[주 문] 개포세무서장이 1995.3.2 청구법인에게 한 1993사업년도 (1993.1.1～1993.12.31)분 법인세(특별부가세) 357,396,730원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 원처분개요 청구법인은 서울특별시 강남구 OO동 OOOOO에 본점을 두고 방독면등을 제조판매하는 영리법인체로서 서울특별시 성동구 OO동OO OOO외 49필지의 토지위에 위치한 공장(토지 14,515㎡, 건물 15,851㎡, 이하 “쟁점공장”이라 한다)을 지방으로 이전하기 위하여 1993.12.27 쟁점공장을 양도하고 구조세감면규제법 제42조 및 같은법시행령 제36조의 규정에 의거 법인세 3,136,254,925원과 특별부가세 4,190,410,796원을 면제세액으로 계산하여 1993.1.1～1993.12.31 기간의 사업년도(이하 “1993사업년도”라 한다)분 법인세를 신고납부하였다. 처분청은 쟁점공장내에 위치한 청구법인 부설연구소(이하 “쟁점연구소”라 한다)가 법인세등의 면제대상인 공장의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 보고 쟁점연구소의 건물(2,538.62㎡)과 안분계산한 부수토지(2,430.5㎡)의 양도부문에서 발생한 소득에 대하여는 세액면제 대상에서 배제하여 경정결정하고 1993사업년도분 법인세(특별부가세) 357,396,730원을 1995.3.2 청구법인에게 납부고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1995.4.29 심사청구를 거쳐 1995.7.20 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구주장 청구법인은 1973년 4월 방위산업체로 지정을 받은 이래 방독면, 판초우의, 고무보트등 방산물자 생산에만 주력해온 중소기업으로서, 방산물자의 특성상 원재료의 선택확보 과정에서 납품에 이르기까지 정부당국의 철저한 사전감독과 사후감사를 받고 있음은 물론 최고성능의 신제품 개발을 부단히 요구받고 있으며, 신제품 개발과 품질향상에 대한 실적이 부진한 경우에는 기업의 사활(死活)이 걸린 방위산업체 지정이 취소될 수 있기 때문에 청구법인은 1987.8월 쟁점연구소를 개설 청구법인에서 생산하는 방산물품의 품질향상을 위한 연구개발 업무를 담당하여 청구법인이 방위산업체로 재지정을 받는데 결정적인 역할을 해왔는바, 쟁점연구소는 청구법인이 현재의 사업을 영위하는 한 없어서는 안될 필수시설이며 청구법인이 생산하는 제품의 품질향상을 위한 연구개발 활동만을 하는 청구법인의 일개 하부조직(연구개발부)으로서 공장의 한울타리내에 소재하고 있고, 새로운 사업의 신규진출이나 계열기업간 사업영역의 재배치등 계열기업 전체에 대한 장기적 연구과제를 주된 연구대상으로 하고 있는 재벌기업들의 독립된 연구소와는 그 성격이 전혀 다르며, 조세감면규제법상 법인세등의 면제대상인 공장의 범위에 대한 청구법인의 질의에 대하여 국세청장은 “…기업부설연구소가 제조시설을 지원하기 위하여 공장구내에 설치되는 부대시설인 경우에는 공장의 범위에 포함된다”고 회신하였고 쟁점연구소 또한 청구법인이 생산하는 제품제조에 필수적인 지원역할을 담당하고 있는 부대시설로서 공장구내의 한가운데 설치되어 있으므로 쟁점연구소는 법인세등 면제대상인 공장에 해당하는 것임에도 처분청이 쟁점연구소가 공장에 포함되지 아니하는 것으로 보아 OO 법인세(특별부가세)를 경정고지한 처분은 부당하다.
- 나. 국세청장 의견 구조세감면규제법 제42조의 “공장”이라함은 제조장(자동차 정비공장을 포함한다)으로서 제조 또는 사업단위로 독립된 것을 말하고 생산에 직접 공여되는 공장구내의 창고·사무실·종업원을 위한 기숙사·식당 및 사내훈련시설등을 포함한다고 하겠다. 한편, 청구법인은 쟁점공장과 쟁점연구소가 한 울타리안에 있다는 이유로 기술개발전담부서인 쟁점연구소가 제조시설을 지원하는 공장부대시설이라고 주장하나, 이는 기술개발전담부서와 시험연구소를 구분하지 못한 것으로써 제조시설의 정상가동여부 및 불량품 발생여부 등을 확인 점검하는 시험연구소는 공업배치 및 공장설립에 관한 법 시행령 제2조 및 같은법시행규칙 제2조 제5호의 규정에 의거 공장부대시설로 인정되므로써 공장의 범위에 포함된다 하겠으나, 신제품 및 신기술 개발을 위한 연구활동을 전담하는 쟁점연구소는 공장부대 시설이 아닌 별도의 독립부서로 보아야 할 것이고, 기업부설연구소의 지방이전은 조세감면규제법 제42조에 규정된 법인세 및 특별부가세 면제대상에 해당되지 아니하는 것(동지: 국세청 법인 22601-841, 90.4.11)인 바, 처분청이 청구법인의 기업부설연구소인 쟁점연구소의 지방이전과 관련하여 그 특별부가세를 면제대상에서 제외한 당초 처분은 달리 잘못이 없다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 이 건 심판청구는 쟁점연구소가 구 조세감면규제법 제42조에 규정한 공장의 범위에 포함되는지 여부에 그 다툼이 있다.
