때에는 부가가치세가 과세되는 것입니다”라고 회신한 사실이 관련문서에 의해 확인되고, 처분청은 위 국세청장의 회신문(부가 22601-1397, 1992.9.8)에 따라 전시 환급보류하였던 1992년 1기분 부가가치세를 환급한 이후, 1993년 1기분까지 청구법인의 “기금”운용과 관련된 사업을 과세사업으로 적용해 온 사실이 청구법인의 부가가치세 신고·납부서에 의해 확인된다. 그러나 처분청은 국세청장의 새로운 해석을 받은 바도 없이 1993년 제2기 부가가치세 확정분부터 1994년 제2기 부가가치세 확정분까지 매입세액을 불공제하였고, 그 이후 1995년 제1기 부가가치세 예정분인 이 건 쟁점매입세액도 불공제하였으며, 청구법인은 이에 불복하여 1993년 제2기분 부가가치세 확정분은 1994.7.29 심판청구(국심 94서4646)를 하였고, 1993년 제2기 부가가치세 확정분(수정신고분), 1994년 제1기 부가가치세 예정분, 1994년 제1기 부가가치세 확정분, 1994년 제2기 부가가치세 예정분은 1995.5.2 심판청구(국심 95서1141)를 하였으며, 1994년 제2기 부가가치세 확정분은 1995.6.5 심판청구(95서1544)를 하였고, 1995년 제1기 부가가치세 예정분은 1995.9.1 이 건 심판청구(95서2739)를 하였다. 당심은 이 건 심판청구를 제외한 위 3건의 심판청구에 대해 원유비축기지 건설과 관련하여 청구법인은 국세청장으로부터 직접 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 받아 이를 믿고 과세사업으로 계속 적용하여 왔는데, 처분청은 국세청장으로부터 새로운 해석을 받은 바 없이(새로운 해석이 있었다 하더라도 그 이후 과세기간부터 적용되어야 할 것이다) 위 공적 견해표명에 반하는 처분을 한 것으로, 이는 신의성실원칙에 위배되는 것이라 하여 청구법인 주장을 이유있는 것으로 받아들인 바 있다. (이때 매입세액이 사업과 관련없는지 여부에 관하여는 심리를 생략하였다, 국심 94서4646, 1995.5.16, 국심 95서1544, 1995.12.22, 국심 95서1141, 1995.12.22 참조)
- 라. 자기의 사업과 관련된 매입세액인지에 대해서 본다. 위 관련법령에서 보는 바와 같이 1994.3.24 에너지 및 자원사업특별회계법 제정 및 석유사업법 개정으로 1995.1.1부터 석유사업기금은 폐지되고 석유사업기금에 속하는 자산등은 정부가 운용·관리하는 에너지 및 자원사업특별회계가 이를 승계하였고, 종전의 석유사업기금으로부터 석유비축사업을 위하여 투자된 금액은 에너지 및 자원사업특별회계에서 청구법인에 출자하는 형태로 전환되어 청구법인이 1995.1.1 출자증권을 발행하여 정부(에너지 및 자원사업특별회계관리자)에 인계한 사실이 확인된다. 한편, 청구법인이 1995.1.1 이후 수행하는 석유비축기지건설사업과 관련된 사업비는 정부가 운용·관리하는 에너지 및 자원사업특별회계 투자계정에 편성된 예산에서 석유비축사업 명목으로 국고보조금을 교부받아 이를 집행함으로써 청구법인은 종전 정부사업의 수탁관리자에서 1995.1.1부터 자기사업을 직접 수행하는 사업주체가 된 사실을 알 수 있다. 위의 사실들을 종합하여 볼 때, 청구법인은 1995.1.1부터 자기사업을 직접 수행하는 사업주체이므로 청구법인이 석유비축기지건설과 관련하여 1995.1.1～1995.3.30 예정신고기간중 수취한 매입세액은 과세사업과 관련된 매입세액이므로 매출세액에서 공제되어야 하는 것으로 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.