지점신축매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 예정공급가액비율에 의하여 계산하는 것이 타당한지 예정면적비율에 의하여 계산하는 것이 타당한지(취소)

[주 문] 중부세무서장이 청구법인이 94년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세 수정신고로서 95.1.23 환급신청한 322,160,641원을 환급거부한 처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 사실 및 처분개요 청구법인은 서울특별시 중구 OOO로 OO OOOOO에 본점을 두고 부가가치세 면세사업인 금융업과 부가가치세 과세사업인 부동산임대업을 겸영하고 있는 법인으로서 94년 제1기 과세기간에 발생한 별지 기재의 청구법인 지점건물의 신축에 따른 매입세액(이하 “지점신축매입세액”이라 한다) 중 면세사업에 관련된 매입세액을 면세사업과 과세사업의 예정공급가액의 합계액에서 면세사업의 예정공급가액이 차지하는 비율(이하 “예정공급가액비율”이라 한다)에 의하여 계산하여 94년 제1기 예정신고 및 확정신고를 하였다. 그후 95.1.23 청구법인은 지점신축매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 신축건물의 건축예정면적에서 면세사업(금융업)에 공할 예정면적이 차지하는 비율(이하 “예정면적비율”이라 한다)에 의하여 재계산하여 94년 제1기분 부가가치세 수정신고를 하였다. 처분청은 당초청구법인이 신고한 바와 같이 예정공급가액비율에 의하여 면세사업관련 매입세액을 계산하는 것이 타당하다 하여 위 청구법인이 수정신고시 환급신청한 322,160,641원을 환급하지 아니 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.5.19 심사청구를 거쳐 95.8.1 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 부가가치세법 기본통칙 5-3-12…17(건물신축에 따른 매입세액의 안분계산)에서 “부가가치세가 과세되는 사업과 면제되는 사업을 겸영하는 사업자가 건물을 신축 또는 취득하여 그 중 일부를 부가가치세가 과세되는 사업에 공하거나 공할 예정인 경우 공제되는 매입세액의 계산은 과세사업에 공하거나 공할 면적 등에 의하여 실지귀속이 분명한 때에는 그 실지귀속에 따라 계산한다. 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 영 제61조 제1항 또는 제4항의 규정에 의거 안분계산한다.”고 하고 있다. 위 부가가치세법 기본통칙과 같이 면세사업과 과세사업에 공할 면적에 의하여 합리적으로 실지귀속을 구분할 수 있는 경우에는 그 실지귀속에 의하여 면세사업관련 매입세액과 과세사업관련 매입세액을 계산하여야 하며, 이를 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액으로 보아 부가가치세법시행령 제61조 제4항의 규정을 적용함은 잘못이다.

3. 국세청장 의견 부가가치세법시행령 제61조 제4항에서 과세사업 또는 면세사업의 공급가액이 없는 경우에 공통매입세액을 안분계산하는 방법의 순위를 첫째, 매입가액비율. 둘째, 예정공급가액 비율. 셋째, 예정사용면적 비율로 하도록 규정하고 있다. 별지 기재의 청구법인 지점은 94년 제1기중 과세사업의 공급가액이 없을 뿐만 아니라 사용면적이 확정되지 아니하였으므로 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 같은법 시행령 제61조의2(공통매입세액의 정산)의 규정에 의하여 정산하는 것은 별론으로 하고, 같은법 시행령 제61조 제4항에서 규정하고 있는 순위에 따라 안분계산하여야 할 것인 바, 예정면적 비율보다 앞 순위인 예정공급가액 비율에 의하여 안분계산한 당초 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

• 가. 이 건 심판청구의 다툼은 지점신축매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 예정공급가액비율에 의하여 계산하는 것이 타당한지 예정면적비율에 의하여 계산하는 것이 타당한지를 가리는 데 있다.
• 나. 부가가치세법 제17조(납부세액) 제2항 제4호에서 부가가치세가 면제되는 사업에 관련된 매입세액은 공제하지 아니하도록 규정하고 있다. 그리고 같은법 시행령 제61조(매입세액의 안분계산) 제1항에서 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 당해 과세기간의 총공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율에 의하여 안분계산하도록 규정하고 있고, 그 제4항에서 당해 과세기간중 과세사업 또는 면세사업의 공급가액이 없는 경우에는 첫째 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율, 둘째 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율, 셋째 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율의 순에 의하여 안분계산하도록 규정하고 있다.
• 다. 위 부가가치세법시행령 제61조 제1항 및 제4항의 규정은 면세사업과 과세사업에 관련된 매입세액을 합리적인 기준에 의하여 그 귀속을 구분할 수 있는 것은 그 실지귀속에 따라 하되, 그 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 공통매입세액으로 하여 공급가액의 비율 등에 의하여 안분계산한다는 뜻이지, 합리적인 기준에 의하여 그 귀속을 구분할 수 있는 경우에는 무조건 공급가액의 비율 등에 의하여 안분계산한다는 뜻이 아닌 것으로 해석된다. 건물을 신축하는 경우 특단의 사정이 없는 한 그 건축비용은 건물의 면적에 비례하여 발생하는 것으로 볼 수 있으므로, 과세사업과 면세사업을 함께 영위할 목적으로 신축하는 건물에 있어서 과세사업에 사용할 면적과 면세사업에 사용할 면적이 예정되어 있는 경우 그 면세사업에 관련된 매입세액은 면세사업에 사용할 면적의 비율에 의하여 합리적으로 계산할 수 있다 할 것이다. 청구법인이 신축하는 별지 기재 지점의 건축예정면적과 과세사업 및 면세사업에 각 사용할 면적이 예정되어 있으므로 지점신축매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액은 그 예정면적비율에 의하여 계산함이 타당한 것으로 판단된다(95서 0667, 95.6.7. 같은 뜻임).
• 라. 따라서 이 건 심판청구는 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 【 별 지 】 청구법인의 지점건물 신축 명세 지점명 소 재 지 준공일자 총 면 적 면세사업 과세사업 O O 경기도 고양시 OO동 OOO 94.12.23 940.05평 358.63평 581.42평 OOO 부산광역시 중구 OO동 OO OOOO외 94.6.30 988.54평 329.87평 658.67평 O O 대전광역시 서구 OO동 OOOO 94.7.27 907.66평 468.69평 438.97평 OOOO 광주광역시 광산구 OO동 OOOOOO 94.3.12 664.79평 356.40평 308.39평 OOO 서울특별시 양천구 OO동 OOOOOO 94.3.28 383.40평 325.33평 58.07평 O O 경기도 성남시 분당구 OO동 OOOOO 94.9.29 1,497.39평 774.20평 723.19평 O O 대구광역시 중구 OO동 OOOO 94.12.24 4,219.63평 2,407.62평 1,812.01평