- 나. 관계법령 쟁점공장 양도당시 시행된 조세감면규제법(법률 제4521, 1992.12.8) 제42조 제1항에서 『대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해공장 대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득과 국가·지방자치단체로부터 지급받는 이전보상금에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 법인세를 면제한다』고 규정하고 있고, 같은조 제2항에서 『대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해공장 대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다』고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제36조 제1항에서 『법 제42조의 규정에 의하여 면제하는 세액은 면제대상 소득에 대한 산출세액에 이전후의 공장(이하 “신공장”이라 한다)의 가액이 이전전의 공장(이하 “구공장”이라 한다)의 가액에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100으로 한다)을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 구공장의 가액은 구공장의 토지·건물 및 기계장치의 양도가액(양도하지 아니하는 자산이 있는 경우 장부가액을 말한다)과 공장의 이전과 관련하여 국가 또는 지방자치단체로부터 지급받는 이전보상금의 합계액으로 하고, 신공장의 가액은 그 공장시설의 이전비용과 토지·건물 및 기계장치의 장부가액의 합계액으로 한다.』고 규정하고 있고, 같은조 제2항에서는 『 제1항의 규정에 의하여 면제세액을 계산함에 있어서 구공장을 먼저 양도하고 공장을 이전하는 경우로서 신공장이 준공되지 아니하거나 신공장을 취득하지 아니하여 신공장의 가액을 알 수 없는 경우에는 제5항의 규정에 의한 공장의 준공일 또는 취득일까지는 구공장의 가액 이상의 공장을 준공 또는 취득한 것으로 본다』고 규정하고 있다. 한편 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제1호에서 『“공장”이라 함은 제조업(물품의 가공·조립·수리업을 포함한다. 이하같다)의 물품제조공정(가공·조립·수리공정을 포함한다)을 형성하는 기계 또는 장치를 설치하기 위한 건축물이나 사업장으로서 대통령령이 정하는 것을 말한다.』고 공장의 개념을 정의하고 있고, 같은법시행령 제2조 제1항에서 『 법 제2조 제1호의 규정에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.
1. 제조업(물품의 가공·조립·수리업을 포함한다. 이하같다)을 영위함에 필요한 제조시설(가공·조립·수리시설을 포함한다. 이하같다)
2. 제조업을 영위함에 있어서 그 제조시설의 관리·지원, 종업원의 복지후생을 위하여 공장용지안에 설치하는 부대시설로서 상공자원부령이 정하는 것
3. (생략)』이라고 규정하고 있으며, 같은법시행규칙 제2조에서는 『 영 제2조 제1항 제2호의 규정에 의한 부대시설은 다음 각호와 같다.
1. 사무실·창고·경비실·전망대·주차장·화장실 및 자전거보관시설
2. 수조·저유조·싸이로 및 저장조등 저장용 옥외구축물
3. 송유관, 옥외주유시설, 급·배수시설, 변전실, 기계실 및 펌프실
4. 폐기물처리시설 및 환경오염방지시설
5. 시험연구시설 및 에너지이용효율 증대를 위한 시설
6. 공동산업안전시설 및 보건관리시설
7. 식당·휴게실·목욕실·세탁장·의료실·옥외체육시설 및 기숙사등 종업원의 복지후생증진에 필요한 시설
8. 상품전시장 및 완제품등의 적하차를 위한 호이스트
9. 기타 당해 제조시설의 관리·지원, 종업원의 복지후생을 위하여 필요하다고 주무부장관이 추천한 시설』이라고 규정하고 있다.
- 다. 사실관계 및 판단 청구법인이 쟁점공장을 경기도 평택시 OO동으로 이전하기 위하여 쟁점공장을 1993.12.27 양도하고 전시한 조세감면규제법 제42조 및 같은법시행령 제36조 제2항(선양도후이전)의 규정에 의거 법인세 3,136,254,925원 및 특별부가세 4,190,410,796원을 면제세액으로 계산하여 1993사업년도 법인세를 신고납부한 사실과 처분청에서 쟁점연구소 건물과 건물바닥 면적으로 안분계산한 부수토지의 양도부문에서 발생한 소득에 대하여는 감면혜택을 배제하여 OO 법인세(특별부가세)를 청구법인에게 경정결정 고지한 사실이 본건 과세기록에 의해 확인된다. 쟁점공장은 서울특별시 성동구 OO동OO OOO등 총50필지의 연접한 토지(면적 14,515㎡)위에 총 18개동의 건물(연면적 15,851㎡)로 이루어졌고, 쟁점연구소는 쟁점공장의 부수토지중 서울특별시 성동구 OO동OO OOOOOOOO 대지 5,643㎡의 일부에 위치한 건물(바닥면적 1,343.43㎡, 연면적 2,538.62㎡)을 사용하고 있었는데 동건물은 쟁점공장의 중앙에 위치하고 있었던 사실이 쟁점공장의 배치도를 통하여 알 수 있다. 또한 청구법인은 1987.8.7 과학기술처장관으로부터 기업부설연구소 인정서를 교부받아 쟁점연구소를 개설 청구법인에서 생산하고 있는 방독면등의 품질향상을 위한 자료수집, 신제품생산을 위한 기술시험 및 성능시험, 신형제품개발등의 업무를 담당하고 있으며, 쟁점연구소의 1992.12.31현재 인원은 연구보조원을 포함 12명이고, 1993.12.31 현재 인원은 연구보조원을 포함 11명인 사실이 청구법인이 OOOOOO진흥협회 회장에게 보낸 연구사업실적보고서등에 의해 확인된다. 쟁점공장의 조직 도표에는 공장장(청구법인의 이사)밑에 총무부, 생산관리실, 품질관리부, 생산부(1.2.3부), 연구개발부등 7개 부서의 하부조직을 두고 있으며, 쟁점연구소는 연구개발부에 소속되어 있는 것으로 나타나 있고, 1992.1.22 청구법인의 인사명령서에는 당시 차장이던 청구외 OOO을 연구개발부장으로 승진시키면서 쟁점연구소장직을 겸임발령한 사실을 알 수 있다. 한편 청구법인의 경리부장인 청구외 OOO가 공장의 지방이전시 공장 구내에 있는 기업부설연구소의 법인세등 면제여부에 대한 질의에 대하여 국세청장은 “기술개발촉진법시행령 제14조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소가 당해법인의 사업을 영위하기 위한 제조시설을 지원하기 위하여 공장구내에 설치되는 부대시설인 경우에는 구 조세감면규제법 제42조의 규정을 적용함에 있어 공장의 범위에 포함된다”라고 회신한 사실이 관련공문(국세청 법인 46012 - 3521, 1994.12.22)에 의해 확인된다. 살피건대 첫째, 전시한 조세감면규제법에는 공장의 범위에 대하여 구체적으로 규정하고 있지 아니하나 공업배치 및 공장설립에 관한 법률에 의하면 공장은 제조업을 영위함에 있어 필요한 제조시설 및 공장용지안에 설치하는 부대시설을 포함하는 것으로 규정하고 있고 조세감면규제법 기본통칙 2-12-10…42 제2항에서 『법 제42조의 “공장”이라 함은 령 제35조 제1항의 “제조장으로서 제조 또는 사업단위로 독립된 것“을 말하고 생산에 직접 공여되는 공장구내의 창고, 사무실, 종업원을 위한 기숙사, 식당 및 사내 훈련시설등을 포함한다』고 하고 있는 점으로 보아 제조장 단위로 공장구내에 소재한 각종 생산 지원시설은 공장의 범위에 포함하는 것으로 봄이 합당하다 할 것이며, 둘째, 청구법인은 자본금 3,600,000,000원, 상시종업원 300명 내외인 중소기업으로서 위 사실관계에서 알 수 있는바와 같이 쟁점연구소는 쟁점공장의 한울타리내에 위치하고 있고 명칭만 기업부설연구소이지 실지로는 일반계선조직의 한 형태(공장장 산하의 연구개발부)로 운영하고 있으며 셋째, 쟁점연구소가 수행하고 있는 업무 또한 외부로부터 연구용역을 수주받은 실적이 전혀 없고 자사제품만을 대상으로 그 품질개선을 위한 연구개발업무등을 전담하고 있는점등을 종합하여 볼 때 쟁정연구소는 재벌기업등에서 독립적으로 운영하는 부설연구소와는 명칭만이 유사할뿐 그 조직형태 및 업무성격은 전혀 상이하다 할 것으로 독립된 조직이라기 보다는 제조시설을 지원하는 공장내의 생산지원시설(부서)로 보아진다 할 것이며, 따라서 쟁점연구소는 전시한 조세감면규제법 제42조에서 규정하고 있는 공장의 범위내 포함된다고 할 것이므로 처분청에서 쟁점연구소가 공장의 범위에 포함하지 아니하는 것으로 보아 OO 법인세(특별부가세)를 과세한 처분은 사실조사를 소홀히한데 기인한 부당한 처분이라고 판단된다.
- 라. OO 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.